基于基因分型测序(GBS)技术的堇叶紫金牛遗传结构分析

采用基因分型测序(GBS)技术对堇叶紫金牛[Ardisia violacea(T.Suzuki)W.Z.Fang et K.Yao]13个野生居群77份样本进行单核苷酸多态性(SNP)位点挖掘,在此基础上,对13个居群77份样本的遗传多样性、系统发育树、亲缘关系等进行分析。结果表明:共获得有效SNP位点246307个,每份样本检测到SNP位点1154~3789个。13个居群的观测杂合度为0.1569~0.4289,多态信息含量为0.0785~0.3244,核苷酸多样性指数为0.0002~0.0007,Tajima’s D值为0.2247~1.0936,Shannon’s多样性指数为0.2175~0.6649,表明堇叶紫金牛整体遗传多样性水平偏低。系统发育树、主成分分析和遗传结构分析结果显示77份样本可划分为6组。亲缘关系分析结果显示:居群内个体间的亲缘关系整体较近;居群间的亲缘关系与地理距离有一定的相关性。遗传分化和基因流分析结果显示:大部分居群间存在较高的遗传分化,各居群间存在一定程度的基因交流。综上所述,堇叶紫金牛13个居群的整体遗传多样性偏低,但居群间的遗传分化程度较高,这与居群间的地理距离较远、基因交流较少有关。建议优先保护安徽省黄山市祁门县牯牛降、浙江省舟山市定海区蔡家岙和浙江省宁波市象山县屠家园村3个遗传多样性较高的居群,并开展相关繁育工作以维持和扩大居群数量。

应用双通道Taqman-MGB探针技术进行Kidd血型基因分型

目的Kidd血型系统是人类红细胞血型系统之一,具有重要的临床意义,其抗体可引起新生儿溶血病和溶血性输血反应。Jk抗原由SLC14A1基因的2个共显性等位基因Jka和Jkb编码,它们在人群中呈现多态性。Kidd血型的鉴定有血清学方法和基因分型方法。血清学方法具有简单易行特点,在大多数情况下可以有效鉴定血型抗原,但是血清学方法也存在一定的局限,因此在某些情况下需要采用基因分型方法。我们探讨利用双通道Taqman-MGB探针检测Kidd血型系统JKa、JKb等位基因的可行性。

纳米孔基因测序技术在HLA基因分型中的应用

人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)基因是人类基因组中最复杂的基因区域,主要参与机体免疫反应,HLA的基因分型在器官移植以及疾病诊疗等领域有着广泛的临床应用。现有的HLA分型方法在临床实践中发挥了重要作用,但也存在一些技术限制和局限性。纳米孔基因测序技术的出现为快速鉴定HLA基因分型提供了全新视角。该技术以其快速、实时测序和长读长等特点,为复杂的HLA区域提供了更为快速精确的识别能力。该技术不仅能更快速地解析HLA基因型,还对前沿高通量基因测序新技术开发HLA分型方法的研究具有潜在的借鉴意义。本文主要对纳米孔基因测序技术在HLA分型领域中的研究方法和临床应用进行综述。

