双重荧光逆转录-聚合酶链式反应与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒

目的建立双重荧光逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)快速有效地检测食品中食源性GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的方法。方法根据GⅠ型、GⅡ型诺如病毒基因组保守序列设计引探,经过一系列引探浓度筛选,建立了双重荧光RT-PCR和恒温荧光RT-RAA两种检测方法,分别从敏感性、特异性、稳定性、重复性等方面进行了比较研究;同时将这两种方法应用于实际临床样本检测中,并与GB4789.42—2016《食品安全国家标准食品微生物学检验诺如病毒检验》进行比对验证。结果建立的两种方法特异性良好,敏感性均可达10 copies/μL;双重荧光RT-PCR方法质粒梯度变异系数(coefficient of variation,CV)值在0.1%~1.5%区间,恒温荧光RT-RAA方法CV值在1.0%~10.0%区间,稳定性和重复性显示双重荧光RT-PCR优于恒温荧光RT-RAA检测方法;31份诺如病毒阳性食品核酸样本均能检出,且50份食品盲样检测结果与国标一致。结论本研究成功建立了双重荧光RT-PCR与恒温荧光RT-RAA快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒方法,两种方法各有优缺点,双重荧光RT-PCR稳定性和重复性好,恒温荧光RT-RAA检测时间短,仅20 min就能完成扩增,可根据不同需求选择一种或两种作为食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒的检测方法。

四重逆转录重组酶聚合酶等温扩增技术快速联检四种难鉴别蚊媒病毒的效果观察

目的建立针对登革病毒(DENV)、黄热病毒(YFV)、基孔肯雅病毒(CHIKV)、寨卡病毒(ZIKV)的四重逆转录重组酶聚合酶扩增(RT-RPA)技术,用于同时快速检测上述4种病毒。方法通过正交设计建立检测4种蚊媒病毒(DENV、YFV、CHIKV、ZIKV)的四重RT-RPA反应体系。通过质粒标准品、体外转录RNA和临床血清验证单重RT-RPA和四重RT-RPA的检测灵敏度、特异度、重复性和临床应用符合率。结果单重RT-RPA对DENV、YFV、CHIKV、ZIKV质粒DNA的检出限分别为1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2)、<1×10^(2) Copies/ml,对DENV、YFV、CHIKV和ZIKV体外合成RNA的检出限分别为1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2) Copies/ml,四重RT-RPA对DENV、YFV、CHIKV和ZIKV质粒DNA的检出限分别为1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2) Copies/ml,对体外合成RNA的检出限分别为5×10^(2)、5×10^(2)、5×10^(2)、5×10^(2) Copies/ml。本研究建立的单重及四重RT-RPA反应体系与其他常见病毒不存在交叉反应,RT-RPA法测定的阈值时间值(TT)的变异系数为1.76%~5.96%。四重RT-RPA法对不同病毒体外转录RNA检出率不同,DENV、YFV和CHIKV为100.00%,ZIKV为83.33%。单重RT-RPA、四重RT-RPA、RT-PCR对DENV临床样本的检出率无统计学差异(P>0.05)。结论本研究建立的针对DENV、YFV、CHIKV和ZIKV的单重RT-RPA和四重RT-RPA检测方法特异度好、灵敏度高、重复性好,对蚊媒传染病的早期诊断及鉴别诊断具有重要作用,同时也为其他新发再发传染病的快速诊断方法建立提供研究方向。

基于逆转录重组酶聚合酶扩增技术的苹果病毒新型快速检测方法

利用逆转录重组酶聚合酶扩增技术(Reverse transcription-recombinase polymerase amplification,RT-RPA),为苹果病毒的快速检测提供技术支持。以苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)、苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)和苹果坏死花叶病毒(apple necrotic mosaic virus,ApNMV)为检测对象,通过特异性RPA引物设计以及反应条件优化,对检测方法的灵敏度、特异性进行评价,并与传统RT-PCR方法进行比较。结果表明,所设计的RPA引物特异性高,反应温度为37℃,反应时间为20 min,RT-RPA对4种苹果病毒的检测灵敏度为9.63×10^(1) copies,是普通RT-PCR的10^(2)~10^(3)倍。所建立的RT-RPA检测方法具有等温反应、检测速度快、灵敏度高等优点,可以用于快速检测苹果病毒病。

