我国蚊虫体内感染的Wolbachia的wsp基因序列测定与分析

测定了我国尖音库蚊复合组和白纹伊蚊蚊虫体内感染的Wolbachia株的wsp基因序列。核苷酸和氨基酸的同源性及系统关系分析表明 ,我国尖音库蚊复合组和白纹伊蚊中Wolbachia株的wsp基因序列与Pip组其它株的核苷酸及氨基酸同源性分别为 98%～ 10 0 %和 97%～ 10 0 % ,属B大组Wolbachia中的Pip组。

辽宁省HIV-1株的基因序列测定和亚型分析

目的 通过DNA序列分析 ,确定辽宁省HIV -1流行毒株的亚型。方法 从辽宁省HIV -1抗体阳性者中选择 16例 ,其中经性接触感染者 8例 ,经静脉吸毒和血液途径感染者 7例 ,垂直传播者 1例 ,采集全血提取DNA作为PCR扩增的模板 ,套式引物扩增HIV -1前病毒DNA的C2～V 3区用于测序。所测序列与国际标准株及国内外参考序列进行比较 ,确定被检标本的亚型。结果 辽宁省流行的HIV -1病毒分属A、B、C、G4种亚型 ,其中经性途径传播者 8例分别为B′亚型和A亚型 ,静脉吸毒者 4皆为C亚型 ,经血途径感染者分别属B′和G亚型 ,垂直传播者为A亚型。亚型内基因离散率分别为 :A亚型 (7 5± 1 0 ) % ,B′亚型 (8 5± 0 9) % ,C亚型 (5 4± 0 9) % ,G亚型 (13 5±2 1) %。结论 辽宁省目前HIV -1的流行株亚型较为复杂 ,不同传播途径感染HIV毒株亚型有所不同 ,C亚型毒株只见于静脉吸毒者 ,经性途径和血途径感染主要为B′亚型 ,而A亚型和G亚型只见于非洲劳务输出人员及其配偶子女。

广西流行的猪瘟病毒株E2基因序列测定及分析

目的对广西流行的猪瘟病毒E2基因进行序列测定及分析。方法应用PCR对15株猪瘟病毒E2基因进行扩增、克隆及测序,利用DNAstar分析软件对所测定的15株毒株与兔化弱毒(HCLV)、石门(Shimen)毒株的相应基因片段进行同源性分析。结果得到长度为1092nt猪瘟病毒E2基因,编码364个氨基酸残基的目的基因片段。广西株与HCLV、Shimen株的核苷酸同源性分别为81.5%～82.8%和82.8%～84.3%,推导的氨基酸同源性分别为87.1%～88.8%和88.5%～89.9%,广西毒株之间核苷酸与推导的氨基酸同源性分别为92.3%～99.9%和94.8%～100%。广西15株猪瘟病毒E2蛋白上的全部半胱氨酸(Cys)位点均未改变,推测其E2蛋白的抗原结构保持很高的稳定性。但广西毒株中与特定单克隆抗体结合的724、725、729、734和738位的氨基酸发生了变异,这些变异可能导致不完全免疫保护。把所测定的广西15株与国内外已发表的19株病毒相应序列进行比较,建立系统发育树,所比较的34株猪瘟病毒被分为两个群,广西毒株皆属于基因群Ⅱ。结论成功进行了广西流行猪瘟病毒E2基因序列分析,为进一步探讨猪瘟病毒E2蛋白的抗原结构提供了依据。

mtDNA 12S rRNA基因序列测定在腐烂动物肌肉样本鉴定中的应用

目的利用mtDNA12SrRNA基因序列测定法对宁波森林公安局查获的一例腐烂动物肌肉样本进行种属鉴定,并探讨该方法在腐烂动物肌肉样本鉴定中的应用价值。方法用酚/氯仿法从腐烂动物肌肉样本中提取出基因组总DNA,再用一通用引物通过PCR技术扩增mtDNA上12SrRNA基因的部分片段并进行序列测定。测序结果在GenBank上进行BLAST搜索,再利用DNAMAN软件进行同源性分析。结果扩增产物序列与东北虎的线粒体DNA的12SrRNA基因序列的部分片段的同源性高达99.9%。结论该动物样本为东北虎,本研究所用方法在野生动物案件的样本鉴定中有极高的应用价值。

