全球海洋病毒数据库中新型噬病毒体的发现

噬病毒体是寄生于原生生物巨病毒的一类小型双链DNA病毒。带有噬病毒体的巨病毒侵染单细胞真核宿主的能力下降,结果使得真核宿主的存活率上升。噬病毒体最早分离自巨病毒和单细胞真核宿主的共培养体系。随后基于宏基因组学分析表明,噬病毒体广泛分布于全球水环境中(尤其是淡水环境中)。通过深度分析全球海洋病毒数据库(Global Ocean Viromes)序列,挖掘出了3条完整的、新的噬病毒体全基因组序列(Global Ocean Viromes Virophage_1/2/3,GOV_V1/2/3)。系统发育和基因组分析表明,GOV_V1与藻类巨病毒的潜在噬病毒体(如QLV和YSLV1,4,6)亲缘关系最近,GOV2_V2和GOV2_V3则与阿米巴虫巨病毒的噬病体(Sputnik家族)亲缘性最近。结果显示,微藻可能是GOV2_V1的真核宿主,而原生动物可能是GOV2_V2和GOV2_V3的真核宿主。

噬病毒体

噬病毒体是一种能感染其它病毒,通过损害宿主病毒来完成自我复制的病毒。目前已经先后发现三种噬病毒体:Sputnik、Mavirus和OLV(有机湖噬病毒体)。大多数噬病毒体都在低级的生命形式如阿米巴变形虫中被发现。噬病毒体能抑制宿主病毒的增殖和裂解细胞的能力,并且噬病毒体只有在宿主病毒存在时才能增殖。噬病毒体的发现开启了一条新的探索病毒间相互作用的途径。本文主要就噬病毒体的发现过程、噬病毒体的基本特征及噬病毒体感染宿主病毒的机制进行概述。

噬病毒体启动子模体的初步预测分析

噬病毒体作为遗传信息的承载者和传播者,在生态系统中有着举足轻重的作用。为了探索噬病毒体以及噬病毒体与其宿主巨病毒间的调控模式和进化关系,本文基于MEME启动子预测分析工具,对噬病毒体ORF上游部分序列(包括起始密码子ATG)中的启动子模体进行了预测分析。依据预测得到的启动子模体E值和在基因组上的位置、数量和长度等信息,共得到17个潜在的启动子模体。sputnik的模体2和zamilon的模体2都存在一个富含AT的区域,广泛分布在基因组上,可能调控大部分ORF的表达;mavirus启动子模体中存在TCTA盒子,而ALM启动子模体中存在ATCT盒子,这两个模体可能为后期启动子模体;OLV的模体2、YSLV1和2的模体3、YSLV3的模体1以及YSLV4的模体1和2都存在富含AT的区域,广泛存在各基因组上,为各噬病毒体的潜在启动子模体。该结果为进一步研究噬病毒体ORF的表达时序及其与宿主巨病毒之间的协同调控表达奠定了一定的理论基础。

Sputnik噬病毒体的生物学特性、行为及效应

噬病毒体是一种能感染其他病毒,通过损害宿主病毒来完成自我复制的病毒。目前发现的几种噬病毒体的宿主病毒都是巨病毒目病毒。噬病毒体能对宿主病毒产生负面影响,使得宿主病毒里异常颗粒增多,并损害宿主病毒的感染和裂解能力。Sputnik是第一种被发现的噬病毒体,本文对Sputnik噬病毒体的生物学性状、生物学行为和调控作用进行简单的介绍。

Construction of Large Human Single-chain Antibody Phage Display Library

A large human naive single chain antibody (scFv) library is constructed from 60 healthy donors via phage display technique. During the period, some methods are employed to optimize the diversity, such as multi donors, different annealing temperature, half nest PCR, and assembly by two way fusion PCR. In this study, 78 electroporations resulted in 1010 library, diversity of which is assayed by enzyme fingerprint. The efficiency and diversity are all better than other researches.

巨大病毒的发现及研究进展

人们发现第一个病毒以来,病毒学科取得了迅猛的发展,人们对病毒大小的认知也已经基本成型。21世纪初,科学家发现了拟菌病毒,开启了巨大病毒的大门,此后人们又陆续发现了多种巨大病毒。这些病毒体积较大,基因复杂,已经超出了以往以大小区分病毒的标准,其体积和基因组大小甚至与很多原核和真核生物相当。此外,科学家们还发现了数种能够感染巨大病毒和其他核质大DNA病毒(nucleocytoplasmic large DNA virus,NCLDV)的病毒,将其命名为噬病毒体。这一系列新发现极大地触动了人们对病毒认识的知识体系,并导致了关于病毒起源与进化问题的讨论,这在病毒学史上具有重大的意义。