人参单一基因微卫星标记的分析

【目的】利用人参单一基因(unigene)序列,研究人参转录区SSR的分布特征;开发单一基因微卫星(UGMS)标记,并比较人参UGMS与基因组SSR标记(G-SSR)在分布频率、多态性及通用性等方面的不同,为人参等五加科药用植物的鉴定、遗传图谱的建立等研究奠定基础。【方法】利用NCBI公共数据库的7 649条人参EST序列,筛选出含有SSR的单一基因序列,并分析人参SSR的分布;根据这些序列以及包含SSR的人参基因组序列合成的引物扩增人参不同品种和其它五加科植物。【结果】检测到总长度为2.72 Mb的4 869个单一基因。其中,488个单一基因分布有724个SSR,占人参EST的10.02%,SSR的分布密度为3.75 Kb。一至三核苷酸重复分布频率分别为29.28%、48.06%和19.06%。非编码区和编码区重复序列分别以AT/TA和AAG/CTT为主。在合成的100对UGMS和44对G-SSR引物中,分别有86和44对能够扩增出人参的PCR产物,其多态率分别为42.0%和43.2%。人参UGMS对五加科西洋参、三七和刺五加植物的通用性分别为100%、87.2%和75.6%;G-SSR分别为95.5%、72.7%和40.9%。【结论】人参基因中SSR发生频率较高,并以二核苷酸重复为主。不同基因区域内的SSR分布具有非随机性。UGMS在揭示种内多态性方面不及G-SSR,但具有较高的种间通用性。

CTLA-4基因微卫星多态性与广西地区壮、汉族Graves病的相关性研究

目的:研究CTLA-4基因微卫星多态性与广西地区壮、汉族Graves病(GD)的相关性。方法:112例广西地区壮、汉族GD患者和94例正常对照组,应用聚合酶链反应技术,检测CTLA-4外显子4的3’非翻译区包含(AT)n[CTLA-4(AT)n]重复序列的特异性等位基因。结果:①广西地区壮族人细胞毒性T淋巴细胞相关抗原-4(CTLA-4)微卫星多态性有19种等位基因,汉族人有18种等位基因;②壮、汉族GD组与正常对照组比较,106bp等位基因频率显著增高(P<0.05),汉族正常对照组104bp等位基因频率较GD组高(P=0.01);③壮族正常对照组未发现104bp等位基因高于GD组。结论:CTLA-4基因与广西壮、汉族GD患者明显相关,CTLA-4(AT)n106bp可能是广西壮、汉族GD的易感等位基因,104bp可能是广西汉族GD的保护基因。

食管癌术后肺部感染血浆TNF基因微卫星多态性及与其预后的关系

目的探讨食管癌术后肺部感染患者血浆肿瘤坏死因子(TNF)基因微卫星多态性及与其预后的关系。方法将30例食管癌术后继发肺部感染患者设为观察组,同期食管癌术后未发生感染的120例患者设为对照组,并依据观察组患者预后情况(住院28 d是否死亡)分为生存组(n=25)与死亡组(n=5)。运用聚合酶链式反应行DNA扩增,以聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染技术施以微卫星分型。比较观察组与对照组、生存组与死亡组TNFc微卫星基因型与等位基因分布,并进行预后分析。结果观察组携带TNFc1/1基因型与TNFc1等位基因比例高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);肺部感染患者中死亡组携带TNFc1/1基因型与TNFc1等位基因比例高于生存组,差异有统计学意义(P<0.05);多因素分析显示:血液高凝状态、低蛋白血症以及携带TNFc1/1基因型为造成患者预后不良的危险因素(P<0.05)。结论TNF基因微卫星多态性与食管癌术后肺部感染及预后密切相关,TNFc1/1基因型会增加食管癌患者易感性,导致不良预后,临床需予以高度重视。

