矮小同源盒基因启动子区域甲基化诊断肺癌价值的meta分析

背景与目的肺癌是临床上最为常见的恶性肿瘤,晚期患者预后差,5年生存率低,因此早期诊断成为提高患者预后的关键。近年来随着分子生物学技术的发展,一些关键驱动基因的异常修饰如甲基化成为肺癌早期诊断的重要方法。本研究旨在采用循证医学方法量化评价矮小同源盒基因(short stature homeobox 2,SHOX2)启动子区域异常高甲基化诊断肺癌价值。方法系统检索MEDLINE、EMBASE、Ovid、Web of Science、中国期刊全文数据库(CNKI)中涉及SHOX2基因启动子区域甲基化与肺癌关系的相关文献,并根据纳入与排除标准进行文献筛选。提取原始研究中SHOX2启动子甲基化相关数据,计算以SHOX2启动子甲基化为参考诊断肺癌的敏感性、特异性及受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)下面积。结果最终纳入本次meta分析的文献13篇,各项研究间存在明显的统计学异质性(P<0.05),数据合并均采用随机效应模型。SHOX2基因启动子甲基化诊断肺癌的敏感性为0.75(95%CI:0.74-0.77)、特异性为0.89(95%CI:0.88-0.91);阳性预测值为6.75(4.56-9.99),阴性预测值为0.36(0.25-0.52);诊断优势比为23.16(11.34-47.31),ROC曲线下面积为0.9。结论SHOX2基因启动子高甲基化在肺癌患者血清、支气管灌洗液和胸腔积液中发生率均较高,可作为辅助诊断肺癌的生物学标志物。

肾素基因启动子区域甲基化水平与精神分裂症患者认知损害的关联

目的:探索肾素基因启动子甲基化水平与精神分裂症可能的相关性及潜在的生物学作用。方法:利用外周血单个核细胞基因组,采用Massarray飞行时间质谱法,测定肾素基因启动子CpG位点的甲基化水平。采用剑桥神经心理自动化成套测试中的快速视觉信息处理(rapid visual information processing,RVP)和延迟匹配(delayed matching to sample,DMS)评估受试者注意力及视觉记忆。结果:发现两组间肾素基因启动子甲基化水平差异无统计学意义(P>0.05)。以性别、年龄、患病状态作协变量,CpG位点[chr1:204166158(hg38)]的甲基化比例与RVP总正确反应数(r=-0.68,P=2.42×10^-7),RVP A’(r=-0.61,P=6.94×10^-6),DMS总正确数(r=-0.55,P=1.02×10^-4),DMS延迟正确数(r=-0.54,P=1.52×10^-4)显著相关。结论:肾素基因可能通过启动子甲基化在精神分裂症病理中发挥一定的作用。

结肠癌患者BCL6B基因启动子区域甲基化检测结果分析

目的探讨结肠癌患者BCL6B基因启动子区域甲基化情况。方法方便选取2018年6月—2020年6月该院收治的56例结肠癌患者,取其癌组织与癌旁组织,另取同期同数量在该院做健康检查正常人的肠镜活检组织。比较其BCL6B基因启动子区域甲基化率,并分析影响因素;再比较3种组织的BCL6B基因启动子区域甲基化状况。结果Ⅰ、Ⅱ期患者甲基化率(50.00%)明显低于Ⅲ、Ⅳ期(81.25%)患者,差异有统计学意义(χ^(2)=6.140,P<0.05);高分化患者甲基化率(44.44%)明显低于中、低分化(78.95%)患者,差异有统计学意义(χ^(2)=6.667,P<0.05);而有淋巴转移患者甲基化率(84.85%)明显高于无转移(43.48%)患者,差异有统计学意义(χ^(2)=10.635,P<0.05);Logistic分析显示,TNM分期、分化程度以及有无转移均为BCL6B基因启动子区域甲基化率的独立影响因素(P<0.05)。正常结肠组织中未发现甲基化情况;结肠癌细胞系中RKO、HT29完全甲基化;56例患者中甲基化率达67.86%。结论BCL6B基因在结肠癌呈高甲基化,与TNM分期、分化程度以及有无淋巴转移密切相关,经去甲基化药物处理后BCL6B表达上升,结肠癌的发病机制与BCL6B基因启动子区域甲基化相关。

