副粘病毒Tianjin株NP蛋白的表达及分析

1999年，本实验室从群体性暴发的急性呼吸道感染致死的普通棉耳绒猴肺组织中分离到一株副粘病毒，命名为副粘病毒Tianjin株。经研究发现该动物中心的工作人员都有此病毒抗体，且正常人群（献血员）抗体阳性率高达46％，急性呼吸道感染的患儿抗体阳性率为19．28％，提示此病原体与人类可能有密切的关系。经血清学、形态学及基因测序研究，表明副粘病毒Tianjin株与仙台病毒（Sendai virus，SeV）同源性较高，

副粘病毒Tianjin株NP蛋白的表达及分析

目的分析副粘病毒Tianjin株NP蛋白与其他SeV的同源性及种系进化关系,探讨其变异及抗原性。方法克隆NP基因,对其核苷酸和氨基酸序列进行同源性及进化分析。在原核系统中分3段表达NP蛋白。结果经Western blot分析,重组蛋白NP1、NP2和NP3能与副粘病毒Tianjin株抗血清特异反应,具有天然抗原性。Tianjin株与仙台病毒BB1株NP的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为94.5%和96.2%,与其他仙台病毒的同源性,在85.1%～88.7%和92.4%～94.7%之间。Tianjin株NP蛋白共有15个独特的氨基酸变异位点和11个与BB1株共有的变异位点。Tianjin株与BB1株NP核苷酸序列的差异大于同一进化分支内的仙台病毒之间的差异。结论副粘病毒Tian-jin株属于仙台病毒新的进化分支。重组NP蛋白具有抗原性。

小麦BES1转录因子全基因组鉴定与分析

为了解小麦中BES1基因家族功能,根据已公布的小麦基因组信息(IWGSC v1.1),对小麦BES1基因家族进行全基因组鉴定。根据已报道的BES1基因,采用同源比对法检索小麦基因组中的BES1家族基因,pfam鉴定并进行编号,通过ExPASy Proteomics Server预测小麦BES1氨基酸序列的基本信息,利用Cell-PLoc进行亚细胞定位预测,采用MEGA 7软件构建进化树,利用R软件包pheatmap绘制启动子的热图和circlize绘制同源关系图谱。结果表明,小麦共有15个BES1基因,被分为4组;小麦BES1编码的蛋白质等电点为8.13~9.4,不稳定指数为50.78~69.99;小麦BES1启动子区域一共含有838个顺式元件,471(56.2%)个与生长发育有关,201(24%)个与非生物/生物胁迫有关,166(19.8%)个与激素反应有关;与普通小麦相关的同源物共52对,有13对(25%)旁系同源物和39对(75%)直系同源物。表明小麦BES1基因家族包括15个成员,全部为碱性蛋白质和不稳定蛋白质,小部分(13对25%)来源于自身的进化,大部分(39对75%)来源于3种亚基因组供体小麦。

北京脓毒症患儿血清中发现的3型人副肠孤病毒的全基因组序列分析

3型人副肠孤病毒(Human parechovirus 3,HPeV3)是2004年发现的与儿童脓毒症密切相关的一种病原体。HPeV基因组是不分节段的单股正链线性RNA。测定其全基因组序列有助于了解北京儿科患者中流行的HPeV3的遗传背景和进化地位。方法采用将一名脑脊液和血清中HPeV3核酸检测均为阳性的脓毒症患儿(编号:BJC3174)的血清标本接种到细胞后从培养上清中检测到HPeV3核酸,随后分段扩增HPeV3BJ-C3174株的全基因组序列,并进行序列测定、拼接及分析。结果表明BJ-C3174株基因组全长(未包括3′末端的PolyA尾)7 329个核苷酸(nt),其中5′和3′编码区(UTR)分别长707nt和91nt,编码区长6 531nt,可编码一个长为2 177个氨基酸的多聚蛋白。BJ-C3174病毒株与已发表的HPeV3型病毒株位于同一进化分枝,而与HPeV8、HPeV6和HPeV1等型别进化距离较远。BJ-C3174株与德国HPeV3BONN-2株亲缘关系最为密切,两者核苷酸相似性达到99.3%,氨基酸相似性达到99.8%,均高于其与HPeV3原型株A308/99的相似性(89.6%和98.6%)。各基因片段中,BJC3174株均与BONN-2株相似性最高,核苷酸和氨基酸相似性分别达到98.3%和99.3%以上。未发现BJ-C3174株存在基因重组现象。

肠道病毒71型宁波分离株全基因组特征研究

目的:研究2010年肠道病毒71型宁波分离株的全基因组序列特征。方法:收集宁波市手足口病患者的粪便标本进行特异性荧光定量RT-PCR鉴定,EV71阳性标本进行病毒分离和全基因组序列的测定。结果:2010NB65株全长7406 bp,与参考株EV71相比编码区没有核苷酸的缺失和插入。2010NB65株与2008年-2010年中国大陆EV71流行株的各区段核苷酸和氨基酸同源性均较高,分别为94.1%～98.8%和97.6%～100%;与A型和CoxA16核苷酸同源性较低,分别为75.0%～82.4%和63.0%～85.4%。VP1和全基因组亲缘进化分析表明,2010NB65株属于C4基因亚型的C4a进化分支,与浙江株、阜阳株、北京株亲缘关系近。2010NB65株P2、P3区与CoxA16的进化途径相近。结论:宁波市HFMD患者粪便中分离得到EV71属于C4基因亚型的C4a进化分支,与我国其他地区的EV71存在共同进化趋势,全基因组序列提供了完整的分子生物学背景,为EV71病毒性疾病的防控提供参考价值。