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基因捕获技术及其最新进展(英文) 被引量:3
1
作者 李元元 张靖溥 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第3期189-198,共10页
基因捕获技术是目前最具应用前景的基因克隆方法之一。利用该技术建立的随机插入突变的突变体文库,可用于寻找、鉴定和研究大量未知功能和已知功能的活化基因,它是继自然突变、物理突变和化学突变之后发展起来的新的分子生物学方法。基... 基因捕获技术是目前最具应用前景的基因克隆方法之一。利用该技术建立的随机插入突变的突变体文库,可用于寻找、鉴定和研究大量未知功能和已知功能的活化基因,它是继自然突变、物理突变和化学突变之后发展起来的新的分子生物学方法。基因捕获载体是带有报告基因和/或选择标记基因的不完整的基因表达载体;这些载体所带的基因只有在整合到宿主功能基因内部且与融合的宿主基因编码框一致时才能得以表达。经典的基因捕获载体有:增强子捕获载体、基因捕获载体和启动子捕获载体。增强子载体只有一个最小化的启动子控制下游报告基因的表达活性。只有当启动子上游存在一个增强子时才能启动其下游基因的转录;而单独依靠这个启动子则不能转录。狭义的基因捕获载体是指插入到结构基因内部从而捕获该基因的载体,分为内含子捕获载体和外显子捕获载体。前者插入内含子,因此需要在无启动子的报告基因前面添加一个splice acceptor(SA)位点;后者插入外显子,因此不需SA位点就能产生融合蛋白mRNA。启动子捕获载体由一个无启动子的报告基因和选择标记基因组成,只有在捕获载体插入到内源基因的外显子中,且两阅读框一致的时候才会有报告基因和被捕获的内源基因上游编码区的融合蛋白的表达。利用某些遗传元件的遗传特性也可以构建非常有用的捕获载体。常用的有:逆转录病毒介导的捕获载体和转座子介导的捕获载体等等。该文较为全面地概括了转座子介导的捕获载体的用途和研究现状。比如:在拟南芥中应用Ac/Ds转座子元件,在果蝇中应用P-element和piggyBac转座元件,在斑马鱼中应用Tol2转座子元件,在脊椎动物研究中应用Tcl/meriner转座子超家族,以及在哺乳动物和小鼠ES细胞中应用piggyBac 转座子元件。还列举了设计新颖的载体优化策略,比如:发展新的选择标记基因,利用内源核糖体识别/结合位点(IRES), 去掉起始密码子和加一小段接头(linker)等方法。最后介绍了几种针对特定实验目的而设计的捕获载体。附录部分还列出了关于基因捕获技术的网络资源。 展开更多
关键词 基因克隆 功能研究 基因捕获技术 捕获载体 逆转录病毒 转座子
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FOX基因捕获技术在植物中的研究进展与应用 被引量:1
2
作者 刘亚运 吴金霞 路铁刚 《生物技术进展》 2013年第5期324-327,共4页
利用功能获得突变技术已在模式植物拟南芥与水稻中获得了大量的突变群体,通过对这些突变群体进行研究分析,极大促进了拟南芥与水稻基因功能的研究。其中FOX基因捕获技术是利用单一或者有限数量的全长cDNA使植物基因异位表达,从而系统地... 利用功能获得突变技术已在模式植物拟南芥与水稻中获得了大量的突变群体,通过对这些突变群体进行研究分析,极大促进了拟南芥与水稻基因功能的研究。其中FOX基因捕获技术是利用单一或者有限数量的全长cDNA使植物基因异位表达,从而系统地获得功能获得型突变体。FOX技术不但在拟南芥、水稻等模式植物中的应用日趋成熟,同时在其他植物物种内的研究也已取得极大的进展。 展开更多
关键词 功能获得突变 FOX基因捕获技术 研究进展
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基因捕获技术在肝癌侵袭和迁移相关基因筛选中的应用
3
