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同时检测PDCoV、TGEV、PoRV和PEDV的四重实时荧光RT-PCR方法的建立及应用 被引量:6
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作者 高艺祥 王金凤 +7 位作者 张倩 孙晓霞 刘立兵 顾文源 马宏伟 韩庆安 马增军 王建昌 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期448-454,461,共8页
为实现对猪德尔塔冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)、猪传染性胃肠炎(porcine transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪轮状病毒(porcine rotavirus,PoRV)和猪流性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的同... 为实现对猪德尔塔冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)、猪传染性胃肠炎(porcine transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪轮状病毒(porcine rotavirus,PoRV)和猪流性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的同时鉴别检测,根据PDCoV M基因、TGEV S基因、PoRV VP6基因和TGEV N基因保守区域序列合成特异性引物和TaqMan探针,通过优化反应条件,成功建立了一种可同时检测PDCoV、TGEV、PoRV和PEDV的实时荧光RT-PCR方法。结果显示,所建立的四重实时荧光RT-PCR方法仅对PDCoV、TGEV、PoRV和PEDV出现阳性扩增,与PRV、PPV、PRRSV、CSFV、PCV2等猪常见病原无交叉反应;对PDCoV、TGEV、PoRV和PEDV的最低检出限分别为1.17×10^(3),1.13×10^(3),1.31×10^(2)和1.18×10^(2)拷贝;重复性好,组内和组间试验变异系数均小于4.5%。进一步应用所建立的同时检测PDCoV、TGEV、PoRV和PEDV的实时荧光RT-PCR方法对199份采集自河北省不同地区腹泻猪的临床样品进行检测,结果检出23份PoRV阳性(11.56%)、12份PEDV阳性(6.03%)和1份TGEV阳性(0.50%),均为单一感染;未检出PDCoV阳性。本研究所建立的四重实时荧光RT-PCR检测方法可实现对PDCoV、TGEV、PoRV和PEDV的同时鉴别检测,为实验室快速鉴别诊断猪病毒性腹泻提供了有效的技术支持。 展开更多
关键词 猪德尔塔冠状病毒 猪传染性胃肠炎 猪轮状病毒 猪流性腹泻病毒 四重实时荧光rt-pcr
原文传递
PRRSV、CSFV、PRV和PCV2四重实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用 被引量:1
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作者 李欣 杨莉 +4 位作者 刘光亮 王文秀 刘海隆 曹宗喜 张艳 《动物医学进展》 北大核心 2024年第6期7-14,共8页
为建立同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)的四重荧光定量PCR(qPCR)检测方法,针对PRRSV的ORF2基因、CSFV的5′UTR基因、PRV的gB基因、PCV2的ORF2基因设计了引物及Taq Ma... 为建立同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)的四重荧光定量PCR(qPCR)检测方法,针对PRRSV的ORF2基因、CSFV的5′UTR基因、PRV的gB基因、PCV2的ORF2基因设计了引物及Taq Man探针,并进行反应体系优化,敏感性、特异性验证,建立了同时检测上述4种病原的四重实时荧光定量PCR。结果显示,所建立的四重荧光PCR扩增效率(E)、相关系数(R^(2))及曲线斜率均在正常范围内,检测PRRSV、CSFV、PRV、PCV2 E值、R^(2)、斜率分别为92.9%、0.998、-3.504,90.7%、0.998、-3.566,94.3%、0.996、-3.466,94.2%、0.997及-3.470。PRRSV、CSFV、PRV、PCV2重组质粒最低检出限分别达到10^(2)、10^(2)、10^(2)、10^(3) copies/μL;四重qPCR反应体系中的多条引物间不发生交叉反应,经评价该方法特异性良好;批内和批间重复性试验结果显示,变异系数(CV)均在1%以下,具有良好的重复性。分别使用该方法和相应的国标荧光定量检测法对采集的298份临床样品进行检测对比,两种方法检测PRRSV、CSFV、PRV、PCV2阳性符合率分别为96.08%、96.38%、100%、94.95%,均在94%以上。结果表明,建立的检测方法方便、灵敏、高效、特异性强,适用于猪呼吸道疾病病原学、流行病学研究以及临床病例的诊断,并为猪呼吸道疾病的预防和控制提供技术支撑。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 猪瘟病毒 猪伪狂犬病病毒 猪圆环病毒2型 实时荧光定量PCR
