靶向高通量测序技术(tNGS)在下呼吸道感染病原体检测中的诊断价值

目的探讨靶向高通量测序(Targeted Next-generation Sequencing,tNGS)对下呼吸道感染病原体检测的优势及指导治疗作用。方法选取2022年1月—2023年12月广西梧州人民医院收治的295例疑似下呼吸道感染患者为研究对象,所有患者均行痰或肺泡灌洗液tNGS与传统病原学检测(Traditional Pathogen Testing,CMTs),以CMTs为金标准,分析tNGS的灵敏度、准确度、特异度、阳性预测值及一致性。结果295例疑似下呼吸道感染患者的检出结果显示,tNGS检测的阳性检出结果为290例,CMTs的阳性检出结果为289例。tNGS的灵敏度为99.31%,准确度为98.98%,特异度为80.00%,阳性预测值为99.65%。kappa值为0.722,提示两种检测方法具有较高的一致性。结论tNGS技术在疑似下呼吸道感染患者中具有较高的诊断价值。

宏基因靶向三代测序在下呼吸道感染病原体检测的诊断效能和临床价值

目的比较宏基因靶向三代测序与传统血培养对于下呼吸道感染病原菌诊断性能差异。方法选取2022年7月到2023年7月下呼吸道感染患者90例,收集患者临床资料,采集肺泡灌洗液分别进行培养和宏基因靶向三代测序,比较两个方法的阳性率、一致性,病原体检出分布,混合感染检出率,耐药检出情况等。结果90例患者中,宏基因靶向三代测序和培养的阳性率分别为84.4%和24.4%,宏基因阳性率高于培养(P<0.05),无论在细菌、真菌还是特殊病原体上,宏基因的检出率均高于培养,尤其是在非常见病原体、体外难以培养或生长缓慢的病原体上,宏基因混合感染检出率高于培养,宏基因检出3例细菌耐药基因,并有2例在药敏试验中得到验证。结论相较于传统培养,宏基因靶向三代测序在下呼吸道感染病原微生物诊断上时效性更好,阳性率更高,病原微生物种类、数量检出更多,混合感染检出率更高,且能预测微生物抗生素耐药性,具有更高的诊断价值和临床意义。

靶向第二代测序技术在病原体检测中的作用

病原学的早期准确识别对于感染性疾病的诊治至关重要。随着基因检测技术的发展,第二代测序技术正被逐步应用于临床病原体的检测。作为第二代测序技术的一个分类,靶向第二代测序技术能选择性地扩增或富集感兴趣的基因组区域,再进行大规模测序,快速准确地检出目标病原体。本文对靶向第二代测序技术在感染性病原体检测中的应用现状进行综述,讨论靶向第二代测序技术作为感染性疾病诊断工具的应用前景。

病原靶向二代测序在下呼吸道感染病原体诊断中应用价值研究进展

下呼吸道感染(LRTI)病原体复杂,对婴幼儿和老年人的健康产生严重威胁,早期明确病原体诊断是有效治疗的关键。传统LRTI诊断方法存在一定局限,包括低灵敏度、标本低特异度、周转时间较长,以及无法在单一标本中同时检测多种病原体,临床上迫切需要更精准的病原体检测技术。病原靶向二代测序(tNGS)不依赖传统微生物培养,将多重聚合酶链反应(PCR)和tNGS巧妙结合,采用多重PCR正向富集靶向病原体,提高检测的灵敏度,同时排除宿主核酸的影响,实现不同器官感染、不同标本类型等关键病原体的鉴定。该文对近年来国内外关于tNGS在LRTI病原体鉴定中的应用作一综述,分析其在不同病原体中的检测效能、优势及局限性,以确保tNGS在临床诊断中能够得到适当应用。

