宏基因二代测序在脊柱感染性疾病诊断中的应用效果

目的 探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在脊柱感染性疾病诊断中的应用效果,并分析抗生素对mNGS检测结果的影响。方法 选择2020年12月至2023年3月南昌大学第一附属医院疑似脊柱感染并接受手术治疗的69例患者,收集患者的一般资料、mNGS检测结果、组织病理学结果、术前使用抗生素的种类、细菌培养结果、检出细菌种类等资料,分析mNGS对脊柱感染的检测效率及抗生素对mNGS检测结果的影响。结果 69例患者中mNGS检测阳性45例,阳性率为65.2%;细菌培养检出1例,阳性率为4.35%;组织病理检出56例,阳性率为81.1%。mNGS阳性率低于组织病理学阳性率(P=0.035)。mNGS检测出最多的致病细菌以金黄色葡萄球菌(17.7%)和结核分枝杆菌(17.7%)为主。术前使用抗生素的患者,mNGS总体阳性率为67.3%,与术前未使用抗生素患者的mNGS阳性率(65.0%)比较差异无统计学意义(P=0.851)。结论mNGS技术对早期诊断脊柱感染可提供重要的依据,并可明确致病菌,但阳性率低于组织病理学,术前使用抗生素对其mNGS检测结果干扰较小。

宏基因二代测序在脊柱感染诊治中的应用进展

脊柱感染(spinal infection,SI)是一种比较少见的感染性疾病,由于经验性使用抗生素使耐药菌感染的几率增加,同时检测技术的进步导致检出率增加,其发病率呈上升趋势。判断病原体的类型从而针对性地使用抗生素是治疗的关键,然而传统检测方法检出率低且耗时长,不利于脊柱感染的快速精确诊断。宏基因二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)是一种可对样本中所有核酸片段进行测序的检测技术,其出现颠覆了传统检测方法,在脊柱感染的诊断与治疗中发挥重要作用。本文就mNGS在脊柱感染诊治中的应用进展进行综述。

宏基因二代测序对颅内动脉瘤患者术后颅内感染病原微生物的诊断价值及相关因素分析

目的分析宏基因二代测序(mNGS)对颅内动脉瘤患者术后颅内感染病原微生物的诊断价值及影响因素。方法选取2021-01—2022-12哈励逊国际和平医院收治的60例颅内动脉瘤术后颅内感染患者为感染组,进行m NGS检测及细菌培养,比较两者对术后颅内感染病原微生物的检出率。纳入同期颅内动脉瘤术后未发生颅内感染患者63例为非感染组,收集一般资料,采用Logistic回归分析影响颅内动脉瘤患者术后颅内感染的因素,建立预测模型,绘制ROC曲线评估模型的预测效果。结果60例颅内动脉瘤术后颅内感染患者中mNGS检出病原微生物患者50例,检出率83.00%;细菌培养检出病原微生物患者36例,检出率60.00%,mNGS对病原微生物患者的检出率高于细菌培养(P<0.05)。Logistic多因素回归分析显示,糖尿病、手术时间≥4 h、术中出血量≥100 mL、动脉瘤破裂、脑脊液漏、置管时间≥7 d及术后未使用抗菌药物是颅内动脉瘤术后颅内感染的影响因素(P<0.05)。ROC曲线指标Prob的灵敏度84.00%,特异度67.00%,曲线下面积(AUC)为0.820。结论mNGS对颅内动脉瘤患者术后颅内感染病原微生物的诊断价值较高,糖尿病、手术时间、术中出血量、动脉瘤破裂、脑脊液漏、置管时间及术后使用抗菌药物与颅内动脉瘤术后颅内感染有关,以上述因素构建的预测模型对颅内感染的预测有指导作用。

宏基因二代测序在儿童呼吸系统疾病中的应用进展

呼吸道感染严重威胁着儿童健康,目前在传统病原学检测手段下临床仍有大量可疑感染无法获取病原,传统病原学检测已无法满足临床诊治的需求。近年来,随着宏基因二代测序(mNGS)的出现和广泛应用,儿童呼吸系统疾病病原学检测手段取得了新的发展,其具有非预设性、高通量的优点,并在儿童呼吸道感染方面展现出高灵敏度和高特异度,对鉴定罕见感染、重症感染、免疫抑制感染和混合感染有较高的应用价值。基于mNGS的巨大临床应用潜力,其不断优化有助于弥补传统病原学检测手段的不足,未来有望成为常规检测方法。