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H5、H7和H9亚型禽流感病毒四重荧光RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:3
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作者 王素春 仲焕香 +6 位作者 姜楠 姜利建 潘子豪 孙福亮 刘华雷 黄保续 王楷宬 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1429-1437,共9页
旨在提高对禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)检测效率,及时发现疫病。本研究通过分析M基因以及H5、H7和H9亚型的HA基因序列保守区域,设计并合成了相关探针和引物,建立了禽流感病毒(AIV)四重荧光RT-PCR检测方法,该方法可在检测禽... 旨在提高对禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)检测效率,及时发现疫病。本研究通过分析M基因以及H5、H7和H9亚型的HA基因序列保守区域,设计并合成了相关探针和引物,建立了禽流感病毒(AIV)四重荧光RT-PCR检测方法,该方法可在检测禽流感病毒(AIV)的同时,确定病原是否为H5、H7和H9亚型。结果显示,该检测方法耗时短、特异性好、检测下限达到10^-5 ng·μL^-1。采用该方法检测临床采集的13个活禽交易市场的384份禽咽喉和泄殖腔双拭子样品,经检测,其中有60份样品为流感病毒阳性,且全部是H9亚型,该结果与行业标准方法(NY/T 772-2013)检测结果一致,κ值为1(P<0.001)。本方法能实现对禽流感病毒及H5、H7和H9亚型的高通量快速检测,将在AIV快速检测中发挥重要作用。 展开更多
关键词 禽流感 H5亚型 H7亚型 H9亚型 荧光rt-pcr检测方法
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口蹄疫病毒通用型和A型二重实时荧光RT-PCR检测方法的建立 被引量:2
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作者 谢彩华 班付国 +7 位作者 闫若潜 王东方 张煜 刘梅芬 赵雪丽 马震原 王华俊 王淑娟 《中国动物检疫》 CAS 2018年第12期70-74,共5页
为建立一种快速、敏感、特异的口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)分型鉴别诊断实时荧光RT-PCR(Fluorescence quantitative,FQ-PCR)检测方法,根据O、A、AsiaⅠ三种血清型FMDV保守基因序列,设计能够检测到FMDV的特异性通用... 为建立一种快速、敏感、特异的口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)分型鉴别诊断实时荧光RT-PCR(Fluorescence quantitative,FQ-PCR)检测方法,根据O、A、AsiaⅠ三种血清型FMDV保守基因序列,设计能够检测到FMDV的特异性通用检测引物和A型检测引物,以及不同荧光素标记的MGB探针。通过对PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立了FMDV通用型和A型二重实时荧光RT-PCR检测方法,并对该方法进行了特异性、敏感性、重复性试验;利用所建立的方法,对123份疑似FMDV感染的临床样品进行了检测。结果显示,建立的FMDV通用型、A型二重实时荧光RT-PCR检测方法在10~1~10~7拷贝/μL模板范围内有很好的线性关系;对pGEM-T/FMDV-T和pGEM-T/FMDV-A重组质粒出现阳性扩增信号,但对正常细胞培养物对照和其他7种病原对照未扩增出特异性曲线;自123份疑似FMDV感染样品中,检出10份FMDV-T阳性,6份FMDV-T/FMDV-A双阳性并且与基因测序结果一致。结果表明,本研究建立的FMDV通用型、A型二重实时荧光RT-PCR检测方法重复性好、敏感性高、特异性强,最低检测模板浓度为10拷贝/μL,可用于FMDV的快速分型检测,为FMDV的早期检测及临床诊断提供了新方法。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 实时荧光rt-pcr 检测方法
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三重实时荧光RT-PCR检测三种鱼类弹状病毒的研究 被引量:11
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作者 许建明 段向英 +2 位作者 张念之 蒋一男 张利峰 《检验检疫科学》 2009年第1期5-10,共6页
