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极端嗜酸热古菌S5菌株的重新分类研究 被引量:6
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作者 何正国 李雅芹 周培瑾 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期259-264,共6页
对已经鉴定的嗜酸热硫球菌 (Sulfosphaerellusthermoacidophilumgen.nov .sp .nov)S5菌株的进一步研究发现 ,它既能在好氧条件也能在厌氧条件下代谢元素硫进行化能自养生长 ,结合其 1 6SrRNA基因的分子系统学分析 ,S5菌株应归于Acidianu... 对已经鉴定的嗜酸热硫球菌 (Sulfosphaerellusthermoacidophilumgen.nov .sp .nov)S5菌株的进一步研究发现 ,它既能在好氧条件也能在厌氧条件下代谢元素硫进行化能自养生长 ,结合其 1 6SrRNA基因的分子系统学分析 ,S5菌株应归于Acidianus属。另外 ,S5菌株与Acidianus属中三个已知种基因组DNA的同源性分别仅有 44%、2 2 %和 2 3% ,DNA中G +Cmol%为 38,与已知种 31 0和 32 7有较大差异 ;而且 ,在代谢特性上S5菌株为专性化能无机营养型 ,与Acidianusbrierleyi有明显不同。因此S5菌株应是Acidianus属中一个新种 ,建议定名为 :腾冲嗜酸两面菌 (Acidianustengchongensessp .nov .)。 展开更多
关键词 极端嗜酸热古菌 16SrRNA DNA杂交性 腾冲两面 分类
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极端嗜酸热古菌Acidianus manzaensis硫氧化模型构建 被引量:1
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作者 朱薇 马亚龙 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期179-186,共8页
为了解极端嗜酸热古菌硫氧化代谢途径,基于Acidianus manzaensis YN-25全基因组信息,通过NCBI数据库比对初步筛选了20个可能与硫氧化相关的基因,并通过实时定量PCR(RT-qPCR)比较了所筛选基因在以单质硫(S^0)和亚铁(Fe2+)两种不同能源底... 为了解极端嗜酸热古菌硫氧化代谢途径,基于Acidianus manzaensis YN-25全基因组信息,通过NCBI数据库比对初步筛选了20个可能与硫氧化相关的基因,并通过实时定量PCR(RT-qPCR)比较了所筛选基因在以单质硫(S^0)和亚铁(Fe2+)两种不同能源底物培养下的表达差异。结果表明,A.manzaensis菌中存在至少15个与硫氧化相关的基因,经过比对分析,它们包括5个编码氧化单质硫(S^0)及含硫中间产物的酶基因、4个编码末端氧化酶基因、1个编码硫酸根转运蛋白酶基因、1个编码电子传递蛋白基因,以及4个编码与硫氧化密切相关的硫还原蛋白家族(Sulfur reduction protein)的dsr E基因。基于上述实验分析结果,拟构建极端嗜酸热古菌A.manzaensis的硫氧化模型,即胞外的S^0跨膜转运进入细胞内后,经硫氧化蛋白(SOR)氧化还原生成S_2O_3^(2-),SO_3^(2-)和H_2S等含硫中间产物。接着,细胞内通过其他相关硫氧化酶的作用将这些中间产物进一步氧化,并将氧化得到的电子传递给细胞膜上的氧化型醌(Q^(2+)),使其形成还原型的醌(QH_2),QH_2最终被末端氧化酶氧化形成NADH和ATP,从而为细胞生长提供能量。 展开更多
关键词 基因组分析 极端嗜酸热古菌 Acidianus manzaensis 硫氧化模型
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嗜酸热古菌Metallosphaera cuprina中MST的初步分析与鉴定
3
作者 刘丽君 李薇 +1 位作者 姚佳 马茜 《中文科技期刊数据库(全文版)自然科学》 2019年第6期178-179,共2页
3-巯基丙酮酸硫转移酶(MSTs)为细胞内重要的参与脱毒与抗氧化的硫转移酶,在生物体内广泛分布。Metallosphaera cuprina为嗜酸嗜热硫代谢古菌,前期研究发现其基因组中具有MSTs同源蛋白的编码基因,本研究对该基因的序列进行了分析,对其所... 3-巯基丙酮酸硫转移酶(MSTs)为细胞内重要的参与脱毒与抗氧化的硫转移酶,在生物体内广泛分布。Metallosphaera cuprina为嗜酸嗜热硫代谢古菌,前期研究发现其基因组中具有MSTs同源蛋白的编码基因,本研究对该基因的序列进行了分析,对其所编码的蛋白结构进行了同源建模,并进行了基因克隆和蛋白表达,以期对该蛋白的基本特点进行初步鉴定。 展开更多
关键词 3-巯基丙酮硫转移酶 嗜酸热古菌 序列分析 蛋白初步鉴定
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腾冲嗜酸热两面菌S5分子伴侣β亚基的表达、纯化和活性的初步分析 被引量:1
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作者 马晴 张渝英 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期28-31,共4页