宫颈癌组织中APC、E-cadherin、ASC及FHIT基因启动子区域甲基化观察

目的观察宫颈癌组织中结肠腺瘤性息肉病蛋白(APC)、E-钙黏蛋白(E-cadherin)、凋亡相关点状蛋白(ASC)及脆性组氨酸三联体(FHIT)基因启动子甲基化状态。方法采用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)检测31例份宫颈癌组织和20例份正常宫颈上皮组织中的APC、E-cadherin、ASC、FHIT基因启动子区域甲基化。分析APC、E-cadherin、ASC、FHIT基因启动子甲基化与宫颈癌临床病理参数的关系。结果 31例份宫颈癌组织中测得基因启动子区域甲基化27例份,其中APC、E-cadherin、ASC基因甲基化分别为19(61%)、17(55%)、6(19%)例份;单基因甲基化13例份,2个基因甲基化11例份,3个基因甲基化3例份。20例正常宫颈组织中均未测出基因启动子区域甲基化。宫颈癌组织中APC、E-cadherin基因启动子区域甲基化率高于正常宫颈组织(P均<0.05)。不同年龄、组织学分级及病理分期的宫颈癌患者肿瘤组织中APC、E-cadherin、ASC基因启动子区域甲基化状态差异无统计学意义。结论宫颈癌组织中APC、E-cadherin、ASC基因存在启动子区域甲基化,可同时有多个基因甲基化。APC、E-cadherin、ASC基因启动子区域甲基化可能参与了宫颈癌的发病。

乳腺癌WIF-1基因表达及其临床病理特征与该基因启动子区域甲基化的关联

目的:研究WIF-1(Wnt inhibitory factor-1)mRNA在乳腺癌组织中的表达及其启动子区域甲基化情况,进一步探讨WIF-1基因甲基化与乳腺癌临床病理特征的关系。方法:收集2009年9月1日至2009年12月30日青岛大学附属医院乳腺外科手术切除新鲜组织标本69例,其中良性病变组织9例,乳腺癌及癌旁组织各30例,应用RT-PCR及甲基化特异性PCR(methyla tion specific PCR,MSP)检测乳腺癌组织、相应癌旁组织和乳腺良性病变组织中WIF-1mRNA表达及其启动子甲基化情况。结果:癌组织中WIF-1基因表达率明显低于相应癌旁组织及乳腺良性病变组织,具有显著性差异(χ2=41.786,P<0.05);与其他两组相比甲基化率在癌组织中明显升高(矫正χ2=16.484,P<0.05);WIF-1基因表达下降与其异常甲基化存在明显关联(P=0.023);WIF-1异常甲基化与乳腺癌发病年龄、肿瘤分级、组织分型和淋巴结转移无相关性(P>0.05)。结论:异常甲基化可能是乳腺癌WIF-1基因表达下降的重要原因,是乳腺癌发生、发展的重要机制。

CD+4T淋巴细胞穿孔素基因启动子低甲基化水平在戒烟大鼠肺气肿进展中的作用及S-腺苷甲硫氨酸的干预效果

目的探讨CD+4T淋巴细胞穿孔素基因启动子甲基化水平与戒烟后大鼠肺气肿持续进展的关系及S-腺苷甲硫氨酸(SAM)的干预效果。方法将20只SD大鼠随机分为4组:正常对照组、模型组、戒烟4周组、戒烟后SAM干预4周组,各5只,后3组香烟烟雾暴露法建立大鼠肺气肿模型并采取相应措施。各组取右下肺组织行苏木精-伊红(HE)染色观察病理学改变,测量平均内衬间隔(MLI)和平均肺泡数(MAN)。用免疫磁珠法从各组大鼠的脾脏中分选出CD+4T淋巴细胞,提取其DNA,检测CD+4T淋巴细胞穿孔素基因启动子区域的甲基化水平。结果模型组、戒烟4周组、戒烟后SAM干预4周组MLI均较正常对照组增加(均P<0.05),其中戒烟4周组较模型组、戒烟后SAM干预4周组增加(均P<0.05)。模型组、戒烟4周组、戒烟后SAM干预4周组MAN均较正常对照组减小(均P<0.05),其中戒烟4周组较模型组减小(P<0.05)。模型组和戒烟4周组CD^(+)_(4)T淋巴细胞穿孔素基因启动子甲基化水平均低于正常对照组和戒烟后SAM干预4周组[(93.9±3.1)%、(93.1±1.8)%比(97.1±1.1)%、(96.4±1.5)%](均P<0.05)。结论CD+4T淋巴细胞穿孔素基因启动子低甲基化水平在大鼠戒烟后仍持续存在,可能是戒烟后大鼠肺气肿不断恶化的原因之一;而给予SAM干预后,戒烟大鼠的肺气肿恶化可好转。