作者 熊冬梅 朱士胜 汤华 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期42-46,共5页
目的:用基因捕获技术在肝癌细胞SMMC7721细胞中寻找与肝癌侵袭和迁移相关的基因。方法:首先,将p U21质粒转染到肝癌细胞SMMC7721细胞,用G418筛选出单克隆稳定细胞系;其次,采用Transwell小室实验和划痕实验,检测这些单克隆细胞侵袭和迁... 目的:用基因捕获技术在肝癌细胞SMMC7721细胞中寻找与肝癌侵袭和迁移相关的基因。方法:首先,将p U21质粒转染到肝癌细胞SMMC7721细胞,用G418筛选出单克隆稳定细胞系;其次,采用Transwell小室实验和划痕实验,检测这些单克隆细胞侵袭和迁移能力的变化;最后,用5’-Full RACE实验、T克隆及基因测序检测这些细胞系中被p U21质粒捕获的基因。结果:成功获得了约300株稳定转染p U21质粒的单克隆细胞系,得到了约30株侵袭和迁移能力增强的细胞株和约40株侵袭和迁移能力减弱的细胞株。通过5’-Full RACE实验、T克隆及基因测序检测,证明了在A554细胞系中,被p U21质粒捕获的基因是long inter-genic non-protein coding RNA 52(LINC00052)。结论:应用基因捕获技术筛选肝癌侵袭和迁移相关基因是可行的。 展开更多
关键词 基因捕获技术 肝癌 侵袭和迁移 LINC00052
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应用高通量基因捕获技术寻找非综合征型耳聋新的热点突变 被引量:5
4
作者 周永安 曾红艳 +9 位作者 栗向韶 杨慧芳 郭伟 郝子琪 李鹏丽 李娇 赵晓丽 王湘 夏丽 麻思琪 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期758-761,共4页
目的探索常见耳聋致病基因新的热点突变,并评估高通量基因捕获技术在非综合征型耳聋基因诊断中的应用价值。方法应用高通量基因捕获技术对耳聋致病基因GJB2、GJB3、SLC26A4、线粒体12SrRNA的20个常见致病位点未发现突变的18例具有明确... 目的探索常见耳聋致病基因新的热点突变,并评估高通量基因捕获技术在非综合征型耳聋基因诊断中的应用价值。方法应用高通量基因捕获技术对耳聋致病基因GJB2、GJB3、SLC26A4、线粒体12SrRNA的20个常见致病位点未发现突变的18例具有明确家族史的耳聋患者(分别来自不同的家系)进行检测,并采用Sanger法对疑似突变进行验证。结果高通量测序在18例患者中共检测到8个耳聋相关基因的15种突变,其中包括14种错义突变以及1种剪切突变,其中3种错义突变(P.C2184G、P.L2825P、P.H1888Y)既往未见报道。新突变的致病性尚需进一步的验证。P.L445W、P.D866N、IVS919-2A>G为热点致病突变。结论高通量基因捕获技术准确检测出P.L445W、P.D866N、IVS919-2A>G为新的致病热点突变,对耳聋诊断及病因筛查具有重要的临床价值。 展开更多
关键词 耳聋 基因诊断 高通量基因捕获技术 测序
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利用目标基因捕获结合二代测序技术发现左心室心肌致密化不全MYBPC3基因错义突变 被引量:6
5
作者 李然 郭俊 +4 位作者 丁文虹 焦萌 李小燕 王绿娅 杜杰 《心肺血管病杂志》 2016年第1期20-24,共5页
