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自身基因优化育种为植物分子育种提供新思路
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作者 胡江博 任正鹏 +4 位作者 丁翔 王朝全 冯阳 张翔 胥南飞 《中国种业》 2023年第4期I0002-I0004,共3页
生物育种技术是确保中国人将饭碗牢牢端在自己手里的重要手段。四川天豫兴禾生物科技有限公司经8年研究,建立了“基因超进化”系统,获得了一批高抗除草剂的作物内源突变基因;结合分子育种技术与常规育种方法,创制出一种新的基因型设计... 生物育种技术是确保中国人将饭碗牢牢端在自己手里的重要手段。四川天豫兴禾生物科技有限公司经8年研究,建立了“基因超进化”系统,获得了一批高抗除草剂的作物内源突变基因;结合分子育种技术与常规育种方法,创制出一种新的基因型设计育种方法,获国内外授权专利12项,集成创建了“自身基因优化育种”技术,成功培育出一批高抗除草剂的水稻新品系,为作物获得创新性状提供了新思路。自优育种的商业化应用,不仅能助力解决种业“卡脖子”难题,还可以推动我国生物育种技术快速发展,促进农业生物育种能力稳步提升。 展开更多
关键词 常规育种方法 分子育种技术 生物育种 基因优化 商业化应用 抗除草剂 突变基因 生物科技
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经基因优化的HPV16L1蛋白在毕赤酵母中的表达 被引量:3
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作者 董金蓉 谢飞 +3 位作者 刘勇 郭仁 彭建新 刘红岩 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2007年第5期333-336,共4页
目的利用毕赤酵母表达系统(Pichia pastoris)高效表达HPV16L1蛋白。方法按照Pichia pastoris密码子偏爱性合成HPV16L1基因,构建pAO819r-16L1表达载体,电转化至GS115菌株中,经MD板和不同浓度G418筛选,挑取高拷贝整合菌株,甲醇诱导目的蛋... 目的利用毕赤酵母表达系统(Pichia pastoris)高效表达HPV16L1蛋白。方法按照Pichia pastoris密码子偏爱性合成HPV16L1基因,构建pAO819r-16L1表达载体,电转化至GS115菌株中,经MD板和不同浓度G418筛选,挑取高拷贝整合菌株,甲醇诱导目的蛋白的表达,用HPV16L1抗血清,经Western blot检测蛋白的特异性。结果重组质粒pAO819r-16L1在甲醇营养型酵母菌株中经甲醇诱导后可表达HPV16L1蛋白,在试管中的表达量超过10mg/ml,经Western blot验证,该蛋白可与抗血清特异结合,在相对分子质量55000附近出现目的条带,证明该蛋白确为HPV16L1蛋白。结论利用毕赤酵母表达系统可高效表达HPV16L1蛋白,为研制HPV疫苗奠定基础。 展开更多
关键词 人乳头瘤病毒 L1蛋白 毕赤酵母 基因优化
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按酵母基因优化的HPV6型L1蛋白在大肠杆菌中高效表达 被引量:1
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作者 李平川 张晓光 +1 位作者 周玲 曾毅 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期266-269,共4页
Human papillomavirus 6(HPV6) causes a common sexually transmitted disease,the genital warts.L1-capsid protein is a highly promising preventive vaccine that has entered phase Ⅱ clinical trial.But the existing methodol... Human papillomavirus 6(HPV6) causes a common sexually transmitted disease,the genital warts.L1-capsid protein is a highly promising preventive