宫颈癌组织中DACT2启动子甲基化与宫颈癌细胞侵袭和转移的关联

目的:探究宫颈癌组织中β-环连蛋白抑制基因2(DACT2)启动子甲基化与宫颈癌细胞侵袭和转移的相关性。方法:选择2020年1月—2022年3月在南阳市第一人民医院就诊的60例宫颈癌患者作为观察组,再选择同期60例健康体检者作为对照组,采用半定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和实时荧光定量RT-PCR检测DACT2 mRNA的表达,并对DACT2进行免疫组化观察;通过甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)和亚硫酸氢盐基因组测序(BGS)分析DACT甲基化水平。采用Pearson检验法,分析DACT2启动子甲基化与宫颈癌细胞侵袭和转移的关联性。结果:对比宫颈癌患者的病理特征中分期、有无细胞转移以及宫颈浸润深度患者所占百分比,差异有统计学意义(t=4.747、5.368、0.834,P<0.05),而年龄和肿瘤大小比较,差异无统计学意义(t=1.004、0.895,P>0.05);宫颈癌组织、癌旁组织和正常组织中DACT2去甲基化发生率分别为45.00%、6.67%和5.00%,差异有统计学意义(χ^(2)=26.454,P<0.05);宫颈癌甲基化组DACT2 mRNA和蛋白表达水平显著低于宫颈癌非甲基化组,差异有统计学意义(t=11.332、8.543,P<0.05);相关性分析结果表明,DACT2启动子甲基化是引发宫颈癌细胞侵袭和转移的因素,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:宫颈癌细胞侵袭和转移主要影响因素就是DACT2启动子甲基化,且DACT2启动子甲基化率越高,细胞侵袭和转移程度就越高。因此临床应密切监测患者DACT2启动子甲基化情况,有助于优化宫颈癌患者的治疗方案。

胶质母细胞瘤患者MGMT基因启动子甲基化检测与分析

胶质母细胞瘤(GMB)属于胶质瘤中恶性程度最高的类型,临床上通常以手术切除为主,辅以放、化疗等综合治疗,但患者的预后较差,死亡率较高。因此,探索治疗GMB的有效方法是当前医疗工作者的研究重点[1]。有研究发现[2-3],MGMT(O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶)基因启动子甲基化的患者对烷化剂药物反应较好,预后优于非甲基化的患者,且DNA异常甲基化还可作为预防肿瘤转移、复发等分子标记物对肿瘤患者的预后效果进行评估。

绵羊脂肪组织AGPAT2基因启动子区DNA甲基化及其表达研究

为研究绵羊脂肪沉积过程与AGPAT2基因启动子区DNA甲基化水平及其表达的相关性,本研究以尾型不同的湖羊与广灵大尾羊的尾部脂肪组织为实验材料,通过生物信息学软件和亚硫酸氢盐测序(Bisulfite Genomic Sequencing PCR,BSP)分析AGPAT2启动子区序列的CpG岛和甲基化水平;以qPCR技术检测绵羊尾部脂肪组织中AGPAT2基因的表达水平。结果表明,AGPAT2启动子区存在CpG岛;在尾部脂肪组织中,湖羊与广灵大尾羊的AGPAT2基因启动子区的目的片段甲基化率分别为90.5%和76.2%;湖羊AGPAT2基因启动子区中的目的序列发生甲基化位点高于广灵大尾羊;广灵大尾羊AGPAT2mRNA的相对表达量在绵羊尾部脂肪组织中极显著高于湖羊;对AGPAT2启动子区的甲基化水平与其表达水平进行Pearson相关系数分析可知,二者呈中度负相关(r=-0.364,P=0.478)。综上所述,本研究揭示AGPAT2基因在转录水平的表达受启动子区甲基化的负调控,从而推测AGPAT2基因的DNA甲基化水平与绵羊的脂肪沉积过程具有一定的相关性。