胃癌中PTEN异常表达与围基因微卫星的杂合性缺失

目的 观察胃癌中PTEN基因异常表达与围基因微卫星的杂合性缺失 (LOH) ,探讨其在胃癌演进中的作用。方法 利用PCR SSCP检测进展期胃癌中PTEN围基因微卫星位点 (D10S5 4 1、D10S5 83、D10S16 87)的LOH ;采用RT PCR和免疫组化检测正常胃黏膜和胃癌中PTEN基因mRNA和蛋白表达 ;比较PTEN表达与淋巴结转移的关系 ;分析PTENmRNA表达与微卫星位点LOH及PTEN蛋白表达的关系。结果 进展期胃癌中D10S5 4 1、D10S5 83及D10S16 87微卫星位点LOH总的发生频率为2 8.6 % ;正常胃黏膜、早期胃癌和进展期胃癌的PTENmRNA阳性率分别为 80 .4 %、4 5 .5 %和 32 .1% ,其蛋白阳性率分别为 78.6 %、36 .4 %和 2 8.6 % ;早期和进展期胃癌中 ,PTENmRNA和蛋白阳性率低于正常胃黏膜 (P <0 .0 5 ) ;进展期胃癌中 ,PTENmRNA表达与其围基因微卫星LOH呈正相关 (Pearson相关系数 =0 .2 6 6 ) ;PTENmRNA与蛋白表达具有显著的一致性 (P <0 .0 5 ) ;PTENmRNA和蛋白表达与进展期胃癌淋巴结转移有关 (P <0 .0 5 )。结论 PTEN基因在胃癌发展不同阶段表达下调 ,并与其围基因微卫星LOH密切相关 ,微卫星LOH可能是其低表达的分子基础之一 ,PTEN基因表达异常与围基因微卫星LOH在胃癌发生和演进中具有重要意义。

喉鳞状细胞癌中脆性组氨酸三联体基因微卫星的不稳定性和杂合性丢失

目的 探讨脆性组氨酸三联体 (fragilehistidinetriad ,FHIT)基因微卫星不稳定性(microsatelliteinstability ,MSI)和杂合性丢失 (lossofheterozygosity ,LOH)与喉鳞状细胞癌 (简称鳞癌 )发生、发展的关系。方法 采用聚合酶链式反应 简单序列长度多态性 银染技术 ,分析 4 1例喉鳞癌中FHIT基因D3S12 34和D3S130 0位点的MSI及LOH。结果 D3S12 34位点LOH发生率为 4 4 4 % (16 /36 ) ,MSI发生率为 19 4 % (7/ 36 ) ;D3S130 0位点LOH发生率为 36 4 % (12 / 33) ,MSI发生率为 2 4 2 % (8/33)。两个位点总的LOH发生率为 5 2 6 % (2 0 / 38) ,总的MSI发生率为 2 8 9% (11/ 38)。总的LOH发生率与喉鳞癌患者TNM分期、病理分级、淋巴结转移及复发有关 (P <0 0 5 ) ,总MSI发生率与喉鳞癌患者淋巴结转移有关 (P <0 0 5 )。结论 FHIT基因LOH和MSI与喉鳞癌的发生、发展有关 。

肿瘤坏死因子基因微卫星与术后并发严重感染患者的易感性及预后的相关研究

目的 调查肿瘤坏死因子 (TNF)基因微卫星TNFa、TNFb与术后并发严重感染的易感性及预后的相关性。方法 采用改良巢式聚合酶链反应结合聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染色测定 12 2例术后并发严重感染患者和 138名健康献血员 (对照组 )的微卫星TNFa、TNFb的基因型。结果 微卫星TNFa、TNFb分别含有 14种等位基因 (TNFa1 14 )和 5种等位基因 (TNFb1,3 5 ,7)。等位基因TNFa6分布频率在术后并发严重感染患者中显著高于对照组 (分别为 2 0 .1%和 10 .5 % ,P <0 0 5 ) ,等位基因TNFa2分布频率在术后并发严重感染患者中显著低于对照组 (分别为 2 1.3%和 31.5 % ,P <0 .0 5 )。在术后并发严重感染患者中 ,等位基因TNFa10的分布频率在死亡组中显著高于存活组 (分别为 19.5 %和 9.5 % ,P <0 .0 5 )。微卫星TNFb的等位基因分布频率在严重感染组与对照组、严重感染死亡组与存活组间无显著性差异 (P >0 .0 5 )。结论 微卫星TNFa与术后并发严重感染的易感性及预后有关 。

