人类埃可病毒7型的基因特征分析

目的对来自11个国家和中国2个省份不同时间分离的60株埃可病毒7型(ECHO virus 7,ECH-O 7)病毒VP1区基因特征进行分析。方法在GenBank中用BLASTN软件搜索不同国家、不同时间发表的ECHO 7VP1区基因序列,共搜索到97个序列,去除相同序列后,共得到60株ECHO 7病毒VP1区序列,用MEGA软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统发生树。结果 60株病毒可分为4个基因型(基因型A～D),A基因型单独由ECHO 7原型株Wallace组成,B、C基因型各由1个亚型组成,D基因型由3个亚型组成,每个亚型又分为不同的组。不同毒株的核苷酸差异率为5.9%～23.2%(氨基酸差异率为1.0%～13.0%),不同基因型之间的核苷酸差异率为15.4%～22.5%(氨基酸差异率为1.7%～7.3%)。结论 ECHO 7病毒存在不同的基因型/亚型,不同基因型/亚型可以在同一个地区流行很长时间,同一时间内不同的基因型/亚型又可在不同的地区流行,具有明显的时间和地域流行特点。

埃可病毒7型云南分离株VP1编码序列基因特征分析

目的对从云南省病毒性脑炎监测平台中分离到的3株埃可病毒7型(echovirus 7,E7)VP1编码序列进行扩增和测序,并与E7病毒原型株(Wallace)及以前云南省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例、健康人群和环境污水中分离的E7病毒一起进行VP1编码序列基因特征分析。方法用RT-PCR方法扩增3株病毒VP1编码序列并进行序列测定。用MEGA 5.0软件构建3株病毒、E7病毒原型株及云南省以前分离的E7病毒的VP1编码序列进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果 E7病毒原型株(Wallace)为基因型A,云南分离株为基因型B,基因型B又可分为两个亚型,即亚型1(subtype 1)和亚型2(subtype 2),每个亚型又可分为两个不同的进化分支(lineage)。3株病毒性脑炎分离株属于亚型1的进化分支2(lineage 2)。结论 E7是一个重要的病毒,在基因进化树中云南省脑炎监测平台分离的E7自成一簇,单独构成一个进化分支,加强E7病毒的研究具有重要意义。

2016年云南省埃可病毒7型分离株K1641/YN/CHN/2016全基因组序列分析

目的 对2016年云南省埃可病毒7型(echovirus 7,E-7)的分离株K1641/YN/CHN/2016(简称K1641)进行全基因组序列测定并分析其分子变异和遗传进化特性。方法 利用KMB17细胞分离病毒,提取病毒RNA,进行RT-PCR,并测序拼接获得全基因组序列。利用Mega 5、Geneious Basic 5.4.1和SimPlot 3.5.1等软件分析全基因组序列。结果 获得的K1641株全基因组序列长度为7 428 bp,编码含2 193个氨基酸的多聚蛋白。K1641全基因组核苷酸和氨基酸同源性与中国分离株40/Longyou/ZJ最为同源,分别为95.9%和98.9%;而与其他中国E-7流行株VP1的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.1%~99.7%和82.5%~99.3%;与原型株VP1的核苷酸和氨基酸同源性为78.4%和93.1%。K1641与其他E-7毒株的各区段核苷酸一致性和氨基酸同源性分别为73.5%~97.3%和85.3%~100.0%,K1641与40/Longyou/ZJ的各区段核苷酸一致性和氨基酸同源性均超过90.0%,并且,氨基酸的同源性要高于核苷酸一致性。基于E-7全长VP1序列的种系进化分析,可分为8个簇,本次分离株K1641与2013中国分离株40/Longyou/ZJ关系较近,属于进化树上的一个分支。进行相似性分析,在位置350~600,与E-6/RO-24-9-79(LS451294)显示出99%的高相似性;其他位置与中国分离株40/Longyou/ZJ有较高(>92%)的相似性。结论 K1641分离株为E-7,与E-6/RO-24-9-79株可能存在重组事件发生,对E-7遗传特性研究具有参考意义。