乙型肝炎病毒前S基因区缺失突变发生机制的探讨

检测慢性乙型肝炎病毒(HBV)携带者和患者外周血内HBV前S区基因缺失突变的分子结构特点,探讨其发生机理。用聚合酶链反应方法从慢性乙肝患者和携带者血清中扩增出前S区基因片段,克隆、测序,分析缺失发生的结构特点,从而推测这些前S区基因缺失突变的产生机制。从262例慢性乙肝患者和103例无症状HBV携带者体内扩增出前S区片段,共在30例患者和携带者中检测出多种前S区基因缺失突变,主要集中于前S1区的3′端和前S2区的5′端。其中有9例患者和携带者体内存在完全一样的nt3019～nt3201183bp的缺失突变,该缺失突变符合真核细胞mRNA剪接机制,在此位置上各基因型的序列高度保守。同时有另外两种缺失突变,即nt3019～nt3147129bp缺失、nt3019～nt310991bp缺失也符合该剪接机制。有23种缺失突变部分于重复序列之间,符合逆转录过程中的模板转换机制所导致的缺失。根据前基因组RNA预测出二级结构,仅部分缺失突变在RNA二级结构中对应于局部的结构。此结果表明:HBV在外界因素mRNA的剪接机制和内在因素聚合酶蛋白的功能特点的共同作用下,产生各种突变,不同的机制将导致不同类型的缺失突变。除真核细胞mRNA剪接机制外,逆转录过程中的模板转换是主要机制之一。

乙型肝炎病毒基因组前-前-S基因区的分子流行病学研究

目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因组是否存在前-前-S编码基因,并探讨前-前-S基因与HBV基因型分布之间的关系. 方法:自慢性乙型肝炎患者血清中提取病毒基因组DNA, 首先应用多引物-多聚酶链反应(PCR)进行HBV基因型分型,之后将前-前-S区扩增,TA克隆到pGEM Teasy载体后进行单克隆测序,利用Vector 8.0软件进行序列分析. 结果:选择15例患者,经过HBV基因型分型实验确定基因型为B型者1例,B/C混合型者5例,C型9例.自15例患者血清中提取的HBV基因组中扩增出前-前-S基因片段,TA克隆后选择31个克隆进行测序,测序结果证明这31个克隆均编码前-前-S基因. 结论:前-前-S区编码在B、C基因型中均为普遍存在的现象.

乙肝病毒前C基因区1896位点变异的实验研究

目的探讨慢性乙肝病人血清HBV DNA前C基因区nt1896的变异情况及其与HBV DNA水平及转氨酶(ALT)关系。方法将172例慢性乙肝患者分为两组:大三阳组(106例)和小三组(66例)。检测ALT、HBV DNA及前C区nt1896的变异情况。结果大三阳组与小三阳组HBV DNA阳性率有显著差异(P<0.05),nt1896变异率无显著差异(P>0.05)。小三阳患者中ALT升高组(>40 U/L)HBV DNA(+)患者nt1896变异率100%,而ALT正常组HBV DNA(+)患者nt1896变异率30%(3/10)(P<0.05)。结论大三阳和小三阳慢性乙型肝炎病人都存在较高的前C区nt1896变异率(P>0.05)。前C区nt1896变异可能是影响HBV DNA复制的一个因素。

乙型肝炎病毒X基因区序列的系统发育树分析

目的:研究利用乙型肝炎病毒X基因区序列构建系统发育树进行基因型分析的可靠性。方法:从美国NCBI基因库中下载HBV全基因序列共2 49条,其中166条为已知基因型的序列,83条为未知型序列。利用ClustalX 1.8软件和TreeView软件对已知基因型的X区序列构建进化树图,分析由该方法获得的基因型是否与原来的吻合,并对未知型序列进行基因型分析,再用S区的进化树分析加以验证。结果:已明确基因型的166条序列利用X基因区序列分析得到的基因型与原先的基因型完全吻合。用X区和S区序列分析方法对83条未知型序列分析的结果是一致的,分别获得A型16条、B型17条、C型2 7条、D型2 1条及F型2条,未发现E、G和H型。结论:利用乙型肝炎病毒X基因区序列进行基因型分析是完全可靠的,有助于HBV的致病机制研究。

