基于生物信息学的胃癌特征基因网络关键节点及预后关联分析

目的:本研究旨在利用生物信息学筛选胃癌的特征基因,探索胃癌的恶性机制。方法:通过GEO数据库筛选胃癌相关基因芯片作为训练集,并利用GEO2R工具分析胃癌组织相较于正常组织的差异基因,进而在验证集患者中对所筛选基因进行验证;采用String数据库计算其蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。根据Cytoscape软件的Centiscape等插件分析PPI网络中的关键节点,分析蛋白相互作用相关性;并利用DAVID数据库对差异基因和PPI关键模块基因进行基因功能富集及注释。随后对关键节点基因进行生存分析。结果:所筛选出的63个特征差异基因对胃癌与正常组织区分度良好,主要参与调控细胞外基质受体相互作用、PI3K-AKT信号通路等。PPI网络中关键节点调控肿瘤增殖、转移。对关键节点基因进行生存性分析发现,ITGB1、COL1A2表达高的患者,其生存率远低于低表达患者(P<0.05)。结论:本文可为寻找胃癌发生发展的关键基因,探索胃癌治疗新靶点提供一定的理论依据。

胃癌新辅助化疗耐药机制及治疗策略研究

目的利用生物信息学筛选影响胃癌化疗耐药的特征基因,深入探讨化疗耐药的分子机制,为胃癌的化疗提供新策略。方法在GEO数据库筛选胃癌DCS方案(多西他赛+顺铂+替吉奥)耐药表达谱芯片,利用GEO2R工具筛选胃癌耐药组织特征基因;构建差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络;并分析PPI网络的关键节点和稳定模块,进而对差异基因和关键节点及模块基因进行功能富集及注释;再对差异基因进行化合物靶点模拟,筛选出潜在药物。结果筛得胃癌化疗耐药差异基因共609个,构建PPI网络的关键节点为ACLY和AKT1。差异基因GO功能富集与KEGG通路富集结果显示,主要集中在免疫及肿瘤生长相关通路。C-MAP分析结果提示7个候选化合物吻合度评分>0.9。结论本研究利用生物信息学筛选了影响胃癌化疗耐药的特征基因,深入探讨化疗耐药的分子机制,为胃癌的化疗提供了新策略。