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高通量二代测序技术在病毒性肝癌HBV-DNA与宿主基因整合位点研究中的应用 被引量:1
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作者 麦庆锋 张润玲 +4 位作者 曾君 吴梓坤 程欢 吴英松 吴意 《热带医学杂志》 CAS 2022年第2期154-159,183,共7页
目的运用高通量二代测序技术(NGS)捕获病毒性肝癌组织中乙型肝炎病毒(HBV)DNA与宿主基因整合位点,为临床疾病诊断治疗提供可靠的依据。方法采用高通量二代测序技术对5例原发性病毒性肝癌组织DNA进行全基因组测序,使用Burrows-Wheeler Al... 目的运用高通量二代测序技术(NGS)捕获病毒性肝癌组织中乙型肝炎病毒(HBV)DNA与宿主基因整合位点,为临床疾病诊断治疗提供可靠的依据。方法采用高通量二代测序技术对5例原发性病毒性肝癌组织DNA进行全基因组测序,使用Burrows-Wheeler Aligner(BWA)和Picard-tools生物信息学软件,采用BWA-MEM比对方法进行数据处理和分析,从宿主基因组DNA序列中筛选出HBV基因的整合位点。结果5个样品共发现3513454个单核苷酸多态性(SNP)、838846个插入缺失标记(InDel)、平均1965个结构变异(SV)和3639个拷贝数变异(CNV),其中SNP 99.48%出现在dbSNP数据库里,95.26%在千人基因组计划的数据库中,新发现的SNP有17768个;InDel 93.80%出现在dbSNP数据库里,54.23%在千人基因组计划的数据库中,新发现的InDel有51307个;SV平均包括0个插入变异、690个缺失变异、257个倒位变异、762个染色体内易位变异和255个染色体间易位变异。结论HBV-DNA与宿主基因整合位点具有随机性,且插入的核苷酸片断大小不一,导致宿主肝细胞基因组发生突变、缺失和插入等结构变异而产生致癌作用。 展开更多
关键词 高通量 二代测序技术 乙型肝炎病毒 肝癌 基因整合位点
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白细胞介素-23通过无翅基因相关整合位点/β-连环蛋白通路增强舌鳞状细胞癌抗凋亡及耐药能力 被引量:3
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作者 严嵚 苏玉婷 +3 位作者 周月鹏 朱海涛 杨细虎 许建辉 《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期249-254,共6页
目的检测白细胞介素-23(IL-23)在舌鳞状细胞癌组织中表达水平与临床预后的关系,研究舌鳞状细胞癌细胞系SCC9经IL-23处理后抗凋亡及耐药能力的变化。方法免疫组织化学法检测28例舌鳞状细胞癌患者组织中IL-23的表达情况;实时定量聚合酶链... 目的检测白细胞介素-23(IL-23)在舌鳞状细胞癌组织中表达水平与临床预后的关系,研究舌鳞状细胞癌细胞系SCC9经IL-23处理后抗凋亡及耐药能力的变化。方法免疫组织化学法检测28例舌鳞状细胞癌患者组织中IL-23的表达情况;实时定量聚合酶链反应(q RT-PCR)检测不同浓度的IL-23处理后,SCC9中无翅基因相关整合位点(Wnt)1及c-myc的m RNA表达水平;结合小分子干扰RNA(si RNA),Western blot法检测IL-23对SCC9细胞的β-连环蛋白(β-catenin)和B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、三磷酸腺苷结合转运蛋白G超家族成员2(ABCG2)、P-糖蛋白(P-gp)表达影响及潜在机制;甲基噻唑基四唑法检测SCC9细胞在IL-23作用下对顺铂的抗凋亡能力改变。结果舌鳞状细胞癌组织中IL-23表达强度与淋巴结转移、神经侵犯及治疗复发有相关性(P<0.05);IL-23可增强癌细胞抗凋亡蛋白Bcl-2和耐药相关蛋白ABCG2、P-gp的表达,并且与Wnt通路活化程度密切相关;IL-23能够显著加强SCC9细胞对顺铂的抵抗性(P<0.01)。结论 IL-23通过上调舌鳞状细胞癌细胞的Wnt通路增强其抗凋亡及耐药能力。 展开更多
关键词 白细胞介素-23 舌鳞状细胞癌 耐药 抗凋亡 无翅基因相关整合位点
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B淋巴细胞特异单克隆鼠白血病病毒整合位点基因-1及辅助性T淋巴细胞相关细胞因子在儿童免疫性血小板减少症中的变化 被引量:6
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作者 李培岭 石太新 +5 位作者 曹利佳 赵东菊 高俊 肖爱菊 田运娇 王彦华 《中华实用儿科临床杂志》 CSCD 北大核心 2016年第3期206-208,共3页