目的:建立目标基因捕获结合第二代测序技术,对孤立性左心室心肌致密化不全(IVNC)患者的已知致病基因MYBPC3进行突变筛查。方法:收集5例IVNC患者及一级亲属的超声影像学资料,并提取外周血全基因组DNA,设计MYBPC3外显子区域特异性捕获探针... 目的:建立目标基因捕获结合第二代测序技术,对孤立性左心室心肌致密化不全(IVNC)患者的已知致病基因MYBPC3进行突变筛查。方法:收集5例IVNC患者及一级亲属的超声影像学资料,并提取外周血全基因组DNA,设计MYBPC3外显子区域特异性捕获探针,与基因组DNA文库进行杂交,富集目标基因组区域DNA片段,利用二代测序技术,确定突变位点,并使用Sanger测序法在其一代亲属中验证。结果:目标基因特异性捕获探针可有效地捕捉并富集基因组DNA目标靶片段。在5例IVNC患者中,发现1例MYBPC3基因杂合非同义突变c.G1000A(p.E334K),该突变位于MYBPC3基因第13外显子中,测序深度249.65。经过数据分析与Sanger测序验证后,父亲发现此突变位点,母亲未发现提示突变的父亲的遗传。结论:本研究所建立的Gen Cap目标基因捕获测序技术结合二代测序技术成功发现了MYBPC3基因突变。 展开更多
关键词 孤立性左心室心肌致密化不全 MYBPC3基因 目标基因捕获技术 二代测序技术
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应用高通量基因捕获技术筛查Joubert综合征新突变
6
作者 李亚娟 孟繁杰 +2 位作者 罗丽双 于月新 郝冬梅 《中国优生与遗传杂志》 2019年第4期401-402,382,共3页
目的诊断Joubert综合征致病基因。方法应用高通量基因捕获技术对曾怀过Joubert综合征胎儿的夫妻进行基因筛查,并采用荧光定量PCR和Sanger测序法对疑似突变进行验证。从生物学意义、遗传学意义及临床特征吻合度三方面预测新突变的致病性... 目的诊断Joubert综合征致病基因。方法应用高通量基因捕获技术对曾怀过Joubert综合征胎儿的夫妻进行基因筛查,并采用荧光定量PCR和Sanger测序法对疑似突变进行验证。从生物学意义、遗传学意义及临床特征吻合度三方面预测新突变的致病性。结果夫妻均为表型正常的Joubert综合征6型AHI1致病基因携带者。妻子为AHI1基因(NM-017651.4)Ex5-6del杂合突变,丈夫为AHI1基因c.1799-1802delAACA杂合突变。AHI1基因是已知的Joubert综合征致病基因,与临床症状相符。这两种突变既往未见数据库及文献收录,按照ACMG解读规则属于致病性突变。结论 AHI1基因(NM-017651.4)是该家系的致病基因,Ex5-6del和c.1799-1802delAACA是AHI1基因新的致病突变,对Joubert综合征诊断及病因筛查具有重要的临床价值。 展开更多
关键词 JOUBERT综合征 高通量基因捕获技术 AHI1基因
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SNP微阵列和基因捕获测序联合在智力障碍或精神发育迟缓儿童中的应用价值 被引量:2
7
作者 季芳 《中国医疗设备》 2022年第5期136-140,156,共6页
目的研究单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)微阵列和新一代基因捕获测序技术的联合应用对智力障碍或精神发育迟缓儿童的诊断价值。方法通过资料分析法选取2018年9月至2020年3月在南京医科大学附属儿童医院康复门诊接... 目的研究单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)微阵列和新一代基因捕获测序技术的联合应用对智力障碍或精神发育迟缓儿童的诊断价值。方法通过资料分析法选取2018年9月至2020年3月在南京医科大学附属儿童医院康复门诊接受治疗的智力障碍或精神发育迟缓儿童19名,年龄在6个月至14岁,男童11人和女童8人。分别采用发育诊断量表和韦氏儿童智力量表中国修订本(WISC-RC)对其进行智力评定,发育商低于49分或智商低于51分者纳入本次研究,进行全基因组拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)及致病基因变异分析,对检测的CNV采用定量PCR法进行先证者及父母验证,对明确或疑似致病性基因变异采用双脱氧法测序进行验证和家庭基因谱核查。