病原体靶向测序技术在疑似肺部感染患者中的应用价值分析

目的 探讨病原体靶向测序(tNGS)技术在疑似肺部感染患者中的应用价值。方法 回顾性分析2021年1月-2023年7月湖北省第三人民医院呼吸与危重症医学科收治的80例疑似肺部感染患者的临床资料,所有患者均行支气管肺泡灌洗液(BALF)tNGS及常规病原学检测。分析患者人口学特征,比较t NGS与常规方法检测的病原体分布结果,并比较确诊肺部单一感染者与混合感染者的临床资料。结果 80例中,74例确诊感染。大部分感染者存在基础疾病,以慢性心脏疾病(42.5%)、慢性呼吸系统疾病(35.0%)和糖尿病(20.0%)为主。t NGS检测结果致35例患者(43.8%)的治疗策略改变。共检出45种病原体,其中tNGS检出病原体169株,常规方法检出病原体63株;两者联合检测出的病原体以细菌较多。tNGS检出的病原体株数排序:细菌>病毒>真菌>非典型病原体>人结核分枝杆菌。常规方法检出的病原体株数排序:真菌>病毒>细菌>非典型病原体>人结核分枝杆菌。两种方法检测结果的一致性较差(Kappa值0.172,P=0.020)。t NGS检出病原菌阳性比例及在细菌、病毒、非典型病原体的阳性检出率均明显高于常规方法(P<0.05),但在真菌、人结核分枝杆菌的阳性检出率与常规方法比较差异无统计学意义(P>0.05)。以临床诊断为金标准,tNGS检测的敏感度明显高于常规方法(P=0.026),而两者特异度比较差异无统计学意义(P>0.05)。在74例确诊肺部感染者中,6例无明确的病原体,单一感染者23例,混合感染者45例。在混合感染者中,常见的组合是细菌-病毒混合感染(12/45,26.7%)。混合感染者的病死率和住院天数均明显高于或长于单一感染者(P<0.05);两者性别、年龄、基础疾病、白细胞计数、中性粒细胞百分比等差异均无统计学意义(P>0.05)。结论 tNGS技术较常规方法的病原体检测敏感度高,尤其对细菌、病毒、非典型病原体及少见病原体更为敏感。此技术有利于识别混合感染,可作为临床常规病原学检测方法的补充。

二代测序技术检测呼吸道非典型病原体应用进展

二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术可以对患者样本中的微生物遗传物质进行综合分析,能更全面地检测病原微生物,目前正逐步应用于临床感染性疾病的病原体检测工作。特别是对于病原体复杂、传统病原学检测技术阳性率低的呼吸道非典型病原体感染,NGS技术因其检测全面、检出率高的优势逐渐在临床上推广使用。本文主要就NGS在呼吸道非典型病原体感染的病原学诊断、治疗指导和暴发调查等方面的应用进行综述。

肾移植受体尿路感染临床特征及纳米孔靶向测序的应用价值

尿路感染(urinary tract infection,UTI)是肾移植术后常见并发症,发病率可达7.0%~80.0%^([1])。心脏死亡器官捐献(donation after circulatory death,DCD)供肾模式下,尿路感染(urinary tract infection,UTI)的发生风险显著高于活体肾移植。严重UTI会引起移植肾损伤,甚至导致移植肾失功,早期准确诊断和治疗对于改善患者预后非常关键。本文分析了近年来宁波市医疗中心李惠利医院DCD肾移植受体UTI的数据,探讨UTI在病原菌谱、耐药性、感染危险因素等方面的变化趋势,并探讨纳米孔靶向测序(nanopore targeted sequencing,NTS)的应用价值,现报道如下。

靶向二代测序在儿童社区获得性肺炎中的诊断价值

目的 分析靶向二代测序(tNGS)在儿童社区获得性肺炎中的诊断价值,为临床治疗提供参考。方法 选取2022年2月至2024年2月张家港市第一人民医院收治的90例须行支气管镜下肺泡灌洗术的儿童社区获得性肺炎患儿的临床资料,进行回顾性分析。所有患儿均接受tNGS和传统病原体检测,以传统病原体检测为金标准,比较tNGS与传统病原体检测结果的一致性,分析tNGS在儿童社区获得性肺炎中的诊断价值。结果 传统病原体检测结果显示:阳性67例,阴性23例;tNGS结果显示:阳性66例,阴性24例。tNGS诊断儿童社区获得性肺炎的敏感度为92.54%,特异度为82.61%,准确度为90.00%,阳性预测值为93.94%,阴性预测值为79.17%,与传统病原体检测结果一致性较好(Kappa值=0.882)。依据传统病原体检测病原微生物类型结果,tNGS检测病原微生物类型的检出准确率分别为人巨细胞病毒100.00%、细环病毒100.00%、肺炎链球菌90.00%、嗜血杆菌91.67%、肺炎克雷伯菌93.75%、大肠埃希菌83.33%、铜绿假单胞菌93.75%,tNGS检测病原微生物类型整体检出准确率较高。结论 tNGS诊断儿童社区获得性肺炎及病原微生物类型类型检出率较高,可用于儿童社区获得性肺炎的诊断。

