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双基因突变型X连锁Alport综合征女性患者临床与遗传学特征分析 被引量:2
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作者 胡宁宁 戴选彤 +2 位作者 蒋更如 林芙君 宁燕 《上海医学》 CAS 2021年第6期434-442,共9页
目的X连锁Alport综合征(X-linked Alport syndrome,XLAS)女性患者存在较强的临床异质性。本研究旨在通过分析并总结COL4A3、COL4A4、COL4A5双基因突变型XLAS女性患者的临床表型和基因突变的特征,以提高对此类多基因遗传XLAS女性患者疾... 目的X连锁Alport综合征(X-linked Alport syndrome,XLAS)女性患者存在较强的临床异质性。本研究旨在通过分析并总结COL4A3、COL4A4、COL4A5双基因突变型XLAS女性患者的临床表型和基因突变的特征,以提高对此类多基因遗传XLAS女性患者疾病特点的认识。方法回顾性分析2019年1月—2020年12月于上海交通大学医学院附属新华医院肾脏科经全外显子组测序明确诊断为COL4A3、COL4A4、COL4A5双基因突变型XLAS的3例女性患者的临床和基因突变特点。通过家系内调查和Sanger测序明确上述患者的家系内患病成员及其所携带COL4A3、COL4A4、COL4A5基因突变情况,并比较携带COL4A3、COL4A4、COL4A5双基因突变与单基因突变患者的临床表型及其肾脏预后。搜索数据库,整理和归纳总结10例COL4A3、COL4A4、COL4A5双基因或三基因突变型XLAS女性患者的临床和基因突变特点。结果3例COL4A3、COL4A4、COL4A5双基因突变型XLAS女性患者中,1例同时携带COL4A3和COL4A5基因杂合突变,2例同时携带COL4A4和COL4A5基因杂合突变。总共发现6种COL4A3、COL4A4、COL4A5基因突变,均为错义突变。3例患者均有血尿和不同程度的蛋白尿,其中1例于40岁时进展至终末期肾病。1例行肾脏活组织检查,但未见肾小球基底膜明显异常,Ⅳ型胶原α3、α5染色呈阳性。3例患者均无肾外表现。家系内调查发现9例家系内患病成员,其中7例经Sanger测序验证为携带COL4A3、COL4A4、COL4A5单基因突变。与家系内仅携带COL4A5突变的XLAS女性患病成员相比,COL4A3、COL4A4、COL4A5双基因突变型XLAS女性患者发病早,易合并蛋白尿和肾功能受损。10例经检索数据库获得的女性患者中,6例患者携带COL4A3和COL4A5双基因杂合突变,3例患者携带COL4A4和COL4A5双基因杂合突变,1例患者同时携带COL4A3、COL4A4和COL4A5三基因杂合突变;2例患者分别于40、44岁进展至终末期肾病;3例患者合并肾外表现。结论多基因遗传是影响XLAS女性患者临床异质性的重要因素。对发病较早、临床表现较严重的XLAS女性患者,需考虑存在COL4A3、COL4A4、COL4A5多基因遗传可能,并运用二代测序技术予以明确。 展开更多
关键词 X连锁Alport综合征 COL 4 A 3基因 COL 4 A 4基因 COL 4 A 5基因 基因突变 基因-表型关联
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孤独症的遗传病因学研究进展及基因型-表型关联研究计划 被引量:16
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作者 郭辉 胡正茂 夏昆 《生命科学》 CSCD 2014年第6期571-582,共12页
孤独症谱系障碍是一组严重影响儿童健康,具有高度临床和病因异质性的神经发育障碍性疾病,其典型的临床症状包括社会交往障碍,语言交流障碍以及刻板、重复的行为。近年来依靠基因组学研究的发展,孤独症的遗传学研究取得了巨大进展。主要... 孤独症谱系障碍是一组严重影响儿童健康,具有高度临床和病因异质性的神经发育障碍性疾病,其典型的临床症状包括社会交往障碍,语言交流障碍以及刻板、重复的行为。近年来依靠基因组学研究的发展,孤独症的遗传学研究取得了巨大进展。主要体现在利用基因组学方法对大样本量的孤独症散发患者和家系进行全基因组关联研究、拷贝数变异研究以及外显子组或全基因组测序研究,鉴定了一大批孤独症的易感或致病基因以及位点。虽然取得了瞩目的进展,但这些研究的结果也提出了极具挑战性的问题,即高度的遗传异质性。将对孤独症已有的遗传学研究进展做一综述,并基于已有的研究进展提出几种孤独症的病因学模型。同时,为了解决遗传异质性的问题,提出了孤独症基因型-表型关联研究计划。这一计划将是孤独症下一步临床遗传学研究的重点方向。 展开更多