鱼传染性造血器官坏死病病毒(Infectious hematopoietic necrosis virus IHNV)、鱼病毒性出血性败血症病毒(Viral hemorrhagic septicemia virus VHSV)和鲤春病毒血症病毒(Spring viraemia of carp virus SVCV)是同属弹状病毒科(Rhabdov... 鱼传染性造血器官坏死病病毒(Infectious hematopoietic necrosis virus IHNV)、鱼病毒性出血性败血症病毒(Viral hemorrhagic septicemia virus VHSV)和鲤春病毒血症病毒(Spring viraemia of carp virus SVCV)是同属弹状病毒科(Rhabdoviridae)的3种鱼类病毒,也是影响水产养殖业的3种重要病毒。通过对这3种病毒基因序列的分析,在病毒基因的高保守区域,设计了3条分别针对这3种病毒的Taqman MGB探针,并选择3种无相互干扰的荧光基团进行标记。以此为基础建立针对该3种病毒的三重实时荧光RT-PCR的检测方法。通过反应条件的优化,该三重实时荧光RT-PCR最低可检测至102拷贝/反应的病毒量。同时,该方法还对病毒混合感染EPC细胞(Epithelioma papulosum cyprini)和攻毒斑马鱼进行了检测。实验结果表明,该方法是一种特异、灵敏、高效的病毒检测方法。 展开更多
关键词 IHNV VHSV SVCV TAQMAN MGB探针 实时荧光rt-pcr
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PPRV、RVFV、SBV三重普通及实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用研究 被引量:3
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作者 赵文华 李富祥 杨仕标 《现代畜牧兽医》 2021年第2期5-11,共7页
为同时检测小反刍兽疫病毒(PPRV)、裂谷热病毒(RVFV)及施马伦贝格病毒(SBV) 3种外来动物疫病病原,根据GenBank相关病毒序列设计引物及探针,建立PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR及三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,并初步应用于临床检测。... 为同时检测小反刍兽疫病毒(PPRV)、裂谷热病毒(RVFV)及施马伦贝格病毒(SBV) 3种外来动物疫病病原,根据GenBank相关病毒序列设计引物及探针,建立PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR及三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,并初步应用于临床检测。结果显示:所建立的PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR方法可同步特异性检测PPRV、RVFV、SBV,检测敏感度可达10~3 copies/μL DNA;对临床症状相似的羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、蓝舌病及鹿流行性出血热等病毒未有扩增。所建立的PPRV、RVFV、SBV三重实时荧光定量RT-PCR方法对PPRV、RVFV、SBV有特异荧光信号,检测敏感度可达10~(1.33)~10~(2.13) copies/μL DNA;而对临床症状相似羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、蓝舌病及鹿流行性出血热等病毒未有荧光信号。应用PPRV、RVFV、SBV三重实时荧光定量RT-PCR方法检测925份临床样本,检出一例PPRV阳性样本,经常规RT-PCR扩增及序列测定Blast确定为PPRV谱系IV型毒株。研究所建立的PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR方法和三重实时荧光定量RT-PCR方法可同步特异性检测3种病原,并初步应用于临床样本的检测。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒 裂谷热病毒 施马伦贝格病毒 普通rt-pcr 实时荧光定量rt-pcr
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几种外来动物病毒多重普通和实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用
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作者 赵文华 李富祥 杨仕标 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2022年第2期27-33,38,共8页
