糖尿病肛瘘LncRNA芯片分析及CNC图搭建

目的研究糖尿病肛瘘创面特异表达LncRNA与mRNA基因功能之间调控网络。方法用基因芯片技术对糖尿病肛瘘创面和普通肛瘘创面组织中差异性表达的LncRNA及mRNA进行基因表达谱检测,筛选的标准为2倍差异及P<0.05,再进行差异表达分析,然后对差异表达的mRNAs进行KEGG通路分析及Pathway Map展示,挑选出显著mRNA指标,将这些显著mRNA指标进行q-PCR验证,得到有意义的阳性指标,再将阳性指标与差异LncRNA交集得出LncRNA-mRNA共表达网络,并基于LncRNA-mRNA共表达网络挑选出不同LncRNA进行功能验证。结果将芯片标准化后分析差异表达的长链非编码RNA和mRNA,发现上调差异有502个,下调差异有1204个;mRNA分析发现上调差异621个,下调差异505个,KEGG通路分析发现上调和下调的通路均有10条;通过分别对上调、下调最明显的通路进行Pathway Map展示,挑选出显著mRNA指标8个:BMP2、IFNB1、IL6、IL18、PIK3CB、SMAD7、SMAD9、β-actin,分别将其进行q-PCR验证,得到有意义的阳性指标个5个:BMP2、IL6、IL18、PIK3CB、SMAD7,将5个阳性指标和差异LncRNA交集得出LncRNA-mRNA共表达网络,并基于LncRNA-mRNA共表达网络挑选出不同LncRNA进行功能验证。结论挑选出的20个LncRNA(NR125383、T323486、ENST00000582334、TCONS00018312、ENST00000418393、TCONS00017190、TCONS00019532、ENST00000601559、ENST00000566575、NR109882、NR026913、T301537、NR109774、ENST00000415536、ENST00000610000、ENST00000412485、ENST00000573220、T175957、ENST00000580756、TCONS00014747)所调控的mRNA居于LncRNA-mRNA共表达网络,其在各个领域当中均有不同程度的报道,为后续的功能和机制研究提供了方向和重点,为加速慢性难愈合和创面愈合的研究提供了新的思路,为开发促愈药物提供基础研究借鉴。