人类线粒体基因控制区序列的变异频率与碱基构成特点分析

目的 探讨人类线粒体基因控制区的多态频率和变异类型。方法 搜集基因文库记录的 86个人类线粒体基因D环控制区序列 ,并与标准剑桥序列进行比对分析。结果 86个序列中共在 181个位点发现 12 5 3个碱基变异 ,主要变异形式为碱基转换 (占 71.75 % ) ,其次为碱基插入 (16 .0 4 % )和缺失 (8.6 2 % ) ,碱基颠换较少 ,仅占3.5 9%。核酸位点 16 189、30 3～ 315、5 14～ 5 2 3是变异频率较高 ,且具有基因长度不稳定的区域。结论 线粒体基因D环区为高度多态变异区 ,其变异频率的确定可为针对线粒体基因多态性与疾病发生风险评估的其他研究提供参考。

基因座控制区元件HS2、HS3对β-珠蛋白基因表达的调控

用增强型绿色荧光蛋白 (EGFP)为报道基因 ,通过构建不同的真核表达载体 ,并用脂质体转染法将其转染到K5 6 2及MEL细胞中 ,经流式细胞仪检测、半定量RT PCR及荧光倒置显微镜下观察荧光表达情况 ,以研究HS2、HS3、HS2 HS3及近侧元件在瞬时表达中对 β 珠蛋白基因启动子驱动下的EGFP表达调控情况。结果显示 ,3 2kb的HS2元件在K5 6 2及MEL细胞中均可增强 β 启动子活性 ,而 3kb的HS3仅在MEL细胞中有增强作用 。

美国红鱼细胞色素b基因和控制区基因序列的初步分析

采用PCR技术扩增了美国红鱼线粒体DNA的细胞色素b和控制区基因片段,PCR扩增产物直接测序,分别得到1140bp和623bp的核苷酸序列。将所得序列与从Genbank中查到的美国红鱼序列进行比较,分析了序列中碱基的组成及变异情况,为美国红鱼的合理开发利用及养殖发展规划的制定提供遗传学数据,为保护中国海域生物种质资源多样性提供科学依据。

腺相关病毒介导带基因座控制区核心序列的β-珠蛋白基因在红系细胞中整合与表达

为提高人β-珠蛋白基因在基因转移中的稳定性与在红系细胞中的表达水平,构建了带单个和多个基因座控制区核心序列的人β-珠蛋白基因腺相关病毒(ade-no-associated virus,AAV)载体AV53HS2Δβ2Neo和AV53HS432ΔβNeo。利用AAV载体介导的基因转移将两种重组体导入红系细胞(MEL),分析了它们在MEL细胞中的整合与表达。结果表明,AAV载体介导带多个基因座控制区核心序列的人β-珠蛋白基因在MEL细胞中较稳定整合,呈现与内源α-珠蛋白基因可比的表达水平。

中国鲿科鱼类线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析

采用PCR技术获得了中国科鱼类代表种类线粒体DNA控制区基因的全序列 ,对控制区基因结构进行了分析 ,并选用粒鲇科的中华粒鲇 ,科的三线纹胸作为外类群 ,用最大简约法 (MP)和邻接法 (NJ)构建了系统发育树。结果显示科鱼类中控制区基因适于系统发育分析 ,科鱼类构成一个单系类群 ;圆尾拟应该放入属里。

基于CR及Cytb基因序列的大泷六线鱼野生群体遗传多样性分析

为进一步了解山东省内大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)群体遗传背景和分化情况,合理保护与开发利用渔业资源,选取线粒体控制区(CR)和细胞色素b基因(Cytb)对分布于山东省近海沿岸的3个大泷六线鱼野生群体以及北黄海1个离岸大泷六线鱼野生群体的线粒体基因序列进行对比,分析它们的序列特征、遗传多样性和种群历史动态情况。经PCR扩增得到大泷六线鱼野生群体的CR和Cytb基因序列,全长分别为485bp和651bp。基于CR基因序列共检测到40个多态位点,单倍型多样性平均值为0.908,核苷酸多样性平均值为0.006,定义了53种单倍型。基于Cytb基因序列检测到56个多态位点,转换颠换比值为19.04,种内单倍型多样性平均值为0.934,核苷酸多样性平均值为0.005,定义了38种单倍型。对比分析表明,4个大泷六线鱼野生群体均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性。NJ系统进化树、群体间/内平均遗传距离、Fst值、基因流及AMOVA分析结果显示:山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传差异不显著,群体间存在频繁的基因交流,未形成显著的遗传分化。种群动态结果表明大泷六线鱼于更新世晚期经历了快速扩张,并形成了现有遗传格局。山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传结构之间不存在显著的地理隔离,这可能与人为增殖放流和秋冬季节黄海沿岸流及暖流有关,从而使得群体之间基因交流广泛。