人源性抗HBc单链抗体的筛选、鉴定及基因序列测定

目的 :筛选人源性抗乙型肝炎病毒核心蛋白 (HBc)单链抗体 (ScFv)并在体外原核表达、鉴定和基因序列测定 ,为抗HBcScFv的进一步研究奠定基础。方法 :采用噬菌体表面展示技术 ,以乙肝病毒核心抗原为包被抗原 ,从人源性单链噬菌体抗体库中经过 3轮“吸附 -感染 -扩增”的筛选过程 ,获得抗原结合活性较强的人源性抗HBc单链抗体阳性克隆 ,并在大肠杆菌HB2 15 1中进行ScFv可溶性表达 ,对其进行免疫学鉴定和序列测定。结果 :筛选出的ScFv具有抗HBc的特异性 ,并可在大肠杆菌中进行可溶性表达 ;基因序列测定表明 ,该ScFv的重链段基因与人类免疫球蛋白重链可变区相符 ,轻链段基因为人类免疫球蛋白κ轻链可变区。结论 :利用噬菌体抗体库技术 。

狂犬病毒GSQY-Dog-China-2013株全基因组序列测定和遗传进化分析

为了全面分析我国狂犬病病毒遗传进化情况,本试验使用反转录PCR(RT-PCR)方法将狂犬病病毒GSQY-Dog-China-2013分为10个片段进行扩增,回收目的片段并与pMD20-T simple载体连接,转化JM109感受态细胞,挑取阳性克隆进行测序;使用DNASTAR软件中的Edit Seq通过拼接相邻片段之间的重叠序列获得GSQY-Dog-China-2013全基因组序列,构建系统进化树进行遗传进化分析。结果显示,GSQY-Dog-China-2013全长11924核苷酸(nt),包含5个开放阅读框,分别编码核蛋白(N)、磷蛋白(P)、基质蛋白(M)、糖蛋白(G)和转录大蛋白(L);基于全基因组序列的进化树分析显示,GSQY-Dog-China-2013株和国内分离株形成一个分支,在国内分离株中与SXYL15株和SXBJ15株形成一个分支,亲缘关系最接近,提示GSQY-Dog-China-2013可能源自我国陕西省。本试验系甘肃省首次报道狂犬病病毒全基因组序列,进一步丰富了我国狂犬病病毒遗传进化数据,为狂犬病全面防治以及疫苗研发提供了数据支持。

河北省HIV-1流行株的env基因序列测定和亚型分析

目的了解河北省HIV-1亚型的分布特点和传播方式,推测流行时间,预测流行趋势. 方法采集HIV感染者的全血样品,分离外周血单核细胞(PBMC),提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应(nested-PCR),扩增HIV-1的env基因的C2-V3区并进行序列测定和亚型分析. 结果对22份HIV-1感染者的样品,扩增得到了18份HIV-1 env C2-V3基因片段,经序列测定和基因分析鉴定出3种HIV-1 M亚群基因亚型,即:B′、CRF-BC和C亚型.B′亚型的组内基因离散率为7.84%±3.14%(n＝14),基因序列与云南瑞丽株rl42(泰国B亚型)相近;2株CRF-BC亚型与广西毒株的基因离散率为4.60%.与血液途径感染有关的人员均为B′(泰国B)亚型. 结论目前,在河北省发现了3种HIV-1亚型.输供血途径中B′亚型仍是主要的流行亚型,可能来源于云南吸毒人群.HIV-1 B′亚型在河北省的流行时间大约为7～9年.

