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柳穿鱼自然群体中不同cpDNA片段的序列分析与筛选研究
被引量:
1
1
作者
孙坤
陈晓丹
+2 位作者
李小伟
陈纹
张辉
《西北师范大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2013年第3期71-75,91,共6页
植物叶绿体基因组DNA(cpDNA)的非编码序列是研究植物分子系统发育、群体遗传学和建立植物DNA条形码(Barcodes)的重要工具.为了筛选适宜的cpDNA片段研究柳穿鱼(Linaria vulgaris)遗传多样性,本研究对柳穿鱼4个自然群体中叶绿体基因组的4...
植物叶绿体基因组DNA(cpDNA)的非编码序列是研究植物分子系统发育、群体遗传学和建立植物DNA条形码(Barcodes)的重要工具.为了筛选适宜的cpDNA片段研究柳穿鱼(Linaria vulgaris)遗传多样性,本研究对柳穿鱼4个自然群体中叶绿体基因组的4个DNA非编码片段rpl32-trnL、trnQ-5rps16、trnT-trnL、trnS-trnG进行测序研究,序列比对和系统发育分析显示不同的cpDNA片段具有不同的分子变异水平.其中,rpl32-trnL的比对长度为805bp,蕴含24个潜在的简约性信息位点,且在柳穿鱼种内群体间的遗传分化明显.本研究筛选到rpl32-trnL作为下一步研究柳穿鱼群体遗传学和生物地理学的理想分子标记.
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关键词
柳穿鱼
叶绿体dna片段
rp132-trnL
自然群体
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职称材料
鸡爪槭种下分类群的DNA条形码筛选
被引量:
9
2
作者
高健
孟婉姮
+1 位作者
杜芳
李俊清
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期734-743,共10页
槭属鸡爪槭(Acer palmatum Thunb.)是北温带广泛分布的一类园艺观赏树种,由于频繁的种内杂交渐渗导致其种下分类群的形态性状特征趋同,致使传统的形态学分类难以准确鉴定,新兴的DNA条形码技术为快速、准确的鉴定鸡爪槭种下分类群提供...
槭属鸡爪槭(Acer palmatum Thunb.)是北温带广泛分布的一类园艺观赏树种,由于频繁的种内杂交渐渗导致其种下分类群的形态性状特征趋同,致使传统的形态学分类难以准确鉴定,新兴的DNA条形码技术为快速、准确的鉴定鸡爪槭种下分类群提供了新的思路。本研究采用5个叶绿体DNA片段(rpl16、psbA-trnH、trnL-trnF、rbcL、matK)和核基因组ITS片段,运用PWG-distance和Tree-Building两种方法对鸡爪槭的8个分类群共32个个体进行DNA条形码分析。结果显示,单个叶绿体基因组片段(分辨率为0%~25%)或核rDNA ITS片段(12.5%)的分辨率较低,不同组合的叶绿体DNA片段(0%~62.5%)、叶绿体片段与核rDNA ITS片段(12.5%~50%)的分辨率则相对较高。其中,rpl16+psbA-trnH+trnL-trnF片段组合的分辨率最高(62.5%),较为符合DNA条形码快速、准确鉴定的要求,因此建议将其作为鸡爪槭种下分类群鉴定的DNA条形码。
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关键词
鸡爪槭
dna
条形码
叶绿体dna片段
核基因组ITS
片段
物种分辨率
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职称材料
中国穗状狐尾藻遗传多样性的初步分析
被引量:
2
3
作者
吕天锋
蒿飞
+1 位作者
熊争
刘星
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第1期109-116,共8页
利用叶绿体DNA三个片段(trnK-matK、trnL-trnF、rpl32-trnL)对中国大陆广布的水生植物穗状狐尾藻(Myriophyllum spicatum L.)的遗传多样性进行了初步分析,以探讨其自然居群的遗传结构及具有广泛分布格局的可能机制。AMOVA分析显示,穗状...
利用叶绿体DNA三个片段(trnK-matK、trnL-trnF、rpl32-trnL)对中国大陆广布的水生植物穗状狐尾藻(Myriophyllum spicatum L.)的遗传多样性进行了初步分析,以探讨其自然居群的遗传结构及具有广泛分布格局的可能机制。AMOVA分析显示,穗状狐尾藻8个居群间的遗传变异为84.97%,而居群内的遗传变异为15.03%,居群遗传分化系数(Fst)为0.85,表明穗状狐尾藻具有较高的遗传多样性(Hd=0.83)且主要存在于居群间,奠基者效应可能导致了最初的遗传差异,而隔离障碍(Nm=0.09)又进一步导致了居群间的遗传分化。基于17个单倍型构建的系统发育树和网络关系图均显示,单倍型H5和H6在居群中的分布范围最广且出现频率最高,表明H5和H6可能为最古老的祖先单倍型。Mantel检验表明居群间的遗传距离与地理距离之间不存在显著的相关性,失配分布检测结果显示穗状狐尾藻在历史上曾发生过扩张事件,而Tajima’s、Fu&Li’s D*和F*检测发现,该物种不存在明显的谱系地理格局,这可能与穗状狐尾藻种子的长距离扩散有关。
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关键词
穗状狐尾藻
叶绿体dna片段
遗传多样性
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职称材料
题名
柳穿鱼自然群体中不同cpDNA片段的序列分析与筛选研究
被引量:
1
1
作者
孙坤
陈晓丹
李小伟
陈纹
张辉
机构
西北师范大学生命科学学院
出处
《西北师范大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2013年第3期71-75,91,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目(31060033)
文摘
植物叶绿体基因组DNA(cpDNA)的非编码序列是研究植物分子系统发育、群体遗传学和建立植物DNA条形码(Barcodes)的重要工具.为了筛选适宜的cpDNA片段研究柳穿鱼(Linaria vulgaris)遗传多样性,本研究对柳穿鱼4个自然群体中叶绿体基因组的4个DNA非编码片段rpl32-trnL、trnQ-5rps16、trnT-trnL、trnS-trnG进行测序研究,序列比对和系统发育分析显示不同的cpDNA片段具有不同的分子变异水平.其中,rpl32-trnL的比对长度为805bp,蕴含24个潜在的简约性信息位点,且在柳穿鱼种内群体间的遗传分化明显.本研究筛选到rpl32-trnL作为下一步研究柳穿鱼群体遗传学和生物地理学的理想分子标记.