呼吸道感染病原体检测技术与发展趋势

由于传统呼吸道病原体检测手段的限制,导致临床诊断难、治疗用药难。呼吸道感染多联检产品时效性高,可及早识别感染,并指导抗感染药物的合理使用。各种便携式(快速)诊断技术产品发展迅速,临床应用前景广阔。宏基因组二代测序技术(mNGS)对呼吸道感染病原体的检测覆盖面广、信息量大,对呼吸道病原体的早期发现,特别是新发传染病的病原体快速诊断,起到非常重要的作用。基于规律间隔成簇短回文重复序列(CRISPR)的核酸检测技术、三代测序技术及基因芯片技术等快速检测新技术为呼吸道病原体的诊断开辟了新的方向。

肺泡灌洗液tNGS技术在下呼吸道感染患者中的应用

目的探讨肺泡灌洗液多重靶向扩增-高通量测序法(targeted next-generation sequencing,tNGS)技术在下呼吸道感染患者中的应用效果。方法选取2022年1月—2023年5月于广东省连州市人民医院住院的176例下呼吸道感染患者为研究对象,所有患者均接受肺泡灌洗液tNGS检测、灌洗液细菌培养、灌洗液结核分枝杆菌及利福平耐药检测(Xpert)、灌洗液半乳甘露聚糖检测(曲霉抗原,glactomannan,GM试验)、灌洗液真菌培养。比较5种检测方法对不同病原体的检出率,分析肺泡灌洗液tNGS检测下不同病原体分布特点,并对肺泡灌洗液tNGS检测和灌洗液细菌培养检测一致性分析。结果肺泡灌洗液tNGS检出率为92.05%,高于灌洗液细菌培养检测的22.16%,Xpert检测的9.09%,GM试验的16.48%以及灌洗液真菌培养的8.52%,差异有统计学意义(P<0.05)。球菌中检出率前3位为肺炎链球菌、粪肠球菌、金黄色葡萄球菌;杆菌中检出率前3位为流感嗜血杆菌、溶血嗜血杆菌、大肠埃希菌;真菌主要为白念珠菌和肺孢子菌;其他病原体主要为结核分枝杆菌;在常见呼吸道病毒中,疱疹病毒较为常见,其次为甲型流感病毒和鼻病毒;肺泡灌洗液tNGS检测和灌洗液细菌培养结果、灌洗液真菌培养存在一致性偏差。结论肺泡灌洗液tNGS检测技术可提高下呼吸道感染病原体检出率,该检测方式可作为下呼吸道感染病原体检测的有效检测方法,为临床治疗提供指导。

二代测序技术在下呼吸道感染诊治中的应用价值

目的探讨二代测序技术(NGS)在下呼吸道感染诊治中的应用价值。方法回顾性分析61例均进行NGS病原学检测的下呼吸道感染患者的临床资料。分析其临床特征及诊治过程,并与行常规病原体检测的结果进行比较,分析NGS技术在下呼吸道感染诊治中的应用价值。结果61例患者入院均告病危或病重,其中合并免疫缺陷的患者43例。NGS检测病原体阳性54例(88.52%),其中40例(65.57%)提示为混合感染,7例阴性(11.48%)。而常规检查明确或提示病原体阳性28例(45.90%),其中混合感染13例(21.31%)。NGS技术对病毒、细菌、真菌的检出率高于常规检测方法(P<0.05)。结论二代测序技术在下呼吸道感染患者的病原体诊断中具有显著的优势,在病毒及混合感染患者中的病原体检出率明显优于传统方法,尤其在危重症、免疫抑制或初始治疗失败的患者,NGS技术可能具有更好的应用价值。

下呼吸道感染宏基因组二代测序检测出低序列数病原体的诊断价值与思考

下呼吸道感染的病原学诊断一直是临床难题,宏基因组二代测序(mNGS)的广泛应用为临床提供了一种快速、准确的病原学诊断方法。但mNGS检测结果究竟应该如何解读,特别是检测出低序列数病原体时到底有无诊断价值,一直困扰着临床医生。本文从下呼吸道感染mNGS检测出低序列数的定义、发生的原因、确定结果可靠性的方法和如何结合临床正确解读低序列数报告4个方面进行讨论,希望通过全面掌握检测知识来建立正确的临床分析思维,以提高下呼吸道感染mNGS检出低序列数病原体的诊断水平。