关键词 孤独症 ASD 遗传病因 罕见变异 常见变异 基因-表型关联 GPCA ACGC
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常染色体显性遗传Ⅳ型胶原相关肾病研究进展 被引量:1
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作者 胡宁宁 杨怡青 +2 位作者 戴选彤 林芙君 蒋更如 《上海医学》 CAS 2021年第1期62-68,共7页
Ⅳ型胶原相关肾病是近年来基于COL4A3、COL4A4、COL4A5任一基因突变导致肾小球基底膜(GBM)结构和功能异常的遗传性肾小球疾病的统称。其中,由COL4A3或COL4A4基因杂合突变导致的疾病称为常染色体显性遗传Ⅳ型胶原相关肾病,该类患者的临... Ⅳ型胶原相关肾病是近年来基于COL4A3、COL4A4、COL4A5任一基因突变导致肾小球基底膜(GBM)结构和功能异常的遗传性肾小球疾病的统称。其中,由COL4A3或COL4A4基因杂合突变导致的疾病称为常染色体显性遗传Ⅳ型胶原相关肾病,该类患者的临床表型、肾脏病理异质性较强,基因型与临床表型之间的关系尚不明确。对CKD患者行基因检测发现,常染色体显性遗传Ⅳ型胶原相关肾病实际发病率并不低,约占所有CKD患者的0.3%~1.0%。本文就常染色体显性遗传Ⅳ型胶原相关肾病不断扩展的临床疾病谱、基因诊断、疾病的基因型与表型关联,以及治疗进展等方面进行综述。 展开更多
关键词 常染色体显性遗传 胶原相关肾病 基因诊断 基因型表型关联 治疗
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复旦大学附属儿科医院高通量测序数据分析流程(第二版)对遗传疾病候选变异基因筛选用时和准确性分析 被引量:28
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作者 杨琳 董欣然 +5 位作者 彭小敏 陈乡 吴冰冰 王慧君 卢宇蓝 周文浩 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第2期118-123,共6页
目的本研究旨在比较和分析复旦大学附属儿科医院(我院)分子诊断中心(本中心)2015年建立的高通量测序数据分析和临床诊断流程(复旦流程1.0)及其升级后的流程(复旦流程2.0)的临床应用效果。方法以复旦流程1.0和2.0对本中心新生儿重症监护... 目的本研究旨在比较和分析复旦大学附属儿科医院(我院)分子诊断中心(本中心)2015年建立的高通量测序数据分析和临床诊断流程(复旦流程1.0)及其升级后的流程(复旦流程2.0)的临床应用效果。方法以复旦流程1.0和2.0对本中心新生儿重症监护病房送检行二代测序分子诊断的连续样本,进行初步数据分析结果、流程用时和准确性的比较和分析,并以典型病例具体说明复旦流程2.0的主要特点。结果 2017年11月7~14日取得家属的知情同意的、行临床外显子检测的112例进入本文分析,初步数据分析结果的比较,进入人工数据审核的变异数量,复旦流程1.0平均210个,复旦流程2.0平均25个;完成112例从样本送达测序完成到初步报告形成时间,复旦流程1.0为78.8 h,复旦流程2.0为19.8 h;与人工审核后阳性结果判读符合率为63.6%(7/11),阴性结果判读符合率为84.2%(85/101)。结论复旦流程2.0可以更加快速、准确和自动地进行大样本量的数据分析,可以用于临床大样本量的高通量数据分析及解读。 展开更多
关键词 高通量数据分析及解读 全外显子组序列分析 临床外显子组序列分析 表型基因关联
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五个长QT综合征家系基因型和表型的关联性分析
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作者 廉姜芳 黄辰 +1 位作者 崔长琮 薛小临 《中华心律失常学杂志》 2006年第2期146-149,共4页
目的分析5个中国人先天性长QT综合征(longQTsyndrome,LQTS)家系的基因型和表型的关联性。方法5个家系的成员行临床检查,采集静息心电图。人工测量QT、T波顶点至T波终点之间的间距(Tpeak-Tend,Tp-e)及判断T波的形态。应用短串联重复序列(... 目的分析5个中国人先天性长QT综合征(longQTsyndrome,LQTS)家系的基因型和表型的关联性。方法5个家系的成员行临床检查,采集静息心电图。人工测量QT、T波顶点至T波终点之间的间距(Tpeak-Tend,Tp-e)及判断T波的形态。应用短串联重复序列(shorttandemrepeat,STR)的位点确定染色体单体型,行连锁分析确定基因型。结果4个家系为LQT2型,1个家系为LQT3型。5个家系中发现了21个基因携带者(男性14例,女性7例),患者的平均QTc和Tp-e分别是(0.56±0.04)s和(0.16±0.04)s。43%(9/21)的患者QTc≤0.46s。50%的患者有临床症状。3例猝死的患者中的2例(67%)以猝死作为首发症状。结论对LQTS患者进行基因型和表型的关联性研究,将有助于了解LQTS的临床特点以及指导诊断和治疗。 展开更多