广州地区GBS阳性孕妇GBS致病菌株的基因分型及分子流行病学调查

目的研究探讨广州市GBS阳性孕妇GBS致病菌株的基因分型及其各种基因型的流行分布情况,为GBS致病菌株的快速分子诊断及其流行病学监测提供一定的理论依据和方法。方法在广州市采用多阶段分层整体抽样的方法从2015年01月~12月就诊的GBS阳性孕妇的生殖道中收集的标本,药敏质控标准菌株:肺炎链球菌(ATCC49619)及金黄色葡萄球菌(ATCC25923),采取菌株培养、鉴定、DNA提取、PCR试验、基因检测等方法,通过相关软件进行相关数据分析,分析GBS致病菌株的基因分型及分子流行病学状况。结果共收集分泌物标本2 812份,经菌株鉴定分离出178株GBS致病菌株,其检出率为6.33%。GBS致病菌株对利奈唑烷、万古霉素、青霉素、呋喃妥因等抗菌药物耐药率均为0,对氨苄青霉素、环丙沙星、莫西沙星及左旋氧氟沙星部分耐药,其耐药率分别为1.1%,16.9%18.0%及22.5%,而GBS致病菌株对红霉素、克林霉素等抗菌药物均出现了较高的耐药率,其耐药率分别为50.6%,47.8%(其中红霉素诱导克林霉素耐药有20例,占23.5%)和73.0%。65株GBS检测出mreA基因,56株GBS检测出ermB基因,36株GBS检测出mefA基因,28株GBS检测出mefE基因,5株GBS检测出ermA基因,ermC基因未被检测出。其中携带5种耐药基因的有3株(1.69%),携带4种耐药基因的有15株(8.43%),携带3种耐药基因的有19株(10.67%),携带2种耐药基因的有25株(14.04%),携带1种耐药基因的有5株(2.81%),不携带耐药基因的有1株(0.56%)。五种耐药基因的核苷酸序列,其同源性均为100%,无基因突变发生。结论 GBS致病株耐药基因主要是mreA,ermA,ermB,mrfA,mefE,且其核苷酸序列同源性为100%,临床上需加强耐药基因分子水平检测,指导临床更加合理科学的用药。

MLVA技术用于福建105株结核分枝杆菌基因分型的初步研究

目的探讨MLVA技术在福建省结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法选取12个分型效果较好的VNTR基因位点。应用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳,建立检测结核分枝杆菌DNA指纹多态性的方法,分析结核分枝杆菌DNA多态性。结果共对105株结核分枝杆菌的12个VNTR位点进行了检测,根据这些菌株的指纹多态性特征,共分为4个基因型(I型I、I型I、II型I、V型),其中Ⅰ型所占比例最大,为66.7%(70/105),Ⅱ型占20%(21/105),Ⅲ型占9.5%(10/105),Ⅳ型占3.8%(4/105)。结论结果提示福建省结核分枝杆菌的传播是以Ⅰ型菌株为主,应加强此型菌株流行的监控。

基于基因分型技术的燕麦SNP标记研究

为加快燕麦分子辅助育种进程,以1981-1983年进行抗旱性鉴定的42份燕麦种质(18份低抗、13份中抗、11份高抗)和12个未鉴定的燕麦育成品种为试验材料,采用PstⅠ/MspⅠ双酶切的dd-GBS基因分型技术构建燕麦简化基因组参考序列,通过Stacks、主成分分析、Fisher Test和Blast分析研究燕麦SNP分子标记。测序结果表明,燕麦个体的高质量reads数在4 111 218～19 019 296,利用Stacks软件成功组装753 325条燕麦简化基因组参考序列,共注释74 657个群体SNP位点。主成分分析表明,燕麦SNP基因型大致聚为2簇,其中一簇主要由14份低抗种质组成,另一簇则包含全部11份高抗种质。进一步的Fisher Test差异显著性统计分析表明,相对于燕麦低抗种质材料,共有2 937个SNP标记在燕麦高抗种质材料中差异显著((错误发现率False Discovery Rate,FDR)<0. 05),其中,55个SNP标记差异极显著(FDR <0. 001)。将上述55个SNP标记所在源序列与小麦基因组序列在Phytozome数据库中进行比对(Blast)发现,14个SNP位点可能参与燕麦抗旱生物学信号通路基因的表达,其中包括参与植物激素信号转导来调控燕麦的抗逆性。通过GBS技术成功组装的燕麦简化基因组参考序列,丰富了当前燕麦的基因组数据库。通过统计学分析得到的55个SNP标记与小麦基因组数据库进行比对,结果发现,14个SNP标记将对燕麦分子辅助育种和加速育种进程具有重要的指导意义,更可为今后的燕麦种质资源大规模快速筛选奠定技术基础。

PCR衍生技术在刚地弓形虫基因鉴定和分型中的应用

不同基因型刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)的致病力及对药物的敏感性等均存在较大的差异。运用PCR衍生技术对不同弓形虫株进行基因鉴定和分型,可为弓形虫病的临床诊断和治疗提供重要依据。本文就PCR衍生技术在弓形虫基因鉴定及分型中的应用进展作一综述。

