利用SSR标记研究甘蓝型油菜叶绿体基因组DNA多态性

叶绿体基因组具有母性遗传、单倍性、高度的保守性和明显的种内差异等特点。研究不同品种叶绿体基因多样化程度,可为甘蓝型油菜的收集与引种及遗传改良提供指导。利用15对特异性叶绿体SSR标记对287份国内外甘蓝型油菜叶绿体基因组多样性进行了分析,结果显示,在15对叶绿体SSR特异引物中,5对引物扩增产生多态性条带合计19条,平均每对引物检测出3.8条多态性条带;287份材料共划分成14个单倍型,优势单倍型H01占比74.91%、H02占比13.59%、H03占比4.88%,其余11种单倍型(H04-H14)占比合计6.62%;H02为波里马、陕2A胞质类型,为中国特有单倍型;国外甘蓝型油菜中,俄罗斯与瑞典的单倍型较丰富,引进俄罗斯与瑞典的资源能更高效拓宽中国甘蓝型油菜的遗传多样性本底。本研究还获得2对引物(MF-4和ccmp2)得到特异条带,并为此建立了快速鉴定波里马、陕2A胞质类型的方法,为波里马与陕2A细胞质类型材料的鉴定与保护提供了方法。

叶绿体基因组微卫星标记(cpSSR)研究进展

随着测序技术的发展,叶绿体基因组微卫星标记(cpSSRs)的开发和应用越来越普遍。该研究介绍了叶绿体基因组分子标记的特点、用途、开发方法以及已开发的cpSSRs所具有的特点。随着cpSSRs开发成本的降低及研究技术的成熟,新的cpSSRs不断开发,将会有越来越多的叶绿体基因组SSR分子标记应用于群体遗传学、生物地理学和杂交育种的研究。其在野生植物进化过程研究中所具备的潜力在不久的将来将被充分认识和利用。

2种楠属植物叶绿体基因组特征及系统发育

应用Illumina Novaseq 6000高通量测序平台进行测序,组装了完整的崖楠(Phoebe yaiensis)和红毛山楠(Phoebe hungmoensis)叶绿体基因组,并对其基因组特征、基因构成、序列重复、边界收缩、密码子偏好性及系统发育进行分析。结果表明:崖楠和红毛山楠叶绿体基因组呈现典型的四分结构,总长度分别为154144和152671 bp,2种植物叶绿体基因组注释了包含83个编码蛋白、36个tRNA和8个rRNA在内的共127条基因,均检测到118个SSR位点。密码子偏好性分析显示,均有31个高频密码子,且都偏好以A/T结尾;与近缘种叶绿体基因组对比分析发现2种植物叶绿体基因组序列都高度保守;楠属植物叶绿体基因的Ka/Ks值基本小于1,rpl16基因在所有楠属基因组相互对比组合中为正选择,可能与楠属植物对环境的适应性有关。系统发育关系显示,楠属分为3个聚类组,崖楠与粗柄楠、白楠聚为一类;红毛山楠与粉叶楠、大果楠聚为一类;竹叶楠与楠属亲缘关系比润楠属更近。

落葵叶绿体基因组特征分析

【目的】落葵(Basella alba)为落葵科落葵属缠绕茎生草本植物,原产于中国和印度。植物叶绿体基因组遗传稳定,常被用于植物的鉴定及系统发育研究,旨在对落葵的叶绿体基因组进行特征分析。【方法】采用15对叶绿体基因组通用引物对落葵新鲜叶片提取的DNA进行扩增,并利用Illumina HiSeq X Ten平台进行测序,获得其叶绿体基因组序列。【结果】落葵叶绿体基因组全长156 533 bp,具有典型的四分体结构,包含83个编码蛋白基因、28个tRNA基因以及4个rRNA基因。检测到基因组中45个重复序列和263个简单重复序列,二核苷酸序列均为碱基AT/AT重复。密码子分析表明落葵叶绿体基因组密码子第三位碱基偏好使用A或U,综合中性绘图分析、ENC标准曲线分析、PR2-plot分析发现落葵叶绿体基因组密码子偏好性受自然选择因素为主的多种因素共同影响,符合落葵为双子叶植物的形态学分类结果。【结论】落葵与落葵薯叶绿体基因组高度相似,比较基因组学分析显示落葵与其他石竹目物种在反向重复区的收缩与扩张上存在差异。基于落葵在内的20种不同植物叶绿体基因组matK基因序列进行系统发育分析,结果表明落葵与其他落葵科植物处于同一进化分支,但其属间进化关系与形态学分类存在一定差异。研究结果为落葵科的资源分析及利用研究提供了理论基础。

