应用基因微矩阵芯片筛选胰腺癌的相关基因

目的应用基因微矩阵芯片筛选胰腺癌的相关基因。方法按一步法提取胰腺正常组织及胰腺癌组织总RNA,以包含4096个DNA的基因微矩阵芯片对正常胰腺组织及胰腺癌基因表达谱进行分析。结果胰腺癌与正常胰腺组织中表达差别有显著意义的基因共有949条,其中胰腺癌下调基因468条,上调基因381条,按其功能分类共有15类。结论基因微矩阵芯片可有效筛选出胰腺癌的相关基因;胰腺癌的发生发展由多个类型的基因参与调控,而非单一因素所致。

应用基因微矩阵芯片筛选前列腺癌的相关基因

目的 应用基因微矩阵芯片筛选前列腺癌的相关基因。 方法 按一步法提取前列腺癌及正常前列腺组织总RNA ,并纯化mRNA ,以包含 4 0 96个cDNA的基因微矩阵芯片对前列腺癌及正常前列腺基因表达谱进行分析。 结果 前列腺癌及正常前列腺组织中表达差别有显著性意义的基因共 3 4 1条 ,其中前列腺癌下调基因 12 8条 ,上调基因 2 13条 ;表达差别有极显著性意义的基因有15条 ,其中显著下调基因 6条 ,显著上调基因 9条。 结论 基因微矩阵芯片可有效筛查出前列腺癌的相关基因 ;前列腺癌发生发展由多种类型的基因参与调控 。

基因微矩阵技术在骨肉瘤发病相关基因研究中的应用

目的探索骨肉瘤发病相关基因,研究基因表达水平对于骨肉瘤发病的重要意义。方法采用3个公认的骨肉瘤细胞株及1个成骨细胞株,提取总RNA,合成生物素标记的cRNA与AffymetrixGeneChipU133A芯片杂交。随机挑选10个差异表达基因,分别设计合成引物,用嵌合荧光法(SYBRGreenI)实时RTPCR法定量测量9例术中收集的新鲜骨肉瘤标本中各基因的表达水平,应用ABIPrism7000分析其与成骨细胞株之间的表达差异。结果以表达差异≥2.0倍为限,在AffymetrixHGU133A芯片包含的所有基因(约22000个转录本)中,3个骨肉瘤细胞株与成骨细胞株相比较,共同上调58个基因;共同下调142个基因。随机挑选10个差异表达基因的实时RTPCR结果与芯片结果完全相符。结论骨肉瘤是一种多基因病变,应用微矩列有助于发现该肿瘤的基因变化规律以及研究肿瘤内基因与基因的相互作用关系。

应用cDNA微矩阵基因芯片筛选运动性心肌肥大相关基因的初步研究

目的 :应用cDNAchip(cDNA芯片或微矩阵基因芯片 )技术筛选运动性心肌肥大相关基因。方法 :摘取运动组和对照组小鼠心脏 ,按一步法抽提总RNA并纯化mRNA ,将 2 30 4个点包括10 3个阴性及对照基因和 2 2 0 1条小鼠靶基因的PCR扩增产物 ,按微矩阵 (12× 12点× 16亚矩阵 ,点间距离 375 μm)点制于硅烷化玻片上 ,制备成cDNA芯片。将等量抽提纯化的运动组和对照组小鼠心肌组织mRNA ,分别与掺入的荧光分子Cy3和Cy5经逆转录合成cDNA荧光探针 ,混合后再与cD NA芯片杂交 ,通过芯片扫描仪对荧光信号图像进行扫描 ,经计算机分析比较运动组和安静对照组心肌组织中基因表达谱的变化。结果 :在 2 2 0 1条待研究基因中 ,两组小鼠心肌组织间存在差异表达的基因。具有显著表达差异的基因有 71条 ,其中上调基因有 37条 ,下调基因有 34条。结果显示 :cDNA芯片技术筛选运动性心肌肥大相关基因具有高通量、高敏度、高效率、大规模和并行性等优点。

