埃可病毒14型分离株VP1区序列基因特征分析

目的分析全球近30年埃可病毒14型(echovirus14,Echo14)分离株VP1区遗传进化规律,探索其分子流行病学特征。方法应用生物信息学软件,分析GenBank核苷酸数据库收录的全球Echo14分离株全长VP1区基因序列,构建系统进化树,比较分析分离株核苷酸和氨基酸同源性。采用Datamonkey在线软件筛选正向选择位点,采用Bioedit软件测算氨基酸置换熵值。结果共纳入Echo14分离株140株,毒株分离于1990—2019年,主要来自中国(占69.3%),主要分离自急性迟缓性麻痹监测样品(占72.1%)。分离株血清型由多到少依次为基因型D(占44.3%)、B(占30.0%)、C(占23.6%)和A(占2.1%),其中C和D型均流行于中国;分离株核苷酸和氨基酸同源性为80.0%和96.2%;发现1个正向选择位点和11个氨基酸易突变位点;核苷酸碱基总突变数6833 bp,总突变率为5.5%。结论Echo14流行水平较低,其分离株进化较为活跃,亲缘性关系较远,存在共循环流行特征。

埃可病毒14型四川分离株的基因特征

目的了解四川省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中分离的埃可病毒14型(echovirus 14,E14)的基因特征,探索其进化特征及在四川省的传播动态。方法从2006—2020年四川省AFP病例监测中分离鉴定到的11株E14毒株进行全VP1基因序列的测定及核苷酸同源性和遗传进化的分析。结果11株E14四川分离株分离于2006—2010年、2013—2014年,分布于四川省8个市。所有E14四川分离株核苷酸之间的同源性为81.2%~96.7%,氨基酸同源性为96.6%~99.6%。遗传进化树显示进化分支划分为4个簇cluster1~cluster4;四川分离株与中国山东省、云南省分离株同在cluster1,与其他簇的平均遗传距离为24.84%~26.18%,印度的大部分毒株在cluster3,与其他簇的平均遗传距离为22.81%~26.18%;澳大利亚的分离株和一小部分印度分离株聚在cluster4,与其他簇的平均遗传距离为22.81%~24.84%;原型株单独在cluster2,与其他簇的平均遗传距离为24.69%~25.30%。结论E14的进化较为活跃,地理分布上呈现一定聚集性,四川省内存在多条E14的传播链。

贵州地区人类埃可病毒14型的VP1基因特征分析

目的 分析贵州地区人类埃可病毒14型(Echovirus 14,ECHO 14)分离株的VP1基因特征,为ECHO 14的防控提供科学依据。方法 收集2001—2021年贵州省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis, AFP)监测系统中从AFP病例及健康儿童粪便标本中分离到的15株ECHO 14毒株并进行回顾性鉴定分析,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出VP1基因并对扩增产物测序,用MEGA7.0构建系统进化树并对氨基酸位点突变进行分析。结果 贵州地区15株ECHO 14分离株属于A、B和C基因亚型,其中A基因亚型占比达80.0%(12/15)。15株ECHO 14分离株之间的核苷酸一致性为81.8%~97.1%,氨基酸同源性为94.3%~99.7%,与原型株Tow (Rhode Island/54)株之间的核苷酸一致性为77.1%~79.4%,氨基酸同源性为95.1%~98.4%;与ECHO 14原型株Tow株比较分析,结果显示在VP1氨基酸序列上存在33个突变位点,其中8个位点已完全突变分别为N8D、K132T、G157D、L217M、V237I、M295L、H296Q和H298R。结论 2000—2021年贵州省AFP病例中分离的ECHO 14毒株属于A、B和C基因亚型,VP1区的氨基酸多位点变异,可能导致了多条传播链在贵州地区共循环,其中A基因亚型是2006年后贵州地区传播的优势亚型。