宏基因二代测序技术对胸内淋巴结结核的诊断价值

目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核患者临床资料,所有患者均行支气管内超声引导下经支气管针吸活检术(endobronchial ultrasound-guided transbronchial needle aspiration,EBUS-TBNA)。穿刺标本同时进行mNGS、Gene Xpert MTB/RIF(简称“Xpert”)、PCR-荧光探针法(简称“RT-PCR”)、RNA恒温扩增荧光实时检测技术(简称“TB-SAT”)、BACTEC MGIT 960分枝杆菌全自动快速液体培养(简称“MGIT 960”)和涂片抗酸染色(简称“涂片”),比较6种方法对胸内淋巴结结核的诊断效能。结果:根据诊断标准,122例疑似患者中,最终89例诊断为胸内淋巴结结核,33例为非胸内淋巴结结核患者。以综合诊断结果为参照标准,m NGS对胸内淋巴结结核诊断的敏感度为89.9%(95%CI:81.7%~95.3%)、特异度为87.9%(95%CI:71.8%~96.6%)、准确率为89.3%(95%CI:82.5%~94.2%),AUC值为0.889(95%CI:0.819~0.939),明显高于Xpert、RT-PCR、TB-SAT、MGIT 960和涂片对胸内淋巴结结核检测的敏感度(68.5%、61.8%、33.7%、49.4%和11.2%)、特异度(93.9%、97.0%、97.0%、100.0%和100.0%)、准确率(75.4%、71.3%、50.8%、63.1%和35.2%)和AUC(0.812、0.794、0.747、0.653和0.556)。结论:m NGS检测对胸内淋巴结结核具有较高的临床诊断价值,尤其在其他结核病相关检测均阴性时,该技术可给临床诊断提供重要参考,但与传统的病原学检测手段相比较,特异度仍偏低,尤其在鉴别疾病良恶性时,需结合病理结果进行综合分析。

宏基因二代测序技术在重症社区获得性肺炎患者中的应用

目的分析应用支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)行宏基因高通量测序技术(metagenomics next-generation sequencing,m NGS)在重症社区获得性肺炎(severe community-acquired pneumonia,SCAP)中的应用价值。方法对2021年1月至2022年12月入住北京大学首钢医院呼吸监护室且进行BALFm NGS检测的45例首诊考虑SCAP的患者进行回顾性分析,根据患者免疫状态分为免疫正常组及免疫受损组,评估m NGS对两组患者病原微生物的检测情况、对治疗的指导价值,并将m NGS与普通病原微生物检测进行比较。结果共有45例SCAP患者纳入研究。其中免疫正常患者25例,免疫受损患者20例。m NGS检测阳性率为86.7%,常规微生物检测方法阳性率为26.7%,两者差异有统计学意义(P<0.001)。与常规微生物检测方法相比,m NGS在检测非典型病原微生物和机会性感染病原微生物方面具有明显优势。m NGS在诊断混合感染方面要优于常规微生物检测。根据临床表现及m NGS检测结果,82.1%的患者需要调整抗生素治疗。结论对比常规微生物检测方法,m NGS检测方法敏感度高、覆盖范围广,能够为SCAP患者提供快速准确的病原学诊断并指导抗生素调整。

宏基因二代测序诊断以脑膜炎起病的重症恙虫病1例

本文介绍1例以意识障碍起病,快速陷入昏迷,病情进展合并多脏器功能损伤,包括弥散性血管内凝血、急性心力衰竭、急性呼吸窘迫综合征、肝功能不全等,需行气管插管呼吸机辅助通气的重症患者,最终通过宏基因二代测序明确诊断为恙虫病,予氯霉素及对症支持治疗后好转出院。

宏基因二代测序技术在肺部感染病原学检测中应用的研究进展

肺部感染作为常见的感染性疾病,全球发病率高、死亡率高,致病菌类型多种多样,目前常用的病原体检测主要有形态学鉴定、细菌培养和抗原抗体检测,部分罕见的病原体不易被检测出,给临床诊断带来困难。宏基因二代测序(mNGS)技术作为一项新的检测技术,处于高速发展阶段,并已逐步应用于临床,具有高通量、高灵敏度和检测周期短等特点。mNGS对提高肺部感染性疾病的病原学诊断效率和检测效能具有巨大的潜力,特别是常规检测方法存在局限性的领域,如罕见疾病、新发传染病及检测条件苛刻的微生物等。现针对mNGS技术在肺部感染病原体诊断的优势和局限性等方面进行综述,探讨其临床应用价值,为通过mNGS技术实现肺部感染性疾病的精准诊断和治疗提供依据。