食管癌术后肺部感染血浆TNF基因微卫星多态性及与预后的关系

目的探讨食管癌术后肺部感染患者血浆肿瘤坏死因子(TNF)基因微卫星多态性及其与预后的关系。方法选取2018年1月-2020年9月邢台市人民医院食管癌术后继发肺部感染患者115例为感染组,系统抽样选取同期食管癌根治术未发生感染患者148例为对照组。根据肺部感染患者预后情况分为生存组88例和病死组27例。采用聚合酶链式反应进行DNA扩增,聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染技术进行微卫星分型。结果感染组携带TNF c 1/1基因型的频率为39.13%高于对照组(P<0.05),携带TNF c 1等位基因的频率为63.04%高于对照组(P<0.05);肺部感染患者中病死组携带TNF c 1/1基因型的频率为59.26%高于生存组(P<0.05),携带TNF c 1等位基因的频率为75.93%高于生存组(P<0.05);低蛋白血症、血液高凝状态、携带TNF c 1/1基因型是导致患者预后不良的危险因素(P<0.05)。TNF c 1/1基因型患者住院时间长于TNF c 1/2基因型、TNF c 2/2基因型(P<0.05)。结论TNF基因微卫星多态性与食管癌术后肺部感染及其预后有关,TNF c 1/1基因型可能增加肺部感染易感性,并且导致不良预后。

遗传性肾炎一家系COL4A5基因微卫星遗传标记单倍体图研究

目的 通过分析COL4A5基因附近的12个微卫星遗传标记形成的单倍体图,排 除性定位一个Alport综合征家系的致病相关基因。方法 应用聚合酶链反应(PCR)扩增 COL4A5基因附近的微卫星遗传标记DXS993、DXS991、DXS986、DXS990、DXS1106、DXS8048、 DXS1220、DXS8055、DXS1001、DXS1047、DXS122、DXS8043,绘制单倍体图分析。结果该家族中 来自不同家庭的患者COL4A5基因的微卫星标记单倍体型不同,并在遗传过程中在不同个体的 COL4A5基因附近发生了交换。结论 排除该Alport综合征家系致病基因是通过X染色体连锁 的方式遗传,而可能是常染色体上基因突变致病。

杨树微卫星序列对基因表达频率的影响及表达序列中微卫星特征的分析

微卫星是真核生物基因组中的一类高度重复的序列,一般分布在内含子区和基因间隔区中,但基因编码区也含有一定数量的微卫星。为探讨含有微卫星的基因表达频率是否偏低,对NCBI公共数据库中的421725条杨树EST序列进行了分析,结果发现:其中53524条EST序列中含有微卫星,含微卫星的EST序列比例是12.69%;而杨树基因组注释的45555个基因中,有6953个基因含有微卫星,含微卫星的基因占基因总数的比例为15.26%。对两样本频率进行差异显著性检验,结果显示微卫星在表达序列中的发生频率显著低于在注释基因中的发生频率(p<0.01),这说明含有微卫星的基因总体上表达水平偏低。而对表达序列中微卫星的特征进行分析的结果显示,三碱基重复微卫星含量最丰富。在此,笔者提出了基因组中含有微卫星的基因可能总体表达水平偏低的假说,并利用杨树公共数据库中海量DNA序列对这一假说进行了验证。

小尾寒羊五个微卫星基因座遗传多态性研究

小尾寒羊是我国优良的地方绵羊品种 ,具有极高的繁殖力 ,平均每胎产羔 2 6只。利用与绵羊高繁殖力主效基因FecB 和FecXI 连锁的 5个微卫星标记 (OarAE10 1、BM132 9、BMS2 5 0 8、TGLA5 4和TGLA6 8)对 2 4 4只小尾寒羊母羊进行了遗传检测。用非变性 (中性 )聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物 ,计算了 5个微卫星基因座的等位基因频率、多态信息含量、基因纯合度和杂合度。在小尾寒羊中检测到BM132 9有 6个等位基因 ,片段大小为16 0～ 180bp ,16 4bp等位基因频率最高 (0 6 32 0 ) ;检测到OarAE10 1有 9个等位基因 ,片段大小为 97～ 135bp ,97bp等位基因频率最高 (0 7930 ) ;检测到TGLA5 4有 5个等位基因 ,片段大小为 116～ 136bp ,134bp等位基因频率最高 (0 85 0 0 ) ;检测到TGLA6 8有 2个等位基因 ,片段大小为 98～ 10 0bp ,2个等位基因频率相近 ;检测到BMS2 5 0 8有 6个等位基因 ,片段大小为 93～ 115bp ,99bp等位基因频率最高 (0 4 795 )。BM132 9、OarAE10 1、TGLA5 4、TGLA6 8、BMS2 5 0 8的多态信息含量 /基因纯合度 /杂合度分别为 0 4 4 81/ 0 4 84 0 / 0 5 16 0、0 35 16 / 0 6 375 / 0 36 2 5、0 2 5 2 8/ 0 732 6 / 0 2 6 74、0 3733/0 5 0 34/ 0 4 96 6、0 5 80 9/

