产酸克雷伯菌核心基因组多位点序列分型方案

目的对产酸克雷伯菌进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)并探索产酸克雷伯菌克隆群(clonal groups,CGs)在国家或地区层面上的遗传多样性。方法chewBBACA被用作GbG(gene-by-gene)分析的生物信息学管道,从整个物种的基因组序列中进行集群识别,以构建和验证产酸克雷伯菌的cgMLST方案。公开获得的21个完整的产酸克雷伯菌基因组序列用于cgMLST方案的创建,386个不完整的产酸克雷伯菌基因组序列用于cgMLST方案的验证。结果建立了一个针对3356个核心基因的cgMLST(简称3356-cgMLST)方案。提出的3356-cgMLST方案实现了针对98%以上(400/407)的产酸克雷伯菌分离株基因组序列的分型。根据提出的3356-cgMLST方案,最终纳入分型的400株产酸克雷伯菌基因组序列中共确定了130个CGs。基于3356-cgMLST方案获得的CGs分布情况可以看出产酸克雷伯菌呈现出明显的多国家多地区传播现象。结论本研究为产酸克雷伯菌提供一个公开的3356-cgMLST方案,并揭示产酸克雷伯菌基因组序列呈现高度的遗传多样性,CG26为优势克隆群。

广州地区嗜肺军团菌环境分离株的基因序列分型分析

【目的】研究广州市嗜肺军团菌的基因特征,对来自不同水域环境的嗜肺军团菌进行分子分型研究。【方法】选择嗜肺军团菌的7个基因flaA、asd、mip、pilE、mompS、proA和neuA作为目的基因,对在2006-2009年间广州地区分离的44株嗜肺军团菌进行PCR扩增和测序,并将核苷酸序列上传至欧洲军团菌病感染工作组(EWGLI)数据库进行比对,得到基因型别(Sequence type,ST),对结果进行基因序列分型(Sequence-Based Typing,SBT)和系统进化分析。【结果】44株嗜肺军团菌可分为20个ST型,ST01占30%(13/44),与数据库比对得到15个新ST型,截至发稿,其中2个新ST型获EWGLI分配序号(ST887和ST888)。通过BURST和SplitsTree建立的系统发育树得到本地区嗜肺军团菌的遗传关系。【结论】广州市嗜肺军团菌的群体基因型具有地区特异性和遗传多样性,SBT方法对于研究嗜肺军团菌的基因差异与流行病学具有重要意义。

深圳儿童酿脓链球菌分离株多基因序列分型

目的探讨酿脓链球菌,即β溶血性A族链球菌(GAS)在深圳的流行病学特征。方法对2016年1月至2018年12月深圳市儿童医院分离的GAS流行克隆群进行多基因序列分型(MLST)回顾性分析。本研究中32株分属于7个不同emm分型的GAS菌株分别来自32例患有脓疱病、蜂窝组织炎、猩红热、脓毒症、肺炎、阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征、支气管炎、过敏性鼻炎、臀部脓肿、过敏性紫癜或咽扁桃体炎的患儿,分离自咽拭子23份,痰液5份,脓液3份和血液1份。应用聚合酶链反应技术对32株GAS菌株的7对等位看家基因(gki、gtr、murI、mutS、recP、xpt和yqiL)进行扩增,对目标基因产物进行测序。然后将获得的每个等位基因的基因序列提交至MLST网站,以获得相应的等位基因谱。最后将等位基因谱再次提交至MLST网站,以确认序列分型(ST)。结果emm 1.00及其亚型、emm 4.00、emm 12.00及其亚型、emm 22.00、emm 28.00、emm 75.00和emm 89.00的GAS克隆群分别属于MLST分型中的ST28、ST39、ST36、ST46、ST52、ST49和ST921。结论2016年至2018年导致深圳地区儿童感染的GAS分离株的MLST流行克隆群分别为ST28、ST39、ST36、ST46、ST52、ST49和ST921。