结果研究表明19名入选者中有16名患儿的SNP微阵列分析结果为阴性,其中6例确认患有单一遗传疾病、7例阴性、3例存在可疑的基因病变(表现在11q24.1q25、21q22.2q22.3、12q22.1q23区域,其是诱发智力障碍和精神发育迟缓的主要病因)。结论SNP微阵列和新一代基因捕获测序技术的联合应用可显著提高不明原因的智力障碍或精神发育迟缓儿童的分子遗传病因诊断概率,通过寻根朔源方式也可为后续诊治方向提供可靠依据,具有重要的临床意义。 展开更多
关键词 SNP微阵列技术 DNA拷贝数异常 二代测序芯片 基因捕获测序技术 智力障碍 精神发育迟缓
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210例高危型人乳头瘤病毒感染检测及宫颈病变影响因素的探讨 被引量:18
8
作者 邹冰玉 浦海鹰 +1 位作者 李丹 谢兰 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期938-940,共3页
目的:探讨高危型人乳头瘤病毒(HPV)检测及影响其感染妇女宫颈病变程度的因素。方法:选择我院2011年7~10月行第二代基因杂交捕获技术(HC2)检测高危型HPVDNA阳性的210例患者临床资料进行分析。210例患者同时期行TCT检查及阴道镜病... 目的:探讨高危型人乳头瘤病毒(HPV)检测及影响其感染妇女宫颈病变程度的因素。方法:选择我院2011年7~10月行第二代基因杂交捕获技术(HC2)检测高危型HPVDNA阳性的210例患者临床资料进行分析。210例患者同时期行TCT检查及阴道镜病理活检。将210例患者的年龄和病毒负荷(RLU/CO比值)作为自变量,宫颈病变程度作为应变量,采用多元线性回归分析,了解高危型HPV感染患者的年龄和病毒负荷与宫颈病变的严重程度是否有相关性。结果:@210例HC2阳性妇女中,随着宫颈病变程度的加重,TCT的阳性率明显升高,CIN组(71.05%)和宫颈癌组(60.00%)显著高于宫颈炎组(13.33%)和尖锐湿疣组(28.21%),差异有统计学意义(P〈0.05)。但TCT的假阴性率也较高。@210例高危型HPV感染患者的年龄和病毒负荷与宫颈病变的严重程度有显著相关性(P〈0.05),病毒负荷越高、年龄越大,发生严重宫颈病变的风险越高。结论:高危型HPV感染患者的年龄及病毒负荷与宫颈病变的风险密切相关。对于HC2阳性的患者,即使TCT结果阴性,也可考虑行阴道镜检查。 展开更多
关键词 宫颈疾病 第二代基因杂交捕获技术 人乳头瘤病毒
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高危型HPV DNA检测与细胞学检查用于宫颈疾病诊疗筛查的结果分析 被引量:33
9
作者 徐萍 方筠 应春妹 《检验医学》 CAS 2016年第6期516-520,共5页
目的分析高危型人乳头瘤病毒(HPV)DNA检测及宫颈细胞学检查[薄层液基细胞学检测(TCT)或液基细胞学检测(LCT)]在宫颈疾病诊断中的价值,为宫颈疾病筛查的合理应用提供依据。方法收集进行宫颈疾病诊治筛查结果出现阳性的553例患者,分析其... 目的分析高危型人乳头瘤病毒(HPV)DNA检测及宫颈细胞学检查[薄层液基细胞学检测(TCT)或液基细胞学检测(LCT)]在宫颈疾病诊断中的价值,为宫颈疾病筛查的合理应用提供依据。方法收集进行宫颈疾病诊治筛查结果出现阳性的553例患者,分析其高危型HPV DNA、宫颈TCT或LCT及组织病理结果,并以组织病理结果为标准分析比较。结果高危型HPV DNA检测与宫颈病变相关,用于宫颈癌及癌前病变筛查,其方法敏感性高(94.34%),特异性低(11.06%)。