广州地区106例汉族人群MICA和MICB微卫星基因座单体型研究

利用聚合酶链反应和荧光(6-FAM)自动化检测技术对广东地区汉族106例无亲缘关系样本进行MICA基因外显子5和MICB基因内含子1微卫星基因座多态性及其单体型分布调查。根据群体资料估算两者间的单体型频率、连锁不平衡参数、相对连锁不平衡参数。结果显示,广州地区汉族人群MICA和MICB微卫星基因座基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡法则,共检出MICA微卫星基因座5个等位基因,MICB微卫星基因座14个等位基因。其中MICA A5基因频率最高(0.2877),A4基因频率最低(0.1321)。MICB CA14等位基因频率最高(0.3255),CA19、CA28等位基因频率最低(0.0047),未检出CA27。21种MICA-MICB单体型频率大于1％(连锁不平衡参数>0),其中单体型A5-CA14(16.73％),A5.1-CA18(8.75％),A4-CA26(3.76％),A9-CA15(3.66％)和A6-CA21(2.61％)为强连锁常见单体型(x^2>3.84,P<0.05)。

奶牛微卫星基因座与产奶性能关系的研究

根据小鼠与牛的遗传比较图谱及相关报道选择了与weaver基因连锁的 7个微卫星基因座 ,并在荷斯坦牛群体中对这些基因座进行群体遗传学特性分析。选择具有中度以上多态性的 4个微卫星基因座 (BM6 4 38、BMS2 32 1、BMS711和TGLA116 )进行产奶性能的相关分析。最小二乘分析结果表明 ,4个微卫星基因座对产奶量影响不显著(P >0 .0 5 ) ,BM6 4 38和BMS711基因座对乳成分影响不显著 (P >0 .0 5 ) ,BMS2 32 1基因座对乳蛋白量和乳蛋白率有极显著的影响 (P <0 .0 1) ,TGLA116对乳蛋白量和乳蛋白率的影响达到 0 .0

圈养猎豹的微卫星基因座遗传变异研究

本研究利用19个微卫星基因座对52只圈养猎豹进行了遗传多样性检测。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，计算了19个微卫星座位的等位基因频率、基因杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。结果显示，19个基因座的等位基因数为2～11个，共检测到131个等位基因。基因杂合度在0．500～0．9040之间，平均为0．7416；多态信息含量在0．3750—0．8958之间，平均为0．6997；有效等位基因数处于2．000～10．4402之间，平均为4．7246。结果表明：所选19个微卫星基因座在研究样本中均为中高度多态性基因座，具有比较明显的遗传变异，显示出群体丰富的遗传多样性。

中国美利奴(新疆军垦型)绵羊9个微卫星基因座多态性研究

利用PCR技术和复合电泳银染技术检测中国美利奴(新疆军垦型)绵羊第1号染色体上BM6506,BM1824,BM6438,ILSTS004和OarDB6等5个基因座和第6号染色体上BM4621,OarHH55,BM143和OarJMP8等4个基因座,共9个基因座的基因频率(Pi)、个体鉴别力(DP)、杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、和非父排除概率(PE)。结果显示:9个微卫星基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡,绵羊中9个微卫星基因座中BM4621基因座的DP、H、PIC和PE都为最高。9个微卫星基因座的累积个体鉴别力(CDP)为0.99999,累积非父排除能力(CPE)为0.99915。结果显示:9个微卫星基因座适用于中国美利奴(新疆军垦型)绵羊的遗传连锁分析、个体识别和亲权鉴定等研究领域。

6个微卫星基因座与西农萨能奶山羊产羔数相关性的研究

选择与羊高繁殖力嚓密关联的微卫星基因座OarAl7,101、BMl329、OarHH55、BMl43、BMS2508和LSCV043，分析其在西农萨能奶山羊群体中的遗传多态性及与西农萨能奶山羊产羔数的关系。结果表明：6个微卫星基因座在西农萨能奶山羊中的有效等位基因数在6．5713～8．9925，多态信息含量在0．8301～0．8781，属于高度多态基因座。6个微卫星基因座对西农萨能奶山羊产羔数的效应分析表明：OarAEl01基因座的109bp等位基因、OarHH55基因座的165和140bp等位基因、BMS2508基因座的140bp等位基因，BMl43基因座的124bp等位基因、BM]329基因座的219bp／185bp基因型以及LSCV043基因座的140bp／120bp基因型，均对西农萨能奶山羊产羔数具有正效应。以上6个微卫星基因座可作为西农萨能奶山羊产羔性状候选基因的遗传标记。