206株中国环境分离嗜肺军团菌1型菌株基因序列分型研究

目的对中国不同自然环境来源分离的嗜肺军团菌血清1型菌株进行分子分型和种群结构分析。方法应用7个基因（fla A、pil E、asd、mip、momp S、pro A、neu A）序列分型方法（Sequence based typing,SBT）对不同环境来源的206株嗜肺军团菌血清1型菌株进行分型研究,通过查询嗜肺军团菌SBT数据库（http：//www.ewgli.org）和用Bio Numerics软件构建最小生成树揭示菌株的分子分型和种群结构特征。结果 206株菌分成54个ST型（IOD=0.7205）。其中49株温泉水分离株分成25个ST型（IOD=0.9498）,各位点Nei指数0.7721~0.8563;130株冷却塔水分离株分成31个ST型（IOD=0.6453）,各位点Nei指数为0.4227~0.4970;27株管道水分离株分成3个ST型（IOD=0.1453）,各位点Nei指数为0.1425~0.1453。ST1型含108株菌,占52.4%,是优势带型。54个ST型形成5个克隆群。通过中国菌株和其他20个国家的菌株综合分析,共计1199株菌分成304个ST型,形成21个序列群。其中ST-1型为全球优势型别,其余型别和序列群呈地区性分布特征。结论中国环境分离的嗜肺军团菌1型菌株具有高度复杂的基因多态性和种群结构,其中ST1是我国也是全球环境菌株的优势型别。

石家庄市集中空调冷却塔水中嗜肺军团菌的基因序列分型研究

目的采用基因序列分型方法(sequence-based typing,SBT)研究石家庄市集中空调冷却塔水中军团菌基因特征。方法将石家庄市集中空调冷却塔水中分离出的35株Lp1血清型嗜肺军团菌提取基因组DNA,选取嗜肺军团菌7个管家基因flaA、pilE、asd、mip、mompS、proA、neuA进行PCR扩增,将扩增产物纯化后测序。测序结果上传欧盟军团菌感染工作组(EWGLI)数据库进行比对,得到基因型别(sequence type,ST),对结果进行基因序列分型和系统进化分析。结果 35株Lp1血清型嗜肺军团菌共分为4个ST型,其中1株由于neuA基因不能被扩增而未分型;1株为新的ST型,已获EWGLI分配序号(ST1021);其余为ST1型32株,ST345型1株。结论石家庄市集中空调冷却塔水中嗜肺军团菌分离株的流行以ST1型为主,ST345型和ST1021型为特有型别。SBT分型可以作为研究嗜肺军团菌进化关系的重要手段之一。

一种副猪嗜血杆菌新型分型方法——多基因位点序列分型

副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)为革兰氏阴性菌,属于巴氏杆菌科嗜血杆菌属,是猪副猪嗜血杆菌病的主要致病菌。应用多基因位点序列分型技术对副猪嗜血杆菌进行分型,具有简便快速、重复性强、分辨率较高、所得数据标准等优点,并且还可通过互联网实现实验室间数据共享及比较。通过试验对多基因位点序列分型(MLST)技术的原理、方法及结果进行了阐述,以期为副猪嗜血杆菌的分型提供参考。

江苏省沙门氏菌全基因组序列中外排泵耐药基因分布及其特征研究

目的了解江苏省沙门氏菌的耐药情况及其耐药相关基因的分布状况。方法根据美国实验室标准化临床协会的操作规范推荐的肉汤稀释法测定沙门氏菌的药物敏感性,应用在线数据库分析基于多个位点的序列型、耐药基因的种类和数量。结果至少一半以上的沙门氏菌对链霉素、氨苄西林、复方磺胺甲恶唑、四环素、大观霉素、利福平耐药。尤其是对大观霉素和利福平的耐药率高达90%以上。D群沙门氏菌是主要的血清群。ST11型为主要的序列型。与外排泵耐药相关的9种MFS耐药基因均可以检出,最多的沙门氏菌携带8种基因。结论江苏沙门氏菌的耐药问题比较严重,在临床用药和畜牧业养殖中,应加强抗生素合理使用。

四川省嗜肺军团菌基因分型研究

目的探讨四川省嗜肺军团菌基因特征。方法采用基因序列分型(SBT)对四川省1989-2016年分离的嗜肺军团菌共79株进行了基因型的研究。根据文献报道的军团菌7个管家基因,对79株嗜肺军团菌进行PCR扩增,SBT结果测序后上传至欧洲军团菌感染组(EWGLI)数据库得到ST分型。结果79株嗜肺军团菌分为33个ST型,其中有11个为新ST型(ST2355~ST2365)。33个ST型分为5个克隆群(CCs)和5个singleton。结论 SBT方法能对嗜肺军团菌进行基因分型研究。四川省嗜肺军团菌具备较高的遗传多样性和地区特异性,有感染人的风险,应加强对公共卫生环境中军团菌的监测工作。

