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濒危植物核心种质取样比率的蒙特卡罗模拟研究
被引量:
5
1
作者
李正宏
邱英雄
+2 位作者
徐海明
叶倩
傅承新
《浙江大学学报(农业与生命科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第4期455-459,共5页
针对濒危植物明党参ISSR数据以及八角莲和夏蜡梅的等位酶数据,以多态位点数(A)、多态位点百分数(PPB)、居群内基因多样度(Hs)、群体总的基因多样度(Ht)、基因分化系数(Gst)以及捕获的基因位点数为主要遗传多样性指标,利用蒙特卡罗模拟...
针对濒危植物明党参ISSR数据以及八角莲和夏蜡梅的等位酶数据,以多态位点数(A)、多态位点百分数(PPB)、居群内基因多样度(Hs)、群体总的基因多样度(Ht)、基因分化系数(Gst)以及捕获的基因位点数为主要遗传多样性指标,利用蒙特卡罗模拟抽样法在各抽样比例下重复抽样1000次,并构建了3个植物群体的基因捕获曲线与基因增量曲线.通过两种曲线的比较分析确定这3种濒危植物的最佳取样比例皆为25%,但这并不意味着其他植物的最佳抽样比也为25%.此时明党参的多态位点数为163,多态位点百分数为40.85%,基因多样度为0.2744;八角莲的多态位点数为12,多态位点百分数为32.43%,基因杂合度为0.1943;夏蜡梅的多态位点数为10,多态位点百分数为25%,基因杂合度为0.0638,其各项遗传多样性指标与保护总群体95%遗传信息的样本非常相近.这说明通过蒙特卡罗模拟抽样与基因捕获及增量曲线综合分析确定核心种质的最佳抽样比例客观合理、切实可行.
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关键词
蒙特卡罗模拟
取样策略
遗传多样性
基因捕获曲线
基因
增量
曲线
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职称材料
题名
濒危植物核心种质取样比率的蒙特卡罗模拟研究
被引量:
5
1
作者
李正宏
邱英雄
徐海明
叶倩
傅承新
机构
浙江大学生命科学学院植物系统进化与生物多样性实验室
浙江大学农学系
出处
《浙江大学学报(农业与生命科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第4期455-459,共5页
基金
国家重点基础研究发展规划资助项目(2000046806)
文摘
针对濒危植物明党参ISSR数据以及八角莲和夏蜡梅的等位酶数据,以多态位点数(A)、多态位点百分数(PPB)、居群内基因多样度(Hs)、群体总的基因多样度(Ht)、基因分化系数(Gst)以及捕获的基因位点数为主要遗传多样性指标,利用蒙特卡罗模拟抽样法在各抽样比例下重复抽样1000次,并构建了3个植物群体的基因捕获曲线与基因增量曲线.通过两种曲线的比较分析确定这3种濒危植物的最佳取样比例皆为25%,但这并不意味着其他植物的最佳抽样比也为25%.此时明党参的多态位点数为163,多态位点百分数为40.85%,基因多样度为0.2744;八角莲的多态位点数为12,多态位点百分数为32.43%,基因杂合度为0.1943;夏蜡梅的多态位点数为10,多态位点百分数为25%,基因杂合度为0.0638,其各项遗传多样性指标与保护总群体95%遗传信息的样本非常相近.这说明通过蒙特卡罗模拟抽样与基因捕获及增量曲线综合分析确定核心种质的最佳抽样比例客观合理、切实可行.
关键词
蒙特卡罗模拟
取样策略
遗传多样性
基因捕获曲线
基因
增量
曲线
Keywords
Monte Carlo method
sampling strategy
genetic diversity
gene capture curve
gene increasing curve
分类号
Q943 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
濒危植物核心种质取样比率的蒙特卡罗模拟研究
李正宏
邱英雄
徐海明
叶倩
傅承新
《浙江大学学报(农业与生命科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2006
5
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