黑果枸杞叶绿体基因组特征分析

为揭示黑果枸杞叶绿体基因组(cpDNA)特征及系统发育规律,采用二代测序技术对黑果枸杞叶绿体进行测序,并分析其基因组特征。结果表明:黑果枸杞cpDNA全长154979 bp,其中包括1个大单拷贝区LSC,长度为85984 bp,1个小单拷贝区SSC,长18205 bp和2个反向互补重复区(IRs,25395 bp)。共注释到125个基因,其中,81个蛋白编码基因(CDS),36个tRNA基因,8个rRNA基因。共检测到60个核苷酸重复序列,有5种核苷酸类型,其中单核苷酸重复最多,为38个,占总体数的63.33%,基因序列为A/T。密码子偏好性研究显示,黑果枸杞cpDNA偏好G或C碱基,其中编码亮氨酸(Leu)的密码子最多,为2154个,占总数的10.57%;编码半胱氨酸(Cys)的密码子最少,为219个。多态性分析结果显示,IR区域表现出最高的保守性,而高变区在SSC区;SSR位点在叶绿体基因组中分布不均,多态性较高。系统发育结果表明,宁夏枸杞和中国枸杞聚为一类,与黑果枸杞、非洲枸杞汇聚在一起形成姐妹分支,四者之间的遗传关系较近。

天南星科植物叶绿体基因组结构特征及系统发育分析:以天南星等20个物种为例

目的:天南星科植物资源丰富、分布广泛。研究天南星科植物叶绿体基因组特征,为天南星科的系统发育及进化研究提供依据。方法:本研究以GenBank数据库中获得的20条该科植物叶绿体全基因组序列为基础数据,利用REPuter、MISA、mVISTA和MAFFT等软件分析其重复序列、基因组差异、IR边界和系统发育等特征。结果:天南星科植物叶绿体基因组长度介于158521~175906 bp之间,共编码129~139个基因。在20个该科物种中,均检测出50条重复序列,正向重复和反向重复为主要类型,并鉴定出253~482个SSR位点,单核苷酸和二核苷酸重复居多。序列全局比对表明其非编码区的差异较大,并发现accD、ycf2和ycf1三个高度可变区。共线性分析可知,基因组序列同源性较高,只有一个物种发现重排或倒位现象。IR边界分析表明天南星科植物有一定保守性。所筛选的SSR位点和高度可变区可用于遗传多样性分析、物种鉴定和DNA条形码等。结论:本研究明确了天南星科物种的系统发育关系,为天南星科物种进化和遗传多样性研究提供了一定的科学依据。

华中樱叶绿体基因组特征与分子标记

【目的】组装华中樱叶绿体基因组并进行序列特征分析和分子标记初步鉴定。【方法】分别应用SPAdes、prodigal v2.6.3、hmmer v3.1b2及aragorn v1.2.38软件进行华中樱叶绿体基因组组装、基因编码区注释、r RNA和t RNA预测。应用OGDRAW软件进行叶绿体基因组图谱绘制。运用DNAMAN软件对26个樱亚属物种和华中樱的叶绿体基因组序列进行多重比对,人工检索华中樱特有的SNP和InDel位点。应用Codon W1.4.2和EMBOSS的cusp软件分析叶绿体基因组中基因的相对同义密码子使用度。【结果】华中樱叶绿体基因组大小为158 019 bp,其中小单拷贝区(Small single copy,SSC)、大单拷贝区(Large single copy,LSC)和反向重复区(Inverted repeat,IR)大小分别为19 247、85 910和52 862 bp,总GC含量为36.7%。华中樱叶绿体基因组共编码130个基因,包括8个核糖体RNA基因、37个转运RNA基因以及85个蛋白编码基因。序列中有SSR位点240个,其中单核苷酸重复位点153个,二核苷酸重复位点12个,三核苷酸重复位点63个,四核苷酸重复位点11个,六核苷酸重复位点1个。通过与另外26种樱亚属植物叶绿体基因组序列进行多重比对,鉴定了华中樱潜在的种特异性SNP位点29个,InDel标记8个。对密码子进行统计可知,该物种的66种密码子编码了21种氨基酸,其中RSCU> 1的密码子共有32个,有29个以A/U结尾,这些密码子结尾具有A/U偏好性。【结论】华中樱叶绿体基因组是典型的环状四分体结构,其与其他蔷薇科植物叶绿体基因组大小相近。挖掘了一批SSR、SNP和InDel标记,可为华中樱谱系地理学、群体遗传学和种间杂种鉴定等研究提供参考。

