利用蛋白质同源性搜索检验细菌预测基因的起始位点

细菌基因组中基因密度高、结构相对简单,基因预测可以达到较高的准确度。细菌基因预测的一个重要问题是难以准确判断基因起始位点,目前应用最广的基因组自动注释方法给出的结果中,占总数约1/5的基因的起始位点有分歧,尚无利用基因结构的统计特征改进起始位点预测的有效方法。通过蛋白质同源性搜索,为推断起始位点提供新的线索。对氧化葡萄糖酸杆菌Gluconobacter oxydans 621H全基因组的分析表明,这种方法可以实质性改善起始位点预测结果。

应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证

大鼠已公布的microRNA(miRNA)数量明显少于小鼠及人miRNA的数量.本文采用同源搜索的计算方法预测大鼠新的miRNA.从miRBase数据库中下载已知动物的pre-miRNAs,在UCSC数据库中对大鼠的全基因组序列进行了Blat分析,并根据miRNAs的筛选标准,获得45条新的大鼠miRNAs;随后随机选取其中的9条新miRNAs进行RT-PCR实验验证,发现大部分miRNAs在脑、心、肺、肾、肌肉、脾、睾丸和肝8种组织中均有表达.在此基础上,对预测的新miRNAs进行了miRNA成簇分析和miRNA基因家族分析.

一起由肠道病毒CoxB4引起的手足口病聚集性疫情的病原学鉴定及其基因型分析

目的:对引起一起手足口病聚集性疫情的未分型肠道病毒进行病原学鉴定,并分析其基因型。方法:对采集的标本用Real-time PCR方法检测肠道病毒核酸,并选取其中通用阳性,EV71和CoxA16阴性的标本用自行设计长距离PCR通用引物进行两步法RT-PCR,将得到的PCR产物进行测序,将所得序列在GenBank中进行同源性搜索以确定是何种血清型肠道病毒,同时选取部分标本进行全序列的测定并构建分子系统树,从而确定引起本次手足口肠道病毒为何种基因型。结果:34份标本经Real-time PCR检测,19份标本肠道病毒核酸通用阳性,EV71阴性和COX16阴性,选取其中的10份测定其VP1区序列,经同源性搜索确定为肠道病毒CoxB4,且10标本的序列同源性均在99%以上。全序列测定结果与其他CoxB4进行系统发生分析显示,本次分离到的CoxB4属于第VIII类基因型。结论:引起本次手足口病聚集性病例的病原为肠道病毒CoxB4,第VIII类基因型。