柑橘叶斑驳病毒的逆转录重组酶聚合酶扩增检测

【目的】建立柑橘叶斑驳病毒(citrus leaf blotch virus,CLBV)逆转录重组酶聚合酶扩增(reverse transcription-recombinase polymerase amplification,RT-RPA)的快速检测体系,为该病毒提供快速、简便的检测方法。【方法】以CLBV ORF1保守序列为靶标,通过设计、筛选特异性检测引物、优化反应温度和反应时长等条件建立CLBV的RT-RPA检测体系。分别以感染CLBV、柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)、柑橘黄化脉明病毒(citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)、柑橘裂皮类病毒(citrus exocortis viroid,CEVd)、柑橘碎叶病毒(citrus tatter leaf virus,CTLV)、柑橘鳞皮病毒(citrus psorosis virus,CPsV)、温州蜜柑萎缩病毒(satsuma dwarf virus,SDV)、柑橘溃疡病菌(Xanthomonas citri subsp. citri,Xcc)和柑橘黄龙病菌亚洲种(Candidatus Liberibacter asiaticus,CLas)的柑橘核酸为模板,应用该体系进行RT-RPA扩增,评价检测特异性;利用CLBV阳性样品核酸的10倍浓度梯度稀释模板,比较RT-RPA、RT-PCR和RT-qPCR的检测灵敏度;通过比较上述3种方法对72份柑橘样品的CLBV检出率,检验所建立RT-RPA法的适用性。【结果】以感染了CLBV的柑橘核酸样品为模板,通过对设计的3对引物筛选试验、6个温度和5个反应时长的梯度试验,建立了CLBV的RT-RPA检测体系,明确引物RCLBV-F/RCLBV-R2能够特异扩增CLBV ORF1序列,且扩增效果良好,目的片段大小为144 bp,反应最适温度为40℃,反应最佳时长为30 min。在感染CLBV、CTV、CYVCV、CEVd、CTLV、CPsV、SDV、Xcc和CLas的柑橘样品、健康对照和空白对照中,该体系仅在CLBV侵染样品中扩增出预期大小的特异性目的条带,说明建立的RT-RPA检测体系特异性强;灵敏度检测结果表明,RT-RPA和RT-PCR的检测灵敏度相当,但低于RT-qPCR;所建立的RT-RPA方法在72份柑橘样品中检测出11份样品为CLBV阳性,检出率为15.28%,该结果与普通RT-PCR和RT-qPCR检测方法的检测结果一致。【结论】建立了CLBV的RT-RPA检测体系,该体系具有耗时短、操作简便、特异性强等优点,适用于田间一定规模柑橘样品的检测。

重组酶聚合酶扩增技术在人偏肺病毒快速诊断的方法建立与临床评价

目的:研究重组酶聚合酶扩增技术在人偏肺病毒(hMPV)快速诊断的方法建立与临床价值。方法:将2017年1月—2019年12月医院收治的急性呼吸道感染患儿200例纳入研究。分离获取hMPV阳性病毒株,检索Genbank数据库,检索hMPV株基因序列,采用生物信息学软件通过靶向特定区域,对hMPV的N基因和L基因2个位点进行检测,并设计引物及荧光探针,使用病毒株和阴性对照品对基于重组酶聚合酶扩增技术快速检测hMPV的方法进行性能评估。同时,对所有受试者均进行直接荧光免疫法检测。以逆转录—聚合酶反应(RT-PCR)检测结果为金标准,对比不同检测方式诊断hMPV的效能。此外,分析hMPV感染患者合并其他病毒感染情况。结果:以RT-PCR检测结果为金标准,重组酶聚合酶扩增技术诊断hMPV的灵敏度、特异度、准确度均明显高于直接荧光免疫法检测(均P<0.05)。hMPV感染患者合并其他病毒感染发生率为26.83%,其中主要涵盖冠状病毒9.76%、呼吸道合胞病毒7.32%、流感病毒4.88%等。结论:重组酶聚合酶扩增技术在hMPV快速诊断中的应用效果较佳,可获得较为理想的灵敏度、特异度以及准确度,有望成为替代传统PCR的有效检测方式,值得临床推广应用。

逆转录PCR扩增杂交瘤细胞内特异性免疫球蛋白重链可变区基因

目的 利用细胞内逆转录PCR技术扩增杂交瘤细胞内的特异免疫球蛋白重链可变区基因片段。方法 用 10 %甲醛溶液固定杂交瘤细胞 ,以NP 40渗透化处理细胞后做逆转录PCR。结果 获得了大约 3 5 0bp的特异性免疫球蛋白重链可变区基因片段 ,与用同一对引物得到的常规逆转录PCR扩增产物一致。结论 此方法操作简便 ,效率高 ,可用于获得特定结构基因片段 。