大泰竹叶绿体全基因组及系统进化分析

大泰竹(Thyrsostachys oliveri)是一种在东亚地区广泛分布的竹子,具有重要的生态和经济价值。为获取大泰竹的叶绿体分子生物学特性及明确其系统发育位置,本研究采用高通量测序技术对其叶绿体基因组进行了测序和组装,获得了完整的大泰竹叶绿体基因组序列,并对其进行基因组特征解析和系统发育分析。结果表明:(1)大泰竹的叶绿体基因组为一个典型的双环状结构,全长为139,454 bp,LSC区域的长度为82,986 bp,SSC区域的长度为12,878 bp,IR区域的长度为21,795 bp,全基因组的GC含量为38.90%,共编码了131个基因;(2)共检测到123个SSR位点,其中单核苷酸SSR最多,为102个,占总数的82.93%;(3)系统发育分析表明,大泰竹为禾本科竹亚科中的一个明确分支,与牡竹属(Dendrocalamus)的麻竹(D.latiflorus)和大叶慈(D.farinosus)亲缘关系较近。研究结果明确了大泰竹在竹类植物中的系统发育位置,同时可为竹类分类和鉴定提供新的分子依据。

河八王叶绿体基因组的结构特征与系统进化分析

河八王具有分蘖力强、抗倒伏、抗病能力强等优良性状,是甘蔗杂交育种的优良亲本。为了分析河八王在禾本科中的系统进化地位,采用第二代高通量测定技术对河八王的叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析其结构特征和系统进化关系。结果显示,河八王叶绿体基因组全长141218 bp,NCBI注册号为ON807673;具有2个反向重复序列IRA和IRB(22794 bp)、长单拷贝区(LSC,83095 bp)和短单拷贝区(SSC,12535 bp);具有103个蛋白质编码基因、8个r RNA和38个t RNA;具有114个SSR位点,三核苷酸重复类型最多,五核苷酸重复最少;系统进化表明,河八王与甘蔗属的甘蔗和甜根子草的亲缘关系最近。本研究结果为河八王种质鉴定和谱系地理分析提供了理论依据。

六倍体小麦(AABBDD)及其近缘种属野生二粒小麦和粗山羊草叶绿体SSR遗传差异研究

【目的】系统分析不同小麦种的细胞质基因组遗传差异,用以发掘和利用新的小麦种质资源。【方法】采用24个叶绿体基因组微卫星分子标记,对普通小麦(TriticumaestivumL.)、斯卑尔脱小麦(Triticum speltaL.)、密穗小麦(Triticum compactum Host.)和中国特有小麦(新疆稻麦T.petropavlavskyi、西藏半野生小麦T.tibetanum和云南铁壳麦T.yunnanense)等不同类型六倍体小麦(AABBDD)叶绿体基因组的遗传多样性进行比较分析。【结果】与普通小麦相比,斯卑尔脱小麦和西藏半野生小麦等群体内的叶绿体遗传变异更丰富,可以作为普通小麦新的细胞质遗传变异来源;与粗山羊草相比,野生二粒小麦与六倍体小麦间存在更近的亲缘关系,这与前人关于二粒小麦是六倍体细胞质供体的研究结果相印证;研究还发现,新疆稻麦与普通小麦在叶绿体基因组上具有很近的亲缘关系,为新疆稻麦是由波兰小麦与普通小麦杂交再由普通小麦回交后产生的假说提供了分子水平上的证据。【结论】斯卑尔脱小麦和西藏半野生小麦等群体内的叶绿体遗传变异比普通小麦更丰富;野生二粒小麦与六倍体小麦以及新疆稻麦与普通小麦之间具有很近的亲缘关系,为不同小麦种的遗传差异提供依据。