TCT或LCT用于宫颈癌及癌前病变筛查,方法敏感性为62.58%,特异性为72.34%。2种方法敏感性、特异性差异均有统计学意义(P<0.05)。高危型HPV DNA检测病毒载量分析显示,良性及炎症改变或疣性改变病毒载量较低,与鳞状上皮病变病毒载量相比,差异有统计学意义(P<0.05),其他病理类型间病毒载量比较,差异无统计学意义(P>0.05)。本研究中25岁以下病例,高危型HPV DNA阳性者组织病理没有低级别宫颈鳞状上皮病变(LSIL)以上病例。结论采用高危型HPV DNA检测进行宫颈疾病筛查,其敏感性高,能够减少腺癌的漏诊。25岁以下者可不进行HPV筛查。应用高危HPV DNA检测进行宫颈疾病诊断应结合TCT或LCT结果及临床分析,对检测阳性者应采用病毒分型技术进一步分流。 展开更多
关键词 高危型人乳头瘤病毒 宫颈癌 第2代基因杂交捕获技术
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2种方法学检测对女性宫颈病变诊断的临床价值 被引量:12
10
作者 赵连爽 朱戈 +4 位作者 陈静静 程仕彤 陈昕 代娣 郭晓临 《检验医学与临床》 CAS 2016年第3期358-359,362,共3页
目的研究沈阳地区女性宫颈感染高危型人乳头瘤病毒(hrHPV)状况及年龄分布情况,以及与宫颈活检病理诊断的相关性。方法该院491例18-75岁女性行第2代基因杂交捕获技术(hc2HPV DNA)和薄层液基细胞学检查(TCT)2种方法的联合检测,并对... 目的研究沈阳地区女性宫颈感染高危型人乳头瘤病毒(hrHPV)状况及年龄分布情况,以及与宫颈活检病理诊断的相关性。方法该院491例18-75岁女性行第2代基因杂交捕获技术(hc2HPV DNA)和薄层液基细胞学检查(TCT)2种方法的联合检测,并对有必要进行电子阴道镜检查的患者进行病理活检,且以病理诊断为宫颈病变诊断的金标准。结果 491例女性hrHPV DNA检测阳性率为48.9%,TCT阳性率为61.9%,两者比较差异有统计学意义(P〈0.01)。TCT异常女性中,浸润性宫颈癌(ICC)组中位年龄(55.6岁)与不典型鳞状上皮细胞(ASC)/未明确诊断意义的不典型鳞状上皮细胞(ASCUS)、低度鳞状上皮细胞内瘤变(LSIL)、高度鳞状上皮细胞内瘤变(HSIL)组中位年龄(43.0、38.6、44.2岁)差异有统计学意义(P〈0.05),提示该地区ICC的高发年龄为(55.6±12.3)岁。宫颈病变中,〉39-49岁组(33.6%)与≤29岁组(13.8%)、〉49岁组(25.6%)患病率比较,差异有统计学意义(P〈0.05),与〉29-39组(27.0%)比较差异无统计学意义(P〉0.05)。宫颈活检病理异常者有70.1%感染hrHPV,其中慢性宫颈炎、宫颈上皮内瘤样变(CIN)Ⅰ、CINⅡ、CINⅢ、ICC患者的hrHPV感染率随着宫颈病变程度的加重而增加,分别为53.0%、77.8%、90.0%、97.6%、100.0%;hrHPV DNA病毒相对荧光值检测(RLU/CO)中位数分别为1.89、10.01、23.81、77.93、216.76,其中CINⅡ、CINⅢ、ICC组的hrHPV病毒相对荧光值与慢性炎性组的病毒相对荧光值比较,差异有统计学意义(均P〈0.05),与CINⅠ组比较差异无统计学意义(P〈0.05)。结论 hc2HPV DNA与TCT检测并结合宫颈病理学是筛查宫颈癌及癌前病变的必要手段,具有重要的临床意义。 展开更多
关键词 高危型人乳头瘤病毒 薄层液基细胞学 宫颈细胞学 第2代基因杂交捕获技术 宫颈活检
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62例妇女高危型HPVDNA检测临界值结果的分析 被引量:3
11
作者 刘润冰 安宏亮 苏荣 《海南医学》 CAS 2006年第8期142-143,共2页