宏基因二代测序诊断侵袭性肺曲霉病1例报道

侵袭性肺曲霉病在临床中难以与其他肺部感染相鉴别,易误诊或漏诊。现报道运用宏基因二代测序技术诊断侵袭性肺曲霉病1例,以探讨宏基因二代测序技术对临床侵袭性肺曲霉病患者的诊断价值。患者主要临床表现为高热、咳嗽咳痰,痰中带血,入院后初步诊断为“细菌性肺炎”,先后予头孢哌酮钠舒巴坦钠、美罗培南,效果不佳,相关检查未获得充足病原学证据,遂行宏基因二代测序技术及病理检查,结果提示肺曲霉菌感染,调整抗菌药物为伏立康唑,治疗后患者好转出院。临床中对于常规抗生素治疗效果不佳的肺部感染患者,应考虑真菌感染的可能,若通过常规检查未能明确致病菌,应重视宏基因二代测序技术的诊断价值。

肺泡灌洗液宏基因二代测序在儿童重症肺炎病原诊断中的价值

目的探讨肺泡灌洗液(BALF)宏基因二代测序(mNGS)对儿童重症肺炎病原的诊断价值。方法选取2019年6月至2020年12月于西安市儿童医院住院诊断为重症肺炎的146患儿的BALF进行传统实验室检测(常规培养+涂片)和mNGS检测。分析BALF mNGS检测与常规培养+涂片检测对病原微生物的检出结果。结果BALF mNGS检测病原阳性率为80.1%(117/146),前3位依次为肺炎链球菌55株、肺炎支原体43株、流感嗜血杆菌18株。常规培养+涂片检测病原阳性率为18.5%(27/146),前3位分别为肺炎链球菌6株、流感嗜血杆菌4株、肺炎支原体4株。单一感染最多的是肺炎链球菌,混合感染最多的是肺炎支原体+肺炎链球菌。BALF mNGS检测病原阳性率高于常规培养+涂片检测(χ^(2)=84.65,P<0.05)。血清肺炎支原体抗体检测病原阳性率为39.7%(58/146),BALF mNGS检测病原阳性率为29.5%(43/146),差异具有统计学意义(χ^(2)=78.76,P<0.05)。结论BALF mNGS检测对儿童重症肺炎病原的检出率高于常规培养+涂片检测,可在早期指导临床合理用药。

宏基因二代测序诊断妊娠期鹦鹉热肺炎1例

1病例资料患者女,31岁,孕3产3,剖宫产术后6h,因“咳嗽4d,发热2d,加重伴呼吸困难1d”于2022年5月5日19:00入深圳市第二人民医院重症医学科。4d前患者无诱因出现咳嗽,2d前出现发热,最高体温39.4℃,自觉胎动正常,于当地医院就诊,诊断为“上呼吸道感染”,予头孢曲松抗感染等对症支持治疗。1d后上述症状加重,伴活动后气促、呼吸困难及头晕头痛,5月4日16:50转入深圳市龙岗中心医院治疗。查体:体温:36.3℃,脉搏:122次/分,考虑诊断“上呼吸道感染”。

宏基因二代测序技术在肺部阴影发热病例诊断中的应用价值

目的探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)病原宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在肺部阴影发热病例诊断中的价值。方法回顾性分析我科收治的94例病例,均收集BALF同时行病原mNGS及传统检测(微生物培养+涂片镜检),比较两种方法诊断效能,并分析mNGS结果的影响因素。结果以最终诊断为准,mNGS与传统检测比较:病原阳性率76.6%vs 19.1%、灵敏度83.5%vs 20.3%、阴性预测值40.9%vs 17.1%、诊断符合率79.8%vs 30.9%、混合感染检出率45.6%vs 7.6%,mNGS组明显优于传统组(P<0.05);且mNGS检出病原种类、数量及时间有明显优势。经二元Logistic分析基础疾病数量、发热可能是mNGS阳性结果的影响因素;检测公司及抗生素使用时间影响较小。结论与传统检测相比,BALF的病原mNGS检测高效快速,有助于肺部阴影发热病例诊断和鉴别诊断。