甘薯褪绿矮化病毒西非株系RT-RPA-LFD检测方法的建立与应用

【目的】利用逆转录酶重组酶聚合酶扩增(reverse transcriptase recombinase polymerase amplification,RT-RPA)结合侧向流层析(lateral flow dipstick,LFD)试纸条技术,建立甘薯褪绿矮化病毒(sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)西非株系(west African strain,WA)的RT-RPA-LFD检测方法。【方法】根据SPCSV-WA外壳蛋白基因和热激蛋白基因的保守序列设计并筛选扩增效果好、特异性强的引物和探针。然后对引物和探针的浓度、扩增体系、温度、反应时间等条件进行优化,建立SPCSV-WA的RT-RPA-LFD检测方法。利用该方法对SPCSV-EA、甘薯羽状斑驳病毒(sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)、甘薯潜隐病毒(sweet potato latent virus,SPLV)、甘薯G病毒(sweet potato virus G,SPVG)等常见的甘薯病毒进行检测,验证方法的特异性;将感染SPCSV-WA甘薯叶片样品总RNA进行10倍梯度稀释,分别采用RT-PCR和RT-RPA-LFD进行检测,比较RT-PCR和RT-RPA-LFD方法的灵敏度;对采自田间的甘薯样品和试管苗样品进行RT-RPA、RT-RPA-LFD和RT-PCR检测,验证该方法的实用性。【结果】建立了SPCSV-WA的RT-RPA-LFD检测方法,最适引物为CSV357F/R,探针CSV-CP-Probe(47 bp),引物和探针工作浓度分别为0.2和0.06μmol·L^(-1),温度为42℃,时间5 min。该方法可对SPCSV-WA进行特异性检测,与甘薯上其他常见病毒无交叉反应。RT-RPA-LFD最低可检测到总RNA稀释至10^(-4)溶液,而RT-PCR最低检测到总RNA稀释至10^(-3)溶液,RT-RPA-LFD灵敏度是RT-PCR的10倍。田间采集的22份甘薯样品经RT-PCR、RT-RPA和RT-RPA-LFD检测,均检出11份阳性样品,3种方法检测结果一致。28份试管苗样品的检测结果表明,RT-PCR和RT-RPA-LFD检测结果一致,均检出5份阳性样品。【结论】建立了SPCSV-WA的RT-RPA-LFD检测方法,该方法具有快速、简便、特异、灵敏、可视的特点,既可用于甘薯脱毒试管苗样品的病毒检测,也适用于基层单位田间甘薯病毒样品的现场快速检测。

寨卡病毒核酸检测技术研究进展

寨卡病毒(ZIKV)为黄病毒科黄病毒属的一种单链RNA病毒,主要通过埃及伊蚊和白纹伊蚊传播,也可通过血液、性、母婴等途径传播。传播ZIKV的蚊虫在我国分布广泛,同时,随着全球化的发展,世界各国人员往来日益频繁,ZIKV在我国有潜在传播的可能性。核酸检测技术是实验室快速检测的有效手段,对预防和控制ZIKV传播具有重要意义。本文介绍了ZIKV基因组结构,并对ZIKV核酸检测的样本特点及方法进展作一综述。

人DC-STAMP真核表达载体的构建及鉴定

目的构建和鉴定人DC-STAMP基因的真核表达载体,并分析在293T细胞中的表达情况。方法通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术从人破骨细胞体外扩增DC-STAMP的cDNA片段,连接入真核表达载体pEGFP-N1-FLAG后转入293T细胞中,Western blot进行表达鉴定。结果成功扩增出人DC-STAMP全长,构建了重组质粒pEGFP-DC-STAMP-FLAG,并在其转染的293T细胞检测到融合蛋白的表达。结论成功构建了DC-STAMP融合基因表达载体pEGFP-DC-STAMP-FLAG。

菊花B病毒和番茄不孕病毒RT-RPA双重荧光实时检测体系的构建与性能评价

菊花B病毒(Chrysanthemum virus B, CVB)和番茄不孕病毒(Tomato aspermy virus, TAV)是危害菊花的2种主要优势病毒。为构建一种同步检测CVB和TAV逆转录重组酶聚合酶恒温核酸扩增(Reverse transcriptionrecombinase polymerase amplification, RT-RPA)双重荧光实时检测方法,本研究以CVB和TAV编码外壳蛋白(coat protein, CP)基因保守区域作为靶标设计RIA引物和探针,CVB和TAV探针的5’端分别标记FAM和VIC荧光素,通过对商业化的RT-RPA试剂筛选,引物探针的组合筛选,扩增体系的优化和扩增条件的摸索试验,构建了一种可同时用于CVB和TAV检测的RT-RPA双重荧光实时检测方法。并对该体系进行优化,优化后RT-RPA双重荧光扩增体系中CVB和TAV的最优引物浓度为400 nmol/L,最优探针浓度分别为100 nmol/L和120 nmol/L;最适反应温度为39℃,最适反应时间为15 min。在此扩增体系和条件下,对CVB和TAV的检测敏感性均为1拷贝/μL;对烟草花叶病毒、黄瓜花叶病毒、马铃薯Y病毒、马铃薯X病毒、菊花矮化类病毒和褪绿斑驳类病毒核酸检测结果为阴性,对菊花B病毒、番茄不孕病毒核酸检测结果为阳性;对1.0×10^(4)拷贝/μL和10拷贝/μL的高、低两种浓度的质粒平行检测10次,检测荧光出现阳性扩增拐点所需的时间T变异系数均小于5%,重复性好。采用RTRPA和RT-qPCR方法同步对实验室留存的有症状的100株菊花进行核酸提取并检测,检出6例CVB病毒株和4例TAV病毒株,总符合率100%。因此,本研究建立了一种能同时检测CVB和TAV的快速、灵敏的RT-RPA双重荧光实时检测方法。