目的分析运用分子杂交信号放大法检测高危型人乳头瘤病毒(HPV)DNA临界值结果的形成原因,探讨对临界值结果的合理处理方法。方法运用美国Digene公司的第二代基因杂交捕获信号放大技术(HybridCapture,HCII),检查妇女宫颈标本中的高危型HP... 目的分析运用分子杂交信号放大法检测高危型人乳头瘤病毒(HPV)DNA临界值结果的形成原因,探讨对临界值结果的合理处理方法。方法运用美国Digene公司的第二代基因杂交捕获信号放大技术(HybridCapture,HCII),检查妇女宫颈标本中的高危型HPV病毒的DNA含量。结果62例临界值结果来源于65次日常检查工作中的1676例标本,临界值结果产生的比例为3.70%(62/1676)。62例临界值标本的重复检测中,阳性结果14例(22.58%),阴性结果48例(77.42%)。临界值结果的形成原因主要在以下三个方面:交叉杂交、检测的灵敏度、实验的操作质量。结论对HCII法检测的宫颈标本的高危型HPVDNA的临界值结果,做好每次实验的质量控制前提下,进行重复检测,不能简单报告为阳性或阴性。 展开更多
关键词 基因杂交捕获信号放大技术 临界值 高危型 人乳头瘤病毒感染
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P21蛋白在不同级别宫颈组织中的表达及其与高危HPV感染相关性的研究 被引量:6
12
作者 李春晓 李伟 +5 位作者 王薇 韩凌斐 王娟 卢运萍 王世宣 马丁 《中国组织化学与细胞化学杂志》 CAS CSCD 2009年第1期44-48,共5页
目的通过检测宫颈组织中p21waf基因表达与高危HPV感染的情况,研究P21蛋白与高危HPV感染在宫颈组织恶性转化过程中的作用及其相互关系。方法应用免疫组化检测P21蛋白及基因杂交捕获Ⅱ代技术(HC-Ⅱ)检测高危HPV在正常宫颈组、宫颈炎、宫... 目的通过检测宫颈组织中p21waf基因表达与高危HPV感染的情况,研究P21蛋白与高危HPV感染在宫颈组织恶性转化过程中的作用及其相互关系。方法应用免疫组化检测P21蛋白及基因杂交捕获Ⅱ代技术(HC-Ⅱ)检测高危HPV在正常宫颈组、宫颈炎、宫颈上皮内瘤样病变(CIN)及宫颈癌组这4组中的表达情况。结果在正常宫颈组、宫颈炎、宫颈上皮内瘤样病变(CIN)、及宫颈癌组中P21的阳性表达率分别为11.8%、15.4%、39.1%和57.7%;高危HPV的阳性表达率分别为20%、23.5%、65.2%和88.5%,这两项指标在CIN、宫颈癌组有明显的升高趋势且与正常宫颈和宫颈炎两组相比差异具有显著性统计学意义(P<0.05);各级别宫颈组织中高危HPV阳性组的P21蛋白阳性率明显高于阴性组的P21蛋白阳性率。差异在统计学上具有显著性意义(P<0.05)。结论P21蛋白的表达和高危HPV感染与宫颈病变的恶化均有高度的相关性,其检出率和阳性表达率随着宫颈病变恶性程度的增加而升高。在CIN向宫颈癌恶性转化过程中,P21与高危HPV共同促进肿瘤的发生。 展开更多
关键词 P21蛋白 高危HPV 宫颈癌 宫颈上皮内瘤变 细胞周期依赖性蛋白激酶抑制因子 基因杂交捕获Ⅱ代技术
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762例妇女宫颈高危型HPV感染与宫颈病变的相关性研究 被引量:29
13
作者 谢建渝 余娟 董国强 《检验医学与临床》 CAS 2012年第20期2533-2535,共3页