北京荷斯坦母牛7个微卫星基因座遗传多态性研究

利用7个微卫星基因座BM1818、BM1258、BM1443、BM1905、BM302、BM4505和CYP21对240头北京荷斯坦母牛进行遗传检测,用非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物。结果表明BM1818、BM1258、BM1443、BM1905、BM302、BM4505和CYP21的等位基因数/多态信息含量/有效等位基因数/杂合度分别为4/0.3869/1.7693/0.4348、5/0.5923/2.9121/0.6566、8/0.7114/3.9012/0.7437、6/0.5921/2.8244/0.6459、6/0.7122/3.9989/0.7499、6/0.7144/4.0124/0.7508和7/0.6154/2.9805/0.6645。可见BM4505的遗传变异最大,BM1818的遗传变异最小。

云南人群系统性红斑狼疮与TNF微卫星基因座关系的研究

位于MHC内的肿瘤坏死因子 (tomornecrosisfactor,TNF)基因区域有 5个微卫星基因座a、b、c、d和e,本研究调查了中国云南汉族系统性红斑狼疮 (systemiclupuserythematosus,SLE)与这几个微卫星基因座多态性的关系。本文用荧光标记引物和半自动基因扫描方法对云南地区 97例SLE患者及 79例健康对照者的这 5个微卫星基因座进行了基因分型 ,结果发现 ,SLE患者的TNFa1(P =0 0 2 0 6 ) ,c2 (P =0 0 0 0 0 )等位基因频率较正常人显著增高 ,而TNFa2 (P =0 0 16 3) ,c3(P =0 0 0 6 5 ) ,c4(P =0 0 0 12 ) ,d6 (P =0 0 44 8)等位基因频率则是正常对照较SLE患者高。同时我们还发现在这 5个微卫星基因座中 ,与白种人比较中国人出现了尚未发现的新等位基因。

HBV相关肝细胞癌组织中CDC37基因启动子微卫星多态性及其与基因表达的关系

目的：探讨乙型肝炎病毒（ HBV）相关肝细胞癌（ HCC）组织中CDC37基因启动子区微卫星的多态性及其与基因表达的关系。方法22例接受手术治疗的HBV相关HCC患者，分别提取其癌组织和癌旁组织中的基因组DNA，PCR扩增CDC37基因启动子区含微卫星区段序列，并克隆至PMD-18T载体，每份标本至少挑选3个克隆进行测序，然后对HCC组织和癌旁组织、CDC37过表达的HCC组织与相应的癌旁组织、CDC37过表达和无过表达的HCC组织的启动子GT微卫星多态性组成形式进行比较分析。结果本组患者HCC组织和癌旁组织中CDC37基因启动子区存在（GT）n1-GC-（GT）n2多种类型的微卫星形式，位于CDC37启动子区1368～1415位，以（GT）10-GC-（GT）9最为常见。 HCC组织与癌旁组织的CDC37启动子微卫星多态性形式的总体分布相比，P＞0．05；CDC37过表达HCC组织与相应的癌旁组织的微卫星的总体分布相比，P＞0．05；而CDC37过表达和无过表达HCC组织的微卫星的总体分布相比，P＜0．05，其中（GT）10-GC-（GT）9形式在CDC37过表达患者中所占比例高于无过表达患者，两者相比，P＜0．05，（GT）10-GC-（GT）12形式在CDC37无过表达患者中所占比例高于过表达患者，两者相比，P＜0．05。结论 HBV相关HCC患者癌组织中CDC37基因启动子区存在微卫星多态性，CDC37过表达和无过表达HCC组织的微卫星形式有不同。

叶绿体基因组微卫星标记(cpSSR)研究进展

随着测序技术的发展,叶绿体基因组微卫星标记(cpSSRs)的开发和应用越来越普遍。该研究介绍了叶绿体基因组分子标记的特点、用途、开发方法以及已开发的cpSSRs所具有的特点。随着cpSSRs开发成本的降低及研究技术的成熟,新的cpSSRs不断开发,将会有越来越多的叶绿体基因组SSR分子标记应用于群体遗传学、生物地理学和杂交育种的研究。其在野生植物进化过程研究中所具备的潜力在不久的将来将被充分认识和利用。