vaccine that has entered phase Ⅱ clinical trial.But the existing methodologies for producing L1-capsid protein in insect cells is expensive for use in developing countries.In order to get larger amount of L1 protein in E.coli economically,we rebuilt whole L1 gene with preferred codons for yeast P.pastoris,abolished A-T rich regions,subcloned the modified L1 gene (mL1) into pTXB1 and induced expression by IPTG.SDS-PAGE and Western blot showed that mL1-6×His fused proteins could be overexpressed in BL21(DE3).This success will facilitate the HPV vaccine development and structure-function study. 展开更多
关键词 人乳头瘤病毒6型 L1蛋白 酵母 基因优化 表达 大肠杆菌
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基于基因优化的脑电信号特征选择 被引量:3
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作者 吴婷 《仪器仪表学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第12期2706-2711,共6页
针对脑机接口(BCI)研究中脑电信号的特征选择问题,提出了一种基因优化算法(GO)。GO算法在变异的基础上实现自下而上、由微观到宏观的自组织优化,可以在提高分类精度的同时很大程度上节省在线数据处理的时间。为检验提出方法的有效性,将... 针对脑机接口(BCI)研究中脑电信号的特征选择问题,提出了一种基因优化算法(GO)。GO算法在变异的基础上实现自下而上、由微观到宏观的自组织优化,可以在提高分类精度的同时很大程度上节省在线数据处理的时间。为检验提出方法的有效性,将其与基于AGA的特征选择方法以及基于Fisher距离的滤波选择方法进行了比较,实验结果表明基于GO的分类精度明显高于其他方法,获得了最好的模式识别性能。 展开更多
关键词 脑电图 脑机接口 基因优化 分类
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敏捷供应链建模及其基因优化算法 被引量:1
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作者 任坤 古飚 方水良 《制造业自动化》 2003年第3期27-29,55,共4页
建立了现代企业的供应链(网络)的一种"X"模型,将整个供应链分解成上游零部件供应模型和下游成品销售供应模型;用基因算法对销售供应模型进行优化求解;最后提出了面向全球的基于Internet网络和分布式对象技术的实时控制体系结... 建立了现代企业的供应链(网络)的一种"X"模型,将整个供应链分解成上游零部件供应模型和下游成品销售供应模型;用基因算法对销售供应模型进行优化求解;最后提出了面向全球的基于Internet网络和分布式对象技术的实时控制体系结构。为现代企业的供应链分析设计及其管理控制提供一套初步的整体方案。 展开更多
关键词 供应链管理 建模 敏捷制造 基因优化算法 CORBA
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深基坑围护结构方案设计的基因优化
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作者 万在龙 吴纬强 +1 位作者 袁勇 张福余 《建筑施工》 1999年第1期5-7,共3页
采用基因算法来解决深基坑围护结构方案优化的问题。优化目标为工程综合造价,主要优化变量包括墙深、墙厚、支撑位置、支撑刚度等。工程实例对比分析表明,采用本文建议方法有很大的适用性与有效性。
关键词 基坑工程 围护结构 基因优化 方案优化 深基坑
