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吴茱萸属4种药用植物的叶绿体基因组比较与系统发育分析
1
作者
张万祥
刘浩
+1 位作者
王龙
张水寒
《中医药导报》
2023年第6期44-50,65,共8页
目的:明确楝叶吴萸、臭辣吴萸、吴茱萸和石虎4种药用植物叶绿体基因组特征与系统发育关系,为吴茱萸药材的分子鉴定提供依据。方法:使用CTAB法提取叶片总基因组DNA,通过Illumina NovaSeq 6000平台测序,再用SPAdes软件组装叶绿体基因组序...
目的:明确楝叶吴萸、臭辣吴萸、吴茱萸和石虎4种药用植物叶绿体基因组特征与系统发育关系,为吴茱萸药材的分子鉴定提供依据。方法:使用CTAB法提取叶片总基因组DNA,通过Illumina NovaSeq 6000平台测序,再用SPAdes软件组装叶绿体基因组序列,利用condonW、REPuter、mVISTA等软件进行序列特征分析并构建ML系统发育树。结果:4种吴茱萸属植物叶绿体基因组为典型的四分体结构,基因组大小在158563~158762 bp之间,总GC含量为38.34%~38.37%。均注释到134个编码基因,包括89个蛋白编码基因(PCGs),37个tRNA基因和8个rRNA基因。共检测到79~98个简单重复序列(SSR)和35~41个长重复序列。叶绿体基因组比较分析表明4个物种的反向重复区(IR)边界存在差异,单拷贝区(SC)比IR区表现出更高的变异性,筛选出了trnS-trnG、ycf4-cemA和psbM-trnA等10个高多样性片段,这些片段可用于吴茱萸属物种鉴定和系统发育研究。系统发育分析结果表明,吴茱萸与石虎聚为一支,楝叶吴萸和臭辣吴萸聚为一支,且这两支互为姊妹关系。结论:本研究为芸香科植物的分类、系统发育和分子育种等研究提供了有价值的遗传信息。
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关键词
吴朱萸属
芸香科
楝叶吴
萸
臭辣吴
萸
吴茱
萸
石虎
叶绿体基因组
系统发育
物种鉴定
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题名
吴茱萸属4种药用植物的叶绿体基因组比较与系统发育分析
1
作者
张万祥
刘浩
王龙
张水寒
机构
湖南中医药大学
湖南省中医药研究院
中国药科大学
出处
《中医药导报》
2023年第6期44-50,65,共8页
基金
2017年中医药公共卫生服务补助专项“全国中药资源普查项目”(财社〔2017〕66号)
中央本级重大增减支项目(2060302)
湖南省中医药科研计划项目(2021052)。
文摘
目的:明确楝叶吴萸、臭辣吴萸、吴茱萸和石虎4种药用植物叶绿体基因组特征与系统发育关系,为吴茱萸药材的分子鉴定提供依据。方法:使用CTAB法提取叶片总基因组DNA,通过Illumina NovaSeq 6000平台测序,再用SPAdes软件组装叶绿体基因组序列,利用condonW、REPuter、mVISTA等软件进行序列特征分析并构建ML系统发育树。结果:4种吴茱萸属植物叶绿体基因组为典型的四分体结构,基因组大小在158563~158762 bp之间,总GC含量为38.34%~38.37%。均注释到134个编码基因,包括89个蛋白编码基因(PCGs),37个tRNA基因和8个rRNA基因。共检测到79~98个简单重复序列(SSR)和35~41个长重复序列。叶绿体基因组比较分析表明4个物种的反向重复区(IR)边界存在差异,单拷贝区(SC)比IR区表现出更高的变异性,筛选出了trnS-trnG、ycf4-cemA和psbM-trnA等10个高多样性片段,这些片段可用于吴茱萸属物种鉴定和系统发育研究。系统发育分析结果表明,吴茱萸与石虎聚为一支,楝叶吴萸和臭辣吴萸聚为一支,且这两支互为姊妹关系。结论:本研究为芸香科植物的分类、系统发育和分子育种等研究提供了有价值的遗传信息。
关键词
吴朱萸属
芸香科
楝叶吴
萸
臭辣吴
萸
吴茱
萸
石虎
叶绿体基因组
系统发育
物种鉴定
Keywords
Evodia
Rutaceae
Lianyezhuyu(Tetradium glabrifolium)
Choulazhuyu(Evodia fargesii Dode)
Wuzhuyu(Euodia rutaecarpa)
Shihu(Euodia rutaecarpa var.officinalis)
chloroplast genome
phylogenetic
species identification
分类号
R282.5 [医药卫生—中药学]
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作者
出处
发文年
被引量
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1
吴茱萸属4种药用植物的叶绿体基因组比较与系统发育分析
张万祥
刘浩
王龙
张水寒
《中医药导报》
2023
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