一种高效可直接用于PCR分析的土壤总微生物DNA抽提方法

以CTAB-溶菌酶-蛋白酶K-冻融裂解法直接抽提土壤总微生物的基因组DNA,利用PEG8000沉淀和纯化DNA.结果表明,该方法是一种简便、有效可直接应用于PCR分析的土壤总微生物基因组DNA的抽提方法.采用含聚乙烯吡咯烷酮(PVP)的缓冲液预洗,添加CaCl2和BSA,可以去除腐殖酸;用PEG8000沉淀DNA,可以提高DNA质量;采用冻融法破碎细胞,CTAB、溶菌酶和蛋白质酶K共同作用以裂解细胞,可以保证获得大片段的DNA,提高DNA产率.用该方法抽提的七子花林下土壤总微生物DNA产率为9·22μg·g-1,A260/A280为1·65,可适用于PCR扩增及扩增rDNA限制酶切分析(ARDRA)技术,适宜的模板DNA浓度为0·67ng·μl-1.快速、有效、可直接用于PCR分析的土壤总微生物DNA提取方法的建立,为大规模的土壤微生物分子生态学研究提供了可能.

PCR-DGGE法研究新型氧肥对水淹胁迫下土壤细菌多样性的影响

以短埂大参土壤为研究对象,以水淹为胁迫因子,将短埂大参土壤进行A:单一水淹处理,B:水淹施加新型氧肥处理,C:正常浇水不施加新型氧肥处理,处理时间为36 d。对各处理第6、12、18、24、30、36天土壤中细菌16S rDNA基因的PCR扩增产物进行DGGE分析。结果表明,同时期的A处理与B处理样品的DGGE条带相似度随处理时间延长,相似度降低,B处理的第12、18、24天样品的DGGE条带数比A多且较亮;B处理的香农-威纳指数(Shannon指数)比A处理的Shannon指数高,差值呈"低-高-低"的趋势;同时期的B处理与C处理样品DGGE条带相似度较低;各处理在各检测时间内多样性表现不同,A样品土壤细菌多样性在各检测时间的相似度普遍较低,B样品土壤细菌多样性在各检测时间的相似度较高且较稳定,C样品土壤细菌多样性在各检测时间的相似度较低。说明新型氧肥对水淹胁迫下土壤细菌多样性影响较显著。

胡晗华、饶志明等获本刊优秀论文奖

根据我部决定(见本刊1999年第2期第159页)和有关专家推选评定，胡晗华、石岩峻、丛威、蔡昭铃的论文《不同氮磷水平下中肋骨条藻对营养盐的吸收及光合特性》[2004，10(6)：735～739]和饯志明、赵有玺、李辉、王正祥、沈微、方惠英、诸葛健的论文《太湖流域土壤微生物基因组总DNA分离纯化及其质粒文库的初步构建》[2004，10(6)：774～777]获本刊2004年第5期优秀论文奖。