烟草叶绿体基因组和线粒体基因组SSR位点分析

利用生物信息学方法对烟草叶绿体和线粒体基因组数据中的SSR信息进行了分析。结果表明,在叶绿体和线粒体基因组中分别获得186和578个SSR位点,SSR间的平均距离分别为838bp和745bp。在SSR的分布区域上,绝大多数SSR位点分布在UTR(尤其是5′UTR)区域;在SSR重复碱基类型上,主要集中在二、三碱基重复,二者占总SSR位点的90%以上,其中三碱基重复类型丰度最高。利用全部657对SSR引物在供试的10份烟草材料中进行扩增,发现所有引物均能获得目的片段,但在普通烟草内品种间并未检测到多态性,而在烟草种间有26对叶绿体基因组SSR引物和178对线粒体基因组SSR引物扩增出多态性条带,表明来源于烟草叶绿体基因组和线粒体基因组的SSR标记适合用于烟草种间进化、分类、遗传多样性等方面研究。

基于cpSSR分子标记的香蕉种质资源分类

应用cpSSR分子标记来研究香蕉种质资源分类，用筛选到的16对多态性引物对42份香蕉材料进行扩增．共检测出86个多态性条带，每对引物产生的多态性条带为2～8，平均为5．5，多态信息含量为0．1889～0．7805。在相似系数为0．76时，供试的42份香蕉材料分成3大类群：类群Ⅰ为M.acuminata的全部亚种和供试的所有栽培蕉品种；类群Ⅱ为供试的全部M.balbisiana材料；类群Ⅲ为除了M.acuminata和M.balbisiana外其他全部供试的野生蕉材料。结果表明基于cpSSR分子标记的香蕉种质资源的分类在种间具有较好的区分能力，但是cpSSR分类表现出较大的地理分布的相关性，而与形态特征关系不密切。

猕猴桃属植物的cpSSR遗传多样性及其同域分布物种的杂交渐渗与同塑

同域分布的近缘物种常常发生杂交而导致种间基因渐渗,从而对相关物种的自然居群遗传结构产生重要影响,近缘种间的杂交渐渗已成为进化生物学和保护生物学关注的热点。本研究采用8对cpSSR引物对我国西部高原台地向中东部丘陵平原过渡地带同域重叠分布的猕猴桃属(Actinidia)7个物种的自然居群遗传多样性、居群遗传结构和同域分布种间遗传分化进行了检测。结果表明:(1)在6个多态性位点检测到18个等位基因形成的42个单倍型,尽管各单倍型间显示了复杂的网状进化关系,但还是具有明显的物种特异性;(2)各物种有丰富的cpSSR遗传多样性,但种间存在较大差异,绵毛猕猴桃(Actinidia fulvicoma var.lanata)的遗传多样性水平最高(P=62.50%,hT=0.173,HT=0.897),美味猕猴桃(A.deliciosa)的最低(P=37.5%,hT=0.041,HT=0.516);(3)尽管不同物种的居群分化程度存在较大差异,但种内居群间存在明显分化(GST为0.319-0.780,FST为0.401-0.695),居群间的基因流不足(Nm为0.219-0.747<1);其中以美味猕猴桃的居群遗传分化度最高(GST=0.780,FST=0.695);(4)遗传分化系数GST(unordered alleles)与NST(ordered alleles)无显著差异,揭示本研究的大多数猕猴桃属物种不存在系统地理结构,与用Mantel检验得出的居群遗传距离和地理距离不存在显著性相关的结果一致;(5)除了中华/美味猕猴桃复合体(A.chinensis/A.deliciosa complex)的湖北五峰(HW)和广西资源(GZ)两个同域复合居群外,同域分布的物种间遗传分化强烈(FST为0.476-0.990),与UPGMA聚类时多数居群按各自物种聚类的结果一致。进一步分析表明,中华/美味猕猴桃复合体近缘种间存在明显的共祖多态性和杂交渐渗现象,近缘种植株分布的交错程度以及是否存在亚居群结构对杂交渐渗存在着重要影响。亲缘关系较远的物种间杂交渐渗事件稀少,但存在个别同塑事件。本研究结果有助于进一步了解猕猴桃属植物自然居群cpDNA的遗传特性和渐渗杂交进化模式,为我国猕猴桃野生种质资源保育及可持续开发利用提供基础数据和科学依据。