云南白族低枸橼酸尿症与VDR基因启动子甲基化水平的关系

目的 研究维生素D受体(VDR)基因启动子甲基化水平与云南白族人群特发性低枸橼酸尿症之间的关联性。方法 选取15例VDR基因单核苷酸多态性位点(SNP shot)rs2228570(FokⅠ)基因型为双显性表达(FF型)的云南白族特发性低枸橼酸尿症患者为实验组,15例尿枸橼酸含量正常的云南白族体检者为对照组。先取两组人员的血液标本,经过亚硫酸盐处理后,通过PCR扩增、T7 DNA聚合酶的体外转录过程得到各RNA产物,经碱基特异性酶切处理后得到对应RNA小片段,最后通过EpiTYPER程序得出每个检测位点的甲基化程度。结果 与对照组[1.261%(0.827%,1.930%)]比较,实验组的VDRⅠ片段甲基化水平[4.136%(1.655%,5.152%)]较高,差异有统计学意义(P<0.001);在VDRⅠ片段上33个CpG位点中,实验组和对照组在CpG-5(F=8.831,P=0.008)和CpG-8(F=16.155,P=0.001)两个位点上的DNA甲基化水平差异有统计学意义。结论 VDR基因启动子甲基化水平升高与云南白族特发性低枸橼酸尿症的发生存在关联性。VDR基因SNP位点FokⅠ为FF型的白族患者VDR基因启动子DNA甲基化水平较正常白族人群显著升高。

CD8＋ T细胞穿孔素基因启动子区域甲基化状态在慢性阻塞性肺疾病中的作用

慢性阻塞性肺疾病（慢阻肺）的发病率和病死率高,其主要特征是持续气流受限并呈进行性发展.近年来的研究结果显示：慢阻肺的发生与某些自身免疫性疾病密切相关,慢阻肺患者体内可检测到血管内皮细胞抗体和弹性蛋白抗体,提示自身免疫反应可参与该病的发生[1-2].

小儿恶性淋巴瘤Runx3基因启动子区域甲基化状态及其动态分析

Runx3基因又称人类Runt相关转录因子3（human runt—related transcription factor3，Runx3），是新近发现的抑癌基因。其失活的主要机制是启动子区域高甲基化和杂合性缺失，与肿瘤的发生、发展有着密切的关系。儿童淋巴瘤Runx3基因甲基化报道较为罕见，现报道如下。

甲状腺乳头状癌钠碘同向转运体基因启动子区域CpG岛异常甲基化状态检测及其意义

目的 通过检测甲状腺乳头状癌中钠碘同向转运体(NIS)基因的启动子区域甲基化状态及其与各项临床指标之间的关系,探讨NIS基因甲基化在甲状腺乳头状癌发病过程中的地位、作用和相关机制.方法 取2007年5～7月手术切除的甲状腺乳头状癌及正常组织标本各11份,液氮保存.针对NIS-L区域设计新的甲基化特异PCR(MSP)引物,对所有亚硫酸氢钠修饰后的甲状腺癌及对照组织标本DNA进行MSP检测,比较肿瘤和对照甲状腺组织的NIS-L甲基化状态,分析其与有关临床指标之间的相关性.结果 实验发现11例甲状腺癌中NIS-L区域CpG岛甲基化率达81.8%(9/11),与肿瘤直径存在相关性,与年龄、性别、AJCC分期、淋巴结转移情况、多灶性等临床指标无相关性;相应对照组织中NIS-L甲基化率为36.4%(4/11),与所有临床指标无相关性.结论 甲状腺乳头状癌组织中NIS-L区域CpG岛甲基化率异常增高,且与肿瘤直径存在相关性.NIS-L与其它NIS表达调控因素的关系有待进一步研究.

