草地早熟禾胚胎发生标记基因BBM的鉴定及系统进化分析

【目的】利用生物信息学方法,鉴定草地早熟禾(Poa pratensis)胚胎发生标记基因PpBBM,并通过保守基序比对和进化树分析,推测可能具有孤雌生殖功能的PpBBM基因。【方法】基于草地早熟禾转录组数据库信息,检索PpBBM基因。通过生物信息学软件分析PpBBMs蛋白理化特性,比较不同PpBBMs蛋白的系统进化关系和保守基序差异。【结果】共获得3个具有完整开放阅读框的PpBBMs基因,其编码的蛋白均含有2个AP2结构域,其中,PpBBM1和PpBBM2具有相同的motif类型和数量。3个PpBBMs蛋白都是酸性蛋白,定位于细胞核,不存在跨膜结构和信号肽。系统进化分析表明,30个物种的BBM/BBML蛋白成员共聚为5类。其中,PpBBM1、PpBBM2聚在第2分支,分别与BdBBM和SbBBML亲缘关系最近;PpBBML位于第5分支,与ZmBBML亲缘关系最近。PpBBM1、PpBBM2和PpBBML均具有BBM基因所特有的bbm-1基序以及AP2亚家族特定的euANT2-4基序,但PpBBML蛋白的所有基序均有个别氨基酸残基存在变异。【结论】与PpBBML基因相比,PpBBM1和PpBBM2更有可能具有诱导孤雌生殖的功能。

以色列急性麻痹病毒LN株全基因克隆与遗传进化分析

研究旨在了解辽宁省以色列急性麻痹病毒(IAPV)的遗传进化特点。试验选取成年患病蜜蜂提取IAPV并进行PCR测序,选取China-BJ (GenBank登录号:KX421583.1)基因序列设计12对引物进行全基因克隆,将获得的基因序列与GenBank已公布的19株IAPV序列进行遗传进化分析。结果显示:试验成功分离出IAPV,并将其命名为IAPV-LN株(GenBank登录号:MZ269472.1)。IAPV-LN株与China-BJ和China-BJ2 (GenBank登录号:MG599488.1)同属一个分支。研究表明,丹东市某蜂场患病蜜蜂中分离得到的IAPV-LN株与China-BJ2、China-BJ的亲缘关系最近,可能来自同一个原始毒株。

缩骨鲫Cyt b基因和控制区序列克隆及系统进化分析

研究通过Sanger测序法对天然雌核发育的缩骨鲫(Carassius auratus var. Suogu)线粒体DNA的Cyt b基因和控制区进行扩增和测序,并与已发表的其他鲫属鱼类的Cyt b基因进行系统进化分析,探讨缩骨鲫与其他鲫属鱼类的系统进化关系。结果表明:缩骨鲫线粒体DNA中Cyt b基因和控制区全序列分别长1 141和924 bp;其中,Cyt b基因的碱基含量为29.1%(T)、27.9%(C)、28.7%(A)和14.3%(G),控制区序列的碱基含量为32.6%(T)、20.7%(C)、32.6%(A)和14.1%(G);2种序列中G+C含量均明显低于A+T含量,且G含量偏低,显示了与其他脊椎动物线粒体核苷酸碱基含量相似的特征;控制区序列可以分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域,均识别到了对应的保守序列;基于邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建缩骨鲫与其他鲫属鱼类Cyt b基因的系统进化树表明,缩骨鲫与红鲫和淇河鲫的亲缘关系最近,而缩骨鲫与野鲫、淇河鲫和红鲫分布在同一个姐妹支系,进一步说明缩骨鲫可能起源于野鲫,是野鲫的一个地方种群。