天津地区鸡源沙门氏菌的基因分型研究

目的研究并评估几种分子分型方法对亲缘关系相近鸡源沙门氏菌的分辨能力。方法针对2015—2016年从天津市大型市场和超市中分离的106株沙门氏菌及其全基因组测序结果,分析了沙门氏菌的血清型、序列类型(sequence types,STs),并通过脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)以及一种基于59个基因的分型方法对沙门氏菌进行分子分型研究。结果106株沙门氏菌共分为8种血清型和8个ST型;PFGE分型方法将沙门氏菌分为7个集群;cgMLST将沙门氏菌分为8个集群;59个基因的分型方法将亲缘关系相近的分离株分为9个集群。结论肠炎沙门氏菌为这些沙门氏菌中的优势亚型;cgMLST具有最高的分辨率;基于59个基因的分型方法可以满足对亲缘关系相近沙门氏菌的分型研究。

2017-2019年济宁市健康人群脑膜炎奈瑟菌流行病学和基因组学分析

目的了解济宁市健康人群脑膜炎奈瑟菌流行情况及其基因组特征。方法采集2017-2019年流行前期、流行期、流行后期不同年龄组健康人群的咽拭子标本,进行菌株分离培养、生化试验、血清凝集试验,分离到的菌株进行基因测序,利用PubMLST数据库进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、疫苗抗原分析,利用IQ-TREE和Splits Tree构建系统发育树。结果2017-2019年共检测1086份健康人群咽拭子标本,分离出21株脑膜炎奈瑟菌,健康人群平均带菌率为1.93%。其中流行前期带菌率为0.93%,流行期带菌率为2.30%,流行后期带菌率为1.83%。17~19岁人群带菌率较高,3~5岁儿童及≥20岁成人中未检出阳性菌株。检出的21株菌株中,B群15株,C群1株,不可分群5株。通过基因组分析,主要的ST型为ST-12301和ST-14655,ST-17464、ST-17465、ST-17466、ST-17467和ST-17468为本研究新发现的ST型。进行基因测序的19株菌株中,有8株属于4821克隆群,其余菌株不属于确定的克隆群,有3株血清型为不可分群的菌株但其基因型为B型。结论济宁市2017-2019年健康人群中脑膜炎奈瑟菌血清群以B群为主。本研究新发现5种MLST序列型,提示近几年菌株基因组存在微进化。MLST序列型的变迁有可能导致流行模式发生改变,有必要开展持续监测。17~20岁人群带菌率高,应密切关注菌株在人群中的扩散传播,以防引起流脑病例。

细菌核心基因组多位点序列分型(cgMLST)与溯源评价

细菌分型与溯源对食品安全监管、流行病学调查具有重要意义。全基因组分型技术以全基因组多位点序列分型(whole genome multilocus sequence typing,wgMLST)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)、全基因组单核苷酸多态性(whole genome single nucleotide polymorphism,wgSNP)等为代表,具有分辨率高、重复性好的优点,能够实现精准溯源,逐渐成为细菌分型和溯源的主流技术。然而,wgMLST、wgSNP消耗巨大的计算资源,而且wgSNP对测序的准确性要求极高,推广难度大;相比之下,cgMLST需要较少的计算能力,应用性更强。本文重点介绍了细菌核心基因组的筛选、等位基因的赋值、cgMLST分型原理及操作步骤和细菌基因组溯源评价,为细菌的cgMLST分型与溯源提供了技术指导,有助于保证cgMLST分型结果的客观性和可比性。