K、V、T型小麦细胞质雄性不育系叶绿体DNA的SSR分析及RuBP羧化酶活性比较

为了探讨小麦细胞质雄性不育(CMS)与叶绿体DNA(cpDNA)的关系,揭示CMS机理。以2套K、V、T型同核异质不育系(A)及其保持系(B)‘太911289’和‘冀5418’、育性恢复的F_1和各自的质供体粘果山羊草(Aegilops kotschyi)、偏凸山羊草(Aegilops ventricosa)、提莫菲维小麦(Triticum timopheevii)为试验材料,利用cpSSR引物对小麦cpDNA进行比较分析,筛选出代表不同胞质不育系的引物,探讨CMS与叶绿体的关系;同时测定由叶绿体DNA与核DNA共同编码的RuBP羧化酶的活性,为小麦K、V、T雄性不育类型的应用提供理论依据。结果表明:(1)K型、V型、T型不育系与保持系的cpDNA之间均呈现多态性,且不同的细胞质之间存在特异片段,这从DNA水平上提供了3类不育系胞质来源不同的证据,并分别找到5对和7对可以鉴定V型和T型不育系的特异引物。(2)除K型‘冀5418’与其胞质供体的cpDNA出现差异外,不育系与其胞质供体的cpDNA没有差异,而且不育系与其育性恢复的F_1代cpSSR扩增片段之间也没有差异,很好地遗传了其母本性状。(3)在起身期和开花期,不仅2套不育系的RuBP羧化酶活性显著高于保持系,且在不育系与恢复系杂交的F_1中,随着育性的恢复其RuBP羧化酶活性高于保持系而低于各自不育系;而在拔节期的不育系与保持系之间、不育系之间、以及F_1代与不育系和保持系之间的RuBP酶活性大小没有显著差异。这可能与拔节期主要是营养生长有关系。

基于叶绿体SSR单倍型分析普通杏演化关系

为了研究普通杏的起源和不同品种群间的演化关系,以梅为组外对照,利用9对叶绿体SSR引物检测了来自不同品种群或野生类型的58份普通杏种质资源单倍型变化,并对单倍型网络演化进行了分析。共检测到22个等位基因,组成15个单倍型。普通杏以单倍型H01、H02和H03为优势单倍型,出现的频率分别为41.38%、17.24%和15.52%。除华南品种群外,其他品种群的栽培杏均以优势单倍型为主;西北地区的普通杏仅有单倍型H01、H02和H03,而新疆伊犁河谷的野生普通杏仅有2种单倍型H01和H02。同时,在东北品种群、华南品种群和西南地方品种中检测的单倍型数目均多于主栽产区。进一步对这些单倍型进行系统进化分析和网络图分析,发现所有单倍型可分为以H02为中心和以H01、H03为中心的2支,单倍型H01、H02位于网络图的中心。普通杏的叶绿体基因组进化较为保守,仅在较少部位产生了序列变异。在普通杏扩散过程中,边缘地区的种质资源不仅在基因组上存在着较多的基因渗透现象,而且其本身的基因组序列也产生了较多的适应性变异。

柑橘体细胞胞质遗传及叶绿体SSR引物开发

以38个组合的柑橘体细胞杂种（或胞质杂种）为试验材料,综合应用RFLP、CAPS和cpSSR分子标记技术,对这些杂种的线粒体和叶绿体遗传组成进行了分析;同时对试验技术体系进行了完善与拓展,开发了柑橘叶绿体SSR标记;并对柑橘愈伤组织长期继代保存过程中胞质基因组遗传变异进行了分析,主要结果如下：

叶菜型甘薯叶绿体基因组及其特征分析

为探明叶菜型甘薯叶绿体基因组特征及其与番薯属植物的亲缘关系,以叶菜型甘薯‘福菜薯18号’为试验材料,利用BGISEQ-500平台和Oxford Nanopore Technologies单分子测序技术对全基因组进行建库测序,并组装其叶绿体基因组.结果显示:叶菜型甘薯叶绿体基因组全长161387 bp,具有典型的环状四分体结构,其大单拷贝区(large single copy,LSC)、小单拷贝区(small single copy,SSC)和2个反向重复序列(inverted repeat,IR)的长度分别为87597,12052和30869 bp.注释共得到132个基因,包含87个蛋白编码基因,8个rRNA基因,37个tRNA基因.在叶菜型甘薯叶绿体基因组中共搜索到54个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基序个数分别为32,4,3,11,2和2个.系统进化分析表明,叶菜型甘薯与甘薯四倍体野生种Ipomoea tabascana和二倍体野生种Ipomoea trifida具有较近的亲缘关系.