BCL6B基因启动子区域甲基化与结肠癌的关系

目的检测结肠癌患者BCL6B基因启动子区域甲基化的情况,探讨其相关的临床意义。方法调取2014年1月至2015年12月收治的结肠癌患者108例组织蜡块,另取同期因结肠良性病变切除的结肠组织标本30例作为对照。甲基化特异性聚合酶链式反应(PCR)检测BCL6B基因启动子区域甲基化。结果结肠癌患者中BCL6B基因启动子区域甲基化率为38.9%(42/108),显著高于对照组的16.7%(5/30)(P<0.05)。结肠癌患者男、女性别和不同年龄之间BCL6B基因启动子区域甲基化率无统计学差异(P均>0.05)。Ⅲ、Ⅳ期临床分期患者BCL6B基因启动子区域甲基化率为44.8%(26/58),显著高于Ⅰ、Ⅱ期临床分期患者的32.0%(16/50)(P<0.05)。有淋巴结转移患者BCL6B基因启动子区域甲基化率为45.9%(28/61),显著高于无淋巴结转移患者的29.8%(14/47)(P<0.05)。肿瘤中、低分化患者BCL6B基因启动子区域甲基化率43.9%(29/66),显著高于高分化患者的31.0%(13/42)(P<0.05)。结论 BCL6B基因启动子区域在结肠癌组织中高甲基化,BCL6B基因启动子区域高甲基化与结肠癌的临床分期、肿瘤分化程度以及有无淋巴结转移密切相关。

小鼠DAZL基因启动子核心区域分析及甲基化对其启动活性的影响

旨在确定小鼠DAZL启动子基本活性区,并分析启动子区域甲基化对其启动子活性的影响,探究小鼠DAZL的表达调控机制。采用PCR法扩增不同长度的小鼠DAZL启动子,插入到p EGFP-N1和p GL3-Basic载体,构建重组载体。将重组载体转染GC-1细胞系,并通过添加适量DNA甲基化转移酶抑制剂(5-azacytidine,5-aza-C)逆转各试验组启动子片段的甲基化水平,然后利用双荧光素酶报告基因检测系统检测DAZL活性变化。双荧光素酶活性检测结果表明,小鼠Dazl启动子基本活性区域为5’侧翼区-370^-36 bp,在-370^-166 bp区域存在不可或缺的重要调控元件;经5-aza-C处理后,各缺失片段载体转染的GC-1细胞DAZL的启动子活性与对照组相比均有不同程度的提升,但差异不显著。本试验确定了小鼠DAZL启动子基本活性区域,证明降低小鼠睾丸DAZL启动子区域甲基化水平,有助于DAZL在生殖细胞中特异性表达,为进一步探究DAZL生物学功能和调控机制提供参考。

转基因猪细胞中CMV启动子区域甲基化的研究

为研究转基因猪外源基因表达与启动子区域甲基化的关系,利用流式细胞仪检测体外传代至第5、10和15代的转基因猪成纤维细胞中EGFP荧光强度的变化情况;采用亚硫酸盐测序的方法对这3代细胞CMV IE启动子区域30个Cp G岛的甲基化程度进行测定。结果显示细胞从第5代培养到第10代时荧光变弱,但是当继续培养到15代时EGFP荧光又渐渐变强,但EGFP阳性细胞的比例没有发生变化,均为100%。第5、10、15代细胞启动子区域的Cp G岛甲基化阳性率分别为3.64%±1.25、2.97%±1.03和1.65%±0.74,统计结果表明3代细胞间的甲基化阳性率差异不显著(P>0.05)。表明转基猪成纤维细胞中CMV启动子区域的甲基化程度随着体外培养时间的变化不明显,与EGFP的表达水平变化无明显相关。

结直肠癌中Fibulin-1基因启动子区域甲基化及其mRNA定量表达分析

结直肠癌的发生、发展涉及多种癌基因与抑癌基因的表达异常，其中抑癌基因启动子区域的甲基化是其表达下降的重要原因。Fibulin—1参与调控肿瘤细胞的运动、粘附、侵袭、增殖、凋亡及信号传导等过程，在肿瘤的发生、