关键词 长QT综合征 临床特点 基因-表型关联
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ALDOB基因复合杂合变异致遗传性果糖不耐受饮食控制30年1例报告并文献复习 被引量:2
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作者 秦谦 陈乡 +5 位作者 卢宇蓝 吴冰冰 王慧君 董欣然 杨琳 周文浩 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第4期269-274,共6页
目的总结1例ALDOB基因复合杂合变异致遗传性果糖不耐受(HFI)患者饮食控制30年的远期随访结局和饮食控制经验。方法回顾性总结1例ALDOB基因复合杂合变异致HFI初诊时的临床资料、30年饮食控制经历、基因检查结果和远期随访结局,系统筛选... 目的总结1例ALDOB基因复合杂合变异致遗传性果糖不耐受(HFI)患者饮食控制30年的远期随访结局和饮食控制经验。方法回顾性总结1例ALDOB基因复合杂合变异致HFI初诊时的临床资料、30年饮食控制经历、基因检查结果和远期随访结局,系统筛选和记录能引起患者症状的食谱。复习文献,总结HGMD数据库收录为ALDOB致病变异、同时有详细临床信息的HFI患者的临床资料,分析饮食控制与未控制的随访结局。结果女,4岁,因"不明原因低热,呕吐后症状缓解"就诊。生后20 d开始添加奶粉,喂养后立即呕吐,改为米粥喂养,呕吐症状缓解。儿童期食西瓜、蛋糕等后出现呕吐症状,开始停止摄入含糖类食物。7岁时曾以"吃甜食后低热、饥饿感、呕吐后可缓解"就诊,曾诊断"生长发育不良,遗传代谢性疾病待查",家属开始系统筛选和记录能引起患儿呕吐症状的水果、蔬菜等食物。目前随访至30岁,身高174.6 cm,体重57.6 kg,智力发育正常,心、肺、甲状腺、肝、肾功能未见异常。WGS检测及家系Sanger验证,发现ALDOB基因复合杂合变异[NM_000035,exon4:c.360_363delCAAA(p.N120Kfs*32); exon9:c.1013C>T (p.A338V)],A338V来自父亲,N120Kfs*32来自母亲。HGMD数据库收录为ALDOB基因致病变异、同时有临床信息的HFI患者33例,未控制饮食患者预后不良比例[75%(6/8)]高于饮食控制患者[50%(9/18)]。控制饮食但仍出现预后不良的患者中,移码变异占55. 6%,高于控制饮食后未出现预后不良的患者(27.8%)。结论饮食控制对HFI的改善预后具有重要意义,但携带移码变异的患者在控制饮食的情况下仍可能有不良预后,需要更为严格的饮食控制并密切随访。 展开更多
关键词 果糖不耐受 基因组序列分析 表型基因关联
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微生物细胞工厂的设计构建:从诱变育种到全基因组定制化创制 被引量:10
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作者 袁姚梦 邢新会 张翀 《合成生物学》 2020年第6期656-673,共18页
微生物细胞工厂(microbial cell factories,MCFs)被广泛用于生产丰富多样的化学品、食品、药品和能源,是绿色生物制造的核心环节。早期主要通过天然微生物的筛选和诱变育种的方式获得高产菌种,然而作为一种“以时间(人力)换水平”的非... 微生物细胞工厂(microbial cell factories,MCFs)被广泛用于生产丰富多样的化学品、食品、药品和能源,是绿色生物制造的核心环节。早期主要通过天然微生物的筛选和诱变育种的方式获得高产菌种,然而作为一种“以时间(人力)换水平”的非理性策略,其创制效率极低。随着分子生物学和基因工程研究方法的不断发展,对微生物系统认知和改造能力的进步促使代谢工程学科诞生。基于生物学知识的理性/半理性代谢工程设计和构建策略,目前已发展了从分子、途径到基因组层次不同的MCFs设计和工程化构建策略。本文结合实际案例对MCFs的设计及构建策略进行综述,首先回顾传统诱变育种和代谢工程指导的理性/半理性设计策略,探讨如何突破代谢工程经典框架的限制,实现全基因组水平定制化MCFs的快速构建,最后对这一新的构建范式的未来进行展望。 展开更多