应用导流杂交基因芯片技术对HPV感染基因分型检测的研究

目的探讨核酸分子快速导流杂交基因芯片技术(flow-through hybridization and gene chip,Hybri Max)对人乳头状瘤病毒(human papillomavirus,HPV)感染分型检测中的应用。方法对558例临床患者进行液基细胞学检测(LPT),异常者做组织病理学诊断,同时采用Hybri Max技术,对558例患者的宫颈细胞进行HPV DNA检测和分型。结果558例患者中,细胞学异常的370例,并对异常者做病理学诊断,结果为:慢性炎症80例,CINI70例,CINII76例、CINIII82例、宫颈癌62例。②全部患者均进行HPVDNA的检测与分型,其HPVDNA阳性的是:细胞学正常的188例中有40例(21.3%),慢性炎症有48例(60.0%),CINI有52例(74.3%),CINII有68例(89.5%),CINIII有76例(92.7%),宫颈癌有62例(100%)。结论对HPV感染的检查以及通过Hybri Max技术对HPVDNA基因分型检测的研究,对宫颈癌早期发现,判断预后及指导治疗有重要价值。

重复序列PCR与多位点分型技术在白假丝酵母菌基因分型中的比较

目的应用多位点序列分型技术(MLST)和重复序列聚合酶链反应(REP-PCR)对临床分离出的白假丝酵母菌进行分型,并对两种方法作出应用评价。方法收集上海地区医院中真菌性阴道炎分离出的40株白假丝酵母菌,选择合适引物进行扩增,通过电泳比较分析获得REP-PCR分型。选择7对管家基因进行PCR反应并测序,将测序结果与标准序列进行比对,获得由7对管家基因组成的等位基因谱,最终得到相应的序列分型。结果 REP-PCR中Ca22-Ca22引物对得到电泳条带最优,40株白假丝酵母菌共分成7种REP-PCR型;MLST分型得出29种,且均为新型。结论 MLST分辨率较REP-PCR高,但由于REP-PCR分型方法更为快捷、经济,更适用于实验室大量菌株分型和临床分型。MLST则更客观,更适合用于进化学的研究及全球性流行病学的调查研究。

PCR-RDB技术在HCV基因分型中的应用研究

目的:评价PCR-RDB技术在丙型肝炎病毒(HCV)基因型检测中的临床实际应用价值。方法:随机收集经实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)检测HCV RNA含量大于1×103 IU/ml血清样本总计158份,其中无临床症状丙型肝炎病毒携带者90例,慢性丙型肝炎(CHC)患者48例,肝硬化(HS)患者16例,肝癌(LC)患者4例。全部血清样本应用PCR和反向斑点杂交技术(RDB)进行HCV基因分型检测,并对检测结果进行统计学分析。结果:所有标本HCV基因分型成功,其中1b型78例,2a型65份,3a型3例,3b型2例,6a型2例,1b和2a混合感染型8例。不同疾病组HCV不同基因型分布差异无统计学意义。结论:HCV基因型与疾病类型无相关性;PCR-RDB杂交技术适用于临床实验室开展HCV基因型检测。

应用反向斑点杂交技术进行脐血HLA-DRB基因分型方法的建立

HLA分子的多态性对于移植有十分重要的意义。常用的HLA基因分型方法中SSOP基因分型方法有较高分辨率 ,但操作过程复杂 ,仅适于大样本的HLA分型。PCR SSP基因分型方法分辨率较低 ,但操作过程简单 ,适于临床要求。有必要建立一种简便、快速、价廉、高分辨率的基因分型方法。本研究取 6 3份已知HLA DRB型的脐血标本 ,经盐酸胍方法提取DNA用于反向斑点杂交 (RDB)基因分型 ,同时采用SSOP和PCR SSP方法进行比较。结果表明 ,所有样本用RDB方法基因分型均获得成功 ,可准确地分辨 6 0个HLA DRB等位基因 ,且结果与用SSOP和PCR SSP方法的结果完全一致。结论提示 ,RDB方法可准确地分辨HLA DRB等位基因 ,分辨率高 ,操作简单 。