西尼罗河病毒RT-RPA检测方法的建立及初步应用

为建立快速特异的西尼罗河病毒(WNV)检测方法,本研究根据WNV基因保守区域基因序列,采用Primer Explorer Version 4设计特异性的重组酶聚合酶扩增(RPA)引物和探针。经过引物筛选和条件优化,建立了在39℃恒温条件下15 min内即可完成的实时荧光RT-RPA方法。本方法能特异性检测出WNV,且与蓝舌病毒(BTV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪乙型脑炎病毒(JEV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)核酸检测没有交叉反应。本方法灵敏性强,最小检出量为5.25×10^(2)拷贝/μL。采用创建的RT-RPA方法检测72份牛或猪的临床样品,结果与实时荧光定量PCR方法相符。说明本试验创建的WNV RT-RPA方法操作简便、灵敏度和特异性高,适用于WNV监测、基层实验室或出入境口岸对WNV的现场快速检测。

6种呼吸道病毒RT-RPA检测体系构建与应用

早期快速诊断是防控呼吸道病毒传播的有效手段,研发灵敏、特异、快速的分子检测技术方法是早期防控的前提和保障。本研究建立同时快速检测甲型流感病毒(InfluenzaAvirus,FluA)、副流感病毒1型(Human parainfluenza virus 1,HPIV-1)、呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus,RSV)通用型、人偏肺病毒(Human metapneumovirus,HMPV)、人博卡病毒(Human bocavirus,HBoV)通用型和腺病毒B型(Adenovirus type B,AdVB)6种呼吸道病毒重组酶聚合酶扩增(Recombinase polymerase amplification,RPA)检测体系新的技术方法。选择人β-actin基因外显子区域序列作为内标基因,根据6种病毒特异性基因的保守区设计引物探针,结合商业化的逆转录重组酶聚合酶扩增(Revers transcript recombinases polymerase amplification,RT-RPA)反应试剂,优化体系的引物及探针浓度、温度、反应时间,构建6种病毒的RT-RPA检测体系。优化后病毒和内标基因的RT-RPA检测引物和探针终浓度分别为400 nmol/L和200 nmol/L,最佳反应温度为39℃,最优反应时间为15 min。敏感性实验结果表明,本研究建立的RT-RPA反应体系对6种病毒的敏感性为1.0×104拷贝/mL,其中,对AdV-B的敏感性高达1.0×103拷贝/mL;特异性试验结果表明,不同病毒间特异性好,无交叉反应;重复性试验结果表明,6种病毒对高浓度(1.0×107拷贝/mL)和低浓度(1.0×104拷贝/mL)标准品检测出峰时间T变异系数小于5%,重复性好;对100例临床标本进行回顾性实验测试,与市售实时荧光PCR检测试剂盒的阳性符合率、阴性符合率和总体符合率均为100%。本研究提示,建立的RT-RPA检测体系可用于国境口岸对上述6种呼吸道病毒的日常监测与快速检测。

病毒性出血败血症病毒实时荧光RT-RPA恒温检测方法的建立

为建立一种简单、快速的病毒性出血败血症病毒(VHSV)检测方法,本研究通过比较分析VHSV N基因的保守序列,设计了多对引物和一条探针。经过筛选优化,建立了实时荧光RT-RPA检测方法。该方法在39℃恒温反应20 min即可快速、特异性地检测出VHSV,与其他水生动物病毒不发生交叉反应,该方法检测限为1.83×10^3PFU/mL,利用本研究方法对30份鲑鳟鱼临床样品以及9份鱼类疫病病原样品进行检测,检测结果与荧光定量PCR方法结果一致。上述结果表明,本研究建立的检测方法操作简单,反应灵敏,结果可靠,仪器依赖性低,适用于现场对VHSV快速检测。