家蚕核型多角体病毒lef-8基因克隆及系统进化分析

【目的】了解云南省德宏州陇川县蚕区家蚕核型多角体病毒(BmNPV)株系的遗传地位和多样性,为厘清云南蚕区BmNPV的起源及科学防控家蚕血液型脓病提供参考依据。【方法】对分离自云南省德宏州陇川县蚕区的BmNPV进行lef-8基因克隆,通过ExPASy、SignalP 5.0、TMHMM 2.0、NetOGlyc 4.0、NetPhos 2.0及SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,并基于lef-8基因核苷酸序列相似性,采用MEGA7.0中的邻接法(NJ)构建系统发育进化树。【结果】云南省德宏州陇川县蚕区BmNPV-YNLC株的lef-8基因序列全长2631 bp,共编码876个氨基酸残基;其编码蛋白(LEF-8)无信号肽序列,也不存在跨膜结构域,蛋白分子量为101.63 kD,理论等电点(pI)为8.8;在第750~800位氨基酸残基区域具有较高的疏水性,部分氨基酸位点表现为亲水性,且具有较高抗原指数和表面可及性;存在6个潜在的N-糖基化位点,62个磷酸化位点(25个丝氨酸磷酸化位点,23个苏氨酸酸化位点,14个酪氨酸磷酸化位点),但不存在O-糖基化位点。BmNPV-YNLC株与BmNPV-T3株的lef-8基因核苷酸序列相似性为99.7%,BmNPV-YNLC株lef-8基因在第96~98位核苷酸序列上存在3个碱基(CAA)缺失;此外,还存在2个非同义突变(^(646)T→A和^(1895)C→G)和7个同义突变。基于lef-8基因核苷酸序列相似性构建的系统发育进化树显示,BmNPV-YNLC株与日本和韩国地区的BmNPV亲缘关系较近,而与我国流行的BmNPV遗传关系较远。【结论】lef-8基因在不同地区来源的BmNPV株系中高度保守,BmNPV-YNLC株与日本和韩国地区的BmNPV亲缘关系较近,但其LEF-8蛋白N端存在氨基酸缺失突变,说明BmNPVYNLC株为云南蚕区的新流行株系。

牦牛DJ-1基因克隆、生物信息学及组织表达分析

为了研究牦牛DJ-1基因的结构及功能,为后续深入研究牦牛DJ-1基因的生物学功能提供了重要的理论依据。以美仁牦牛脂肪组织cDNA为模板,利用RT-PCR克隆牦牛DJ-1基因的编码区序列(CDS),并且利用基因序列进行生物信息学分析,预测结构域及蛋白质理化性质等,再利用RT-qPCR技术进行组织表达分析。结果表明,美仁牦牛DJ-1基因的CDS区全长570 bp,共编码189个氨基酸;牦牛DJ-1结构域预测显示,在DJ-1氨基酸序列的29—168位中有1个含有Pfam的PfpI结构域;通过对DJ-1蛋白结构和功能进行预测,结果显示,无跨膜结构且无信号肽区域,分子质量20.03531 ku,原子总数2870,理论等电点6.84,不稳定系数28.37,表示为稳定的蛋白质;脂肪系数101.11,总平均亲水系数-0.004,为亲水蛋白,共有11个磷酸化位点;同时,亚细胞定位预测结果表明,美仁牦牛DJ-1蛋白主要分布于细胞质和线粒体中,系统进化树表明,美仁牦牛与野牦牛和欧洲牛亲缘关系最近,与北极狐和宽吻海牛亲缘关系最远;RT-qPCR结果表明,在成年美仁牦牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中均有所表达,在心脏组织和肌肉组织中表达水平最高,在肝脏和睾丸组织中表达水平最低。

贵州白山羊肌细胞生成素基因克隆与生物信息学分析

【目的】克隆贵州白山羊肌细胞生成素(myogenin)基因并对其结构特性进行生物信息学分析,为进一步探索该基因调控山羊肌肉发育的分子机制提供重要参考依据。【方法】以贵州白山羊血液基因组DNA为模板,设计4对特异性引物,运用PCR扩增、Sanger直接测序及序列拼接方法获得贵州白山羊myogenin基因完整编码区核苷酸序列,应用BioEdit 7.0、NetPhos 3.1、Conserved Domains Search、SMART、Motif Scan等生物信息学软件分别分析该基因核苷酸与氨基酸序列的组成、编码蛋白磷酸化位点、关键结构域和功能模体等结构特性,通过DNAStar Lasergene、DNAMAN 8.0和Mega 5.0软件分别进行15个偶蹄目物种myogenin基因编码氨基酸序列相似性比对及系统进化树构建。【结果】贵州白山羊myogenin基因序列全长2424 bp(获得GenBank登录号:HZ53289),由3个外显子、2个内含子、部分5′-UTR和3′-UTR构成,长度分别为471、82、122、765、589、135和260 bp,编码区长度为675 bp,共编码224个氨基酸。贵州白山羊myogenin蛋白第1—86位氨基酸为生肌决定因子(myogenic determining factors,MyoD)家族特有碱性结构域(Basic domain),第81—139位氨基酸为螺旋-环-螺旋(helix-loop-helix,H-L-H)结构域,第160—170位氨基酸为低复杂度结构域,存在21个磷酸化位点和核定位信号蛋白等功能模体结构。氨基酸序列比对表明,6个半胱氨酸残基、1个核定位信号和1个低复杂度结构域在15个偶蹄目物种完全保守。myogenin基因编码氨基酸序列相似性与系统进化分析均显示,贵州白山羊与波尔山羊、湖羊和马可波罗盘羊的亲缘关系最近。【结论】本研究成功克隆得到贵州白山羊myogenin基因全长序列,大小为2424 bp,编码224个氨基酸,myogenin蛋白包含Basic domain和H-L-H结构域。该结果可为myogenin基因调控山羊肌肉发育的分子机制研究提供理论参考。