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aroA基因的克隆和优化 被引量:12
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作者 何鸣 曾海燕 +1 位作者 徐培林 叶长明 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期76-79,共4页
除草剂草甘膦 (glyphosate ,N_phosphonomethylglycine )的靶标酶是由aroA基因编码的EPSP (5_烯醇式丙酮酰莽草酸_3_磷酸 ,5_enolpyruvylshikimate_3_phosphate)合成酶。采用先进的基因优化技术 ,以鼠伤寒沙门氏杆菌和大肠杆菌的EPSP合... 除草剂草甘膦 (glyphosate ,N_phosphonomethylglycine )的靶标酶是由aroA基因编码的EPSP (5_烯醇式丙酮酰莽草酸_3_磷酸 ,5_enolpyruvylshikimate_3_phosphate)合成酶。采用先进的基因优化技术 ,以鼠伤寒沙门氏杆菌和大肠杆菌的EPSP合成酶基因为模板 ,通过随机结合 ,交错延伸的PCR扩增过程 ,克服定点突变的局限性 ,使基因获得多位点突变 ,并使之在大肠杆菌中得到表达。对纯化后的表达产物的酶动力学性质的测定结果表明 ,获得了与作为模板的野生型相比 ,具有高得多的酶活力 (降低的Km (PEP) )和大大增强的草甘膦抗性 (升高的Ki(glyphosate) ) 展开更多
关键词 5-稀醇式丙酮酰莽草酸-3-磷酸 EPSP合成酶 草甘膦 除草剂 基因克隆 基因优化 基因作物 aroA基因 酶活力
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麦芽四糖淀粉酶基因优化表达及酶学性质分析 被引量:4
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作者 赵云 朱蓓霖 +3 位作者 汪正华 周杰 吴自荣 黄静 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期100-106,共7页
麦芽四糖淀粉酶是一种新型外切淀粉酶,从淀粉的非还原末端特异地顺序切割第4个α-1,4糖苷键,产物为麦芽四糖,广泛应用于食品、医疗保健等领域。对来自嗜糖假单胞菌(Pseudomonas saccharophila)的麦芽四糖淀粉酶基因序列进行优化,优化前... 麦芽四糖淀粉酶是一种新型外切淀粉酶,从淀粉的非还原末端特异地顺序切割第4个α-1,4糖苷键,产物为麦芽四糖,广泛应用于食品、医疗保健等领域。对来自嗜糖假单胞菌(Pseudomonas saccharophila)的麦芽四糖淀粉酶基因序列进行优化,优化前后基因序列同源性达75%。将优化合成的成熟肽基因克隆至原核表达载体pET32a(+)上,转化大肠杆菌BL21(DE3),经IPTG诱导,重组蛋白主要以包涵体形式存在。包涵体经变性、复性、多步纯化,获得有活性的麦芽四糖淀粉酶。将麦芽四糖淀粉酶与不同来源的淀粉水解反应,结果表明,该酶能与7种不同来源的淀粉反应产生单一的麦芽四糖。经SDS-PAGE电泳,DNS法和硅胶板薄层色谱分析法(TLC)进行酶学性质分析,结果表明麦芽四糖淀粉酶的分子量约为57kDa,纯化后的酶液最适反应温度为45℃,最适反应pH为8.0。研究结果为麦芽四糖淀粉酶的研究和开发提供依据和参考。 展开更多
关键词 麦芽四糖淀粉酶 嗜糖假单胞菌 基因优化 酶学性质
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用甲醇酵母表达经基因优化的HPV 6型L1蛋白 被引量:3
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作者 李平川 张晓光 +1 位作者 周玲 曾毅 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期310-314,共5页