宏基因二代测序在造血干细胞移植治疗疑难危重感染性血液病中的临床价值

目的探讨宏基因二代测序(mNGS)在造血干细胞移植治疗疑难感染性血液病患者中的临床应用价值。方法回顾性分析2022年8月至2023年8月遵义医科大学附属医院血液科住院治疗的疑难、危重感染的行造血干细胞移植的血液病患者的临床病例资料和mNGS病原菌结果。结果本研究中,6例患者男5例,女1例,急性髓系白血病3例,极重型再生障碍性贫血1例,原发中枢神经系统弥漫大B细胞淋巴瘤1例,阵发性睡眠性血红蛋白尿1例;自体造血干细胞移植1例,异基因造血干细胞移植5例。对外周血、深部痰液、肺泡灌洗液、胸水标本进行mNGS检测,结合临床及常规培养结果分析,有临床意义的病原菌中,小克银汉霉属1例,金黄色葡萄球菌1例,耶氏肺孢子菌1例,分枝杆菌属1例,烟曲霉菌1例,大肠埃希菌1例。治疗转归,死亡1例,好转5例。结论对于血液病行造血干细胞移植患者合并感染,常规病原学检查未能明确致病原或规范性经验抗感染治疗无效,或者临床怀疑罕见、难培养的病原菌或非典型病原菌感染以及可能并发危及生命的严重感染,完善常规病原学检测的同时开展mNGS检测有助于早期诊断。

电子支气管镜检查联合宏基因二代测序技术在不明病原体肺部感染中的临床应用价值

分析电子支气管镜检查联合宏基因二代测序技术在不明病原体肺部感染中的应用效果。方法 采取便利抽样法,选取2022年5月至2022年12月在江西省上犹县人民医院住院治疗的120例不明病原体肺部感染患者作为研究对象,根据不同检查方式分为对照组和研究组,每组60例。对照组实施电子支气管镜检查,研究组实施电子支气管镜检查联合宏基因二代测序技术检查。比较两组患者病原体阳性效果、病原体检出情况,并比较研究组宏基因二代测序技术检测阳性及阴性患者的临床疗效。结果 研究组患者检测阳性率85.00%高于对照组的20.00%,差异有统计学意义(P<0.05)。研究组51例阳性患者单一病原体15例,分枝杆菌24例,混合感染4例,人疱疹病毒4例;链球菌4例;对照组12例阳性患者单一病原体8例,结核分枝杆菌4例。研究组宏基因二代测序技术检测阳性患者的好转率88.24%高于阴性患者的55.56%,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 电子支气管镜检查联合宏基因二代测序技术可进一步提高不明病原体肺部感染患者病原体检出率,可提高机会感染病原体及真菌检出率,并可指导临床精准用药治疗,具有较高临床应用价值。

宏基因二代测序技术对脊柱感染的诊断效率及预后的影响

目的:脊柱感染是一种比较少见且治疗棘手的感染性疾病。由于经验性使用抗生素使多重耐药菌感染发生率增加,同时检测技术进步导致检出率增加,因此脊柱感染的发病率呈上升趋势。传统检测方法诊断脊柱感染存在敏感性低和耗时长等局限性。在脊柱感染的临床诊疗中,判断病原体的类型从而有针对性地使用抗生素一直是重点和难点。许多患者在脊柱感染早期因传统检测方法的局限性不能得到快速精准的诊断,造成诊断延迟,错过最佳治疗时间,给患者带来灾难性后果。临床上急需一种高特异度、高灵敏度、耗时少的检测脊柱感染病原体的技术。宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)是近几年新兴的前沿技术,其可以检测样本中已知的所有病原体,已应用于诊断临床上非典型的、罕见的感染性疾病。本研究旨在分析mNGS技术在脊柱感染术后诊断病原体中的敏感度,以及其对预后的影响。方法:回顾性分析2019年1月至2021年12月中南大学湘雅医院收治的82例脊柱感染患者的临床资料,术前检测其外周血C反应蛋白(C-reactive protein,CRP)、红细胞沉降率(erythrocyte sedimentation rate,ESR)、降钙素原(procalcitonin,PCT),在术中取得患者病灶组织标本,并进行微生物培养、组织病理学检查和mNGS检测。根据mNGS检测结果,将82例患者分为针对用药组(n=71)和经验用药组(n=11)。术后定期随访,根据病理学及病原学检查结果,评价m NGS检测脊柱感染病原体的敏感度及其对预后的影响。结果:mNGS检测脊柱感染病原体的阳性率(86.59%,71/82)显著高于微生物培养(18.99%,15/79)和PCT检测(30.23%,13/43)。针对用药组与经验用药组的术前体温、白细胞计数、中性粒细胞比值和入院视觉模拟评分差异均无统计学意义(均P>0.05);术前是否使用抗生素对mNGS检测结果和微生物培养结果阳性率无明显影响(P=0.681)。针对用药组患者的术后CRP、ESR呈下降趋势;术后30 d,针对用药组的ESR较经验用药组明显下降(P=0.044)。结论:相比于微生物培养和PCT检测,mNGS检测脊柱感染病原体的敏感度更高;与经验用药相比,根据mNGS检测结果针对性使用抗生素的患者预后更好。