林麝及马麝SRY基因片段克隆及其在系统进化分析中的应用

根据已报道的偶蹄目动物并参照人和狗SRY基因碱基序列设计一对简并引物 ,以林麝 (Moschusberezovskii)及马麝 (M chrysogaster)基因组DNA为模板 ,通过PCR扩增出SRY基因CDS区。克隆的林麝及马麝SRY基因片段经测序 ,其长度为 6 84bp。从父亲遗传角度出发 ,利用GenBank中收录的 18种偶蹄目SRY基因 ,用邻位相接法 (NJ)和最大简约法 (MP)分别构建了鹿科、牛科和麝科的系统进化树。聚类树显示麝形成一个单系 ,支持麝作为独立一科的观点。

中华鲟及六种淡水养殖鱼类脂蛋白脂酶和肝脂酶基因克隆及系统进化分析

为了研究鱼类脂蛋白脂酶(liportein lipase,LPL)、肝脂酶(hepatic lipase,HL)基因结构、功能及分子系统关系,作者克隆了中华鲟(Acipenser sinensis)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鲮鱼(Cirrhinus molitorella)、尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)和斑鳢(Channa maculata)的LPL和HL基因cDNA核心序列,并推测了其相应氨基酸序列。同时,还应用5'RACE和3'RACE技术分别扩增中华鲟、鲢肝脏LPL基因与中华鲟肝脏HL基因cDNA全序列。序列同源性分析表明,LPL和HL氨基酸序列分别在哺乳类动物、鸟类、鱼类中相对保守。与已知的脊椎动物内皮脂酶(endothelial lipase,EL)和胰脂酶(pancreatic lipase,PL)氨基酸序列构建系统进化树,发现LPL、HL、EL与PL同属脂肪酶家族,四者聚集成一有根树。

鸡传染性法氏囊病病毒超强毒上海株SH95基因组B片段的克隆与分子系统进化树分析

分离、纯化了鸡传染性法氏囊病病毒超强毒(vvIBDV)上海株(SH95)的病毒核酸dsRNA,应用随机引物将RNA反转录成cDNA,以此为模板一步扩增出全长基因组B片段,将其克隆入pGEM-T载体,并进行序列分析。克隆的B片段全长2827个核苷酸,其编码的氨基酸与超强毒株HK46的同源性达98 18%(863/879)。分子系统进化树分析表明,SH95超强毒株与美国变异株E的亲缘关系最近,但与基于基因组A片段的系统进化分析完全不同,表明该毒株在发生过程中基因重配比基因重组发挥了更重要的作用。通过对14株IBDV编码氨基酸序列的分析、比较,推测B片段上11个独特的氨基酸位点可能与毒力相关。