北京人类免疫缺陷病毒1型阳性吸毒者env基因序列测定和亚型分析

人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）高度变异既是病毒自身特点决定的,也是适应环境和免疫逃逸的结果[1].一般来说感染的途径不同,HIV-1病毒的变异情况也不同.北京于1993年发现首例静脉吸毒感染HIV的吸毒者,2000年开始对吸毒人群进行哨点监测,2006年首次对流动人口中的吸毒者HIV-1毒株亚型进行测定,但关于北京吸毒人群HIV-1的毒株亚型及其分布仍知之甚少.

甘薯羽状斑驳病毒分离物的基因组3′-末端序列测定与分析

采用马铃薯Y病毒属通用引物,从甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)山东济南分离物和浙江杭州分离物基因组3′ 末端扩增到一个含1814个核苷酸的序列,序列号分别为AJ310201和AJ310202。两个序列均包括NIb基因部分序列(nts1 645)、外壳蛋白基因(nts646 1590)和3′ UTR(nts1594-1814),3′ 末端具有典型的poly(A)尾。外壳蛋白基因核苷酸系统进化树分析和氨基酸分析表明,以前对一些SPFMV分离物的命名有待商榷,一些相关性较强的分离物可分为3个进化主要群体,我国两个分离物属于第二群体。

浙江鼬獾狂犬病毒F01株P和M基因序列测定分析

狂犬病毒（rabiesvirus，RABV）广泛存在于多种哺乳动物体内，并在宿主动物之间相互传播。鼬獾又名白面鼬，野生小型貂科动物，杂食性，浙江全境均有分布。近几年浙江省人狂犬病疫情不仅仅局限于通过犬传播，鼬獾咬伤致人狂犬病的情况已有报道。为了解野生动物狂犬病毒街毒流行株的分子特征，笔者对检测获得的鼬獾F01株狂犬病毒的P、M基闽序列进行扩增并测序，将其与中国人、犬毒株以及目前使用的疫苗株进行比较分析，现报道如下。

湖州市HIV-1流行毒株gag基因序列测定和亚型分析

本研究对近年来湖州市新发现的常住人口经WB确认阳性、未接受抗病毒治疗的HIV感染者血样中随机抽取88份样本进行PCR扩增和序列测定。利用ContigExpress软件对测序结果进行序列的拼接和编辑；使用美国洛斯阿拉莫斯国家实验室HIV核酸序列库（http：／／www．hiv．1anl．gov）提供的在线分析工具，对HIV—1gag基因型进行初步鉴定。

人类白细胞抗原E基因全长序列测定及两个新等位基因的鉴定

背景:人类白细胞抗原E是非经典的人类白细胞抗原I类分子,目前的多态性分析研究主要针对其第3外显子人类白细胞抗原E~*01:01及人类白细胞抗原E*01:03进行区分,然而其全基因序列测定方法及新等位基因报道尚不多见。目的:利用中国深圳地区无偿献血正常个体建立人类白细胞抗原E基因全长序列测序分型方法,鉴定人类白细胞抗原E基因全长序列新的等位基因。方法:提取研究对象外周血DNA,根据IMGT/HLA数据库中公布的人类白细胞抗原E基因序列,在保守区设计全基因扩增及测序引物,利用高保真反应体系对人类白细胞抗原E全长序列进行扩增,随后测序、拼接、序列确认及基因定型。结果与结论:(1)成功建立了人类白细胞抗原E的全基因扩增及测序分型方法,发现了两个人类白细胞抗原E新等位基因——人类白细胞抗原E~*01:01:01:06与人类白细胞抗原E~*01:01:01:07,获得了WHO人类白细胞抗原命名因子委员会的命名;(2)人类白细胞抗原E~*01:01:01:06与其最接近的等位基因人类白细胞抗原E~*01:01:01:01相比,突变位点在5’-启动子区的NT-26(G->T),人类白细胞抗原E~*01:01:01:07与其最接近的等位基因人类白细胞抗原E~*01:01:01:01相比,突变位点在3’-非翻译区的NT3345位(T->C);(3)结果提示,中国人群中人类白细胞抗原E全基因序列多态性数据有待填补,试验建立的方法为该项研究提供了关键的技术。