微矩阵基因芯片筛选喉鳞癌相关基因的研究

目的 :应用基因微矩阵方法筛选喉鳞癌相关基因。方法 :按一步法抽提喉鳞癌和对照喉正常组织的总 RNA并纯化m RNA;将 40 96种人类基因 PCR产物用 Cartesian Pixsys75 0 0点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上 ,制成基因芯片 ;将等量的对照组织和喉鳞癌组织 m RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的 c DNA一链做探针 ,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用 Scan Array30 0 0扫描仪扫描芯片荧光信号图像 ,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果 :在 40 96种基因中 ,喉鳞状细胞癌与喉正常组织间存在差异表达的基因。所检测的 4例临床标本中 ,2例共有的差异表达基因2 11～ 35 6条 (5 .15 %～ 8.87% ) ,3例共有的差异表达基因 36条 (0 .88% )。结论 :基因微矩阵芯片在筛选喉肿瘤发生相关基因的改变具有快速、高通量、高敏度等特点。

应用微矩阵表达谱基因芯片筛选食管癌新的相关基因

[目的]应用微矩阵表达谱基因芯片筛选食管癌新的相关基因。[方法]微矩阵表达谱基因芯片(14114种基因)筛选3例食管癌及其对照癌旁组织的差异表达基因,用Northern印迹证实,用末端终止法测序,将测序结果在GenBank数据库进行同源性检索。[结果]检测的3例临床标本中,共有的差异表达基因31条,上调基因10条,下调基因21条,其序列与Genbank数据库比较,从中筛选出2条无明显同源的人类已知基因或片段,即新基因,并列出其序列。[结论]微矩阵表达谱基因芯片可应用于筛选食管癌新的相关基因,其具备高通量、特异性好、快速的特点;食管癌和对照癌旁组织间存在2条新的差异表达基因。

基因芯片对骨肉瘤发病相关基因的筛查

目的:筛查骨肉瘤发病相关的基因,探讨其对于骨肉瘤发病的意义。方法:采用3个骨肉瘤细胞株(MG-63、Saos-2、U-2OS)及1个成骨细胞株(Hfobl.19),提取总RNA,合成生物素标记的cRNA,与Affymetrix^(?)GeneChip^(?)U133A芯片杂交,筛查骨肉瘤细胞差异表达≥2.0倍的基因。挑选其中10个差异表达基因,分别设计合成引物,用嵌合荧光(SYBR^(?) GreenⅠ)实时PCR法定量检测9例新鲜骨肉瘤标本中该10个基因的表达水平,应用ABI Prism 7 000分析其与成骨细胞株之间的表达差异。结果:在芯片包含的所有基因(约22 000个转录本)中,3个骨肉瘤细胞株与成骨细胞株相比较,共同上调58个基因,共同下调142个基因;这些差异表达基因主要包括能量和物质代谢基因、癌基因、信号转导基因、转录相关基因、细胞周期基因、细胞凋亡基因、免疫反应基因、抑癌基因等。在200个差异表达基因中挑选10个差异表达基因,利用实时RT- PCR检测9例骨肉瘤组织标本中该10种基因的表达结果与芯片结果完全相符。结论:骨肉瘤是一种多基因病变,应用基因芯片可以发现该肿瘤发病相关的基因,为深入探讨骨肉瘤的基因机制奠定基础。

基因芯片研究糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达

目的 研究正常与糖尿病肾病大鼠肾脏的基因表达谱 ,大规模分析糖尿病时基因表达水平的变化。方法 ( 1)实验大鼠分为两组 ,一组为正常对照组 ,另一组为糖尿病肾病组 ;( 2 )从肾皮质中抽提mRNA ,经反转录分别用Cy3、Cy5荧光标记 ,获得两组动物来源的cDNA探针 ;( 3 )cDNA探针与Biodoor基因表达谱芯片杂交 ,结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果 ( 1) 8.4 %的基因表达谱发生明显的变化 ,其中 12条基因在糖尿病时表达量明显下降 ,而 3 2 3条基因在糖尿病时表达量明显上升 ;( 2 )已报道基因占了差异表达基因总数的18.8%左右 ,大多数已报道基因在糖尿病时的表达模式与其他作者的报道类似。结论 利用基因芯片技术结合实验动物模型能大规模、高通量地研究糖尿病的基因表达谱 ,初步筛选出疾病相关基因 。