关键词 生物制造 微生物细胞工厂 代谢工程 基因-表型关联 数据驱动
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TRPV4基因相关疾病的遗传学诊断与管理
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作者 胡旭昀 郝婵娟 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期86-91,共6页
TRPV4基因相关疾病是一类具有相同致病基因但表型高度异质的疾病。根据其症状可分为两组不同的疾病:神经肌肉病和骨骼发育不良。在分子病因明确之前,TRPV4基因相关疾病常被临床归类为多个相互独立的疾病。因此,基因检测对TRPV4基因相关... TRPV4基因相关疾病是一类具有相同致病基因但表型高度异质的疾病。根据其症状可分为两组不同的疾病:神经肌肉病和骨骼发育不良。在分子病因明确之前,TRPV4基因相关疾病常被临床归类为多个相互独立的疾病。因此,基因检测对TRPV4基因相关疾病的诊断和管理具有重要意义。文章介绍了TRPV4基因特点、相关疾病的种类和特征、遗传学检测、基因型-表型关联性以及诊断后的管理,为TRPV4基因相关疾病的诊断和治疗提供思路。 展开更多
关键词 TRPV4基因相关疾病 神经肌肉病 骨骼发育不良 基因诊断 基因-表型关联
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Ehlers-Danlos综合征的临床遗传学研究进展
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作者 徐可欣 李国壮 +6 位作者 李晴 尹相杰 方堃 吴志宏 仉建国 系统解析脊柱侧凸及相关合并症(DISCO)国际多中心协作组 吴南 《罕见病研究》 2024年第3期295-303,共9页
Ehlers-Danlos综合征(EDS)是一组罕见的遗传性结缔组织疾病,以关节过度活动、皮肤过度伸展和组织脆弱为主要特征。EDS的临床和遗传异质性较强,误诊、漏诊均较为常见,基因检测是明确诊断的重要方式。EDS部分亚型已有初步的基因型-表型关... Ehlers-Danlos综合征(EDS)是一组罕见的遗传性结缔组织疾病,以关节过度活动、皮肤过度伸展和组织脆弱为主要特征。EDS的临床和遗传异质性较强,误诊、漏诊均较为常见,基因检测是明确诊断的重要方式。EDS部分亚型已有初步的基因型-表型关联研究结果,或是引入了疾病谱系的概念。这些研究加深了病因学理解,对临床疾病管理起到一定提示作用。2023年发布的《中国Ehlers-Danlos综合征诊疗指南》推荐对达到临床诊断标准或疑诊EDS的患者结合深度表型评估进行基因检测。但应当注意,患者的临床诊断与分子诊断可能并不一致。此外,对于未获得明确分子诊断的患者,可考虑通过定期数据重分析、整合RNA测序与家系全基因组测序、第三代测序等方式寻找致病性变异。本文简要概括EDS的临床遗传学研究进展,为临床诊疗和科研工作提供参考,最大程度提高EDS患者的生活质量。 展开更多
关键词 EHLERS-DANLOS综合征 临床遗传学 基因-表型关联 基因组测序 RNA测序 深度表型评估
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MYH3基因突变的先天性骨骼畸形患儿的遗传学研究
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作者 赵爽 郭若兰 +2 位作者 胡旭昀 张学军 郝婵娟 《中国优生与遗传杂志》 2024年第6期1209-1214,共6页
目的对5例临床表型严重程度不同的先天性骨骼畸形患儿进行全外显子组测序分析,明确其遗传学病因。总结患者的临床特点并探讨基因型-表型关联分析。方法通过收集5例患儿的临床及影像学资料,采集先证者家系的外周血并提取DNA,患儿行全外... 目的对5例临床表型严重程度不同的先天性骨骼畸形患儿进行全外显子组测序分析,明确其遗传学病因。总结患者的临床特点并探讨基因型-表型关联分析。方法通过收集5例患儿的临床及影像学资料,采集先证者家系的外周血并提取DNA,患儿行全外显子组测序,通过生物信息学分析并参考ACMG遗传变异分类标准与指南来判断变异位点致病性,Sanger测序验证患儿及父母突变位点。结果5例患儿均携带MYH3基因的错义突变,其中2个错义突变遗传自患儿母亲,分别为:2号患儿c.941T>G(p.Ile314Ser),3号患儿c.3842T>G(p.Leu1281Trp);3个错义突变为新生突变:分别为1号患儿c.853C>G(p.His285Asp),4号患儿c.2621T>C(p.Leu874Pro)和5号患儿c.854A>G(p.His285Arg)。结论发现了MYH3基因的5个变异,不同变异引起的表型严重程度不同且互有重叠,扩展了中国人群MYH3基因变异谱。 展开更多