用NdeI和BamHI酶切回收腾冲嗜酸热两面菌S5的分子伴侣β亚基基因片段插入pET-23b的相应位置,并分别在BL21(DE3)和Rosetta-gami^(TM)B(DE3)pLysS中表达。表达的β亚基以可溶的形式存在。β亚基在Rosetta-gami^(TM)B(DE3)pLysS中表达较高... 用NdeI和BamHI酶切回收腾冲嗜酸热两面菌S5的分子伴侣β亚基基因片段插入pET-23b的相应位置,并分别在BL21(DE3)和Rosetta-gami^(TM)B(DE3)pLysS中表达。表达的β亚基以可溶的形式存在。β亚基在Rosetta-gami^(TM)B(DE3)pLysS中表达较高,其占菌体总蛋白的16.2%,且以单体和聚体形式同时存在。表达的菌体经超声破碎、70℃热处理后,上清中β亚基蛋白含量达到30%,再经(NH_4)_2SO_4沉淀、Bio-Gel A-1.5m和DEAE-Sepharose CL-6B柱层析,得到在SDS-PAGE呈电泳均一的β亚基,Native-PAGE表明其为聚体,有弱的ATPase活性。 展开更多
关键词 嗜酸热古菌 腾冲两面 分子伴侣 Β亚基 ATPASE
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腾冲嗜酸热两面菌伴侣素ATcpnβ底物结合特性研究 被引量:1
5
作者 王丽 张凯 +2 位作者 樊峥 董志扬 孙飞 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第2期151-158,共8页
嗜酸嗜热古菌腾冲嗜酸热两面菌(Acidianus tengchongensis)来源的Ⅱ型伴侣素ATcpnβ已获得晶体结构解析,其顶端结构域突触下端相应于Ⅰ型伴侣素GroEL的重要底物结合位点处的氨基酸多为极性氨基酸,将其突变为疏水性氨基酸时,突变体对变... 嗜酸嗜热古菌腾冲嗜酸热两面菌(Acidianus tengchongensis)来源的Ⅱ型伴侣素ATcpnβ已获得晶体结构解析,其顶端结构域突触下端相应于Ⅰ型伴侣素GroEL的重要底物结合位点处的氨基酸多为极性氨基酸,将其突变为疏水性氨基酸时,突变体对变性底物的捕获能力显著增强.表面等离子共振研究表明,ATcpnβ对于化学变性底物的再折叠中间体的其捕获作用不依赖于Mg2+/ATP.前期对该伴侣素冷冻电镜观察和结构解析表明,ATP的存在并不能驱动ATcpnβ从开放构型向闭合构型转变,但是表面等离子共振研究表明,ATcpnβ对热变性过程中已经聚集的底物的捕获作用依赖于Mg2+/ATP,说明Mg2+/ATP可以介导ATcpnβ顶端结构域一定的构象变化,引起顶端结构域疏水残基的进一步暴露,从而能够与大分子聚集体紧密结合.两个方面的研究均表明,伴侣素蛋白与变性底物的结合仍然以疏水相互作用为主,并且伴侣素蛋白与变性底物的结合受Mg2+/ATP的结合调控,与伴侣素蛋白疏水面的暴露程度相关. 展开更多
关键词 伴侣素(chaperonin) 蛋白质折叠 表面等离子共振
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云南腾冲热泉极端嗜酸热硫化叶菌多样性研究 被引量:5
6
作者 韩剑 陈波 +4 位作者 戴欣 洪伟 季秀玲 魏云林 林连兵 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期692-696,共5页
硫化叶菌(Sulfolobus)是极端嗜热古菌遗传机制研究的重要模式菌株,广泛分布于酸性热泉中.对分离自云南腾冲酸性热泉的11株极端嗜酸热菌株进行16S rRNA基因序列测定,并通过菌体形态观察、16S rRNA基因可变区序列比较、菌株16S rRNA基因... 硫化叶菌(Sulfolobus)是极端嗜热古菌遗传机制研究的重要模式菌株,广泛分布于酸性热泉中.对分离自云南腾冲酸性热泉的11株极端嗜酸热菌株进行16S rRNA基因序列测定,并通过菌体形态观察、16S rRNA基因可变区序列比较、菌株16S rRNA基因相似性比较及系统发育分析,研究腾冲热泉硫化叶菌的多样性.结果表明,分离自腾冲热泉的11株硫化叶菌的16S rRNA基因序列与分离自世界上其它地区的8个硫化叶菌的标准菌株的相似性为85.8%~94.9%,与同样分离自腾冲热泉的S.tengchongensis标准菌株的相似性为96.6%~97.5%,在分类学上具有形成新种的可能.在16S rRNA基因高可变区序列上,与分离自世界上其它地区的8个硫化叶菌的标准菌株存在明显的差异.系统发育分析表明,分离自腾冲热泉的硫化叶菌在系统发育树上形成两个亲缘关系较为紧密的簇群,可见腾冲热泉硫化叶菌不仅具有一定的多样性,同时具有较明显的地域性特征. 展开更多
关键词 硫化叶 嗜酸热古菌 系统进化分析 多样性 腾冲
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万座嗜酸两面菌硫代谢相关膜蛋白基因的筛选
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作者 张怀丹 夏金兰 +1 位作者 聂珍媛 杨云 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期173-181,共9页
