血站单采血小板献血者HLA和HPA基因型数据库的调查和分析

目的 调查分析国内血站系统单采血小板献血者HLA和HPA基因型数据库情况,以促进其建库发展和应用。方法 制定调查表并经专业人员审定,培训调查人员后依据实际情况填写表单,然后收集数据进行分析。结果 调查的24个血站中,有18个建立了血小板献血者HLA和HPA基因型数据库,合计有25 240人;2017年HLA或HPA基因型配合应用总共为137例。有5个血站建立了CD36抗原阴性筛查数据库。入库标本进行了HLA-A,-B位点检测,而HPA系统检测范围不同血站存在差异,其中9个血站只检测HPA 1-6, 15, 21w系统。13个血站采用聚合酶链反应核苷酸特异性引物技术检测HPA系统基因型。13个血站开展HPA抗体检测,6个血站开展CD36抗体检测。结论 血站已建立一定规模的单采血小板献血者HLA和HPA基因型数据库,但其应用存在明显不足。

华东地区宫颈鳞状细胞癌组织HPV感染基因型数据库建立的意义

目的分析华东地区宫颈非角化型鳞状细胞癌组织中人乳头状瘤病毒(HPV)感染基因型的分布及其分型数据库建立的意义。方法采用基因扩增结合基因芯片技术对506例宫颈非角化型鳞状细胞癌组织标本进行23种HPV分型检测,并对患者的相关资料进行分析。结果 506例宫颈非角化型鳞状细胞癌检出HPV感染者456例,总的HPV感染率为90.1%,其中一型感染率为75.9%(384/506),多型感染率为14.3%(72/506)。结论宫颈非角化型鳞状细胞癌组织中,HPV以一型感染为主,多型感染为辅,出现频率最多的型别依次为16、18、33、58、52、31、59、45型,是致宫颈非角化型鳞状细胞癌的主流型别,16型尤其突出,占高危型出现频率的65%(344/529)。HPV基因芯片检测技术可用于宫颈鳞状细胞癌组织的分型检测,对我国女性宫颈癌的防治、HPV疫苗的研发以及宫颈癌组织HPV感染基因型数据库的建立都具有十分重要的意义。

构建“免疫相关lncRNA基因对”模型预测未发生远处转移的原位肝癌预后及药物敏感性

目的构建“免疫相关lncRNA基因对”模型预测未发生远处转移的原位肝癌预后并分析不同组别肿瘤免疫微环境特征及药物敏感性。方法从XENA数据库获取肝细胞肝癌样本正常肝脏样本的RNA-seq数据,筛选出未发生远处转移的原位肝癌样本,提取免疫相关lncRNA,构建免疫相关lncRNA基因对的预测模型;随后将免疫相关lncRNA基因对预测模型与患者的预后及临床因素进行相关性分析;同时利用肿瘤免疫细胞浸润数据计算高低风险组免疫微环境特征差异,并评估肝癌相关药物在不同风险组的敏感性。结果筛选出免疫相关lncRNA基因对13个,并结合生存状况建立预测模型,低风险组患者的生存获益显著优于高风险组(P<0.001)。在肿瘤免疫微环境方面,高风险组表现出了更为突出的免疫抑制状态,药物敏感性分析表明索拉非尼、阿昔替尼在基于风险分组的患者中敏感性显著不同。结论免疫相关lncRNA的基因对模型能够较好的预测未发生远处转移的原位肝癌患者预后情况,高风险的患者中免疫抑制状态明显,而不同的风险组对肝癌特定药物治疗敏感性不同。

基于生物信息学的胰腺导管腺癌核心风险基因筛选和分析

目的 基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)和基因型-组织表达(genotype-tissue expression,GTEx)数据库,通过差异表达和加权基因共表达网络(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),筛选分析胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)潜在生物标记物,为其诊断、治疗和改善不良预后提供分子基础。方法 检索TCGA和GTEx数据库中PDAC组织和正常组织的转录组数据,综合应用差异表达分析、GO富集分析、KEGG通路分析、WGCNA分析、蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)和生存分析获得核心基因。结果 通过差异表达分析共鉴定出4 346个差异表达基因(differential expression genes,DEGs),其中上调表达2 284个,下调表达2 062个。通过GO和KEGG富集分析显示,DEGs功能主要与间充质细胞向上皮细胞转化和上皮细胞向间充质细胞转化等密切相关。成功筛选出PDAC中高表达的10个核心风险基因,包括TOP2A、MAD2L1、TPX2、RACGAP1、PRC1、KIF23、NUSAP1、PLK1、SMC4和CHEK1,主要参与细胞周期的调控、DNA复制和有丝分裂过程。结论 TOP2A、MAD2L1、TPX2、RACGAP1、PRC1、KIF23、NUSAP1、PLK1、SMC4和CHEK1是与PDAC组织学分级和预后高度相关的核心风险基因,可能参与其发病过程。

人类白细胞抗原系统分型技术及其应用的现状分析和展望

人类白细胞抗原(HLA)在移植免疫、人类遗传学、疾病关联、药物组学、输血医学等领域中发挥重要的作用。下一代测序(NGS)技术已应用于HLA基因分型,不同分型策略和结果指定信息系统的分型准确率存在差异。已公布的中国人群HLA常见等位基因和确认等位基因,存在明显的人群分布特点,可作为国内HLA基因分型指定的参考标准。供者特异性抗-HLA在实体器官移植、造血干细胞移植中具有重要的作用,准确鉴定出这种抗体有助于提升移植患者存活率。HLA、MICA和KIR与疾病关联研究中大部分报道病例数较低,今后需要多中心合作的大样本分析。血站系统HLA实验室多数已具有高分辨分型能力,但发展存在不均衡现象,整体上规模偏小。国内初步建立了血小板捐献者HLA基因型数据库,其库容量的扩展可与中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)的发展协同规划。

基于转录组学膀胱癌临床预后模型的构建

目的:筛选膀胱癌预后相关基因,建立膀胱癌预后评分模型。方法:通过UCSC Xena平台下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库、基因型和基因表达量关联数据库(GTEx)中406例膀胱癌患者的临床信息和膀胱癌组织RNA测序数据,以及28名健康对照者正常膀胱组织RNA测序数据。采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单因素Cox回归分析、LASSO回归分析和多因素Cox回归分析筛选膀胱癌预后相关基因并建立预后模型,结合Kaplan-Meier生存曲线、受试者操作特征曲线(ROC曲线)验证模型的准确性。结果:分析得到膀胱癌相关差异表达基因共2308个。WGCNA拟合得到6个基因模块,筛选出对膀胱癌预后有显著作用的基因829个。运用单因素Cox回归与LASSO回归分析筛选出24个与膀胱癌患者预后相关的基因,多因素Cox回归分析训练集数据得到9个作为独立预测因子的基因,分别是ADCY9、MAFG_DT、EMP1、CAST、PCOLCE2、LTBP1、CSPG4、NXPH4、SLC1A6,以此建立膀胱癌患者预后预测模型。训练集中高风险组和低风险组3年存活率分别为31.814%和59.821%,测试集中高风险组和低风险组3年存活率分别为32.745%和68.932%,模型预测训练集和测试集患者预后的ROC曲线下面积均在0.7以上。结论:本研究建立的模型对膀胱癌高风险和低风险人群的生存情况具有较好的预测能力。