下一代靶向高通量测序在儿童肺炎病原体检测中的临床应用

目的探讨下一代靶向高通量测序(tNGS)技术在儿童肺炎病原学检测中的应用价值。方法选取2022年3月至2023年4月广州市红十字医院送检的261例经临床确诊为肺炎患儿为研究对象,按年龄分为婴儿组(28 d至<1岁)、幼儿组(1~<3岁)、学龄前组(3~<6岁)、年长儿组(6~15岁)。共采集285份咽部脱落细胞标本进行tNGS技术检测,对其结果进行分析。结果检出病原体分为细菌、病毒、真菌、支原体/衣原体4类。4组病毒、细菌检出率与未检出率比较,差异有统计学意义(P<0.05)。4组间检出率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。在259份阳性标本中,有189份标本检出细菌,221份标本检出病毒,17份标本检出真菌,13份标本检出支原体/衣原体。结论tNGS技术可以快速检测到多种儿童呼吸道感染的病原体,较高的检测灵敏度和特异性。

NGS在下呼吸道感染病原学中的应用

病因不明、难治性下呼吸道感染是目前呼吸系统领域的一大难题,有针对性地、快速地识别病原体是治疗的关键,目前尚未有理想的检测方法。近年来,新一代基因测序技术发展迅猛,在医学领域各个方面都有着广泛的应用,为识别下呼吸道病毒、细菌、真菌、结核杆菌、支原体等病原体提供了新的思路。目前较为可靠且在病原学检测方面应用较多的是Illumina MiSeq。不少研究表明,新一代测序技术不仅能更全面、无偏倚地识别病原体及其变异体,还能提供其抗性基因,这就不仅为个体化治疗提供方案,更在爆发性感染中发挥难以替代的优势。下一代基因测序技术(NGS)可通过检测血、痰、肺泡灌洗液、刷检、活检标本中的病原体,从而为难治性和重症下呼吸道感染患者带来福音。不过新一代测序技术仍有很多缺陷,如耗时长、样品采集不规范、致病菌难确定等,进一步完善检测技术及临床分析流程后,新一代测序技术有望改变病原学的诊断。

疑似肺炎患者BALF样本应用tNGS技术进行病原学诊断的价值研究

目的 探究靶向高通量测序(targeted next-generation sequencing,tNGS)技术在疑似肺炎患者支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)样本中的病原学诊断价值。方法 选取2022年7月~2023年3月武汉亚心总医院收治的102例疑似肺炎患者的102份BALF样本,对其同时进行了tNGS检测和传统微生物学检测,并收集患者的一般临床资料。对纳入研究的102例患者的tNGS检测结果、微生物培养结果以及其他实验室检查结果进行回顾性分析。结果 tNGS法的总体阳性检出率(93.14%)高于传统方法(58.82%),差异有统计学意义(χ^(2)=32.903,P<0.001);t NGS法在细菌、病毒以及混合感染方面的检出率(65.69%,55.89%,69.61%)高于传统方法(21.57%,6.86%,11.76%),差异有统计学意义(χ^(2)=32.903,56.920,70.708,均P<0.001)。结论 tNGS技术在疑似肺炎患者BALF样本中获得了较高的病原体检出率,可以有效应用于呼吸道感染性疾病的病原学诊断。

基于rDNA靶向测序和鸟枪法测序相结合的致病菌筛查

目的基于高通量测序技术,建立靶向测序和鸟枪法测序相结合的致病菌筛查方法,以期用于临床感染标本中可疑致病菌的快速检测。为临床治疗提供参考。方法通过计算机模拟建立分析策略并研究其可行性,然后通过已知细菌进行验证;应用该方法对临床样品进行检测,分析样品中可疑的致病菌。结果在计算机模拟分析的四组标本中,相对应的细菌种属的reads检出比例在总细菌reads数中均为最高。在用已知细菌进行验证的结果中,四种细菌相对应的属reads比例均达到标本总reads数的88%以上,种reads比例均达到标本总reads数的51%以上;三个真菌标本中相对应的真菌属reads比例均达到标本总reads数的91%以上,种reads比例均达到标本总reads数的40%以上。四个细菌样本和三个真菌样本相对应的细菌和真菌属reads和种reads检出比例分别是对应样本中含量最高的属和种,与实际操作的细菌投入量基本相符。计算机模拟分析和用已知细菌测试结果表明,利用16S/ITS全长序列扩增产物进行打断建库可用于细菌和真菌的检测。将rDNA靶向测序和鸟枪法测序相结合,在临床脑脊液中检出红球菌和假单胞菌,在血液和唾液中检出金黄色葡萄球菌。结论靶向测序提高了检测的灵敏性,rDNA靶向测序和鸟枪法测序结果相互印证,提高了病原体检测的准确性。两种测序方法相结合用于病原体检测更加合理有效。