噬菌体基因文库控制元件测定的并行处理方法

在噬菌体基因文库的研究中,理解基因的表达机制占有重要的地位,其中最为重要的一个环节是控制元件的测定,目前大部分控制元件测定方法都是基于基因结构的概率模型。介绍了一种不依赖于任何实验数据和先验数据的噬菌体基因文库控制元件测定方法,采用字符串模式匹配算法扫描噬菌体基因序列,发现并提取出重复频度高的子序列(可能的控制元件),但该方法计算复杂度为O(N2)。为了提高对基因序列的控制元件测定效率,进一步提出了该算法在局域网环境下的并行处理解决方案,实验表明这种基于数据分割的并行处理方法极大的加快了序列处理速度,进而扩大了算法的应用范围。

噬菌体展示布鲁氏菌基因文库插入效率鉴定

布鲁氏菌病是由布鲁氏菌引起的以流产和发热为主要特征的人兽共患病,严重威胁着人和多种动物的生命健康,导致巨大经济损失及严重危害公共安全。实验室前期利用噬菌体展示技术建立布鲁氏菌16M株基因组文库,以期从该文库中筛选具有良好抗原性的诊断制剂。为检测构建文库的随机性及多样性,本研究利用Touch-down PCR对构建的噬菌体展示布鲁氏菌基因组文库进行评价。结果表明,构建文库具有较好随机性及多样性,为后续试验奠定基础。