原发性肝癌TEFM基因表达及临床意义数据挖掘分析

目的利用癌症基因图谱(TCGA)数据评估分析人线粒体转录延伸因子(TEFM)基因在原发性肝癌中的表达及临床意义,为原发性肝癌的诊治提供新思路。方法从TCGA中下载肝癌数据集,获得TEFM基因表达谱和临床数据;利用R语言及Perl语言对数据进行整理分析,比较肝癌组织及癌旁组织中TEFM表达量差异,并分析表达量与患者生存时间的关联性;通过Wilcoxon检验、Kruskal-Wallis检验及logistic回归进行临床关联性分析;利用基因富集化分析及蛋白相互作用网络分析TEFM可能参与的信号通路及潜在靶基因。结果与正常肝组织相比,TEFM基因在肝癌组织中高表达(FPKM=424,W=3591.00,P<0.05);TEFM基因高表达患者的5年生存率较低(χ^(2)=32.243,DF=1,P<0.05);TEFM基因表达量与临床病理分级(χ^(2)=19.082,DF=3,P<0.05)、病理分期(χ^(2)=13.373,DF=3,P<0.05)、肿瘤原发灶情况(χ^(2)=10.276,DF=3,P<0.05)关联;TEFM基因可以作为原发性肝癌独立预后因子(P<0.01);与TEFM基因编码蛋白相互作用的蛋白有POLRMT、TFB2M、MTERF1、MRPL21、ATAD5、TRMT10C、ADAP2、RAB11FIP4和CRLF3等;TEFM高表达样本富集到细胞周期、碱基修复、转录、RNA降解等相关基因集。结论TEFM可作为一种促癌基因,调控线粒体基因组转录,参与肝细胞癌的发生发展,有望为肝细胞癌的诊断与治疗提供新的靶点。