两株猪HEV病毒株全基因组序列分析

目的测定两株从新疆地区分离的猪戊型肝炎（hepatitis E，HEV）病毒株全基因组序列，并在全基因组水平上分析猪HEV病毒株与人源HEV的关系。方法设计HEV基因4型通用PCR引物，用巢式反转录聚合酶链反应法（reverse—transcription—nested polymerase chain reaction，RT—nPCR）分段扩增猪HEV病毒株CHN—XJ—SW13和CHN—XJ—SW33的全基因组序列；用cDNA末端快速扩增法（rapid amplification of cDNA，RACE）扩增其末端序列；对扩增的目的片段进行克隆测序，并对拼接后的基因组进行序列比对和进化分析。结果除3＇polyA尾外，CHN—XJ—SW13和CHN—XJ—SW33基因组全长分别为7241bp和7238bp，两病毒株均与基因4型HEV核苷酸同源性最高，为82．8％～95．5％；与基冈1～3型HEV核苷酸同源型仅为72．1％-74．9％。CHN—XJ—SW13与分离自湖南、上海的猪HEV病毒株（HC10—44，HC1—88，estw2，ch—shsw1和SWXJ03）共同组成新的HEV基因亚型：4n亚型，且该病毒株与香港人HEV（HK104—2004）在ORF1部分核苷酸序列同源性高达94．6％。基因进化分析显示CHN—XJ—sw33属于HEV4a亚型，在全基因组水平上与JKO—ChiSai98C核苷酸同源性高达95．5％。结论本文研究成功完成了两株猪HEV病毒株全基因组序列的鉴定，其中CHN—XJ—SW13为我国本土的HEV新培因亚型；在全基因组水平上猪HEV与人HEV高度同源的特性为基因4型HEV从猪到人传播的可能提供了更可靠的证据。

分子生态学课程教学难点的解析——3个种群遗传分析方法简介

随着分子生态学的迅猛发展和广泛应用,分子生态学已成为很多大学本科和研究生的专业课程。分子生态学教学过程中涉及复杂的种群遗传学统计分析方法,是教学的难点。然而对于分析方法的正确理解和使用,是这门工具课程教学的关键。本文将分子生态学课程中,种群遗传学分析方法中的3个难点进行解析和介绍,以期帮助学生理解和辅助教师教学。