[目的]低温是导致香蕉减产的主要自然灾害之一。基于转录组与蛋白质组关联分析参与香蕉抗寒的相关基因、蛋白及信号、代谢通路调控网络,探讨香蕉抗寒的分子机制。[方法]以巴西蕉为试材,在7℃低温下处理1 d(Cold1)和3 d(Cold3),以28℃培...[目的]低温是导致香蕉减产的主要自然灾害之一。基于转录组与蛋白质组关联分析参与香蕉抗寒的相关基因、蛋白及信号、代谢通路调控网络,探讨香蕉抗寒的分子机制。[方法]以巴西蕉为试材,在7℃低温下处理1 d(Cold1)和3 d(Cold3),以28℃培养的巴西蕉为对照(CK),基于笔者课题组前期获得的蛋白质组数据,利用转录组测序技术检测巴西蕉在低温胁迫下基因调控网络的变化,同时与蛋白质组学数据进行关联分析,共同解析巴西蕉响应低温胁迫的分子机制。[结果]转录组分析结果显示,Cold1 vs CK、Cold3 vs CK和Cold1 vs Cold3三个对比组分别鉴定出11 370、15 460和9 619个差异表达基因,对这些基因的KEGG富集分析发现,差异表达基因在光合作用信号、谷胱甘肽代谢、α-亚麻酸代谢途径和苯丙素生物合成等多个低温胁迫关键信号代谢通路中富集。对部分差异表达基因进行实时荧光定量(qRT-PCR)分析,其中DREB、MAPK和MYB等低温调控关键基因的表达量在低温处理后显著上升,所选20个基因的表达变化趋势与RNA-seq基本相符,证实了RNA-seq的准确性。转录组与蛋白质组关联分析结果显示,共鉴定到6 211个与转录本相对应的蛋白,转录组与蛋白质呈现正相关关系,共有105个转录本及其对应的蛋白表达量共同上调,有218个转录本及其对应的蛋白表达量共同下调。GO富集分析显示,差异表达基因和蛋白在光响应、叶绿体、氧化还原酶活性等功能大量富集。此外,对差异表达基因和蛋白KEGG通路的关联分析发现,低温处理抑制了苯丙素生物合成和光合作用信号途径相关基因及蛋白的表达,促进了α-亚麻酸代谢和谷胱甘肽途径的表达。[结论]运用转录组结合蛋白质组学技术绘制了基因和蛋白质水平上的香蕉抗寒调控网络,并发现香蕉响应低温的信号通路主要涉及光合作用信号、谷胱甘肽代谢、α-亚麻酸代谢途径和苯丙素生物合成等途径。展开更多
文摘[目的]低温是导致香蕉减产的主要自然灾害之一。基于转录组与蛋白质组关联分析参与香蕉抗寒的相关基因、蛋白及信号、代谢通路调控网络,探讨香蕉抗寒的分子机制。[方法]以巴西蕉为试材,在7℃低温下处理1 d(Cold1)和3 d(Cold3),以28℃培养的巴西蕉为对照(CK),基于笔者课题组前期获得的蛋白质组数据,利用转录组测序技术检测巴西蕉在低温胁迫下基因调控网络的变化,同时与蛋白质组学数据进行关联分析,共同解析巴西蕉响应低温胁迫的分子机制。[结果]转录组分析结果显示,Cold1 vs CK、Cold3 vs CK和Cold1 vs Cold3三个对比组分别鉴定出11 370、15 460和9 619个差异表达基因,对这些基因的KEGG富集分析发现,差异表达基因在光合作用信号、谷胱甘肽代谢、α-亚麻酸代谢途径和苯丙素生物合成等多个低温胁迫关键信号代谢通路中富集。对部分差异表达基因进行实时荧光定量(qRT-PCR)分析,其中DREB、MAPK和MYB等低温调控关键基因的表达量在低温处理后显著上升,所选20个基因的表达变化趋势与RNA-seq基本相符,证实了RNA-seq的准确性。转录组与蛋白质组关联分析结果显示,共鉴定到6 211个与转录本相对应的蛋白,转录组与蛋白质呈现正相关关系,共有105个转录本及其对应的蛋白表达量共同上调,有218个转录本及其对应的蛋白表达量共同下调。GO富集分析显示,差异表达基因和蛋白在光响应、叶绿体、氧化还原酶活性等功能大量富集。此外,对差异表达基因和蛋白KEGG通路的关联分析发现,低温处理抑制了苯丙素生物合成和光合作用信号途径相关基因及蛋白的表达,促进了α-亚麻酸代谢和谷胱甘肽途径的表达。[结论]运用转录组结合蛋白质组学技术绘制了基因和蛋白质水平上的香蕉抗寒调控网络,并发现香蕉响应低温的信号通路主要涉及光合作用信号、谷胱甘肽代谢、α-亚麻酸代谢途径和苯丙素生物合成等途径。