乙型肝炎病毒前C基因区变异的特点及其临床意义

一、前C基因区的结构与功能 前C基因区位于C基因区的前部,含有87个核苷酸(HBV全基因组第1814～1900位核苷酸),每3个核苷酸组成一个密码子,该区有29个密码子。前C基因区分隔开了HBVC区含有的2个框内转录起始密码子。

SARS病毒不同基因区抗原与SARS患者血清反应性的研究

目的 研制非典型肺炎病毒 ( SARS病毒 )不同基因区抗原 ,探讨 SARS病毒感染机体不同基因区抗体免疫应答。方法 根据目前已知 SARS病毒的基因组序列及其编码的蛋白质 ,运用计算机抗原表位预测技术 ,筛选 4种 SARS病毒主要抗原表位。合成抗原表位基因 ,克隆到表达载体 p BVIL1 ,在 E.coli中表达 S蛋白和 N-蛋白 ,E-蛋白和 M-蛋白为合成肽。结果 用 SARS病毒编码的 S( Spike)蛋白、M-蛋白、N-蛋白和 E-蛋白分别与 46份 SARS患者恢复血清反应 ,检测血清中 Ig G抗体 ,结果 S蛋白、N-蛋白、E-蛋白和 M-蛋白检出率分别为 71 .7% ( 33/4 6) ,89.1 3% ( 4 1 /4 6) ,30 .43% ( 1 4/4 6) ,5 2 .1 7% ( 2 4 /4 6)。结论 感染 SARS病毒病人血清中 S蛋白、M-蛋白、N-蛋白和

庚型肝炎病毒杭州株E_2/NS_1基因区的克隆及序列分析

目的 获得散发性庚型肝炎病毒杭州株E2 /NS1区部分核酸序列。方法 选择 1例浙江杭州散发性庚型肝炎患者 ,从其血清中分离HGVRNA ,通过逆转录套式聚合酶链反应(RT nPCR)法 ,扩增该散发性HGV(HZ 2株 )E2 /NS1区部分cDNA片段 ,然后克隆到质粒 pGEX 4T 3中 ,并进行核苷酸序列分析。结果 HGV杭州株与河北株 (HGVC96 4、美国株 )(HGU44 40 2 )的核苷酸同源性为 92 5 %和 89 8% ,氨基酸同源性为 98 0 %和 93 9%。

拓扑异构酶II基因区PCR-RFLP法鉴别常见皮肤癣菌

目的：探讨拓扑异构酶Ⅱ基因区PCR～RFLP法鉴别常见皮肤癣菌的可行性。方法：用真菌拓扑异构酶Ⅱ基因区通用引物dPsD1、dPsD2，先后对6种34株临床常见皮肤癣菌和2株白念珠菌以及4株曲霉的DNA进行巢式PCR（nested PER）扩增，扩增后的阳性产物分别用限制性内切酶HincⅡ和HinfⅠ酶切，进行限制性片段长度多态性（RFLP）分析，根据结果来鉴定皮肤癣菌并在种的水平上区分这6种常见皮肤癣菌。结果：通用引物dPsD1对6种皮肤癣菌均能扩增出3390bp、dPsD2能扩增出2380bp的片段，而白念珠菌和曲霉则未见阳性扩增条带。扩增出的产物分别经HincⅡ和HinfⅠ酶切后表现为58—1670bp长短不等的片段组合，根据这些特异性条带谱可以区分这6种临床常见皮肤癣菌。结论：拓扑异构酶Ⅱ基因区的巢式PCR—RFLP方法，是鉴定和区分常见皮肤癣菌的有效方法。