血清以及基因分型技术在副猪嗜血杆菌流行病学和毒力鉴定中的研究进展

副猪嗜血杆菌（Haemophilus parasuis,HPS）为猪上呼吸道中的一种共栖菌,只在特定条件下侵入机体引起严重的全身性疾病[1].区分临床中分离的HPS是“常驻菌”还是“致病菌”对HPS病的诊断和控制尤为重要.“常驻菌”或“致病菌”特性的分析需要利用血清学以及基因分型技术.分型技术的优劣取决于方法的鉴定能力、重复性、花费时间以及成本等.对细菌菌型的鉴定有着不同的应用,地方流行病学中用判定一次疫情暴发涉及的菌株数量,而全球流行病学则关注特定菌株与其他地区以及不同时间分离株间的关系.因此,地方流行病学需要确定疾病暴发的病原菌为一株还是多株引起,或者在持续感染情况下确定是否由一种强毒株引起感染.全球流行病学则通过研究不同地区菌株间关系,分析菌株的全球分布以及导致分布差异的原因[1].

液相基因芯片技术在崇明地区人乳头瘤病毒检测和分型中的应用

目的探究液相基因芯片技术在崇明地区人乳头瘤病毒（HPV）检测和分型中的应用。方法选取2011年5月至2013年4月该院妇科门诊就诊者宫颈脱落细胞500例,使用液相基因芯片技术对其进行HPV基因型检测。并对80例患者进行病理诊断,根据组织病理学将80例患者分为炎性反应组、细胞学正常组、宫颈癌组、宫颈上皮内瘤变（CIN）Ⅰ组、CINⅡ组、CINⅠ～Ⅱ组、CINⅢ组。将病理诊断结果和HPV DNA亚型分布结果结合分析,对崇明地区宫颈病变程度和HPV感染基因型的关系进行分析。结果 500例标本中共180例HPV阳性患者,HPV总感染率为36%,共检出22种基因型,按照感染率从高到低依次为HPV-16、HPV-52、HPV-58、HPV-18、HPV-11、HPV-6、HPV-31。其中高危型感染为85.96%,低危型感染为14.04%。500例标本中共180例HPV阳性患者,其中44例（24.44%）患者年龄为21～25岁的女性,11例（6.15%）患者年龄为51～67岁的女性,随着年龄的增大HPV阳性例数减少。随着宫颈病变级别的升高HPV感染率逐渐升高,两两比较结果显示,炎性反应组与正常组、CINⅢ组与CINⅡ组、宫颈癌组与CINⅡ组、宫颈癌组与CINⅢ组之间差异无统计学意义（P〉0.05）;其余11对两两对比差异具有统计学意义（P〈0.05）。随着宫颈病变级别的升高HPV多重感染率逐渐升高,但是仅炎性反应组与CINⅢ、CINⅡ组间差异有统计学意义（P〈0.05）。将组织病理学作为确诊标准,液相芯片HPV DNA检测CINⅢ、CINⅡ的特异度为76.63%,灵敏度为88.57%,阴性预测值为92.16%,阳性预测值为68.89%。结论崇明地区常见的HPV感染基因型为HPV-16、HPV-52、HPV-58、HPV-18、HPV-11、HPV-6、HPV-31。HPV阳性多发于年轻女性,且HPV多重感染和感染率均随着宫颈病变的程度加重而加重。因而液相芯片HPV DNA检查对大规模筛查和宫颈病变的临床诊断有十分重要的价值。