宏基因二代测序技术指导下的皮肤炭疽院内感染防控1例报告

炭疽是一种由炭疽芽孢杆菌引起的人兽共患病,主要以皮肤炭疽为主,属于我国法定乙类传染病。本研究报告1例33岁男性病例,自述虫咬伤后出现右前臂皮疹,自行挑破后出现发红、水泡伴少量脓液,常规微生物培养结果为阴性,血宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)结果示炭疽芽孢杆菌。本研究从早期诊断和指导院内感染防控角度,探讨mNGS的临床应用价值。

宏基因二代测序技术在重症肺炎病原体检测及治疗方案制定中的应用

目的观察宏基因二代测序技术(mNGS)在重症肺炎病原体检测及治疗方案制定中的应用效果。方法112例重症肺炎患者随机分为实验组和对照组,患者均行肺泡灌洗术;实验组灌洗液送mNGS检测,对照组灌洗液行一般细菌、真菌培养;两组均根据病原体检测结果调整抗感染方案。比较两组病原体检出率、抗生素使用时间、机械通气时间、住院日、住院费用、临床疗效、病死率。结果实验组病原体检出率高于对照组(χ;=23.59,P<0.05);实验组抗生素使用时间、机械通气时间、住院日、住院费用少于对照组(P均<0.05);实验组临床疗效高于对照组(χ;=3.895,P=0.048);实验组病死率低于对照组,但差异无统计学意义(χ;=1.037,P=0.308)。结论mNGS可提高重症肺炎病原体的检出率;对重症肺炎患者,根据mNGS的病原体检测结果调整制定治疗方案,可缩短抗生素使用时间、机械通气时间、住院时间,减少住院费用,提高治疗效果。

宏基因二代测序在肺部感染中的诊断效能研究进展

肺部感染是一种高发病率、高死亡率的感染性疾病,早期准确的病原学诊断是治疗有效的关键。传统的病原学检测方法(培养、涂片镜检、RT-PCR、血清学特异性抗体测定等)病原体检出率较低,宏基因二代测序(metagenomic Next-Generation Sequencing,mNGS)的出现颠覆了传统的病原学诊断方法,提高了病原体检出率。本文通过阅读大量国内外已发表的文献,分析mNGS在细菌、病毒、真菌、结核等不同病原体中的检测效能,分析其优势与局限性,有望将来通过mNGS实现靶向、精准的病原学诊断从而有效治疗肺部感染。

宏基因二代测序技术在无反应肺炎诊治中的应用价值

目的探讨宏基因二代测序(mNGS)技术在无反应肺炎诊治中的应用价值。方法选取中山市人民医院2019年1月至2021年5月收治的60例无反应肺炎患者,采用随机数表法分为实验组和对照组各30例。对照组患者给予经验性抗感染治疗,根据痰涂片、痰培养、化验结果调整治疗方案;实验组患者经纤支镜行肺泡灌洗术,将灌洗液行mNGS检测,根据mNGS结果调整治疗方案。治疗结束后比较两组患者的病原体检出率、临床疗效、抗菌药物使用时间、平均住院日、平均住院费用和28 d死亡率。结果实验组患者的病原体检出率为90.00%,明显高于对照组的43.33%,差异有统计学意义(P<0.05);治疗20 d后实验组患者的治疗总有效率为86.67%,明显高于对照组的63.33%,差异有统计学意义(P<0.05);实验组患者的抗菌药物使用时间、平均住院日、平均住院费用明显短(低)于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05);28 d内实验组无患者死亡,对照组1例患者死亡,两组患者28 d死亡率比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论mNGS应用于无反应肺炎患者能明显提高病原体检测阳性率和治疗效果,缩短抗生素使用时间及住院时间,降低住院费用,值得临床推广使用。

宏基因二代测序技术对医院传染性疾病防控的价值

目的:探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术对医院传染性疾病防控的价值。方法:回顾性分析2018年1月1日至2019年12月31日复旦大学附属中山医院收治的5例传染性疾病患者的病例资料,比较其常规微生物培养和mNGS结果。结果:5例患者常规微生物培养均为阴性,mNGS结果:炭疽芽孢杆菌1例,霍乱弧菌1例,结核分枝杆菌复合群1例,三日疟原虫1例,恶性疟原虫1例。根据mNGS结果,提早确诊传染性疾病并调整医院感染防控措施,随访30 d内,未出现院内传播新发病例。结论:mNGS在传染性疾病的早期识别与诊断中有重要作用,对于医院感染防控早期干预起到良好的指导效果。