慢性HBV感染者HBV—DNA C基因区变异及其意义

HBV感染后,肝病的严重程度差异很大,以往关于乙型肝炎发病机理的研究主要集中于宿主的免疫应答。近年来,由于PCR、分子克隆及序列分析等手段的应用,病毒基因的变异逐渐引起重视。本文就HBV—DNA C基因的变异及其意义作一综述。

HLAⅡ类基因区与1型糖尿病

目的 :综述HLAⅡ类基因区与1型糖尿病的关系。方法 :查阅国外有关文献20余篇加以综述。结果 :HLAⅡ类基因区内的DQ、DR基因位点与1型糖尿病具有相关性。结论

ATM基因区的常见变异与2型糖尿病患者对二甲双胍的降糖反应相关

在2型糖尿病的治疗中，大多数国家和国际指南推荐二甲双胍为一线药物。尽管二甲双胍的临床应用已有50多年，但它的作用机制尚没有完全阐明。已经明确二甲双胍是通过抑制线粒体呼吸链．导致细胞AMP增加．从而激活AMP-激活的蛋白激酶（AMPK）来发挥作用，但仍然不清楚是否AMPK是其唯一的作用靶点。

儿童与成人慢性乙型肝炎患者乙型肝炎病毒Core基因区准种特征及正选择压力差异分析

儿童与成人慢性乙型肝炎患者的临床特征差异明显。乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)病毒准种特征与其致病特性紧密相连,HBV病毒Core基因区富含免疫表位,该区域的准种特征直接反映病毒变异与病毒应对宿主免疫压力间的动态过程。文章通过扩增170名儿童慢性乙型肝炎患者及121名成人慢性乙型肝炎患者病毒Core基因区,按照病毒基因型以及病毒e抗原(Hepatitis B virus e antigen,HBe Ag)状态进行分组,使用序列复杂度、多样性、非同义突变率(Non-synonymous substitution ratio,d N)、同义突变率(Synonymous substitution ratios,d S)等指标衡量不同组别之间的病毒准种特征;使用不同模型计算不同组别中受到正选择压力的位点,进一步结合HBV Core基因区免疫表位信息,进行正选择位点的定位分析。结果发现,儿童乙型肝炎病毒患者体内病毒Core基因区序列复杂性和多样性低于成人患者,且前者Core基因区正选择位点个数显著低于后者,这说明儿童慢性乙型肝炎患者体内病毒受到的选择压力低于成人患者。在儿童及成人慢性感染病人组中,HBe Ag阳性病人体内病毒受到的选择压力低于HBe Ag阴性病人。儿童及成人慢性感染患者体内病毒存在13个正选择位点,大多数正选择位点位于已知的抗原表位上。本研究从分子进化角度揭示了儿童与成人慢性乙型肝炎病例体内病毒Core基因区序列准种差异,为两类病人显著不同的临床表征提供了群体遗传学的解释。

甜菜坏死黄脉病毒不同分离物三联基因区及RNA3的序列分析

以来自于我国内蒙古、黑龙江和宁夏的3个甜菜坏死黄脉病毒(BNYVV)分离物为材料,采用反转录-PCR方法扩增不同RNA组分的基因片段,经cDNA克隆和序列测定后,与国外报道的BNYVV不同株系和来自于我国不同地区的BNYVV分离物之间进行比较分析。结果表明,BNYVV内蒙呼和浩特分离物(HU)RNA2中的 42 kD至 3’端蛋白编码区长度为 2 435个核苷酸(nt),与法国 F2分离物、德国 G1分离物、日本S分离物的一致性分别为97.7%,94.9%,96.2%;而黑龙江(HEI)、宁夏(NIN)和内蒙包头分离物(BAO)RNA3的 25 kD蛋白编码区则与以往报道的内蒙呼和浩特分离物(HU)相应片段分别具有 95.4%,93.4%和94.0%的一致性。这些差异进一步证明了在BNYVV分离物之间广泛存在的分子变异,并可能与它们的致病能力相关。