2010—2019年咸阳市食品及芝麻酱加工环节中单增李斯特菌污染状况及其分子流行病学特征分析

目的了解咸阳市食品中单增李斯特菌的污染状况及分子流行病学特征。方法2010—2019年采集咸阳市12类1699份食品及酱制品加工环节样本,依据《国家食品安全风险监测工作手册》进行单增李斯特菌分离鉴定,用脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)进行分子分型,检测菌株血清表型,对菌株进行全基因组测序,分析其谱系、克隆群、序列型和血清群,采用核心基因组多位点序列分型方法(cgMLST)进行分子分型。结果1699份样本中检出单增李斯特菌72株,总检出率为4.24%,检出率最高的是生肉制品18.49%(22/119);1/2a、1/2b和1/2c为优势血清型(87.50%,63/72);分离株共分为40个PFGE带型,其中有3个优势带型(GX6A16.XY0009、GX6A16.XY0004、GX6A16.XY0003),初步建立了咸阳市单增李斯特菌的PFGE指纹图谱库;全基因组测序菌株分属3个谱系,以谱系II为主56.94%(41/72);血清群以Ⅱa为主,共31株(43.06%,31/71);分为15个CC型,其中CC224、CC8、CC9和CC87为优势CC型(56.94%,41/72)。cgMLST能将不同谱系、血清群和CC型的菌株明显分开,分为18个亚群,与CC型基本保持一致。结论咸阳市流通食品中单增李斯特菌污染状况持续存在,并有交叉污染的可能。建立的PFGE指纹图谱库可为单增李斯特菌引起的食源性疾病的预警和暴发溯源提供支持,基于全基因组的cgMLST分型可用于食源性疾病暴发调查中菌株的溯源。

ICU内耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的基因分型及传播途径研究

了解重症监护病房内流行的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的基因分型,并追溯细菌在科内的传播途径。方法 收集ICU病房 2018.12~2019.02时间段内分离的患者及环境CRKP菌株作为研究对象,对CRKP进行全基因组测序、核心基因组多位点序列分型(cgMLST),并将流行病学信息和测序结果录入院内感染传播路径一体化分析平台(NoSoTT)绘制传播路径。结果 21株CRKP菌株测序结果显示CT3617型2株,CT3618型17株,CT3619型2株;NoSoTT结果显示菌株LA8001和LA8020、LA8021和LA8017之间为直接传播;LA8010和LA8022、LA8013之间可能存在直接传播;LA8002通过LA8004和LA8016、LA8018之间可能存在间接传播。结论 2018.12~2019.02期间ICU内流行的CRKP菌株以CT3618型为主,传播方式为直接传播和间接传播,主要与病房内洗手池导致的环境表面污染有关。

重庆市南岸区临床和食品来源空肠弯曲菌耐药特征及基因组分析

目的了解重庆市南岸区临床和食品来源空肠弯曲菌的耐药特征及其分子流行特征并进行溯源分析,为该地区空肠弯曲菌感染的精准防控提供科学依据。方法对2021—2022年在重庆市南岸区6家哨点医院就诊的336例腹泻患者粪便样本和国家食品安全风险监测项目采集的60份生禽肉食品样本进行空肠弯曲菌分离鉴定,对分离的20株(15株临床株,5株食品株)空肠弯曲菌进行药敏分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和全基因组测序,并下载公共数据库基因组进行比较;利用测序数据对菌株进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、耐药基因分析,构建系统发育树。结果南岸区空肠弯曲菌临床株和食品株多重耐药率为70.00%;20株空肠弯曲菌分为19种MLST型别、19种cgMLST型别和18种PFGE带型;49株空肠弯曲菌(包括20株南岸区菌株和29株公共数据库菌株)系统发育树显示,南岸区分离自禽肉的4株食品株(2022NAF01、2022NAF02、2022NAF03、2022NAF04)与4株临床株(2021NAP02、2021NAP01、2021NAP03、2022NAP04)进化距离较近,6株与北京市4株菌距离接近。结论重庆市南岸区空肠弯曲菌的流行株呈多态性,在遗传特征上表现为多样性,且呈现很高的多重耐药性。

