基于受体的合理药物设计在α_1-肾上腺素能受体拮抗剂中的应用

在本实验室研究工作的基础上,结合近年来国外研究成果,综述了基于受体的合理药物设计在α1-肾上腺素能受体(α1-AR)拮抗剂设计领域的研究进展。介绍了基于α1-AR受体分子生物学与结构生物学的受体结构构建及其拮抗剂的设计,并对该技术的发展进行了展望。

基于配体和受体的药物设计方法的对应性

基于配体和基于受体的药物设计,通常在方法设计上存在共同的理论基础。本文通过对基于格点能量计算、特征、类似物、知识以及分子对接等方面的方法进行总结,探讨了基于配体和受体在药物设计中的对应关系,并对今后药物设计的发展提出建议。

计算化学方法在基于受体结构的药物分子设计中的基础理论及应用

近年来生物学领域的研究进展极大地加深了对疾病密切相关的靶标分子的结构和功能的认识。然而,如何有效地利用生物大分子的结构信息,进而合理地设计出具有特异性结合活性的小分子药物,还需要进一步开发精确计算受体配体结合自由能的方法。近年来计算能力迅猛增长及研究大分子体系的理论和算法日趋成熟,基于物理学原理的计算化学方法在药物分子设计中的重要作用日益凸显。本文就计算化学在基于受体结构的药物分子设计中的方法及典型应用实例进行了系统的综述,包括小分子结合位点的成药性评估、化合物数据库的虚拟筛选、先导化合物的结构优化等,同时对目前的应用方法存在的主要问题进行了探讨,提出了切实可行的处理策略。

药物与hERG钾通道相互作用预测的研究进展

不少药物因临床发现有抑制hERG钾离子通道导致心律失常而被撤出市场,本文从hERG钾通道的生物学基础,阻断hERG钾离子通道的高危险性及采用计算机虚拟预测药物对hERG钾离子通道阻滞活性的研究方法分别进行了介绍和综述,并分别从基于受体和基于配体两个角度对各种预测药物阻滞hERG钾离子通道活性的方法的研究进行阐述和比较。

多药效团组合筛选PD E4B抑制剂研究

本文以17个PDE4B受体-抑制剂复合物为研究对象,应用LigandScout构建17个药效团模型,并以多药效团组合筛选方法开展中药中具有PDE4B亚型选择性抑制活性成分的辨识研究。经过配体再匹配和已知活性化合物数据库筛选两种评价方法,评价并保留了17个药效团模型;以分子被命中频次作为多药效团组合筛选方法的综合性评价指标,结合MDDR数据库筛选结果,确定了PDE4B抑制剂被命中大于或等于8次的分子为多药效团组合筛选目标。比较了最优药效团筛选方法与多药效团组合筛选方法的筛选效率,结果多药效团组合筛选方法的富集度和活性化合物有效命中率都比最优药效团筛选方法高,分别为38.017、47.44%,表明基于受体的多药效团组合筛选方法具有一定的可靠性,有助于开展中药中有效成分的辨识研究。

基于配体、受体和复合物指纹的虚拟筛选方法比较

近年来,作为基于配体和基于受体两种方法的补充,以复合物指纹为基础的药物筛选方法相关研究正受到广泛的重视.那么这种新兴的方法相对于传统方法在筛选结果准确率上是否具有优势?同时,由于复合物指纹可以通过复合物结构测定和将相应蛋白和配体进行分子对接两种方式获得,那么基于这两种方式获得的复合物指纹所得的筛选结果准确率是否有显著性差异呢?通过对一系列HIV-1蛋白酶复合物晶体结构同时进行基于配体的相似性搜索、分子对接传统的能量打分、基于复合物晶体结构的复合物指纹的相似性搜索和基于分子对接所得复合物结构的复合物指纹的相似性搜索的筛选比较,结果表明:(1)如果三种方法都是直接基于实验结构,那么复合物指纹和分子对接两种方法都因为是兼顾了受体和配体两个方面,准确率都要高于仅仅基于配体的方法;(2)实际运用中,通过实验测定所有复合物结构并不可行,因此需要进行分子对接才能大量的获得复合物结构并进一步生成相应的复合物指纹,令人兴奋的是,基于此种方式获得的复合物指纹与直接基于实验复合物结构获得的复合物指纹在筛选结果上并无显著性差异,从而可以作为实验复合物指纹筛选方法的有效补充.

计算机辅助药物设计在新农用化合物开发中的应用

农药创新关系到我国农业可持续发展和生态环境安全,计算机辅助药物设计能够有效帮助农药创新。介绍了药物靶标的选择和预测、分子对接、分子动力学模拟、从头设计、基于药效团的虚拟筛选和定量构效关系模型等计算机辅助药物设计方法在农药创制过程中的应用,探讨了这些计算机辅助药物设计方法在农药创制过程中存在的问题,展望了计算机辅助药物设计在未来新农药开发中的应用前景。