MGMT基因启动子区甲基化测序分析与前列腺癌研究

目的研究前列腺癌组织中MGMT基因启动子区CpG甲基化表型情况,分析其与前列腺癌之间的关系,探讨前列腺癌早期筛选和诊断的方法。方法应用亚硫酸盐修饰后测序法检测30例前列腺癌组织及20例前列腺增生组织中MGMT基因启动子区CpG甲基化表型情况。结果基因测序结果显示MGMT基因在前列腺癌及前列腺增生组织中CpG位点甲基化率分别为22.9%、10.6%,两者甲基化率比较,P<0.05。结论前列腺癌组织中MGMT基因启动子区甲基化程度显著增高,应用BSP检测相关基因甲基化状态,有可能成为筛选和诊断前列腺癌的重要方法;MGMT基因启动子区甲基化率在不同前列腺癌的危险因素分期中差异无统计学意义。

肝癌细胞系中肝癌转移相关候选基因启动子区域CpG岛甲基化和表达水平的相关性研究(英文)

背景与目的:DNA甲基化被认为是反映细胞内DNA转录状态的重要表观遗传学标记。本研究旨在对启动子区域CpG岛的甲基化与基因转录水平的相关性进行评估。方法:采用甲基化特异性PCR的方法确定7个与肝癌转移相关的候选基因的启动子区域在6个肝细胞系(包括5个肝癌源性的)中的甲基化状态,并通过半定量PCR的方法确定6个基因稳定态的mRNA水平。结果:仅有纯合和杂合去甲基化的基因状态得到发现。RT-PCR分析表明除了OXCT基因在其处于杂合去甲基化状态的HepG2和HCCLM3细胞中不表达,在其他的情况下,7个候选基因均有表达。讨论:本研究中的7个肝癌转移相关基因的甲基化状态仅在细胞系中部分的反映了基因的转录状态,提示其它转录调控机制的存在。

淋巴瘤中RAS相关区域家族5A基因启动子区甲基化状态及其mRNA表达与患者临床表现的关系

目的:探讨RAS相关区域家族5A(Ras-association domain family 5A,RASSF5A)基因在淋巴瘤患者及正常人外周血中DNA甲基化和mRNA表达状态,并研究其与患者临床表现的关系。方法:应用甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)及RT-PCR方法检测河北医科大学第四附属医院2013年10月至2015年3月收治的弥漫性大B细胞淋巴瘤患者74例、T细胞淋巴瘤患者42例及健康志愿者42人的外周血中RASSF5A基因甲基化及mRNA表达状态。分析其与临床表现之间的关系。结果:RASSF5A在弥漫性大B细胞淋巴瘤和T细胞淋巴瘤中的甲基化率分别为64.9%(48/74)和73.8%(31/42),明显高于正常人的7.1%(3/42)(P<0.05);而其mRNA表达量分别为0.54±0.17和0.52±0.18,均低于正常人的0.86±0.10(P<0.05)。弥漫性大B细胞淋巴瘤中RASSF5A基因启动子甲基化阳性的mRNA相对表达量(0.51±0.18)低于甲基化阴性的mRNA表达量(0.60±0.17)(P<0.05)。T细胞淋巴瘤中RASSF5A基因启动子甲基化阳性的mRNA相对表达量(0.50±0.15)低于甲基化阴性的mRNA表达量(0.63±0.12)(P<0.05)。RASSF5A基因在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的甲基化率与患者的LDH、IPI评分及Ki67相关(P<0.05);RASSF5A基因在T细胞淋巴瘤中的甲基化率与患者的临床分期、结外累及及Ki-67相关(P<0.05)。RASSF5A基因在弥漫性大B细胞淋巴瘤中mRNA的表达量与患者的IPI评分及结外累及相关(P<0.05);RASSF5A基因在T细胞淋巴瘤中mRNA的表达量与患者的临床分期和结外累及相关(P<0.05)。结论:RASSF5A基因启动子甲基化可能是弥漫性大B细胞淋巴瘤和T细胞淋巴瘤发生的机制之一,mRNA表达沉默可能是表观遗传学机制之一。RASSF5A基因在弥漫性大B细胞淋巴瘤和T细胞淋巴瘤中主要可能起抑癌基因的作用,与淋巴瘤的侵袭性、恶性进程及预后有关。