2008-2022年福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征研究

目的了解福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征,为深入开展霍乱分子流行病学研究提供依据。方法收集2008-2022年福建省霍乱病例和带菌者来源O1群霍乱弧菌16株,肉汤稀释法检测抗生素最小抑菌浓度(MIC)。运用二代测序技术得到全基因组序列;利用snippy、Roary、Prokka等开源软件及NCBI、BacWGSTdb等在线分析网站进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、核心基因组单核苷酸多态性分析(cgSNP)、毒力基因和耐药基因预测、泛基因组多样性的分析。结果福建省霍乱弧菌分为5个ST(sequence type)型别,其中新发现的ST182和ST1480型是当前我国优势克隆群ST75型的进化分支,并与2010年和2013年的台湾株高度同源。产毒株和非产毒株均不同程度地携带各种毒力因子并发生变异;预测出7大类13个耐药基因,其中黏菌素类、四环素类耐药基因携带情况与耐药表型一致。泛基因组学分析发现霍乱弧菌拥有1个开放的泛基因组,Roary聚类分析表现出比cgMLST更高的分辨率。结论福建省O1群霍乱弧菌人源株的基因组结构和功能具有多态性,新发的ST1480型克隆群具有流行潜力,需加强对此类菌株的监测。

2017-2021年杭州市临床和食品来源伦敦沙门菌耐药与基因组特征

目的分析2017—2021年杭州市临床和食品来源伦敦沙门菌的耐药与基因组特征。方法对2017—2021年杭州市分离的91株伦敦沙门菌进行药敏分析、PFGE分型和全基因组测序;利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)和耐药基因识别,并与公共数据库菌株比较进行系统发育分析。结果临床株和食品株对18种药物的耐药率差异均无统计学意义(均P>0.05),其多重耐药率为75.8%(69/91),以同时耐7类药物的菌株居多,发现1株对多黏菌素E耐药且检出mcr-1.1基因的耐8类药物菌株;50.5%(46/91)的菌株对阿奇霉素耐药且检出mph(A)基因;91株伦敦沙门菌均为ST155型,分为44种PFGE带型和82种cgMLST型别;系统发育分析显示,大部分杭州菌株(83/91)自行聚集成簇,簇内混杂少量来自欧洲和北美洲的人分离株以及湖北、深圳等省市的猪肉分离株;少数杭州菌株(8/91)与分离自东南亚、欧洲、北美洲的菌株进化距离较近;与临床株距离较近的主要是猪肉分离株。结论杭州市伦敦沙门菌的感染主要由ST155型菌株引起,以本地传播为主,同时与东南亚、欧洲、北美洲以及国内其他省市可能存在跨地传播;临床和食品来源菌株间耐药差异无显著意义,多重耐药现象较为普遍;其临床感染可能与猪肉消费密切相关。

杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌耐药特征与基因组分析

目的了解杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌的耐药特征,并进行溯源分析。方法对2015—2020年杭州地区分离的60株德尔卑沙门菌进行药敏分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和全基因组测序,并下载公共数据库基因组进行比较;利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)和耐药基因扫描,并构建基于单核苷酸多态性(SNP)位点的系统发育树。结果杭州地区德尔卑沙门菌临床株和食品株对28种药物的耐药率差异均无统计学意义,多重耐药率为76.7%(46/60);所有菌株均检出氨基糖苷乙酰转移酶基因aac(6′)-Iaa和磷霉素耐药基因fosA7;60株德尔卑沙门菌共分为46种PFGE带型、53种cgMLST(HC2)型别,除1株为ST3220型外,其余均为ST40型;基于439株德尔卑沙门菌(包括60株杭州菌株和379株公共数据库菌株)SNP位点构建的系统发育树显示:部分杭州菌株与东南亚菌株进化距离较近,提示可能存在跨境传播,食品株主要来自猪肉和水产类;其他杭州菌株与北京、广州、湖北、重庆等省市的菌株距离较近,提示可能存在跨省传播,食品株主要来自猪肉、牛肉和鸡肉。结论杭州地区德尔卑沙门菌的流行主要由ST40型引起,其多重耐药现象普遍,推测其临床感染与猪牛肉、鸡肉和水产类的消费密切相关,与东南亚地区和境内其他省市可能存在跨地传播。