彩色花椰菜叶绿体全基因组特征分析

使用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台测序组装白色、紫色、橙色、淡绿色4种花椰菜叶绿体全基因组,分析结果显示,花椰菜叶绿体基因组全长为153 364 bp(淡绿色)和153 366 bp(白色、紫色、橙色),由4个区域组成,包括1个88 136~88 138 bp的长单拷贝区(LSC)、1个17 834~17 835 b的短单拷贝区(SSC)以及2个26 196~26 197 bp的反向重复(IRa/IRb),4种花椰菜叶绿体基因组均注释132个基因,包括87个蛋白编码基因、37个tRNA和8个rRNA。有19个基因在IR区重复;平均总GC含量均为36.36%;共有67种密码子编码24种氨基酸,32个密码子的使用频率(RSCU)大于1.00,偏向于以A或U结尾的同义密码子占90.6%,系统发育分析表明,花椰菜和甘蓝亲缘关系最近,它们与芥菜和欧洲油菜聚为一大类。

三倍体茶树‘西莲1号’叶绿体基因组特征及系统发育分析

三倍体茶树品种‘西莲1号’是桑植白茶产业发展的主推品种,与湖南现有茶树品种相比具有很强的特异性。为揭示‘西莲1号’的分类和演化地位,项目采用叶绿体(Chloroplast,cp)全基因组测序技术进行了‘西莲1号’全基因组测序,并对其所有的SSR标记进行了开发与筛选。结果表明:(1)‘西莲1号’叶绿体基因组全长为157038 bp,GC含量为37.30%,为一个四分体结构,包括1个大的单拷贝(LSC)、一个小的单拷贝(SSC)和一对反向重复序列(IR),长度分别为86612 bp、18282 bp和26072 bp。cpDNA共注释得到132个基因,其中unigenes有114个,包含80个编码基因,30个tRNA基因和4个rRNA基因。(2)共鉴定出245个简单序列重复(SSR),通过筛选有15个SSR具有较高的多态性。获得了cpDNA基因组20个氨基酸的偏好密码子,‘西莲1号’密码子偏好以A/T碱基结尾。(3)基因选择压力分析表明,与茶组其他资源相比,6个基因(accD、ndhC、petB、rpl16、rpoC1、rpoC2)可能处于正选择状态。(4)基于叶绿体基因组序列构建了基于22份茶组植物的系统发育树,聚类结果显示‘西莲1号’与其他栽培型茶树品种(Camellia sinensis var.sinensis)处于系统发育树的末端,属于进化的茶树资源类型。

江西铅山红芽芋叶绿体基因组特征及系统发育分析

为分析江西铅山红芽芋叶绿体基因组的结构组成情况,判定其在芋属中的进化位置及与同芋属叶绿体基因组的区别,为芋属物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护提供相关依据。使用Illumina NovaSeq 6000测序平台对江西铅山红芽芋叶绿体基因组进行测序,通过生物信息学分析方法进行序列组装、注释和特征分析,并利用Geneious、MISA、MAFF、FASTTREE、CUSP、Chips和Codon W等生物信息学软件对其基因组结构和数目、密码子偏好性、序列重复、SSR位点和系统发育进行分析。结果表明,江西铅山红芽芋叶绿体基因组大小为16 2544 bp,呈现四分体结构。共包含130个基因,其中84个编码蛋白质的基因,37个t RNA基因,8个核糖体rRNA基因,1个假基因。通过密码子偏好性分析,平均有效密码子数为45.60,ENC值小于45的基因39个,说明其密码子偏好性强。通过SSR分析,检测到101个SSR位点,其中单核苷酸重复最多(约占83.17%),且单核苷酸以A/T型为主。与近缘种比较,发现其叶绿体基因组序列高度保守,尤其蛋白质编码序列相似度极高。此外,系统发育分析发现江西铅山红芽芋与芋属、岩芋属聚为一支。本研究得到了江西铅山红芽芋的叶绿体基因组基本情况与系统发育位置,为江西铅山红芽芋的物种辨别、天然种群遗传多样性与功能基因组学提供前期研究铺垫。