SBC基因芯片研究骨肉瘤发病转移相关基因及其发现

[目的]运用基因芯片技术探索骨肉瘤发病及转移相关基因,研究基因表达水平对于骨肉瘤发生及转移的重要意义。[方法]采用2个公认的骨肉瘤细胞株及1个成骨细胞株,提取总RNA,合成生物素标记的cRNA与SBC基因芯片杂交。随机挑选4个差异表达基因,分别设计合成引物,用嵌合荧光法(SYBR Green Ⅰ)实时RT-PCR法定量测量术中收集的新鲜骨肉瘤标本及两株细胞中各基因的表达水平,应用ABI Prism 7 300分析其与成骨细胞株之间的表达差异。[结果]以表达差异≥2.0或≤0.5倍为限,在SBC芯片包含的所有基因(约15 000个转录本)中,2个骨肉瘤细胞株与成骨细胞株相比较,共同上调189个基因;共同下调84个基因。随机挑选4个差异表达基因的实时RT-PCR结果与芯片结果完全相符。[结论]骨肉瘤是一种多基因病变,应用基因芯片技术有助于发现该肿瘤的基因变化规律。

正常人胆囊组织基因表达谱的研究

目的:建立正常人胆囊组织基因表达目录。方法:采用含17000cDNA克隆的基因微矩阵与2例正常胆囊之cDNA杂交,取基因表达平均值,分析胆囊的基因表达谱。结果:正常胆囊有11047条基因表达,其前10位高表达基因与平滑肌收缩及物质转运有关。在前200位高表达的基因中,离子通道和转运蛋白、蛋白翻译和合成类以及发育相关类基因占多数。在胆囊所有表达的基因中,12、2、21号染色体表达的数目最多。另外,21条胆石病候选基因在胆囊中有表达,其中主要为脂类代谢相关基因。两条胆囊特异性表达基因:NPC1L1、SLC17A2。结论:胆囊高表达的基因可能与胆囊收缩和胆汁浓缩有关,胆囊不仅参与机体的消化功能,还参与调节脂类代谢平衡。

基因表达谱芯片在胰腺癌相关基因筛选中的应用研究

目的 :探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究胰腺癌分子病理学变化中的应用价值。方法 :应用含有 40 96条人类全长基因的 c DNA表达谱芯片 ,对 3例临床切除的胰腺癌及正常胰腺标本的基因表达谱进行分析。 结果 :在 3例胰腺癌和正常胰腺组织中均有差异表达的基因 398条 ,其中新基因 2 89条 ,老基因 10 9条。从老基因中筛选出有显著表达差异基因 37条 ,其中在胰腺癌组织中上调基因 2 0条 ,下调基因 17条。 结论 :运用本基因表达谱芯片对基因表达谱进行分析 ,能够有效筛查出新的胰腺癌相关基因。

基因芯片的制备研究

目的 :建立基因芯片的制备技术。 方法 :基因样本准备 ,将带荧光标记的 PCR产物用点样仪点于玻片介质上 ,并经过点样后处理制备成基因芯片 ,用扫描仪测定处理前后芯片上荧光强度的变化 ,计算 DNA固定率。分别设计了 5种玻片 3种固定条件和 6种点样后处理方法的固定率测定。结果 :对芯片制备的各种条件和方法优化实验表明 ,c DNA的氨基修饰 ,点样后的 UV交联和芯片室温干燥处理能有效提高 DNA的固定率。结论 :本研究建立的基因芯片制备技术有较高的效率和可靠的实用性能。