关键词 MYH3基因 先天性骨骼畸形 基因-表型关联
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古基因组学在古代家马研究中的应用 被引量:5
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作者 文少卿 俞雪儿 +3 位作者 田亚岐 胡松梅 李悦 孙畅 《第四纪研究》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期307-320,共14页
古DNA是人类学、分子进化和群体遗传学的一个重要的工具.在过去的十年,我们见证了古DNA研究的一场革命.古DNA研究的焦点在很长时间内被限制在了线粒体DNA和有限个核基因组标记,但现在已经能够获得非常古老的全基因组数据.这一突破主要... 古DNA是人类学、分子进化和群体遗传学的一个重要的工具.在过去的十年,我们见证了古DNA研究的一场革命.古DNA研究的焦点在很长时间内被限制在了线粒体DNA和有限个核基因组标记,但现在已经能够获得非常古老的全基因组数据.这一突破主要是缘于高通量测序平台以及获取高度降解DNA分子的能力,并发展出了古基因组学这一新领域.本文回顾了马的古基因组研究的发展历程,以及在揭示家马的遗传谱系和基于基因型-表型关联分析预测马的性状两方面的最新进展.我们依据马的基因组研究的新成果,优化三款基于高通量测序的检测panel,分析古代家马的谱系、性别、毛色、运动能力、步态、体型/肩高、高原适应等相关方面.结果显示,遗传谱系和表型特征为探讨中国古代家马的起源和用途,特别是祭祀用马的来源和挑选标准有重要意义.该研究有助于进一步认识中国家马的演化与传播及其与古代社会政治、经济、文化、思想的关系. 展开更多
关键词 马的古基因组学 考古学应用 遗传谱系 马的特征 基因-表型关联分析
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Phenotype-genotype correlation with Sanger sequencing identified retinol dehydrogenase 12(RDH12) compound heterozygous variants in a Chinese family with Leber congenital amaurosis
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作者 Yun LI Qing PAN Yang-shun GU 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2017年第5期421-429,共9页
Background: Leber congenital amaurosis (LCA) is a group of clinically and genetically heterogeneous retinal dystrophy. To date, 22 genes are known to be responsible for LCA, and some specific phenotypic features co... Background: Leber congenital amaurosis (LCA) is a group of clinically and genetically heterogeneous retinal dystrophy. To date, 22 genes are known to be responsible for LCA, and some specific phenotypic features could provide significant prognostic information for a potential genetic etiology. This study is to identify gene variants responsible for LCA in a Chinese family using direct Sanger sequencing, with the help of phenotype-genotype correlations. Methods: A Chinese family