为了能够同时开展对小反刍兽疫病毒(PPRV)、蓝舌病血清8型病毒(BTV8)、鹿流行性出血热血清1型病毒(EHDV1)和非洲马瘟病毒(AHSV)4种外来动物疫病病原体的核酸检测,本试验根据GenBank中相关病毒序列设计引物和探针,建立多重普通逆转录PCR(... 为了能够同时开展对小反刍兽疫病毒(PPRV)、蓝舌病血清8型病毒(BTV8)、鹿流行性出血热血清1型病毒(EHDV1)和非洲马瘟病毒(AHSV)4种外来动物疫病病原体的核酸检测,本试验根据GenBank中相关病毒序列设计引物和探针,建立多重普通逆转录PCR(RT-PCR)和实时荧光定量RT-PCR检测方法,并在采集的临床样本检测中进行初步应用验证。结果显示:建立的PPRV/BTV8/EHDV1三重实时荧光定量RT-PCR检测方法仅对PPRV、BTV8和EHDV1有特异荧光信号,检测敏感度可达10^(1.70)~10^(2.08) copies/μL DNA;建立的PPRV/BTV8/EHDV1/AHSV四重普通RT-PCR方法可特异性同步检测PPRV、BTV8、EHDV1和AHSV,检测敏感度可达10^(3) copies/μL DNA;2种方法对羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、牛病毒性腹泻等临床相似的病毒均无扩增。在925份临床样本中检测出1例PPRV核酸阳性样本;经核苷酸序列测定及BLAST比对确定为谱系Ⅳ型PPRV毒株序列。本试验所建立的三重实时荧光定量RT-PCR检测方法和四重普通RT-PCR方法可特异性同步检测相应的3种或4种病毒病原,且具有临床样本检测的应用潜力。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒 蓝舌病病毒8型 流行性出血热病毒1型 非洲马瘟病毒 普通rt-pcr 实时荧光定量rt-pcr
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四重荧光qRT-PCR检测猪腹泻相关病毒方法的建立 被引量:3
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作者 包雯骏 张强 +3 位作者 李树清 林颖峥 李健 严亚贤 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2018年第6期42-47,共6页
为建立同时检测猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪delta冠状病毒(Porcinedeltacoronavirus,PDCoV)和猪捷申病毒(Porcine teschovirus,PTV)... 为建立同时检测猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪delta冠状病毒(Porcinedeltacoronavirus,PDCoV)和猪捷申病毒(Porcine teschovirus,PTV)的四重荧光qRT-PCR检测方法,本研究以PEDV的N基因、TGEV的S基因、PDCoV的M基因和PTV基因组5'非编码基因为检测对象,建立同时检测4种病毒的荧光RT-PCR方法。结果显示,该方法可以特异扩增4种病毒的基因,不能扩增猪呼吸道冠状病毒、伪狂犬病毒、猪瘟病毒、口蹄疫病毒、猪细小病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪圆环病毒2型的基因;PEDV、TGEV、PDCoV和PTV的最低核酸检出量分别为141、68、8和11拷贝数;对100份送检样品进行检测,其中PEDV、TGEV、PDCoV和PTV感染检出率分别为10%、6%、2%和55%。结果表明本研究建立的检测方法具有良好的特异性和敏感性,而且操作快速简便,可用于猪腹泻疫病的临床诊断和流行病学调查。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 猪传染性胃肠炎病毒 猪delta冠状病毒 猪捷申病毒 荧光rt-pcr 检测
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四重实时荧光PCR快速检测转基因玉米及其加工产品 被引量:2
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作者 王凤军 叶素丹 +1 位作者 凌云 周晓红 《中国粮油学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第10期182-188,共7页
运用四重实时荧光聚合酶链式反应技术(polymerase chain reaction,PCR)对转基因玉米及其深加工制品进行筛选检测。选定花椰菜花叶病毒35S启动子(pCaMV35S)、农杆菌的胭脂碱合成酶基因终止子(tNOS)以及根癌农杆菌CP4蛋白基因和5-莽草酸-3... 运用四重实时荧光聚合酶链式反应技术(polymerase chain reaction,PCR)对转基因玉米及其深加工制品进行筛选检测。选定花椰菜花叶病毒35S启动子(pCaMV35S)、农杆菌的胭脂碱合成酶基因终止子(tNOS)以及根癌农杆菌CP4蛋白基因和5-莽草酸-3-磷酸合成酶基因(EPSPS)为外源基因,选定编码玉米淀粉合成酶异构体zSTSII-2(zSSIIb)基因作为玉米物种的内参照基因。设计和合成靶标基因特异性引物和多重荧光探针,经特异性、重复性、灵敏性和适用性等方法学验证建立了四重实时荧光PCR检测方法。结果表明该方法检测特异性强,重复性好,扩增效率在90%~110%,标准曲线相关系数R^2≥0.99,最低检测限为每20μL反应13个拷贝,最低定量限为每20μL反应1.3个拷贝,其检测结果与SN/T 1204—2016标准方法检测结果一致,由于四个目标基因可以在一个反应管中进行扩增反应,且含有内源基因和外源基因,可降低试剂成本,简化操作程序,缩短检测时间,为玉米及其深加工产品转基因成分的快速检测提供参考。 展开更多
关键词 转基因玉米 实时荧光PCR 快速检测
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含非竞争性内标四重荧光RT-PCR方法检测手足口肠道病毒方法的研究 被引量:1