关键词
柳穿鱼
叶绿体dna片段
rp132-trnL
自然群体
Keywords
Linaria vulgaris
cp
dna
fragments
rpl32-trnL
natural population
分类号
Q941 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
鸡爪槭种下分类群的DNA条形码筛选
被引量:
9
2
作者
高健
孟婉姮
杜芳
李俊清
机构
北京林业大学林学院
北京林业大学省部共建森林培育与保护教育部重点实验室
出处
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期734-743,共10页
基金
北京市科技新星(Z151100000315056)
国家环境保护公益性行业科研专项(201509042)
文摘
槭属鸡爪槭(Acer palmatum Thunb.)是北温带广泛分布的一类园艺观赏树种,由于频繁的种内杂交渐渗导致其种下分类群的形态性状特征趋同,致使传统的形态学分类难以准确鉴定,新兴的DNA条形码技术为快速、准确的鉴定鸡爪槭种下分类群提供了新的思路。本研究采用5个叶绿体DNA片段(rpl16、psbA-trnH、trnL-trnF、rbcL、matK)和核基因组ITS片段,运用PWG-distance和Tree-Building两种方法对鸡爪槭的8个分类群共32个个体进行DNA条形码分析。结果显示,单个叶绿体基因组片段(分辨率为0%~25%)或核rDNA ITS片段(12.5%)的分辨率较低,不同组合的叶绿体DNA片段(0%~62.5%)、叶绿体片段与核rDNA ITS片段(12.5%~50%)的分辨率则相对较高。其中,rpl16+psbA-trnH+trnL-trnF片段组合的分辨率最高(62.5%),较为符合DNA条形码快速、准确鉴定的要求,因此建议将其作为鸡爪槭种下分类群鉴定的DNA条形码。
关键词
鸡爪槭
dna
条形码
叶绿体dna片段
核基因组ITS
片段
物种分辨率
Keywords
Acer palmatum
dna
barcoding
Chloroplast
dna
fragment
nr
dna
ITS region
Discrimination rate
分类号
Q949.755.3 [生物学—植物学]
下载PDF
职称材料
题名
中国穗状狐尾藻遗传多样性的初步分析
被引量:
2
3
作者
吕天锋
蒿飞
熊争
刘星
机构
武汉大学生命科学学院
出处
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第1期109-116,共8页
基金
国家自然科学基金面上项目(31170203)~~
文摘
利用叶绿体DNA三个片段(trnK-matK、trnL-trnF、rpl32-trnL)对中国大陆广布的水生植物穗状狐尾藻(Myriophyllum spicatum L.)的遗传多样性进行了初步分析,以探讨其自然居群的遗传结构及具有广泛分布格局的可能机制。AMOVA分析显示,穗状狐尾藻8个居群间的遗传变异为84.97%,而居群内的遗传变异为15.03%,居群遗传分化系数(Fst)为0.85,表明穗状狐尾藻具有较高的遗传多样性(Hd=0.83)且主要存在于居群间,奠基者效应可能导致了最初的遗传差异,而隔离障碍(Nm=0.09)又进一步导致了居群间的遗传分化。基于17个单倍型构建的系统发育树和网络关系图均显示,单倍型H5和H6在居群中的分布范围最广且出现频率最高,表明H5和H6可能为最古老的祖先单倍型。Mantel检验表明居群间的遗传距离与地理距离之间不存在显著的相关性,失配分布检测结果显示穗状狐尾藻在历史上曾发生过扩张事件,而Tajima’s、Fu&Li’s D*和F*检测发现,该物种不存在明显的谱系地理格局,这可能与穗状狐尾藻种子的长距离扩散有关。
关键词
穗状狐尾藻
叶绿体dna片段
遗传多样性
Keywords
Myriophyllum spicatum
Chloroplast
dna
segments
Genetic diversity
分类号
Q943 [生物学—植物学]
Q949.762.6 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
柳穿鱼自然群体中不同cpDNA片段的序列分析与筛选研究
孙坤
陈晓丹
李小伟
陈纹
张辉
《西北师范大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2013
1
下载PDF
职称材料
2
鸡爪槭种下分类群的DNA条形码筛选
高健
孟婉姮
杜芳
李俊清
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
9
下载PDF
职称材料
3
中国穗状狐尾藻遗传多样性的初步分析
吕天锋
蒿飞
熊争
刘星
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
2
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
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