目的研究妇女宫颈高危型人乳头瘤病毒(hrHPV)感染现状及宫颈病变的感染率,并分析762例妇女年龄与HPV感染及宫颈病变的相关性。方法对762例18~65岁妇女行第2代基因杂交捕获技术(HC2-HPV-DNA)和超薄液基细胞学检测技术(TCT)两种方法联合... 目的研究妇女宫颈高危型人乳头瘤病毒(hrHPV)感染现状及宫颈病变的感染率,并分析762例妇女年龄与HPV感染及宫颈病变的相关性。方法对762例18~65岁妇女行第2代基因杂交捕获技术(HC2-HPV-DNA)和超薄液基细胞学检测技术(TCT)两种方法联合检测及电子阴道镜下病理活检,并以病理结果为诊断宫颈病变的金标准。结果 762例妇女hrHPV检测阳性率为35.96%(274/762);病理组织学诊断出宫颈癌及癌前病变(CIN)85例;HPV阳性患者的宫颈癌及癌前病变为79例,敏感性为92.94%(79/85)。hrHPV感染情况在不同年龄段分布差异有统计学意义,hrHPV病毒载量及阳性表达率越高宫颈病变的程度越高。结论 HC2-HPV-DNA检测是目前宫颈癌及癌前病变筛查的最好方法;不同年龄段hrHPV感染情况不同;HC2-HPV-DNA检测hrHPV病毒载量及阳性表达率与CIN以及宫颈癌发生有关,但与宫颈病变的严重程度无关。 展开更多
关键词 宫颈病变 高危型人乳头瘤病毒感染 第2代基因杂交捕获技术 超薄液基细胞学检测技术 高危型人乳头瘤病毒
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福尔马林固定匙吻鲟样本线粒体基因组的测定
14
作者 李景艳 旷婷 李晨虹 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期659-667,共9页
在鱼类分子系统学的研究中,常常会碰到样本难以采集而博物馆中保存的大量标本又因经过福尔马林处理而无法利用的难题,比如:鲟形目鱼类。为了研究鲟鱼的系统分类,获取福尔马林固定标本的线粒体基因组,我们将匙吻鲟(Polyodon spathula)样... 在鱼类分子系统学的研究中,常常会碰到样本难以采集而博物馆中保存的大量标本又因经过福尔马林处理而无法利用的难题,比如:鲟形目鱼类。为了研究鲟鱼的系统分类,获取福尔马林固定标本的线粒体基因组,我们将匙吻鲟(Polyodon spathula)样本用福尔马林进行不同时间的固定(1 h、1 d、3 d、10 d、30 d和150d),采用提取古DNA的方法获得样本的DNA,以新鲜匙吻鲟线粒体基因组设计诱饵(Baits),通过靶基因富集"钓取"固定样本中的线粒体基因组序列,进行Illumina测序,获得线粒体基因组序列。结果表明处理1 h、1 d、10 d、30 d、150 d的匙吻鲟样本测得的线粒体基因组序列长度均为16 524 bp,覆盖率为100%,目标序列占总数据的比率均大于45%,错误率均为0。另外,采用Q-ratio方法检测固定时间对DNA片段化的影响:前端引物保持不变,设计4种右端引物分别进行PCR扩增,目标片段长度分别为41、129、305和650 bp。结果前3组引物在各样本DNA中均扩增成功,650 bp片段引物仅在固定1 h的样本DNA中扩增成功;固定时间越长,各组引物所得到的Q-ratio值(不同长度扩增片段和41 bp扩增片段的比值)越低,DNA片段化程度越大。此研究结果可为提取福尔马林固定标本DNA用于分子遗传学研究提供参考。 展开更多
关键词 匙吻鲟 福尔马林固定样本 线粒体基因 基因捕获技术 二代测序技术 分子系统学
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高危型人乳头瘤病毒DNA载量与子宫颈病变程度的关系 被引量:4
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作者 张劲丰 苏荣 +1 位作者 安宏亮 吴英 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期873-874,共2页
目前已知与人类致病相关的人乳头瘤病毒(HPV)亚型有100多种,与生殖道感染和子宫颈癌有关。HPV病毒分为高危型(HR)和低危型。高危型HPV病毒的持续感染是导致宫颈癌及癌前病变——子宫颈上皮内瘤样病(CIN)的首要致病因素。
关键词 人乳头瘤病毒 子宫颈上皮内瘤样变 基因杂交捕获信号放大技术
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