目的利用甲醇酵母系统Pichia pastoris高效表达HPV 6型L1蛋白。方法按照Pichiapastoris偏爱密码子合成L1全长基因,构建pPIC3.5K-HPV6-L1表达载体,转化KM71,经组氨酸缺陷的MD培养基和G418筛选,PCR确认L1基因整合,使用BMGY/BMMY培养/诱导... 目的利用甲醇酵母系统Pichia pastoris高效表达HPV 6型L1蛋白。方法按照Pichiapastoris偏爱密码子合成L1全长基因,构建pPIC3.5K-HPV6-L1表达载体,转化KM71,经组氨酸缺陷的MD培养基和G418筛选,PCR确认L1基因整合,使用BMGY/BMMY培养/诱导目的基因的表达。结果筛选到3株阳性表达克隆,Western blot显示表达产物有部分糖基化现象,使用能识别完整VLP的单抗进行间接免疫荧光检测提示L1蛋白在Pichia细胞内以空间构象形式存在。通过离子交换和亲和层析两步纯化从1L发酵液中得到125μg纯的L1蛋白。结论通过基因优化在甲醇酵母中表达HPV6-L1蛋白,这将为结构与功能研究以及疫苗开发提供条件。 展开更多
关键词 甲醇酵母系统 基因优化 乳头状瘤病毒 HPV 克隆 尖锐湿疣
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企业基因研究的方法论与企业基因优化问题研究 被引量:4
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作者 龚志民 熊唯伊 《湖南科技大学学报(社会科学版)》 CSSCI 北大核心 2016年第5期90-96,共7页
企业基因是决定企业根本性状、对企业行为产生长期和决定性影响的根本因素。通过对沪深两市1 460家上市公司的大数据分析,以及对60多家企业的深度调研,从企业运行的实际出发,提出了"企业基因优化"理论,该理论对于企业的经营... 企业基因是决定企业根本性状、对企业行为产生长期和决定性影响的根本因素。通过对沪深两市1 460家上市公司的大数据分析,以及对60多家企业的深度调研,从企业运行的实际出发,提出了"企业基因优化"理论,该理论对于企业的经营管理具有实践指导价值。 展开更多
关键词 企业基因 企业成长 企业基因优化
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嗜碱芽孢杆菌耐热耐碱内切木聚糖酶基因的密码子优化及在毕赤酵母中的表达 被引量:3
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作者 严闯 尹李峰 +1 位作者 周玉玲 张桂敏 《广西科学》 CAS 2017年第1期100-105,共6页
【目的】研究极端耐热耐碱的木聚糖酶,使其能够满足造纸行业中碱性高温的苛刻环境。【方法】将一种来源于嗜碱芽孢杆菌S7的耐热耐碱内切木聚糖酶基因(xyn10A)密码子进行优化,基因合成后克隆至pHBM905BDM载体上,并转化毕赤酵母GS115菌株... 【目的】研究极端耐热耐碱的木聚糖酶,使其能够满足造纸行业中碱性高温的苛刻环境。【方法】将一种来源于嗜碱芽孢杆菌S7的耐热耐碱内切木聚糖酶基因(xyn10A)密码子进行优化,基因合成后克隆至pHBM905BDM载体上,并转化毕赤酵母GS115菌株。【结果】木聚糖酶基因(xyn10A)优化后与原始序列比对相似性为76.70%。基因合成后克隆到pHBM905BDM载体上,并成功转化毕赤酵母GS115菌株。通过交联木聚糖底物平板水解圈法初筛及摇瓶复筛得到一株产酶量较高的菌株,且其在摇瓶发酵第10天达到最高酶活力,为495U/mL。另外,糖基化分析表明该酶在毕赤酵母中表达时被糖基化修饰。【结论】密码子优化后的极端耐热耐碱木聚糖酶基因在毕赤酵母中成功表达。 展开更多
关键词 嗜碱芽孢杆菌内切木聚糖酶 基因优化 表达 毕赤酵母
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虹鳟肝组织新转录本分析及基因结构优化 被引量:5
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作者 马芳 刘哲 +1 位作者 康玉军 权金强 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期135-142,共8页
目的虹鳟热应激下肝RNA-seq数据中新转录本的分析及已注释基因结构优化。方法以虹鳟肝为材料提取总RNA,构建cDNA文库,并利用Illumina双端测序Hiseq 2500平台进行测序。运用Cufflinks软件对测序数据进行组装,将其与虹鳟参考基因组进行序... 目的虹鳟热应激下肝RNA-seq数据中新转录本的分析及已注释基因结构优化。方法以虹鳟肝为材料提取总RNA,构建cDNA文库,并利用Illumina双端测序Hiseq 2500平台进行测序。运用Cufflinks软件对测序数据进行组装,将其与虹鳟参考基因组进行序列比对。结果发掘新转录本6555个,其中30个新转录本在热应激前后差异表达(P<0.05)。与GO数据库比对对新转录本进行功能注释,获得3097个新转录本的注释。与KEGG数据库比对,共有3617个新转录本注释到284条代谢通路中。对19 424个已注释基因的结构进行优化,延伸了14 719个基因的5′端和14 796个基因的3′端。结论通过对发掘的6555个新转录本分析,并对19 424个已注释基因结构优化,为虹鳟基因组注释信息的完善提供了有力的借鉴,并为进一步了解虹鳟热应激的机制提供更有力的理论基础。 展开更多
