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万寿菊番茄红素β-环化酶基因及其启动子克隆和功能分析 被引量:3
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作者 张春玲 王尼慧 +2 位作者 王宁乐 包满珠 何燕红 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第24期4779-4789,共11页
【目的】克隆万寿菊番茄红素β-环化酶基因和其启动子,进行生物学信息分析,并预测启动子功能,为万寿菊类胡萝卜素的代谢机制和叶黄素含量的调控提供参考依据。【方法】通过RT-PCR技术从万寿菊总RNA中克隆得到TeLCYb的cDNA序列;应用生物... 【目的】克隆万寿菊番茄红素β-环化酶基因和其启动子,进行生物学信息分析,并预测启动子功能,为万寿菊类胡萝卜素的代谢机制和叶黄素含量的调控提供参考依据。【方法】通过RT-PCR技术从万寿菊总RNA中克隆得到TeLCYb的cDNA序列;应用生物学方法分析其DNA序列及其编码蛋白质序列特征,使用DNAMAN和在线软件Box Shade对其氨基酸序列同源性比对分析,并利用MEGA6.0构建进化树,分析其亲缘关系;根据其cDNA序列利用FPNI-PCR法克隆其启动子序列,利用Plant Care在线数据库分析万寿菊TeLCYb启动子调控元件,构建启动子缺失表达载体pTeLCYb(-1969)∷GUS和pTeLCYb(-1140)∷GUS,利用农杆菌介导法侵染烟草,以GUS为报告基因研究不同调控元件的活性。【结果】从万寿菊中成功克隆TeLCYb,生物信息学分析发现,其全长共1 865 bp,开放阅读框为1 527 bp,编码508个氨基酸,氨基酸序列同源比对结果表明其与西洋蒲公英和菊花的同源性最高,且具有LCYb蛋白质特有的保守功能位点和特征多肽序列,在进化上与菊科单独聚为一枝。在已知基因序列的基础上获得长度为1 806 bp的TeLCYb启动子序列,生物学信息分析表明:该启动子除包含核心启动子元件TATA-box、CAAT-box外,还含有多种光应答元件和激素响应元件,其中光响应元件有13个,激素响应元件有5个,此外还具有MYBHv1结合位点元件、耐热响应元件、生理调控作用元件等顺式调控元件。GUS化学组织染色结果显示不同长度启动子均能够驱动GUS在茎、叶、花药及柱头中表达,但不同组织GUS染色蓝色斑点深度不同,其中花器官中花药和柱头中GUS酶活性最强;相对于启动子pTeLCYb(-1969),pTeLCYb(-1140)启动子还能够驱动GUS在根、叶和花萼中特异性表达,且各组织中GUS酶活性明显强于启动子pTeLCYb(-1969)的GUS化学组织染色结果。【结论】不同长度TeLCYb启动子均能驱动下游GUS的表达,但启动子的作用部位和作用强度存在差异,推测在ATG上游1 140 bp和164 bp区间的光响应元件可能具有增强子的功能,而全长启动子特有的激素响应元件和热响应元件可能具有抑制或降低启动子功能的作用。 展开更多
关键词 万寿菊 番茄红素β-环化酶基因 启动子 启动子功能分析
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ERCC6基因启动子区-6530C→G单核苷酸多态性的功能性分析
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作者 林忠宁 凌文华 +1 位作者 Baitang Ning Fred K Kadlubar 《毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第A03期207-207,共1页
关键词 切除修复交叉互补6基因 单核苷酸多态性 启动子功能分析
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魔芋GDP-甘露糖焦磷酸化酶基因及其启动子的克隆与分析 被引量:4
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作者 李鹏佳 焦茂娟 +1 位作者 王启军 苏承刚 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期14-22,共9页
以花魔芋和白魔芋为材料,通过魔芋5个转录组高通量测序数据库,与拟南芥进行tBlastn比对、拼接,得到魔芋中的GDP-甘露糖焦磷酸化酶基因GMP的推定全长,设计基因特异性引物,克隆得到魔芋GMP基因的部分cDNA序列,长度为1 233 bp,其中基因编... 以花魔芋和白魔芋为材料,通过魔芋5个转录组高通量测序数据库,与拟南芥进行tBlastn比对、拼接,得到魔芋中的GDP-甘露糖焦磷酸化酶基因GMP的推定全长,设计基因特异性引物,克隆得到魔芋GMP基因的部分cDNA序列,长度为1 233 bp,其中基因编码区长度为1 086 bp,编码的氨基酸为361个.在此基础上运用FNPI-PCR技术得到了魔芋GDP-甘露糖焦磷酸化酶基因GMP上游启动子2 116 bp,经生物信息学分析,该序列具有典型的TATA-box、 CAAT-box及与胁迫相关的元件和光应答元件. 展开更多
关键词 魔芋 GDP-甘露糖焦磷酸化酶 启动子克隆与功能分析
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玉米泛素连接酶U-box基因家族的全基因组鉴定及表达分析 被引量:1
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作者 陈曙 张彧 +1 位作者 陈卓 金辉 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第3期481-490,共10页
【目的】U-box基因家族广泛存在于植物基因组中,能够编码泛素蛋白酶体系中特异性识别底物的泛素E3连接酶,调控蛋白的修饰和降解,对玉米的生长发育及逆境胁迫应答调控中起着重要作用,因此鉴定玉米U-box基因家族成员及进行基因功能研究具... 【目的】U-box基因家族广泛存在于植物基因组中,能够编码泛素蛋白酶体系中特异性识别底物的泛素E3连接酶,调控蛋白的修饰和降解,对玉米的生长发育及逆境胁迫应答调控中起着重要作用,因此鉴定玉米U-box基因家族成员及进行基因功能研究具有重要意义。【方法】通过玉米全基因组数据库,利用一系列生物信息学工具对玉米U-box基因家族成员进行鉴定和功能分析。【结果】玉米U-box基因家族共鉴定筛选出76个成员,在玉米全基因组1~10号染色体上均有分布,氨基酸数目大小为94~1353 aa,蛋白等电点数值差距较大,从4.86到8.29不等。基因结构分析结果显示各成员间含有内含子数目不等,其中玉米U-box家族76个成员中共有28个基因无内含子,仅含有1个外显子,占玉米U-box基因总数的36.8%,表明这些基因进化可能源于转座子机制。系统进化分析结果显示水稻、拟南芥、玉米U-box基因分布在亚家族Ⅰ~Ⅸ中,其中亚家族Ⅳ中不含水稻、拟南芥U-box成员,仅含有2个玉米基因ZmPUB41和ZmPUB53,暗示了玉米在历史进化过程中在发生了多次家族基因扩增的同时也经过片段快速变异过程。启动子功能预测分析发现玉米U-box基因在玉米光合作用、植物激素应答以及逆境胁迫等方面发挥相应作用。基因组织表达分析显示玉米U-box基因表达特异性明显,主要在种子的组成型器官中表达,暗示了目标基因可能参与了种子的形成或萌发过程。部分基因如ZmPUB12、ZmPUB18、ZmPUB30、ZmPUB40、ZmPUB75仅在花粉中检测出有表达量,说明其可能参与了玉米花粉粒的形成或受精过程。【结论】玉米U-box基因在玉米的光合作用、生长发育以及逆境胁迫应答等生理活动中发挥了重要作用,为后续对玉米U-box基因功能、蛋白代谢和信号转导等重要调控网络研究提供了理论基础。 展开更多
关键词 玉米 泛素U-box基因家族 生物信息学 启动子功能分析 基因表达
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Functional analysis of a cotton glucuronosyltransferase promoter in transgenic tobaccos 被引量:4
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作者 Ai-Min Wu Shi-You Lv Jin-Yuan Liu 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2007年第2期174-183,共10页