拉米夫定治疗的慢性乙型肝炎患者HBVP基因区codon 550变异及临床研究

目的 研究慢性乙型肝炎患者服用拉米夫定后乙肝病毒YMDD变异情况 ,同时探索引起YMDD变异的影响因素。方法 选取 136例应用拉米夫定治疗的慢性乙型肝炎患者 ,ELISA检测HBeAg ,抗HBe ;PCR检测HBVDNA浓度 ,通过HBVcodon 5 5 0特异性PCR扩增确定YVDD及YIDD变异情况。结果 79例疗程达 5 2周者出现变异 12例 ,同时YVDD及YIDD变异 2例 (2 5 % ) ,5 7例疗程达 10 4周者出现变异 16例 ,同时YVDD及YIDD变异 4例。治疗前HBeAg阳性 82例中YMDD变异 17例 ,抗HBe阳性 5 4例中YMDD变异 17例。结论 拉米夫定引起YVDD及YIDD变异是耐药的原因 ,YMDD变异与发生HBV前C区变异无关系 。

用PCR方法快速检测用拉米夫定治疗的乙型肝炎病人中HBV P基因区codon 550的变异

目的 建立一种快速特异的乙型肝炎病毒 (HBV)YMDD变异的检测方法。方法 针对HBVcodon 5 5 0位置设计 2条高度特异的的引物 ,用PCR方法进行DNA扩增。根据电泳结果可分析下列 2种情况 :(1)A741G变异型(YVDD) ;(2 )G743T变异型 (YIDD)。用该方法对 32例病人在拉米夫定治疗前 (0周 ) ,治疗中 (5 2周和 10 4周 )共 6 1份血清进行YMDD变异检测。结果 特异性 :10例病人分别做 0周和 5 2周标本codon 5 5 0特异性PCR和DNA测序。 0周血清检测结果全部为野生型 ,5 2周血清中 5例为A741G ,2例为G743T ,两种方法的检测结果完全相同。敏感性 :6 1份血清中 2例血清PCR未能检出阳性 ,codon 5 5 0变异为 2 9份 ,野生型为 30份 ,和葛兰素威康公司检测结果的符合率为98.3 %。混合变异株检测 3例病人 10 4周血清用PCR测定发现同时存在A741G和G743T两种变异株 ,其中 2例结果经多克隆测序的方法得到确证。结论 HBVcodon 5 5 0特异性PCR方法具有快速、简便和经济实用的优点 ,适用于临床拉米夫定治疗病人HBVYMDD变异的跟踪测定。

猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF4/ORF5基因区间的反向遗传操作:插入外源序列特性研究

猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)ORF4/ORF5基因间隔区有10个核苷酸(nucleotide,nt),为了探索ORF4/ORF5基因间隔区作为外源基因插入靶点的可行性,本研究通过突变PCR技术,获得一系列ORF4/ORF5间在不同位置插入不同碱基数及特定序列的突变体,随后进行了病毒拯救和复制分析。结果表明,在ORF4/5的10 nts间隔序列之前至少可插入13 nts;在间隔序列之后只能允许3 nts的插入;间隔序列之间能允许至少18 nts的插入,但允许插入的序列具有特异性,由此,暗示ORF4/5允许插入的外源序列与插入位置有关。本研究获得的诸多突变病毒为进一步研制PRRSV基因标识疫苗奠定了基础。

鉴定出影响红细胞形成的75个基因区域

据van der Harst P 2012年12月6日（Nature,2012.doi：10.1038/nature11677.）报道,在一项新的研究中,研究人员揭示出红细胞是如何形成的和身体如何调节包裹在红细胞中的血红蛋白数量。研究人员还利用基因组分析技术让可能参与红细胞形成的基因区域数量增加了1倍,随后对果蝇进行研究。研究人员利用全基因组关联研究鉴定出似乎影响红细胞形成和它们的血红蛋白含量的基因区域。

科学家发现抑郁 基因区基因变异也许会导致抑郁

科学家表示，他们首次找到了确凿证据证明，有些人的基因变异也许会导致抑郁。抑郁症是世界上最常见、代价最高的精神疾病。