关键词 虹鳟 转录组测序 新转录本 基因结构优化
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西方蜜蜂的基因注释信息优化及新基因鉴定 被引量:3
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作者 郭睿 张璐 +3 位作者 熊翠玲 郑燕珍 付中民 陈大福 《上海交通大学学报(农业科学版)》 2018年第3期39-44,共6页
西方蜜蜂(Apis mellifera)全基因组序列早在2006年就已公布,但其基因注释信息并不完善。本研究利用前期获得的意蜂幼虫肠道RNA-seq数据对西方蜜蜂基因组的已知基因进行结构优化,对新基因进行预测、鉴定和分析。利用Cufflink软件进行转... 西方蜜蜂(Apis mellifera)全基因组序列早在2006年就已公布,但其基因注释信息并不完善。本研究利用前期获得的意蜂幼虫肠道RNA-seq数据对西方蜜蜂基因组的已知基因进行结构优化,对新基因进行预测、鉴定和分析。利用Cufflink软件进行转录本重构,进而与参考转录本序列进行比较,共对4 177个已公布西方蜜蜂基因的测序结果进行了优化,其中5′端延长、3′端延长、5′和3′端都延长的基因分别有2 383、2 392和2 384个。利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共预测出197个西方蜜蜂新基因,随机挑选20个新基因进行RT-PCR验证,有18对引物成功扩增出符合预期的目的片段。GO分类结果显示这些新基因涉及运输和代谢、能量代谢和信号分子和交互等21个GO terms。KEGG代谢通路(pathway)富集分析结果显示这些新基因富集于13个pathways,其中基因富集数最多的是细胞进程、单一有机体和结合。本研究为西方蜜蜂基因组信息提供了有益的补充和完善,也为新基因的功能研究打下了基础。 展开更多
关键词 西方蜜蜂 意大利蜜蜂 幼虫肠道 基因结构优化 基因鉴定
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应用RNA-seq技术优化鸭基因结构及预测新转录本 被引量:3
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作者 叶保国 徐铁山 《中国家禽》 北大核心 2015年第13期5-8,共4页
鸭基因组草图虽然已经释放,但其基因注释很不完善。基于此,本文应用前期得到的RNA-seq数据开展了鸭基因结构优化和新转录本预测等工作。基因结构优化结果显示,5′和3′端得到延长的基因数目分别为3 878个和3 895个,其平均延伸长度分别为... 鸭基因组草图虽然已经释放,但其基因注释很不完善。基于此,本文应用前期得到的RNA-seq数据开展了鸭基因结构优化和新转录本预测等工作。基因结构优化结果显示,5′和3′端得到延长的基因数目分别为3 878个和3 895个,其平均延伸长度分别为198 bps和246 bps。新转录本预测共得到8 141个新转录本,大部分新转录本平均长度大于3 000 bps,单个新转录本平均由9个以上的片段组成。同时,70%左右的新转录本具有编码能力。本研究优化了大量鸭基因结构信息并挖掘了许多潜在的新基因,为鸭基因组的进一步完善提供基础数据。 展开更多
关键词 RNA-SEQ 基因结构优化 基因预测
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基因遗传优化算法研究及应用探索 被引量:7
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作者 李岳锋 《振动工程学报》 EI CSCD 1994年第4期313-321,共9页
在探讨基因遗传算法机理的基础上,提出了一种基于同源杂交和基因逐位收敛概念的算法。对一典型算例作了参数研究,并作了应用于结构振动模态参数非线性识别等的尝试。讨论了这一算法进一步发展的几个方面.