大额牛Myf-5基因克隆、序列分析及其分子系统进化研究

对大额牛Myf-5基因进行PCR扩增、T-A克隆和序列分析,并应用DNAMAN4.0、BioEdit 4.8.10、DnaSP4.10、Mega3.1等生物信息学软件同普通牛、黑猩猩、恒河猴、人、狗、家鼠、软体贝壳、鸡、斑马鱼9个物种相应基因编码区核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对分析,在此基础上采用NJ、ME和UPGMA法对其编码区核苷酸序列构建了分子系统进化树。结果表明:①大额牛Myf-5基因由3个外显子和2个内含子组成,其大小分别为660、76、1 226、852、407 bp;外显子和内含子数与其他9个物种相同,但大小存在较大的差异;外显子与内含子连接区遵循GT-AG基因组成规则。②大额牛与普通牛、黑猩猩、恒河猴、人、狗、家鼠、软体贝壳、鸡、斑马鱼的Myf-5基因编码区核苷酸序列同源性分别为99.0%、90.0%、90.5%、90.5%、87.2%、84.8%、72.9%、64.3%、51.8%,相应的氨基酸序列同源性分别为99.6%、94.9%、94.6%、94.9%、89.9%、88.7%、81.6%、70.4%、56.6%,这说明大额牛与其他9个物种在Myf-5基因的编码区核苷酸和相应氨基酸序列上具有较高的保守性。③用NJ、ME和UPGMA等3种方法聚类构建的分子系统进化树表明,3种方法的聚类结果基本一致,即大额牛与普通牛首先聚为一类,人、黑猩猩、恒河猴也先聚为一类,这两类相聚后再依次同其他物种聚在一起。这与mtDNA、其他功能基因和动物学分类的研究结果一致,表明Myf-5基因适合用于物种间系统进化关系的研究。

帚状江蓠质体UPA和线粒体COⅠ基因的序列比较及其系统进化分析

为研究海南省帚状江蓠(Gracilaria edulis)野生群体的种质资源、遗传多样性状况及红藻门物种间亲缘关系,采集海南省文昌和莺歌海潮间带的野生帚状江蓠,采用PCR扩增获得帚状江蓠质体UPA基因片段(质体23S rRNA V区域)和线粒体COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。结果表明,UPA基因片段T、C、A、G的含量分别为26.2%、16.2%、30.3%、27.3%;COⅠ基因片段T、C、A、G的含量分别为39.2%、15.1%、27.6%、18.1%;UPA和COⅠ基因片段的A+T的平均含量分别为56.5%和66.8%。UPA基因片段长度为370bp,共检测出1种单倍型,无多态性位点;COⅠ基因片段长度为664bp,共检测出2种单倍型,3个多态性位点,均为简约信息位点。与UPA基因相比,COⅠ基因具有更高的变异度,更适合用于帚状江蓠遗传多样性的分析。基于UPA和COⅠ基因片段对帚状江蓠进行系统进化分析,两者结果一致,结合形态学分析表明,帚状江蓠应是江蓠属内独立的分支。

甘肃马鹿myogenin基因克隆、序列结构特征预测及其分子系统进化分析

根据GenBank中公布的绵羊、水牛、猪、小鼠及人的肌细胞生成素基因(myogenin)DNA序列,设计了3对引物,采用PCR扩增和克隆技术,首次从甘肃马鹿血液基因组中获得了myogenin基因序列,并利用生物信息学方法对甘肃马鹿该基因核苷酸及其编码氨基酸序列的结构特征进行初步预测和分析,进一步基于该基因氨基酸序列构建了15个物种的分子系统进化树。结果表明,获得的甘肃马鹿myogenin基因序列大小为3168bp(GenBank登录号:FJ746497),包括3个外显子、2个内含子、部分5'UTR和3'UTR,其序列包括1个684bp的开放阅读框,编码227个氨基酸,myogenin蛋白理论分子质量为25.2493kDa,PI为5.68,不稳定系数是66.22,属于酸性不稳定蛋白质。进一步分析发现,该序列不含有信号肽和跨膜区域,含有11个广泛磷酸化位点,第1～136个氨基酸为甘肃马鹿myogenin基因bHLH保守结构功能域,二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主。序列相似性及分子系统进化分析显示,甘肃马鹿myogenin基因与反刍动物山羊、绵羊和水牛的亲缘关系最近。甘肃马鹿myogenin基因的克隆及序列结构特征的生物信息学预测为进一步探讨鹿科动物肌肉生长发育的分子调控机理奠定了理论基础。