猪瘟病毒新疆分离株E2基因序列测定及分析

猪瘟病毒（classical swine fever virus,CSFV） E2蛋白是诱导产生保护性中和抗体的主要抗原结构蛋白,是瘟病毒主要的免疫相关基因.本文选择E2蛋白作为目的基因,用于猪瘟病毒新疆分离株的遗传进化分析.通过基因分型,我们能很好地阐明猪瘟病毒不同毒株间的遗传演化关系,为追溯病毒的传播来源和预测预警流行趋势奠定基础.

SARS病毒知多少?——台湾大学完成的基因序列测定统计误差最小

SARS病毒是新发现的一种冠状病毒,和已知的人类冠状病毒不同,SARS病毒是从病人身上分离出来的,目前尚无从每一个病人快速分离的方法,所以分离一株病毒就是一项研究成果.最早分离出SARS病毒是重大创新发现,美国国立卫生研究院(NIH)下属国家生物信息中心(N CBI)网站的SARS coronavirus页面列出了已分离的60种SARS病毒株(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=227859)及基因序列的完整测定.

福建省HIV-l流行毒株的基因序列测定和亚型分析

目的 通过DNA序列分析 ,确定福建省HIV 1流行毒株的亚型。方法 从福建省HIV 1抗体阳性者中选择 9例经性接触感染HIV 1者 ,采集其全血分离周围血淋巴细胞 (PBMCs)提取DNA作为PCR扩增的模板 ,设计合成 3对套式引物扩增HIV 1前病毒DNA的C2～V3区用于测序。所测序列与HIV 1中的 6个亚型的 10个国际标准或参考序列进行比较 ,确定被检标本的型别。结果使用PCR技术对 9份福建HIV 1阳性感染者PBMC样品进行扩增 ,获得HIV 1膜蛋白 (env)基因的核酸片段 ,并对其约 2 47bp核苷酸序列进行了分析、比较 ,证实 9份样品中 7份为E亚型 ,其余 2份分别为B和C亚型毒株。E亚型各株间序列存在一定差异 ,组内基因离散率为 6 2 8± 2 40。结论 福建省目前HIV 1的流行株主要为E亚型 ,流行株的来源较为复杂 ,株间序列差异不仅与感染时间有关 ,也和感染地点不同等因素有关 ,这些特点不同于我国其他一些省份发现的经血传播的HIV 1B或C亚型 ,其流行时间不长 。

斜带石斑鱼神经坏死病毒基因组RNA1和RNA2序列测定及分析

根据GenBank数据库公布的鱼类神经坏死病毒(nervousnecrosisvirus,NNV)同源序列设计了7对特异性引物,采用RT＿PCR方法扩增出目的片断,将PCR产物测序和分析。斜带石斑鱼Epinepheluscoioides神经坏死病毒(orange＿spottedNNV,OGNNV)基因组由两个片断(RNA1和RNA2)组成,RNA1由3103个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码982个氨基酸;RNA2由1433个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码338个氨基酸。OGNNV基因组与新加坡GGNNV(greasygrouperNNV)的基因组有高度的相似性。分析病毒的RNA2序列发现:OGNNV与DGNNV(dragongrouperNNV)、RGNNV(redspottedNNV)和GGNNV的亲缘关系很近,并且具有相同的中和位点;分析病毒的RNA1序列,发现在OGNNV的RNA1序列中同样可以找到依赖RNA的RNA聚合酶的6个模序(motif)。根据同源性比较和系统进化分析,OGNNV属于RGNNV血清型的成员。