关键词 基因遗传优化算法 同源杂交 基因逐位收敛 结构振动
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密码子的鸡体偏嗜性优化增强H5亚型禽流感HA基因的表达水平和免疫原性 被引量:5
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作者 姜永萍 张洪波 +4 位作者 李呈军 步志高 张芳芳 于康震 陈化兰 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期377-381,共5页
目的用鸡偏嗜性密码子替换H5亚型禽流感病毒A/Goose/GuangDong/1/96(H5N1)[GD/1/96(H5N1)]的保护性免疫原HA基因的密码子,优化和构建了基因optiHA5,以提高H5亚型禽流感DNA疫苗的表达水平和免疫保护效果。方法利用寡核苷酸合成、重叠延伸... 目的用鸡偏嗜性密码子替换H5亚型禽流感病毒A/Goose/GuangDong/1/96(H5N1)[GD/1/96(H5N1)]的保护性免疫原HA基因的密码子,优化和构建了基因optiHA5,以提高H5亚型禽流感DNA疫苗的表达水平和免疫保护效果。方法利用寡核苷酸合成、重叠延伸PCR法及限制酶切法构建了密码子优化的HA基因(optiHA5),并将其插入表达载体pCI构建了DNA疫苗质粒pCIoptiHA5;将pCIoptiHA5和表达GD/1/96(H5N1)HA基因的质粒pCIHA5通过间接免疫荧光法和Western-blot分析检测转染293T细胞后瞬时表达的HA抗原蛋白;随之将pCIoptiHA5及pCIHA5分别以100μg和10μg剂量一次免疫3周龄SPF鸡,4周后用100LD50的HPAIVGD/1/96(H5N1)鼻腔途径进行攻击。结果间接免疫荧光法和Western-blot分析表明基因optiHA5表达水平显著高于野生型HA基因;免疫SPF鸡后,100μgpCIoptiHA5可形成75%的免疫保护,100μgpCIHA5可形成50%的免疫保护;10μgpCIoptiHA5可形成对免疫鸡75%的部分免疫保护,而10μgpCIHA5则基本不能形成免疫保护;pCIopti-HA5诱导的HI抗体水平远远高于pCIHA5。结论试验结果表明,HA基因密码子的优化可显著提高HA基因体外表达水平和H5亚型禽流感DNA疫苗诱导的保护性抗体免疫反应水平,提高免疫原性,增强免疫保护效果。 展开更多
关键词 禽流感 H5亚型 密码子优化的HA基因 DNA疫苗 免疫保护
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苇状羊茅与多年生黑麦草内生真菌菌丝基因组DNA提取的优化及PCR初步检测 被引量:2
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作者 廖芳 刘跃庭 +3 位作者 崔铁军 黄国明 罗家凤 尹旭芳 《草业科学》 CAS CSCD 2006年第6期22-26,共5页
感染内生真菌的禾草在牧草和草坪业上具有重要的生态和经济意义,家畜采食感染Neotyphodium coenophialum和N.lolii的苇状羊茅Festuca arundinacea和多年生黑麦草Lolium perenne会发生中毒。研究收集天津口岸1998年以来进境的部分苇状... 感染内生真菌的禾草在牧草和草坪业上具有重要的生态和经济意义,家畜采食感染Neotyphodium coenophialum和N.lolii的苇状羊茅Festuca arundinacea和多年生黑麦草Lolium perenne会发生中毒。研究收集天津口岸1998年以来进境的部分苇状羊茅和多年生黑麦草种子,对经镜检确认带有内生真菌的种子进行分离培养,对疑似菌株的茵丝用改进的Moiler等方法进行基因组DNA抽提,测定浓度及纯度,对照原方法,DNA的纯度有较大提高,浓度略有上升。Tubulin2基因的引物IS1~IS3扩增结果显示为单一的条带,结合形态学和序列比对,分离培养得到的茵株可以基本确定为N.coenophialum和N.lolii。根据Genbank中N.coenophialum和N.lolii的NC25基因序列设计出引物F1~R1,扩增得到能区分开N.coenophialum和N.lolii的单一条带(相差160bp),建立了N.coenophialum和N.lolii的PCR检测方法,结果准确可靠。 展开更多
关键词 苇状羊茅内生真菌 多年生黑麦草内生真菌 基因组DNA提取的优化 PCR检测
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大豆ω-3和ω-6脂肪酸脱氢酶基因密码子优化 被引量:2