基于测序基因分型技术的3种石斛兰遗传关系分析

目的:本研究分析比较霍山石斛、细茎石斛和铁皮石斛的遗传关系。方法:以黄石斛为参考基因组,用测序基因分型技术获得单链核苷酸多态性,根据单链核苷酸多态性差异,分别用Admixture软件分析3种石斛的居群遗传结构,用TreeBeST软件构建邻接树,用GCTA软件做主成分分析,用GenAlEx软件计算遗传距离。结果:3种石斛平均每个样本产生的干净片段(clean reads)和单链核苷酸数目都是霍山石斛>细茎石斛>铁皮石斛;邻接树结果表明铁皮石斛样本聚为一支,霍山石斛样本和细茎石斛样本聚为另一支,且该支的霍山石斛样本与细茎石斛样本又被严格分开为2小支;遗传结构和主成分分析结果与邻接树类似;霍山石斛与细茎石斛间的遗传距离小于霍山石斛与铁皮石斛间的遗传距离。结论:根据3种石斛的核苷酸多态性差异,3种石斛能被明显分开;霍山石斛与细茎石斛间的遗传关系近于霍山石斛与铁皮石斛间的遗传关系。

测序技术在人类白细胞抗原基因分型领域的应用进展

测序分型结果精确可靠,能够为基因DNA序列提供最真实、最可靠的信息,基于这一特点,它可以比较全面的描述基因的复杂性和多样性,是基因分型及多态性研究的金标准,能发现新基因。本文就测序技术在骨髓库人类白细胞胞抗原配型、移植配型、人类白细胞胞抗原易感性疾病和亲子鉴定等基因分型领域的应用进展进行综述。

应用PCR-SSOP技术对陕西克山病人HLA-DRB1基因分型的研究

目的 了解陕西克山病人HLA -DRB1基因多态性的特征。方法 应用PCR -SSOP技术对 118例克山病人进行HLA -DRB1基因分型。结果 鉴定了克山病人HLA -DRB1位点的 10种等位基因 ,其中高频率分布的有DR15、DR4、DR9。结论 提供了一套比较完整准确的陕西克山病人DRB1等位基因的基因频率 ,对群体遗传和疾病关联研究具有参考意义。

RAPD技术在产气荚膜杆菌基因分型中的应用研究

采用随机扩增多态性DNA(RondomlyAmplifiedPolymorphicDNA ,RAPD)技术对产气荚膜杆菌进行PCR扩增。结果产气荚膜杆菌A ,B ,C ,D 4个型均可扩增出约 430bp的条带 ,B ,C型还扩增出约 2 10bp条带 ,B ,D型还扩增出约 12 10bp条带 ,A型还扩增出约 2 40bp和 6 90bp条带 ,各型之间的条带差别明显 ,从而为产气荚膜杆菌的基因分型。

应用基因分型技术研究牛结核分枝杆菌分子流行病学(英文)

牛分枝杆菌是引起牛结核病(bTB)的病原体,侵染宿主广泛,可感染多种家畜和野生动物,对人类和动物健康构成巨大危害。随着多年不懈的研究,有关分枝杆菌分子流行病学的知识积累不断增加。作者对近年来应用新的基因分型技术研究牛结核分枝杆菌分子流行病学方面的一些研究进展。这些技术包限制性片段长度多态性分析(RFLP)、PCR介导的间隔区寡核苷酸分析(spoligotyping)、数目可变串联重复位点(VNTR)等。主要用于对人、牛、家畜以及野生动物的结核病分子流行病学进行分析和监测。另外,还利用一系列敏感的基于PCR的技术从分枝杆菌杆菌复合体(NTM)中对菌型进行鉴别。对分枝杆菌感染分子流行病学的全面了解,有助于对本病扩散传播机制的深入研究。可为制定科学防治结核病的措施做出贡献。

用分子克隆技术构建D12S375基因座等位基因分型标准物及汉、回、维族群体遗传学研究

采用分子克隆技术大量制备STR基因座等位基因分型标准物 ,解决长期困扰STR分型的准确性和标准化问题。PCR扩增出D12S375基因座的 7个等位基因片段 ,将其插入pUC重组质粒中 ,经DNA测序分析证实插入片段的结构及大小 ,按重复单位的重复次数对插入的等位基因片段进行命名 ,最后经转染、扩增及再鉴定后制备出标准D12S375基因座等位基因分型标准物。应用此分型标准物 ,调查D12S375基因座在成都汉族 ,甘肃回族及新疆维族群体中的基因型分布频率 ,评估其在法医学实践中的应用价值。