The 5' fragment (1 647 bp) of the cotton glucuronosyltransferase gene (GhGlcAT1) was transcriptionally fused to the β-glucuronidase (GUS) gene, and functionally analyzed for important regulatory regions contro... The 5' fragment (1 647 bp) of the cotton glucuronosyltransferase gene (GhGlcAT1) was transcriptionally fused to the β-glucuronidase (GUS) gene, and functionally analyzed for important regulatory regions controlling gene expression in transgenic tobacco plants. GUS activity analysis revealed that the full-length promoter drives efficient expression of the GUS gene in the root cap, seed coat, pollen grains and trichomes. Exposure of the transgenic tobacco to various abiotic stresses showed that the promoter was mainly responsive to the sugars (glucose and sucrose) as well as gibberellic acid. Progressive upstream deletion analyses of the promoter showed that the region from -281 to +30 bp is sufficient to drive strong GUS expression in the trichomes of shoot, suggesting that the 311 bp region contains all cis-elements needed for trichome-specific expression. Furthermore, deletion analysis also revealed that the essential cis-element(s) for sucrose induction might be located between -635 and -281 bp. In addition, sequence analysis of the regulatory region indicated several conserved motifs among which some were shared with previously reported seed-specific elements and sugarresponsive elements, while others were related with trichome expression. These findings indicate that a 1 647-bp fragment of the cotton GhGIcAT1 promoter contains specific transcription regulatory elements, and provide clues about the roles of GhGIcAT 1 in cotton fiber development. Further analyses of these elements will help to elucidate the molecular mechanisms regulating the expression of the GhGlcAT1 gene during fiber elongation. 展开更多
关键词 GLUCURONOSYLTRANSFERASE COTTON sugar-induced expression regulatory elements promoter activity transgenic tobacco
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Molecular cloning of promoter in human fibrinogenlike protein 2 (hfgl2) gene and functional analysis of its sequence
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作者 MEI FANG RAN YAO YONG ZHOU +3 位作者 DONG XI WEI MING YAN XIAO PING LUO QIN SING 《Journal of Microbiology and Immunology》 2006年第4期258-264,共7页
The aim of this study is to investigate the important regulative elements region which plays an important role on the activation of transcription exerted by the 5' noncoding region of hfgl2 gene in response to HBc... The aim of this study is to investigate the important regulative elements region which plays an important role on the activation of transcription exerted by the 5' noncoding region of hfgl2 gene in response to HBc and HBx. A series of promoter luciferase report plasmids, in which the hfgl2 gene has been deleted of the 5' and retained the common 3', were constructed. All the plasmids constructed were subjected to electrophoretic analysis and DNA sequencing. A eukaryotic construct expressing HBc or HBx, a luciferase reporter construct containing hfgl2 promoter and aβ-galactosidase (β-gal) plasmid were co-transfected into Chinese hamster ovary (CHO) cells and hepG2 cells, respectively. Luciferase report plasmids containing hfgl2 promoter were successfully constructed, and a serial assays of deletion of hfgl2 gene promoter showed that a strong regulatory region from -817 to -467 (relative to the transcription start site) was responsible for transcription and expression regulation of hfgl2 gene. The important regulative elements region in the promoter of hfgl2 gene was in response to HBc and HBx. which contributes to further pursuit of cis-acting elements and transcriptional factors involved in the transcription of hfgl2 gene. 展开更多
关键词 Fulminant hepatitis Fibrinogen-like protein 2 hfgl2)/fibroleukin Gene regulation Luciferase
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