肌动蛋白基因在豌豆幼苗的发育阶段和器官特异性表达

从豌豆幼苗及开花植株各器官提取总RNA，以豌豆肌动蛋白基因（PEAC1）为探针，鉴定肌动蛋白基因在不同器官的表达。Northern和Dotblot结果表明，肌动蛋白基因在豌豆中的表达具有发育阶段特异性，它倾向于在豌豆5天苗的芽和2天苗的报中特异表达。

三叶青两个受体蛋白基因的克隆及功能分析

植物细胞受体类蛋白是一类重要的结构蛋白,在环境信号感知及细胞间信息传递中起重要作用。本研究克隆了三叶青(Tetrastigma hemsleyanum Diels et Gilg)的两个受体蛋白基因ThRLP1与ThRLK1,并对其进行了生物信息学分析、器官特异性表达分析和在块根发育不同时期的表达分析,以明确两基因与三叶青芽发育和块根形成的相关性。生物信息学分析表明,所克隆的两个基因中一个为细胞外受体类蛋白基因(ThR-LP1),其氨基酸序列具有特征的亮氨酸重复序列,亚细胞定位推测在细胞壁;另一个为质膜受体类蛋白激酶基因(ThRLK1),推测氨基酸序列中具有特征的丝氨酸/苏氨酸激酶的催化结构域,亚细胞定位推测在细胞核。器官特异性表达分析发现ThRLP1在块根中的表达量显著低于其他器官,ThRLK1在块根中的表达量显著低于枝蔓但高于其他器官,两个基因的表达水平并没有显示出与芽发育有相关性;块根发育不同时期表达量分析表明,ThRLP1在块根初始膨大期的表达量显著低于其他时期,ThRLK1表达量随块根发育进程而提高,ThR-LK1基因的表达与块根发育进程呈现出一定的正相关性。所克隆的两个受体蛋白可通过大肠杆菌原核表达体系正确表达出相应蛋白。本研究可为进一步明确受体类蛋白激酶基因在三叶青块根发育分子网络中的功能提供初步的参考依据。

相关转录组分析鉴定色素沉着绒毛结节性滑膜炎的潜在生物标志物

背景:色素沉着绒毛结节性滑膜炎是一种罕见的滑膜炎性病变,早期诊断缺乏相关生物标志物,m RNA已被证实参与了疾病的发生发展,但其作用机制尚不清楚。目的:通过生物信息学及相关转录组分析鉴定色素沉着绒毛结节性滑膜炎的潜在生物标志物和发病机制,以用于疾病鉴别诊断。方法:通过GEO数据库检索与色素沉着绒毛结节性滑膜炎相关的滑膜组织微阵列数据集,并用Network Analyst分析鉴定差异表达基因(P <0.05)。使用疾病数据库检索与色素沉着绒毛结节性滑膜炎相关的基因,并与差异表达m RNA取交集得到最终差异表达基因。利用Bio GPS对特异性基因进行组织/器官定位。通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,KOBAS 3.0和GSEA 4.1.0对差异表达基因进行富集分析,并运用多重计算方法鉴定核心基因。利用Cytoscape构建竞争性内源性RNA(Ce RNA)网络。GEO数据集验证了具有较高诊断价值的生物标志物。此外,通过Xcell网站分析64种免疫细胞和基质细胞的浓度,并计算丰度分数。结果与结论:在GSE175626数据集中共鉴别出2 546个差异表达基因,包括2 317个差异m RNA和229个差异长链非编码RNA。与疾病数据库中的相关基因取交集后最终得到70个差异表达基因,其中60个被Bio GPS识别。与骨性关节炎患者相比,GO和KEGG富集分析显示,色素沉着绒毛结节性滑膜炎患者的差异表达基因主要参与炎症、细胞增殖、血管生成和免疫反应等方面。Cyto Hubba筛选出15个核心基因,MCODE识别出4个基因簇模块。GEO数据集验证了12个差异性表达核心基因。免疫与基质细胞去卷积分析发现12个核心基因与部分免疫细胞均有密切关系。结果表明:IL-6、TNF、CD163、KRAS、FN1、HMOX1、GAPDH、IL1B、PTPRC、MAPK1、CCR2、NFKBIA可能是色素沉着绒毛结节性滑膜炎诊断的潜在生物标志物。SNHG14-hsa-mi R-206-FN1和XIST-hsa-mi R-107-HMOX1/CD163可能是调节色素沉着绒毛结节性滑膜炎疾病进展的潜在RNA途径。

花生蛋白激酶基因AhSTK的克隆与序列分析

从优质花生鲁花14的cDNA文库中发现一条序列,全长为1 399 bp,3'端含有polyA尾,通过blastx搜索得知其为蛋白激酶基因,命名为AhSTK。以该花生cDNA序列为模板设计引物,克隆得到花生Ah-STK基因。序列分析表明,AhSTK基因的开放阅读框长度为1 080 bp,编码359个氨基酸,预测其分子量为38.9 kD,等电点为6.42,编码的蛋白质无信号肽,无跨膜结构,预测定位于细胞质。与其他植物中蛋白激酶的氨基酸序列比对发现,与大豆GmSTK蛋白同源性最高。器官特异性分析发现,该基因在花生根中表达量较高,而在花中表达量较低。花生AhSTK基因的克隆为进一步研究其生物学功能和应用奠定了基础。