基因芯片在抗肿瘤血管生成中草药相关基因筛选中的研究

目的 :利用基因芯片技术 ,从基因水平解释抗肿瘤血管生成中草药的有效组分 T3的分子机制。 方法 :( 1)采用两种细胞系 :人胃癌 BGC82 3细胞和血管内皮细胞 ( EC) ,每种细胞分两组 ,一组为对照 ,另一组为 T3药物刺激组 ;( 2 )抽提细胞总RNA ,经反转录制备 c DNA,对照组用 Cy3、药物刺激组用 Cy5荧光标记 ,获得 c DNA探针 ;( 3 ) c DNA探针与 Bio Door基因表达谱芯片杂交 ,结果由扫描仪扫描并用 Im a Gene3 .0软件进行分析统计。 结果 :( 1) BGC82 3细胞组有 2 .5 3 %基因表达谱发生明显的变化 ,其中 15 8条基因在经 T3刺激后表达量明显上升 ,4 4条明显下降 ;( 2 ) EC组有 0 .4 6%的基因表达谱发生明显的变化 ,其中 3 0条基因在经 T3刺激后表达量明显上升 ,7条基因表达量明显下降。结论 :利用基因芯片技术可从基因水平解释中药的作用机制 。

雄黄对急性早幼粒细胞白血病NB_4细胞基因表达谱的影响

目的 研究雄黄作用后白血病细胞基因表达谱的变化 ,寻找雄黄作用的靶基因 .方法 分别在蛋白质合成抑制剂放线菌酮预处理细胞前后 ,以 10 2 4D芯片研究雄黄作用前后急性早幼粒细胞白血病 (APL )细胞株 NB4细胞差异表达的基因 .结果 雄黄 (35 5μg· L- 1 砷 )作用 4h后 ,筛选出差异表达基因 13条 ,其中 2条表达增加 ,11条表达降低 ;放线菌酮抑制试验筛选出差异基因 4条 ,其中 1条表达增加 ,3条表达下调 ,与前次芯片结果上下调趋势一致、程度相似 .结论 细胞信号传递蛋白类基因 U5 190 3和 Z2 2 5 33,DNA结合转录和转录因子相关基因 AF0 36 6 13,代谢类基因 X6 6 435等可能是雄黄作用于 APL

鼻咽癌外周血淋巴细胞基因表达谱的研究

背景与目的:近年来兴起的DNA芯片技术能在一次杂交实验中同时监测数以千计的基因表达,使分析免疫细胞的基因表达模式成为可能。本研究旨在应用这一先进技术检测鼻咽癌患者与健康人外周血淋巴细胞基因表达的差异,以探讨鼻咽癌患者免疫细胞的基因表达特点。方法:应用含2000点cDNA的BioDoor10s/D芯片研究基因表达的差异。提取鼻咽癌患者淋巴细胞和健康人淋巴细胞的mRNA,分别用标有不同荧光素的dUTP反转录制备cDNA探针,将探针与芯片杂交后扫描荧光强度,从而筛选出差异性表达的基因。结果:发现鼻咽癌患者淋巴细胞有62个基因呈现差异表达。差异性表达主要涉及编码信号传递蛋白的基因,表达上调的5个基因中有3个基因与编码信号传导的蛋白相关。其余57个基因呈现表达下调,在cy5/cy3值为0.3左右的9个下调基因中,编码信号传导蛋白的相关基因占了5个。结论:与健康人相比,鼻咽癌患者的外周血淋巴细胞基因表达呈下调趋势。淋巴细胞信号传导功能异常和基因表达下调可能是鼻咽癌免疫功能有别于健康人的原因之一。

基因芯片对PMA激活的血管内皮细胞早期反应基因的研究

目的 :用基因芯片研究 PMA激活的血管内皮细胞的早期反应基因 (imm ediate early response gene,ERG)。方法 :以包含 40 96条人类基因的 DNA芯片检测血管内皮细胞受代谢增强剂 PMA(phorbol myristate acetate)激活后早期的基因表达谱 ,并从中筛查出 ERG。结果 :血管内皮细胞受 PMA作用 6 h后 ,17条基因上调 ,11条下调。数据处理聚类分析表明 17条上调基因中多数 (13/ 17)属蛋白质磷酸酶和转录调控因子基因 ,而下调基因中多数 (9/ 11)为细胞分裂相关基因。结论 :证明PMA激活的人血管内皮细胞早期反应基因主要是转录调控因子和蛋白质磷酸酶基因。

肿瘤转移相关基因的表达谱研究(英文)