贵州省部分PEDV流行株ORF3基因克隆与遗传进化分析

为探究贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的遗传进化情况,对2017—2022年贵州省不同地区13份PEDV阳性腹泻样本进行ORF3全基因扩增、克隆、测序,使用DNAstar、MEGA 7.0软件,对所得序列核苷酸和氨基酸同源性以及突变和遗传进化情况进行分析。结果显示:13份PEDV阳性样品的ORF3基因序列全长均为675 bp,编码224个氨基酸;13条克隆序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.1%~100%和96.4%~100%;13条克隆序列与经典毒株CV777株ORF3基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.9%~97.3%和94.7%~96.4%,同源性较低;与经典毒株CV777株相比,13条克隆序列在G160A、C243T、C274T、G301A、C450T、A497G存在相同的核苷酸突变,存在4个相同的氨基酸位点突变(V21A、V54I、A101T、N166S);13条克隆序列所在毒株在遗传进化上全部属于GⅡ型,其中GZ220514、GZ342、GZ224、GZ219、GZ423隶属于GⅡb亚型,GZ210112、GZ210129、GZ210220、GZ210714、GZ407、GZ210525、GZ330、GZ370属于GⅡa亚型(表明13份PEDV阳性样品所含毒株均为变异毒株);同一基因型的PEDV毒株ORF3基因相对较保守,但不同基因型差异较大;对所有参比株ORF3基因推导的氨基酸序列与CV777株进行比对,分析认为可以将25S、70V/F、80F、107F/V/L氨基酸突变模式作为GⅡa亚型的分子标记。本试验为分析贵州省PEDV流行以及遗传变异情况提供了参考,并丰富了贵州省PEDV ORF3基因序列。

马铃薯X病毒外壳蛋白基因的克隆与系统进化分析

从贵州威宁等地采集马铃薯病叶样本,采用试管捕捉反转录PCR(tube-capture-RT-PCR,TC-RT-PCR)的方法克隆出714 bp的PVX CP基因,编码237个氨基酸残基。系统进化分析表明,PVX CP基因可分为两大类群,推测分离物属于X3株系,并建议重型花叶也可作为PVX病叶样本。

版纳微型猪近交系TNF-α基因克隆、序列分析及分子系统进化研究

分别提取版纳微型猪近交系18种组织的RNA,反转录为cDNA,利用RT-PCR方法扩增肿瘤坏死因子(TNF-α)基因编码区全长序列,将纯化的片段与pMD18-T载体连接,转化大肠杆菌DH 5α,筛选阳性克隆并测定其序列,利用生物信息学方法分析其序列特征,并与其他15个物种构建系统进化树。同时采用半定量RT-PCR方法分析TNF-α基因在版纳微型猪近交系18种组织中的表达情况。结果显示,版纳微型猪近交系TNF-α基因编码区全长699 bp(GenBank登录号:JF831365),编码232个氨基酸。氨基酸序列同源性分析表明,与猫等12个物种具有80%以上的相似性,分子系统进化表明与牛、山羊、绵羊及海豚的关系较近。多组织半定量RT-PCR研究表明,TNF-αmRNA在版纳微型猪近交系的多个组织中均有表达,其中在中脑、卵巢、脾、肺、神经及胃中表达量较高。

宁夏野生岩羊PPRV全基因组测定与系统进化分析

为探究宁夏野生岩羊(Pseudois nayaur)小反刍兽疫病毒(Peste des petits rumi-nants virus,PPRV)的分子遗传特征,根据Gen Bank公布的PPRV基因组序列设计并合成13对全基因组扩增引物,通过RT-PCR和DNA测序及拼接获取毒株(wild-bharal/China-NXYH/2021株)全基因组序列,借助DNASTAR和MEGA 7.0软件进行序列分析。结果显示:该毒株属于基因Ⅳ系,基因组全长为15954 nt;在系统进化上,与2013年以来中国流行株和2016—2017年蒙古流行株亲缘关系较近,共同组成一个小的进化分支;在全基因组一致性分析中,与国内新疆流行株goat/China-XJYL/2013一致性最高(99.4%),与国内其他野生动物PPRV株wild-bharal/China-Tibet/2008、Ibex/China-XJBZ/2015和Procapra-przewalskii/China-GS/2018的一致性分别为96.8%、98.8%和99.0%。在H和F蛋白氨基酸多态性分析中,发现该毒株H和F蛋白中均出现了独特的氨基酸突变,分别为H蛋白的R285Q、S421R和F蛋白的R/K/T3W、Q305R。结果表明,小反刍兽疫病毒已传入宁夏野生动物种群,为我国小反刍兽疫根除工作带来新的困难和挑战,需加强对宁夏野生动物PPRV感染情况的追踪和监测,以便及时从传染源和传播途径方面阻断PPRV的传播。