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作者 周冬根 孙大为 +3 位作者 王燕 倪敏君 张升 翟敏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期144-150,共7页
旨在了解手足口病的流行和感染情况,并进行快速准确的检测。建立了含非竞争性内标的同时检测肠道病毒通用型、肠道病毒EV71型及柯萨奇病毒CA16型的四重荧光RT-PCR方法,对该方法的特异性、灵敏度等进行评价,并对多份临床样本进行应用检... 旨在了解手足口病的流行和感染情况,并进行快速准确的检测。建立了含非竞争性内标的同时检测肠道病毒通用型、肠道病毒EV71型及柯萨奇病毒CA16型的四重荧光RT-PCR方法,对该方法的特异性、灵敏度等进行评价,并对多份临床样本进行应用检测。结果表明,该检测方法特异性强,对肠道病毒及其他人类非肠道病毒进行检测,显示了良好的特异性;该检测方法对EV71型和CA16型的检测灵敏度分别达到31.25 TCID50和1.25×102TCID50;将浓度为1×104TCID50及5×102TCID50的EV71样本进行重复性试验,其变异系数均小于1.5%;将浓度为5×102-5×105TCID50的EV71和CA16样本进行线性试验,其相关系数R2值在0.982-0.998之间。采用本研究建立的方法检测40份疑似临床样本,最后检出31份肠道病毒阳性样本,其中8例EV71型阳性,13例CA16阳性。另外,试验数据表明,内标对监控PCR抑制物的存在具有重要作用。本方法能同时快速检测所有肠道病毒并进行EV71型及CA16型的分型,并且灵敏度高、特异性好、扩增效率高,由于加入了内标,能有效地监控假阴性的出现,适合于手足口病的临床检测。 展开更多
关键词 荧光rt-pcr 非竞争性内标 手足口 肠道病毒 检测
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转基因玉米品系及转化体成分四重实时荧光PCR快速鉴定 被引量:2
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作者 王凤军 陈强 +4 位作者 叶素丹 许海锋 宣红霞 杨伊平 周叶熹 《中国粮油学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期128-135,共8页
Bt11转基因玉米品系是耐除草剂抗虫玉米,MIR162和Mon89034是鳞翅目昆虫抗性的单抗虫玉米,均是国内外出入境监管主要关注的转基因玉米品系。本研究通过靶标基因筛选、转基因阳性样品采集、核酸样本制备、多重引物和荧光探针组合筛选、反... Bt11转基因玉米品系是耐除草剂抗虫玉米,MIR162和Mon89034是鳞翅目昆虫抗性的单抗虫玉米,均是国内外出入境监管主要关注的转基因玉米品系。本研究通过靶标基因筛选、转基因阳性样品采集、核酸样本制备、多重引物和荧光探针组合筛选、反应体系优化以及方法学验证等过程开发建立了四重荧光定量PCR检测技术。结果表明该技术的使用可实现一个反应管中同时检测MIR162、Bt11、Mon89034三个玉米品系的特异性基因序列和一个编码玉米淀粉合成酶异构体zSTSII-2(zSSIIb)玉米内源基因。通过阳性对照,阴性对照和空白对照特异性S曲线与对应的阈值大小分析可判定样品中是否含有这三个转基因玉米品系及其转化体成分。经方法学特异性检测,结果与转基因检测金标准的单实时荧光PCR结果一致;经平行样和灵敏度测试,最低检测限为18个拷贝;经标准曲线扩增分析,四个基因的扩增效率均在90%~110%范围内,扩增效果良好。该方法从DNA提取到报告结果不足3 h,可缩短检测时限,节约试剂耗材成本,操作简单易行,满足高通量特征,可为市场流通产品品系和转基因成分的实时监管和快速鉴定提供技术支撑。 展开更多
关键词 转基因玉米 实时荧光PCR 快速鉴定
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四重荧光定量RT-PCR检测人感染新型甲型禽流感H7N9病毒
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作者 莫尚鹏 《现代诊断与治疗》 CAS 2015年第24期5672-5673,共2页
将H7N9禽流感病毒HA和NA基因设为内部参考,并分别设计特异性探针和引物,分析不同来源呼吸道病毒的特异性,并对四重荧光定量RT-PCR检测方法的重复性和灵敏度进行评定。结果甲型H7N9禽流感病毒标本和RNase P检测灵敏度均为102copies/m L,... 将H7N9禽流感病毒HA和NA基因设为内部参考,并分别设计特异性探针和引物,分析不同来源呼吸道病毒的特异性,并对四重荧光定量RT-PCR检测方法的重复性和灵敏度进行评定。结果甲型H7N9禽流感病毒标本和RNase P检测灵敏度均为102copies/m L,特异性为99.7%,变异系数均低于2.20%,阳性符合率和阴性符合率均为100%。利用四重荧光定量RT-PCR检测H7N9病毒具有较高的灵敏度和特异性,且检测快速准确,对H7N9病毒感染者早期诊断有重要意义。 展开更多
关键词 荧光定量 rt-pcr检测 甲型 H7N9病毒
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四步法消除SYBR GreenⅠ实时定量RT-PCR中引物二聚体的影响 被引量:47