with six members including two individuals affected with t.CA was studied. All pa- tients underwent a complete ophthalmic examination. Based on phenotype-genotype correlation, direct Sanger sequencing was performed to identify the candidate gene on all family members and normal controls. Targeted next-generation sequencing was used to exclude other known LCA genes. Results: By Sanger sequencing, we identified two novel missense variants in the retinol dehydrogenase 12 (RDH12) gene: a c. 164C〉A transversion predicting a p.T55K substitution, and a c.535C〉G transversion predicting a p.H179D substitution. The two affected subjects carried both RDH12 variants, while their parents and offspring carried only one of heterozygous variants, showing complete cosegregation of the variants. The compound heterozygous variants were not present in 600 normal controls Besides, the RDH12 variants were confirmed by targeted next-generation sequencing. Conclusions: The RDH12 compound heterozygous variants might be the cause of the LCA family. Our study adds to the molecular spectrum of RDH12-related retinopathy and offers an effective example of the power of phenotype-genotype correlations in molecular diagnosis of LCA. 展开更多
关键词 Leber congenital amaurosis Phenotvpe-qenotvpe correlation RDH12 Compound heterozy.qosity
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三人家系-全外显子组测序(Trio-WES)在发育迟缓/智力残疾应用中的研究进展
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作者 唐巧茵 张莉雪 +3 位作者 蒋劲嵩 郭敏 赵晨玥 薛慧琴 《中国优生与遗传杂志》 2023年第4期881-884,共4页
发育迟缓/智力残疾(DD/ID)是常见的神经发育障碍性疾病,其病因十分复杂。近年来DD/ID与基因突变的相关性越来越紧密,而且由于其基因型和表型具有明显的遗传异质性,对DD/ID的明确诊断越来越依赖全基因组范围内的分子诊断。目前不明原因的... 发育迟缓/智力残疾(DD/ID)是常见的神经发育障碍性疾病,其病因十分复杂。近年来DD/ID与基因突变的相关性越来越紧密,而且由于其基因型和表型具有明显的遗传异质性,对DD/ID的明确诊断越来越依赖全基因组范围内的分子诊断。目前不明原因的DD/ID分子诊断技术主要是全外显子组测序(WES),尤其由于三人家系(Trios)模式高效、诊断率高、全面分析等优势,三人家系-全外显子组测序(Trio-WES)正逐渐成为临床应用中的主流检测技术。本综述将从Trio-WES技术优势、基因型-表型关联分析和基因新发突变位点的功能研究这三方面入手着重讨论目前Trio-WES在发育迟缓/智力残疾应用中的研究进展。 展开更多
关键词 发育迟缓 智力残疾 Trio-WES 基因-表型关联分析 新发致病基因位点的功能研究
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