目的 :运用基因表达谱芯片技术对肿瘤转移相关基因的表达谱进行研究。方法 :对临床切除的肝癌和胰腺癌组织及相应的对照正常组织进行总 RNA抽提 ,纯化后的 m RNA进行逆转录制备杂交探针 ,应用 Bio Door40 96和 Bio Door12 80 0的全长基因 DNA芯片筛选与肝癌和胰腺癌转移相关的基因。杂交后的信号用 Scan Array30 0 0扫描 ,结果用 Ima Gene3.0软件分析。结果 :对肝癌和胰腺癌基因表达谱进行分析 ,发现两种肿瘤中存在相同的差异表达基因 ,其中有 15条基因与肝癌、胰腺癌转移密切相关。 结论 :通过对肝癌、胰腺癌的肿瘤表达谱芯片研究 ,尤其是与转移相关基因的分析 ,对了解肿瘤的发病机制和转移发生情况及其肿瘤的预后有重要意义。

ARP-SRP基因表达谱芯片对脑损伤的初步研究

目的研究脑挫伤后ARP-SRP基因表达谱差异及其法医学意义。方法从脑组织提取mRNA,应用ARP-SRP-1.0S基因芯片,研究脑挫伤组织与对照脑组织细胞凋亡蛋白和应激反应蛋白相关基因特异性表达差异。结果基因芯片杂交结果中,发现人类溶酶体的胃蛋白酶抑制剂不敏感蛋白酶基因(CLN2)表达水平显著下降。结论CLN2基因与一种婴儿致死性神经变性疾病LINCL有关,但CLN2基因在脑损伤中的作用尚有待进一步研究;基因芯片在研究脑损伤后相关基因的改变具有快速、高通量、高敏度等特点。

基因表达谱芯片筛选成釉细胞瘤相关基因的研究

目的 :研究成釉细胞瘤和正常口腔粘膜组织中差异表达的基因。方法 :分别从成釉细胞瘤及正常口腔粘膜组织中提取总RNA并纯化为mRNA ,两种不同组织的mRNA分别逆转录合成有荧光分子标记的探针 ,然后与含有 70 0种人类基因的芯片进行杂交 ,杂交信号用ScanArray30 0 0扫描 ,结果用ImgGene3.0软件分析。 结果 :成釉细胞瘤和正常口腔粘膜有差异表达的基因 32个 ,其中表达上调基因 5个、下调 2 7个。结论

应用基因芯片分析妇科恶性肿瘤的基因表达

目的 应用基因微矩阵芯片研究妇科恶性肿瘤相关基因表达。方法 分别提取癌组织和正常对照组织mR NA ,经反转录分别用Cy3-dCTP和Cy5 -dCTP荧光标记cDNA ,获得两组探针 ,混合后与基因芯片H4 0s(基因点数为 4 0 96点 )杂交 ,经严格洗片后用GenePix4 0 0 0B扫描仪进行扫描 ,获得荧光信号图像 ,用图像处理软件 :GenePixPro3.0对图像进行处理 ,获得两种组织中差异表达的基因信息。结果 在 4种癌组织中同时出现表达差异的基因有 35条 ,占 0 .85 %。其中 4种癌组织中都下调表达的基因 6条 ,没有均上调表达的基因 ,在前 3种癌组织中都上调表达而在乳腺癌中却下调表达的基因12条 ,在前 3种癌组织中都下调表达而在乳腺癌中却上调表达的基因 12条 ,其它 5条。结论 1 肿瘤的发生过程比我们已了解的要复杂的多 ,它是多种基因表达失衡的结果。每种肿瘤的每个患病个体其肿瘤的发生和发展都具有自己一系列独特的基因表达谱 ,即使是同一肿瘤的不同个体之间 ,基因表达谱可能差异也很大。 2 子宫颈癌、乳腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌这四种癌组织中具有相同表达行为的基因只有 6个 ,它们是 :AB0 2 3136 (编码人类蛋白KIAA0 919)、AF0 80 15 8(丝氨酸、苏氨酸K激酶基因 )、S795 2 2 (蛋白质合成延长因子EF - 1基因 )。