活性巯基在浸矿微生物硫代谢的过程中起着重要的作用,半胱氨酸残基作为蛋白质中活性巯基的提供者,为筛选硫代谢相关蛋白质基因提供了依据。本研究以极端嗜酸热古菌万座嗜酸两面菌Acidianus manzaensis为研究对象,基于其全基因组注释信息... 活性巯基在浸矿微生物硫代谢的过程中起着重要的作用,半胱氨酸残基作为蛋白质中活性巯基的提供者,为筛选硫代谢相关蛋白质基因提供了依据。本研究以极端嗜酸热古菌万座嗜酸两面菌Acidianus manzaensis为研究对象,基于其全基因组注释信息,筛选出编码富半胱氨酸残基的潜在硫代谢相关膜蛋白基因,并通过RT-qPCR实验对筛选出来的基因进行表达水平验证,同时利用生物信息学方法对其进一步分析。研究表明,与在亚铁中生长的细胞相比,单质硫培养下的细菌中与能量代谢相关的β-葡糖苷酶,与电子传递相关的ATP合成酶、NADH-辅酶Q氧化还原酶基因均表达上调,说明硫代谢途径可能与能量代谢和电子传递有着重要的联系。此外,还有三个假定蛋白基因表达上调,这三个假定膜蛋白中,ARM75161.1、ARM75436.1中的半胱氨酸都位于保守区域,且均有一个半胱氨酸残基暴露于膜外,而ARM75580.1中的半光氨酸不位于保守区域。其中ARM75436.1具有CXXXC结构域,且该结构域中半胱氨酸残基处于同一个β-折叠中。这些假定蛋白可能参与A. manzaensis中硫代谢途径。 展开更多
关键词 膜蛋白基因 半胱氨残基 硫代谢 极端嗜酸热古菌
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腾冲嗜酸两性菌硫氧化还原酶分子结构中铁原子结合位点的新特征 被引量:1
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作者 陈志伟 姜成英 刘双江 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第1期41-45,共5页
前期研究表明,铁原子对于嗜酸两性菌中硫氧化还原酶(SOR)的活性至关重要.本研究表明,2,2′-联吡啶、1,2-二羟基苯-3,5-二磺酸钠、8-羟基喹啉等特异性铁离子螯合剂强烈抑制腾冲嗜酸两性菌SOR酶活性,进一步表明铁原子是SOR酶活必需.对目... 前期研究表明,铁原子对于嗜酸两性菌中硫氧化还原酶(SOR)的活性至关重要.本研究表明,2,2′-联吡啶、1,2-二羟基苯-3,5-二磺酸钠、8-羟基喹啉等特异性铁离子螯合剂强烈抑制腾冲嗜酸两性菌SOR酶活性,进一步表明铁原子是SOR酶活必需.对目前基因组数据库中的SOR基因或者SOR类似基因进行序列比对,发现了一个潜在的铁原子结合模体(H86-X3-H90-Xn-E114-Xn-E129).据此,本研究采用定点突变技术,将氨基酸残基H86,H90和E129分别突变为苯丙氨酸或者丙氨酸,圆二色光谱测定发现突变体(H86F,H90F和E129A)的二级结构没有明显改变,但是这3个突变体全部丧失了酶活性.突变体蛋白中铁原子含量测定结果表明,3个突变体全部或者部分丢失了铁原子,而之前研究中获得的3个半胱氨酸突变体(完全丧失了酶活)铁原子含量没有变化.根据本研究并结合前期实验结果可知,SOR分子中模体C31-Xn-C101-X2-C104是底物硫分子活化区域;而模体H86-X3-H90-X23-E114-X14-(E/D)129是SOR分子中铁原子的结合区域,与铁原子结合形成一个非卟啉铁中心,是SOR的氧化还原中心;这两个区域均是SOR酶活性的必需部分. 展开更多
关键词 腾冲两性 硫氧化还原酶 硫代谢 非卟啉铁中心
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Effect of L-cysteine on bioleaching of Ni-Cu sulphide by A. manzaensis
9
作者 贺治国 赵健存 +2 位作者 梁万洁 胡岳华 邱冠周 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS 2011年第2期381-385,共5页
The effect of L-cysteine in different concentrations on the bioleaching of Ni-Cu sulfide was studied with an extremely thermophilic archaea,Acidianus manzaensis. It is found that adding certain amounts of L-cysteine t... The effect of L-cysteine in different concentrations on the bioleaching of Ni-Cu sulfide was studied with an extremely thermophilic archaea,Acidianus manzaensis. It is found that adding certain amounts of L-cysteine to the bioleaching system of Ni-Cu sulfide largely enhances the leaching rate. X-ray diffraction (XRD) patterns show the change of bioleached solid residues and the effect of L-cysteine on the surface charges of minerals. Zeta potential and IR spectra of mineral surface show that the interaction between L-cysteine and mineral leads to the formation of metal complex,which is propitious to the bioleaching of Ni-Cu sulfide by Acidianus manzaensis. 展开更多