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作者 张驰宇 张高红 +1 位作者 杨敏 贲昆龙 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期387-392,共6页
为建立一种新的SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR方法 ,使之能够有效消除引物二聚体 (PDs)对实时定量结果的影响 .对RT PCR特异性扩增产物和PDs分别进行了凝胶电泳检测和熔解曲线分析 .依据PDs和扩增产物的熔解温度 (Tm)特点 ,在通用的三步法... 为建立一种新的SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR方法 ,使之能够有效消除引物二聚体 (PDs)对实时定量结果的影响 .对RT PCR特异性扩增产物和PDs分别进行了凝胶电泳检测和熔解曲线分析 .依据PDs和扩增产物的熔解温度 (Tm)特点 ,在通用的三步法的延伸步骤之后 ,增加一个短暂的 (5s)恒温和荧光检测步骤 ,使这个步骤的温度高于PDs的Tm,但低于扩增产物的Tm,简称该法为四步法 .PDs的Tm 通常高于 72℃ ,但低于扩增产物的Tm .将四步法第四步的温度设置在高于PDs的Tm ,但低于扩增产物的Tm 时 ,四步法能够有效地消除PDs的影响 .对三步法和四步法SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR进行了比较 ,发现三步法根本不能用于RNA的实时定量 ,而四步法能够实现包括低丰度RNA在内的RNA的定量 .选择Tm 值尽可能小的引物 ,使PDs与扩增产物Tm 值之间有足够的差距 ,将更有利于四步法的应用 。 展开更多
关键词 引物二聚体 荧光实时定量rt-pcr SYBR green 步法 RNA定量
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四种食源性致病弧菌多重实时荧光定量PCR快速检测体系的建立
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作者 马梦洁 曹钰佳 +3 位作者 刘平平 许剑锋 喻勇新 马晨晨 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3179-3188,共10页
【背景】弧菌在全球范围内严重威胁人类健康,副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、霍乱弧菌(Vibrio cholerae)、拟态弧菌(Vibrio mimicus)和创伤弧菌(Vibrio vulnificus)与食用生的或未煮熟的海鲜所引起的胃肠道感染和败血症有关,... 【背景】弧菌在全球范围内严重威胁人类健康,副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、霍乱弧菌(Vibrio cholerae)、拟态弧菌(Vibrio mimicus)和创伤弧菌(Vibrio vulnificus)与食用生的或未煮熟的海鲜所引起的胃肠道感染和败血症有关,因而备受关注。【目的】建立一种实时荧光定量PCR方法,用于检测副溶血性弧菌、霍乱弧菌、拟态弧菌和创伤弧菌,以提高检测效率和准确性。【方法】基于副溶血性弧菌和拟态弧菌的toxR基因、霍乱弧菌的ompW基因、创伤弧菌的vvhA基因设计特异性引物和探针,通过优化反应体系和条件建立四重实时荧光定量PCR体系。【结果】该实时荧光定量PCR方法检测限均为10 copies/µL,扩增效率均在100%左右;在特异性试验中,分别运用多重实时荧光定量PCR和常规PCR对目的菌基因组、非目的菌基因组和空白对照进行扩增,结果均只有目的弧菌扩增明显,表明本方法有良好的特异性;在抗干扰实验中,高浓度弧菌不干扰低浓度弧菌检测;每个浓度梯度进行3次重复实验,每组变异系数均小于1.5%,表明本方法重复性好。【结论】建立的多重实时荧光定量PCR方法可快速、特异地实现对副溶血性弧菌、霍乱弧菌、拟态弧菌和创伤弧菌的检测。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 霍乱弧菌 拟态弧菌 创伤弧菌 实时荧光定量PCR
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登革病毒的Y型引物四重荧光定量RT-PCR方法的建立与评价 被引量:1
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作者 史蕾 徐云庆 徐媛 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2022年第1期111-115,共5页
目的利用Y型引物和荧光定量RT-PCR技术建立一种用于登革病毒(dengus virus,DENV)快速分型的四重荧光定量RT-PCR检测方法。方法用DENV四种分型体外转录RNA对该方法的灵敏度、特异性进行评价及用临床样本进行验证。结果DENVⅠ型、Ⅱ型、... 目的利用Y型引物和荧光定量RT-PCR技术建立一种用于登革病毒(dengus virus,DENV)快速分型的四重荧光定量RT-PCR检测方法。方法用DENV四种分型体外转录RNA对该方法的灵敏度、特异性进行评价及用临床样本进行验证。结果DENVⅠ型、Ⅱ型、Ⅲ型和Ⅳ型最低检出限分别为5.01反应/PCR、6.16拷贝/反应、6.35拷贝/反应、6.39拷贝/反应,与单重实时荧光定量RT-PCR比,最低检测限无明显变化;且与其他病毒无交叉反应,临床标本的阳性一致率和阴性一致率均为100%。结论本研究建立的Y型引物四重荧光定量RT-PCR方法可有效避免不同DENV分型间的交叉反应,同时具有良好的灵敏度和特异性,可用于相关临床标本的DENV快速分型检测。 展开更多