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作者 贾雪琦 左永春 《生物信息学》 2018年第1期29-35,共7页
DHA和EPA对心脑血管疾病以及癌症等疾病的防治有着重要的作用,其中ω-3和ω-6脂肪酸脱氢酶是合成多不饱和脂肪酸DHA和EPA过程中的两个关键的去不饱和酶,由于缺乏这两种酶的基因,高等动物无法自发合成多不饱和脂肪酸,为了得到可以生产多... DHA和EPA对心脑血管疾病以及癌症等疾病的防治有着重要的作用,其中ω-3和ω-6脂肪酸脱氢酶是合成多不饱和脂肪酸DHA和EPA过程中的两个关键的去不饱和酶,由于缺乏这两种酶的基因,高等动物无法自发合成多不饱和脂肪酸,为了得到可以生产多不饱和脂肪酸的转基因动物,本研究计划将大豆的这两个去饱和脂肪酸作为目的基因,但由于不同物种之间的密码子使用具有偏爱性,会严重影响到目的基因在宿主体内的表达水平,为了解决这一问题,提高目的基因在宿主体内的表达水平,同时采用Jcat在线软件和手动替换密码子两种方法对大豆的ω-3和ω-6脂肪酸脱氢酶基因进行了优化,然后选出最优的优化方法,为后期进一步的实验提供目的基因。最后本文预测了两种优化结果的RNA二级结构和CAI、CBI、Nc值和GC含量,比较得出手动替换的结果优于在线优化的结果。 展开更多
关键词 多不饱和脂肪酸 脂肪酸脱氢酶 密码子偏爱性 基因优化 基因
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苇状羊茅与多年生黑麦草内生真菌菌丝基因组DNA提取的优化及PCR初步检测 被引量:1
19
作者 廖芳 刘跃庭 +3 位作者 崔铁军 黄国明 罗家凤 尹旭芳 《植物检疫》 2006年第5期265-268,共4页
感染内生真菌的禾草在牧草和草坪业上具有重要的生态和经济意义,家畜采食感染Neotyphodium coenophialum和N.lolii的苇状羊茅和多年生黑麦草会发生中毒。本研究收集天津口岸1998年以来进境的部分苇状羊茅和多年生黑麦草种子,对经镜检... 感染内生真菌的禾草在牧草和草坪业上具有重要的生态和经济意义,家畜采食感染Neotyphodium coenophialum和N.lolii的苇状羊茅和多年生黑麦草会发生中毒。本研究收集天津口岸1998年以来进境的部分苇状羊茅和多年生黑麦草种子,对经镜检确认带有内生真菌的种子进行分离培养,对疑似菌株的菌丝用改进的Moiler等方法进行基因组DNA抽提,测定浓度及纯度,对照原方法,DNA的纯度有较大提高,浓度略有上升。Tubulin2基因的引物IS1-IS3扩增结果显示为单一的条带,结合形态学和序列比对,分离培养得到的菌株可以基本确定为N.coenophialum和N。lolii。根据Genbank中N.coenophialum和N.lolii的NC25基因序列设计出引物F1-R1,扩增得到能区分开N.coenophialum和N.lolii的单一条带(相差160bp),建立了N.coenophialum和N.lolii的PCR检测方法,结果准确可靠。 展开更多
关键词 苇状羊茅内生真菌 多年生黑麦草内生真菌 基因组DNA提取的优化 PCR检测
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基于转录组测序的白斑狗鱼性腺新转录本分析及基因结构优化
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作者 张俊杰 李万龙 +2 位作者 赵瑞阳 王顺哲 杨倩 《新疆农业大学学报》 CAS 2021年第6期417-423,共7页
为了完善和优化白斑狗鱼(Esox lucius)基因组信息,解析白斑狗鱼性腺组织在转录水平上的差异表达,本研究对5个不同阶段的白斑狗鱼性腺组织进行转录组测序,构建cDNA文库,将重新组装的测序数据与白斑狗鱼参考基因组进行比对分析。结果显示... 为了完善和优化白斑狗鱼(Esox lucius)基因组信息,解析白斑狗鱼性腺组织在转录水平上的差异表达,本研究对5个不同阶段的白斑狗鱼性腺组织进行转录组测序,构建cDNA文库,将重新组装的测序数据与白斑狗鱼参考基因组进行比对分析。结果显示,在本研究中挖掘了5240个白斑狗鱼性腺新转录本,同时不同程度的延伸了18715个基因的3'或5'端,在NR、NT、KO、SwissProt、Pfam、GO和COG/KOG等7个数据库分别成功注释了3179、4426、27、1412、2822、996和634个新转录本,其中GO富集分析显示,白斑狗鱼性腺差异新转录本在细胞过程和代谢过程等过程被显著富集。 展开更多
关键词 白斑狗鱼 转录组 新转录本 基因结构优化
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