病毒载体介导的β-地中海贫血基因治疗研究进展

β-地中海贫血是一种常见的造血系统遗传病,β-珠蛋白基因簇中的缺失或突变导致β-珠蛋白肽链合成减少或完全不能合成,从而造成α-珠蛋白肽链与β肽链的不平衡,出现贫血症状。β-珠蛋白基因簇基因座控制区(locus control region,LCR)的发现及整合型病毒载体的研究进展使β-地中海贫血基因治疗成为可能。LCR中单一DNaseI高敏位点或不同高敏位点核心序列组合构成miniLCR,能够指导病毒载体介导的基因转移中人珠蛋白基因在鼠红白血病细胞系中呈现高水平表达,而且在间接体内基因转移中可检测到人珠蛋白基因在骨髓移植受体动物中的长期存在和红系特异的一定水平的人珠蛋白基因的表达,为进行临床研究提供了可行性参考;另一方面,也对珠蛋白基因表达调控、病毒载体介导的基因转移效率和整合效率、靶向性整合和克服位置效应等方面的深入研究提出了更高要求。

基于线粒体DNA控制区基因讨论雉鸡阿拉善亚种分类地位(英文)

雉鸡阿拉善亚种的分类地位存在争议。采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序方法讨论雉鸡阿拉善亚种是否确立。共测定了雉鸡12个种群132个样本的线粒体DNA(mtDNA)控制区(control-region)1078个碱基长度的基因序列,61个变异位点产生68个单倍型。系统发育树和单倍型网络图结果显示,雉鸡阿拉善亚种是单系枝。雉鸡阿拉善亚种与甘肃亚种的分歧时间(0.15～0.23百万年)发生在晚更新世,中国西部干旱化、腾格里沙漠的形成以及贺兰山的存在导致分歧形成。结合系统发生树、单倍型网络图、Fst值(P<0.001)以及基因流(M_sohokhotensis to strauchi=0.006,M_strauchi to sohokhotensis=0.014),雉鸡阿拉善亚种在其分布区内独立进化。

应用线粒体控制区基因鉴定1只输入性鼠类

目的应用线粒体控制区基因(D-loop)检测技术,对口岸输入性鼠形动物进行鉴定,为口岸鼠形动物的鉴定提供技术支持。方法从口岸截获的鼠形动物尾骨中提取DNA,扩增D-loop基因,扩增产物经纯化后测序,对序列进行比对及系统发育分析。结果D-loop基因扩增出长度大约580 bp的条带,在GenBank上比对发现序列与巴鲁大家鼠同源性最高,系统进化分析显示与巴鲁大家鼠序列聚在同一分支。结论通过序列比对及进化分析可推断该截获鼠形动物可能为巴鲁大家鼠。经过文献搜索,此前国内未报道过该鼠种。

南海大眼金枪鱼和黄鳍金枪鱼的群体遗传结构

测定了南海西沙和南沙群岛附近海区(11～12°N,15°N;110～112°E)黄鳍金枪鱼61尾(17尾成鱼、44尾幼鱼)和大眼金枪鱼26尾(22尾成鱼、4尾幼鱼)的线粒体基因组控制区部分序列(D-loop),结合GenBank数据库中印度洋、太平洋和大西洋群体的同源数据,分析结果:(1)黄鳍金枪鱼与大眼金枪鱼均具极高的单倍型多样性(Hd>99%),聚类树及群体间分化指数(FST和Snn)表明大眼金枪鱼群体分化程度明显高于黄鳍金枪鱼群体;(2)大眼金枪鱼和黄鳍金枪鱼的南海群体与印度洋群体之间基因流最强(Nm=51.638和261.280 10),其次为太平洋群体(Nm=10.868 8和-50.801 81);(3)黄鳍金枪鱼和大眼金枪鱼都基本服从群口扩张模型,而mismatch分布分别呈单、双峰,其中大眼金枪鱼的南海群体扩张较晚(Tau=7.902)且最为明显(θ1/θ0=99 999/14.752)。