关键词 Y型引物 荧光定量rt-pcr 登革病毒 基因分型
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塞内卡病毒和口蹄疫病毒二重实时荧光RT-PCR鉴别检测方法的建立 被引量:3
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作者 谢彩华 闫若潜 +9 位作者 班付国 王东方 赵雪丽 赵兴绪 闫志玲 王翠 刘影 王淑娟 马震原 王华俊 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2298-2304,共7页
为了建立一种快速、敏感、特异的能够鉴别诊断口蹄疫病毒(FMDV)和塞内卡病毒(SVV)二重实时荧光RTPCR方法,根据FMDV及SVV的保守基因序列,设计了2套特异性引物和不同荧光素标记的MGB探针。通过对PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立了F... 为了建立一种快速、敏感、特异的能够鉴别诊断口蹄疫病毒(FMDV)和塞内卡病毒(SVV)二重实时荧光RTPCR方法,根据FMDV及SVV的保守基因序列,设计了2套特异性引物和不同荧光素标记的MGB探针。通过对PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立了FMDV和SVV二重实时荧光RT-PCR检测方法,并对二重实时荧光RT-PCR检测方法进行了特异性、敏感性、重复性试验;利用所建立的方法对98份疑似FMDV和SVV感染的临床样品进行了检测。结果显示,成功建立的FMDV及SVV二重实时荧光RT-PCR检测方法,模板在101~107拷贝/μL有很好的线性关系;对pGEM-T/FMDV和pGEM-T/SVV重组质粒出现阳性扩增信号,但对正常细胞培养物对照和其他7种病原对照未扩增出特异性曲线,方法特异性较好;最低检测模板浓度为10拷贝/μL;自98份疑似FMDV和SVV感染样品中检出9份FMDV阳性,10份SVV阳性,2份FMDV和SVV双阳性,并且和克隆测序结果一致。本研究建立的FMDV及SVV二重实时荧光RT-PCR检测方法,可用于FMDV和SVV的快速鉴别检测,为FMDV和SVV的鉴别诊断提供特异、敏感和高通量的方法。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 塞内卡病毒 实时荧光rt-pcr
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寨卡病毒、登革病毒、基孔肯雅病毒三重荧光定量RT-PCR检测方法的建立及评价 被引量:13
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作者 龚雪蕊 李阿茜 +5 位作者 刘洋 李川 张全福 李德新 梁米芳 王世文 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期52-58,共7页
本研究旨在建立寨卡病毒(ZIKV virus,ZIKV)、登革病毒(Dengue virus,DENV)以及基孔肯雅病毒(Chikungunya virus,CHIKV)三种病毒快速筛查、诊断的核酸检测技术。选用ZIKV的NS1基因、DENV的NS5蛋白基因以及CHIKV的E1蛋白基因作为靶... 本研究旨在建立寨卡病毒(ZIKV virus,ZIKV)、登革病毒(Dengue virus,DENV)以及基孔肯雅病毒(Chikungunya virus,CHIKV)三种病毒快速筛查、诊断的核酸检测技术。选用ZIKV的NS1基因、DENV的NS5蛋白基因以及CHIKV的E1蛋白基因作为靶标区域设计三组特异性引物探针,建立三重实时荧光定量RT-PCR检测方法。用ZIKV、DENV、CHIKV病毒体外转录RNA和病毒细胞培养物对该方法的灵敏性、特异性、重复性等方面进行评价,最后临床样本以及模拟标本验证。结果显示:三重实时荧光定量RT-PCR检测方法扩增效率均可达到90%以上,三种病毒体外转录RNA最低检测限均低于15拷贝/PCR,病毒培养物最低检出限均低于10PFU/mL且与单重检测方法无明显差异。与其他病毒无交叉反应,变异系数均在2%以内。临床标本及模拟标本检出率均可达95%以上。本研究建立的检测寨卡病毒、登革病毒以及基孔肯雅病毒的三重实时荧光RT-PCR方法具有良好的敏感性、特异性和重复性,可用于寨卡病毒病等相关临床标本的检测。 展开更多
关键词 实时荧光定量rt-pcr 寨卡病毒(ZIKV) 登革病毒(DENV) 基孔肯雅病毒(CHIKV)
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多重荧光RT-PCR方法检测手足口肠道病毒方法的研究
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作者 周冬根 孙大为 +3 位作者 王燕 倪敏君 张升 翟敏 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2012年第6期376-378,382,共4页