重症监护病房耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的耐药基因型及系统进化分析

目的通过分析某三甲医院重症监护病房(ICU)的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药基因及系统进化关系,为耐药菌防控的管理提供参考依据。方法收集安徽医科大学第二附属医院2018年3―7月ICU住院病人分离的19株CRKP,使用VITEK-2 Compact系统进行细菌鉴定及药敏试验,应用Illumina Hiseq 2500平台进行全基因组测序(WGS),应用MLST软件测定ST型,应用Kaptive软件检测荚膜型,应用Staramr软件筛查菌株的耐药基因,应用Ridom SeqSphere+软件进行cgMLST分型及最小生成树(MST)的构建,并应用CSI Phylogeny 1.4软件及FigTree v1.4.4软件构建最大似然树(MLT),以分析其系统进化关系。结果19株CRKP除了对替加环素敏感,对其他常用抗菌药物均呈现耐药,19株CRKP均携带blaKPC-2耐药基因,均属于ST11-KL64型,MST图中以AY7007、AY7003为中心聚集为一簇,cgMLST分型均为CT1774型,MLT图显示分为四组克隆型,组内亲缘性关系相近。结论该院ICU分离的CRKP以ST11-KL64-CT1774型为主,并具有多重耐药性,存在医院内播散的风险。

家蚕核多角体病毒p10基因的克隆和分子系统进化分析

根据GenBank中家蚕核多角体病毒13株中p10基因的保守序列，克隆得到了8个不同地区的家蚕核多角体病毒的p10基因，并分别与GenBank中的NPVp10基因进行比对．结果发现p10基因都含有1个213bp的开放阅读框（ORF）共编码70个氨基酸，8株P10蛋白间氨基酸序列相似性为95％～100％，相似性高．与GenBank中Ac-MNPV和BmNPV的P10蛋白相比，8株BmNPVP10蛋白都缺失了3个保守结构域中的C-端结构域，只含有2个保守结构域，即N-端卷曲螺旋和Pro丰富区．

双棘黄姑鱼促性腺激素释放激素基因的克隆及系统进化分析

通过同源基因克隆方法得到双棘黄姑鱼促性腺激素释放激素(GnRH)的3个基因:cGnRH、sGnRH、sbGnRH,其开放阅读框为258、273bp和261bp,分别编码85个、90个和86个氨基酸,3个基因的信号肽为23个氨基酸,核心十肽分别是QHWSHGWYPG、QHWSYGWLPG和QHWSYGLSPG,这3种核心十肽经生物信息学分析均高度保守。氨基酸序列比对分析表明,双棘黄姑鱼与同科美国红鱼GnRHs基因亲缘性最近,它们的cGnRH和sGnRH的氨基酸同源性达100%,两种鱼sbGnRH的同源性也高达92.2%。用MEGA 4.0构建GnRHs Neighbour-joining系统进化树,结果显示双棘黄姑鱼cGnRH先于同科的美国红鱼聚类,再与星点东方鲀、斑马鱼和虹鳟等共同聚类;双棘黄姑鱼sGnRH则先后与其他鱼类sGnRH、cGnRH、sbGnRH聚类;而双棘黄姑鱼sbGnRH先后与其他鱼类的sbGnRH、cGnRH和sGnRH聚类。

济南市两株输入性登革热3型病例病毒基因组全序列测定及分析

目的对济南市两株输入性登革热病例进行血清学和基因检测,获取全基因数据并进行分子特征分析。方法采集济南市2例登革热疑似阳性病例的全血样本,通过Real-time PCR对病毒进行分型检测。离心分离血清,用于胶体金法检测登革病毒NS1抗原、IgM抗体和IgG抗体;同时扩增病毒全基因序列,将序列与国内外分离株序列进行比对,Mega 7.0软件构建进化树,RDP4软件进行基因重组分析。结果2例病例核酸分型检测结果为DENV3型,胶体金检测结果显示NS1抗原均为阳性,IgG抗体结果均为阴性;测序后拼接序列长度分别为10707 nt和10706 nt,两条序列仅在末端有6个核苷酸的差异,经系统进化分析,这两例病毒株属于DENV3型基因1型,与2017年孟加拉国流行株具有高度同源性。结论济南市登革热的防控依旧需要加强输入性病例的监测。