关键词 Acidianus manzaensis L-CYSTEINE Ni-Cu sulfide BIOLEACHING surface charge Zeta potential
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Site-directed mutagenesis reveals new and essential elements for iron-coordination of the sulfur oxygenase reductase from the acidothermophilic Acidianus tengchongensis
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作者 CHEN ZhiWei JIANG ChengYing LIU ShuangJiang 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2009年第4期652-657,共6页
Previous study on refolding of sulfur oxygenase reductase (SOR) inclusion bodies from recombinant Escherichia coli showed that iron was critical to the activity of the SOR from Acidianus ambivalens. In this study, enz... Previous study on refolding of sulfur oxygenase reductase (SOR) inclusion bodies from recombinant Escherichia coli showed that iron was critical to the activity of the SOR from Acidianus ambivalens. In this study, enzymatic assays showed that 2,2′-Dipyridyl, Tiron and 8-hydroxyquinoline, which are specific for chelating ferrous or ferric ions, strongly inhibited the activity of SOR from A. tengchongensis, suggesting that iron atom is essential for SOR activity. Alignment of several functionally identified SORs and SOR-like sequences from genome database revealed a conserved, putative iron binding motif, H86-X3-H90-Xn-E114-Xn-E129 (numbering according to the Acidianus tengchongensis SOR sequence). Three mutants of SOR were generated by site-directed mutagenesis of H86, H90 and E129 into phenyla-lanine or alanine residue in this study. Circular dichroism spectrum determination indicated that there was no change of the secondary structures of mutant SORs, H86F, H90F and E129A, but all mutants were completely inactive. Through determination of iron contents we found that SOR mutants of H86F, H90F and E129A completely or partially lost iron, while mutants of C31S, C101S, and C104S (generated in a previous study) did not. This result indicated that H86, H90 and E129 but not C31, C101, and C104 were involved in binding to iron atom. Based on this and previous studies, it is proposed that the conserved motifs, C31-Xn-C101-X2-C104 and H86-X3-H90-X23-E114-X14-(E/D)129, are respectively for sulfur and molecular oxygen binding and activation. These two conserved motifs are essential elements for the SOR activity. 展开更多
关键词 嗜酸热古菌 硫加氧还原酶 突变形成分析 亚铁血红素 水菱钇矿
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