目的为了解手足口病的流行和感染情况,并进行快速准确的检测。方法本研究建立了含非竞争性内标的同时检测肠道病毒通用型、肠道病毒EV71型及柯萨奇病毒CA16型的四重荧光RT-PCR方法,对该方法的特异性、灵敏度等进行评价,并对多份临床样... 目的为了解手足口病的流行和感染情况,并进行快速准确的检测。方法本研究建立了含非竞争性内标的同时检测肠道病毒通用型、肠道病毒EV71型及柯萨奇病毒CA16型的四重荧光RT-PCR方法,对该方法的特异性、灵敏度等进行评价,并对多份临床样本进行了应用检测。结果实验结果表明,该检测方法特异性强,对肠道病毒及其他人类非肠道病毒进行了检测,显示了良好的特异性;该检测方法对EV71型和CA16型的检测灵敏度分别达到31.25 TCID50和1.25×102TCID50;将浓度为1×104TCID50及5×102TCID50的EV71样本进行重复性实验,其变异系数均小于1.5%;将浓度为5×102~5×105TCID50的EV71和CA16样本进行定量范围实验,其相关系数R2值在0.982~0.998之间。采用本研究建立的方法检测40份疑似临床样本,最后检出31份肠道病毒阳性样本,检出率为77.5%,其中8例为EV71型阳性,13例为CA16型阳性。另外,实验数据表明内标对监控PCR抑制物的存在具有重要作用。结论本方法能同时快速检测所有肠道病毒并进行EV71型及CA16型的分型,并且灵敏度高、特异性好、扩增效率高,由于加入了内标,能有效地监控假阴性的出现,适合于手足口病的临床检测。 展开更多
关键词 荧光rt-pcr 非竞争性内标 手足口病 肠道病毒 检测
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北美洲流行汉坦病毒多重荧光定量RT⁃PCR检测方法的建立 被引量:4
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作者 李乃哲 李阿茜 +3 位作者 李建东 李德新 梁米芳 王世文 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期617-623,共7页
为了建立牛轭湖病毒(Bayou virus,BAYV)、纽约病毒(New York virus,NYV)、厄尼诺洛峡谷病毒(El Moro Canyon virus,ELMCV)以及岛景病毒(Isla Vista virus,ISLAV)四种病毒快速筛查、诊断的核酸检测技术,本研究选用上述四种病毒的N蛋白基... 为了建立牛轭湖病毒(Bayou virus,BAYV)、纽约病毒(New York virus,NYV)、厄尼诺洛峡谷病毒(El Moro Canyon virus,ELMCV)以及岛景病毒(Isla Vista virus,ISLAV)四种病毒快速筛查、诊断的核酸检测技术,本研究选用上述四种病毒的N蛋白基因作为靶标区域设计四组特异性引物探针,建立四重实时荧光定量RT-PCR检测方法。用四种病毒体外转录RNA进行灵敏度和重复性验证,并使用其他病毒细胞培养物及体外转录RNA进行特异性验证。结果显示,四重实时荧光定量PCR扩增效率均可达到95%以上,四种病毒体外转录RNA灵敏度介于1~10拷贝/μL,与单重检测方法无明显差异,且与其他病毒无交叉反应。稳定性评价结果显示,批内、批间变异系数均在3%以内。本研究所建立的检测方法具有良好的敏感性、特异性和重复性,可用于相关样本的诊断与筛查。 展开更多
关键词 实时荧光定量rt-pcr 牛轭湖病毒(BAYV) 纽约病毒(NYV) 厄尼诺洛峡谷病毒(ELMCV) 岛景病毒(ISLAV)
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一种牛肉及其制品掺假的快速鉴定方法
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作者 李宇 时国强 +1 位作者 柳梦思 董振国 《食品科技》 北大核心 2023年第11期268-275,共8页
建立一种针对生牛肉、深加工牛肉制品等多种牛肉样品进行羊源、鸭源和猪源掺假成分定性、定量检测的四重实时荧光定量PCR方法。以生牛肉、羊肉、鸭肉、猪肉,以及经干、炸、烤、煮、微波处理的肉样为对象,对方法进行特异性、灵敏度、重... 建立一种针对生牛肉、深加工牛肉制品等多种牛肉样品进行羊源、鸭源和猪源掺假成分定性、定量检测的四重实时荧光定量PCR方法。以生牛肉、羊肉、鸭肉、猪肉,以及经干、炸、烤、煮、微波处理的肉样为对象,对方法进行特异性、灵敏度、重复性及检出限测试,同时使用GB/T 38164—2019检测方法对14份市售生牛肉及其制品进行平行检测,综合评价该检测方法的检测性能。生肉梯度测试的线性相关系数均大于0.980,重复性测试的变异系数均小于3.000%,最低检出限可达10 fg/μL。各烹饪处理的样品添加比例最低检出限度为0.1%,肉样混合比例对数与Ct值的线性相关系数均在0.980以上。GB/T 38164—2019检测方法与文章检测方法对14份市售生牛肉及其制品的测试结果完全一致。文章研究的检测方法灵敏高效、稳定准确,为牛肉掺假的快速鉴别提供了一种有效技术手段。 展开更多
关键词 实时荧光定量PCR 牛肉 烹饪处理 掺假
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