进口蜂蜜中幼虫芽孢杆菌分子分型方法的比较研究

为研究来自不同地域幼虫芽孢杆菌的进化关系,建立其分子分型方法,对来自11个国家和地区的50株幼虫芽孢杆菌分离株进行MLST分型分析,并与ERIC分型比较。结果显示,ERIC法将50株分离株分为ERICⅠ、ERICⅡ与ERICⅣ型,但不能区分不同区域菌株;MLST法将菌株分为ST1至ST8共8种序列型,其中ST1为优势型,占比高且分布广泛;其次为ST5(主要为加拿大分离株),ST3(澳大利亚分离株),ST4(法国与匈牙利分离株),ST6(新西兰分离株),ST2(西班牙分离株),ST7(匈牙利分离株)和ST8(澳大利亚分离株)。与ERIC相比,MLST可以对不同地域的幼虫芽孢杆菌进行有效分型,具有更高的分辨率,可作为后续进口蜂蜜中幼虫芽孢杆菌流行病学调查的工具。

三种分子分型技术在嗜肺军团菌分型中的应用与评价

目的对脉冲场凝胶电泳方法 (PFGE)、基因序列分型(SBT)和mip基因分型方法在嗜肺军团菌分型研究中的分辨力和潜在价值进行比较和论述。方法采用PFGE、SBT和mip基因分型方法对29株嗜肺军团菌和1株标准菌株ATCC33153进行分型比较。结果 PFGE可将30株嗜肺军团菌分为5大类群,19个PFGE型,分辨力为0.9586;SBT可分为22个ST型,分辨力为0.9609;mip基因分型可分为9个型别,分辨力为0.8344。血清型LP1和LP14菌株具有相同的PFGE和mip基因型别,相同或相近的SBT型别。结论 SBT较PFGE具有稍高的分辨力,适用于全球数据库比对和进化亲缘关系的研究,结合PFGE和SBT分型方法有利于流行病学溯源分析。

杭州地区甲型副伤寒沙门菌基因组流行病学的初步研究

目的 了解近年来杭州地区甲型副伤寒沙门菌的基因组流行病学特征.方法 采用二代测序技术（NGS）对2002—2013年杭州地区分离的60株甲型副伤寒沙门菌代表株进行测序并下载公共数据库中的391株甲型副伤寒沙门菌基因组数据.以ATCC9150基因组为参考序列,鉴定所有基因组的单核苷酸多态性（SNP）位点并去除重组,构建基于SNP位点的系统发育树.用SRST2和多位点序列分型（MLST）工具扫描获得MLST型别,用SISTR扫描获得核心基因组多位点序列分型（cgMLST）型别,用SRST2和BLASTN扫描获得耐药基因.选择7种抗生素对60株杭州菌株进行药物敏感试验.结果 451株甲型副伤寒沙门菌基因组序列去重组后共鉴定得到19258个SNP位点,菌株平均距离为0.0070,距离小于0.05的占96.73%,提示451株甲型副伤寒沙门菌基因组差异较小.58株杭州ST85型分离株基因组序列高度相似,提示2002—2013年杭州地区甲型副伤寒疫情主要由ST85型菌株克隆传播引起.杭州菌株与5株国内5省菌株遗传距离较远（平均距离为0.057）,与15株云南菌株距离较近（平均距离为0.0032）,与柬埔寨菌株的距离最近（平均距离为0.0018）,提示ST85型菌株存在跨国传播的可能性.2株杭州ST129型分离株中,HZ333与分离自江苏的两株菌近源（平均距离为0.0097）,提示ST129型部分菌株存在国内传播的可能性.60株杭州菌株除2株未分型外,其余58株菌被分为9个cgMLST型别;公共数据库中391株菌除57株未分型外,其余334株菌被分为165个cgMLST型别.60株杭州菌株均携带耐药基因,其中56株菌携带aac6-Iy耐药基因,4株菌携带aac6-Iaa耐药基因;公共数据库中的391株甲型副伤寒沙门菌除了13株菌未携带耐药基因,其他378株菌均携带aac6-Iy耐药基因.60株杭州菌株中56株菌对7种抗生素均敏感;3株菌对复方新诺明耐药;1株菌对氨苄西林、四环素耐药.结论 2002—2013年杭州地区甲型副伤寒疫情主要由ST85型菌株克隆传播引起,该型菌株存在跨国传播的可能性;ST129型部分菌株存在国内传播的可能性.SNP位点分析技术分辨力高于脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术,能够帮助我们更为精准的对疫情进行溯源.aac6-Iy是全球范围内甲型副伤寒沙门菌普遍携带的一种耐药基因.二代测序技术在传染病防控中有着良好的应用前景.