雉科四种鸟类线粒体DNAR的分子进化

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法分析了4种雉科(Phasianidae)鸟类的线粒体DNA(mtD-NA)控制区基因(D-loop)415bp基因序列.4种鸟类遗传距离在5.90％-23.67％.变异位点数为116个.大石鸡和石鸡的遗传距离为5.90％,二者分歧时间大约是290万年.斑翅山鹑与环颈雉遗传距离为21.06％,分歧时间为1000万年,山鹑属与雉属的遗传距离为21.06％,与石鸡属的遗传距离为22.41％;雉属与石鸡属的遗传距离为22.85％.三者分歧时间在1000-1150万年间,与化石材料相符.在系统树中斑翅山鹑与环颈雉属同一枝,说明1)在雉科系统发生中,雉属与山鹑属是近缘属或2)环颈雉与斑翅山鹑的分化较晚,关系密切,也与Randi得出的斑翅山鹑称为小雉的结论相吻合.

秦岭细鳞鲑物种有效性的探讨

采用PCR技术获得细鳞鲑秦岭亚种25尾个体的线粒体DNA控制区598bp的序列,从Gene Bank下载黑龙江流域的尖吻细鳞鲑与钝吻细鳞鲑的同源序列,以近缘物种哲罗鲑为外类群,构建了中国细鳞鲑属的分子系统发育树,并结合形态特征讨论了细鳞鲑秦岭亚种的有效性。遗传结构分析显示,秦岭亚种与黑龙江流域两种细鳞鲑之间以及后两种细鳞鲑之间的遗传距离分别为:0.0202,0.0207,0.0199,明显大于细鳞鲑属种内遗传距离:0.0023,0.0033,0.0091。以邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建的系统发育树表明,秦岭地区的细鳞鲑单独构成一个单系群,而黑龙江流域的两种细鳞鲑构成一个大的支系。以上结论证明了秦岭细鳞鲑已经达到了亚种水平的分化,该研究的结果支持形态分类上秦岭亚种的分类地位。

β-地中海贫血CD41-42型突变基因重组载体的构建

目的:构建β-地中海贫血CD41-42突变基因和基因调控区HS2、HS3全基因片段的真核表达重组载体,为β-地中海贫血CD41-42突变基因治疗的细胞模型奠定基础。方法:设计合成β-地中海贫血CD41-42突变纯合子患者的DNA特异性引物,扩增基因座控制区(LCR)和CD41-42突变基因,插入载体pcDNA3.1-中,筛选阳性重组体,通过酶切分析及PCR进行鉴定。结果:扩增出2.1 kb CD41-42突变基因及5.5 kb LCR片段,酶切及测序结果证明重组载体构建成功,测序结果和引入方向正确。结论:成功构建了含人β-地中海贫血CD41-42基因的重组载体。

基于DNA条形码鉴定口岸截获鼠类

目的利用基于线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因、线粒体控制区(D-loop)基因、16S rRNA基因的DNA条形码技术对广州口岸截获的1只死鼠进行种类鉴定。方法从鼠肌肉中提取DNA,用PCR法扩增COⅠ、D-loop、16S rRNA基因片段,将测序结果与GenBank和BOLD systems v4中鼠类的DNA条形码进行比对,用Mega 6.0构建系统发育树,计算遗传距离。结果该鼠类样本能扩增出COⅠ、D-loop、16S rRNA基因片段,通过COⅠ、16S rRNA基因扩增片段序列比对与德氏柔毛鼠Praomys daltoni同源性均为99%,D-loop基因扩增片段序列比对与猪吻柔毛鼠Praomys rostratus同源性为100%,结合形态学特征,最终鉴定为德氏柔毛鼠Praomys daltoni。结论COⅠ、16S rRNA基因片段能够对鼠类进行有效鉴定,弥补了形态学鉴定的不足之处。