目的通过检测新诊断免疫性血小板减少症(ITP)患儿B淋巴细胞特异单克隆鼠白血病病毒整合位点基因-1(Bmi-1)及辅助性T淋巴细胞相关因子1干扰素(IFN-γ)、白细胞介素4(IL-4)mRNA的表达变化,分析探讨Bmi-1及Th1/Th2细胞比例在新诊... 目的通过检测新诊断免疫性血小板减少症(ITP)患儿B淋巴细胞特异单克隆鼠白血病病毒整合位点基因-1(Bmi-1)及辅助性T淋巴细胞相关因子1干扰素(IFN-γ)、白细胞介素4(IL-4)mRNA的表达变化,分析探讨Bmi-1及Th1/Th2细胞比例在新诊断ITP患儿中的变化及意义。方法试验组36例ITP患儿均来源于新乡医学院第一附属医院儿科2013年4至12月住院和门诊患儿,同期小儿外科择期手术患儿26例作为对照组,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测外周血淋巴细胞中Bmi-1、TFN-γ、IL-4mRNA的表达;并采用t检验和直线相关分析进行分析比较。结果1.试验组外周血淋巴细胞中Bmi-1 mRNA为2.63±0.54,对照组Bmi-1 mRNA为3.91±0.92,试验组明显低于对照组(P〈0.001);试验组IFN-γmRNA为3.84±0.43,对照组IFN-γmRNA为2.88±0.57,试验组明显高于对照组(P〈0.001);试验组IL-4mRNA为1.444-0.39,对照组IL4mRNA为1.874-0.34,试验组明显低于对照组(P〈0.001)。2.试验组外周血淋巴细胞中IFN-γmRNA表达与IL-4mRNA表达呈负相关(r=一0.667,P〈0.001),IL-4mRNA表达与Bmi-1mRNA表达呈正相关(r=0.776,P〈0.001),IFN-γmRNA表达与Bmi-1mRNA表达无相关性(r=一0.206,P〉0.05)。结论Bmi-1可能通过调节Th细胞参与ITP发病;ITP患儿存在Th细胞功能紊乱、Th1/Th2比例失调,可能是Th1优势。 展开更多
关键词 B淋巴细胞特异单克隆鼠白血病病毒整合位点基因-1 辅助性T淋巴细胞 免疫性血小板减少症 儿童
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核苷酸交叉互补基因1和B细胞特异单克隆鼠白血病毒整合位点基因1在青少年儿童脑胶质瘤中的表达与放疗疗效及预后的关系
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作者 张冠华 沈冬 +2 位作者 蒋小兵 张湘衡 牟永告 《实用儿科临床杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期826-829,共4页
目的探讨儿童及青少年胶质瘤组织中核苷酸交叉互补基因1(ERCC1)、B细胞特异单克隆鼠白血病毒整合位点基因1(BM I-1)的表达与胶质瘤放疗敏感性及预后的关系。方法收集2000年1月-2006年2月初诊接受手术、单纯放疗或同期放化疗、由中山大... 目的探讨儿童及青少年胶质瘤组织中核苷酸交叉互补基因1(ERCC1)、B细胞特异单克隆鼠白血病毒整合位点基因1(BM I-1)的表达与胶质瘤放疗敏感性及预后的关系。方法收集2000年1月-2006年2月初诊接受手术、单纯放疗或同期放化疗、由中山大学肿瘤防治中心病理确诊为胶质瘤的儿童及青少年患者肿瘤石蜡标本85例。采用免疫组织化学二步法检测ERCC1、BM I-1蛋白的表达,统计分析二者与胶质瘤患者临床病理特征、放疗疗效、术后总生存率的关系。结果 ERCC1、BM I-1蛋白在85例胶质瘤组织中的阳性率分别为32.9%(28例)、37.6%(32例);BM I-1在高级别胶质瘤中的表达显著高于低级别,差异有统计学意义(P=0.027)。BM I-1、ERCC1高表达患者放疗有效率明显低于低表达患者(P=0.020,0.024)。Kaplan-Meier生存分析显示ERCC1、BM I-1蛋白高表达患者术后总生存时间短于低表达患者(P=0.028,0.006)。多因素Cox回归分析显示病理级别、术后行为状态评分、放疗疗效、BM I-1的表达是青少年儿童脑胶质瘤患者独立的预后因素(Pa<0.05)。结论 ERCC1、BM I-1蛋白表达与胶质瘤放疗疗效相关,BM I-1蛋白高表达与胶质瘤的恶性程度及预后相关,是青少年儿童胶质瘤患者的独立预后指标。 展开更多
关键词 胶质瘤 核苷酸交叉互补基因1 B细胞特异单克隆鼠白血病毒整合位点基因1 放疗 预后 青少年儿童
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体外扩增过程中CD34^+细胞内B细胞特异单克隆鼠白血病毒整合位点基因1和人端粒酶逆转录酶基因的表达
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作者 葛剑云 蔡海波 +1 位作者 杜铮 谭文松 《中国修复重建外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1112-1116,共5页
目的研究体外扩增过程中,CD34+细胞内B细胞特异单克隆鼠白血病毒整合位点基因1(B-cell-specific monoclonal leukemia virus insert site 1,Bmi1)和人端粒酶逆转录酶(human telomerase reverse transcriptase,hTERT)基因的表达水平与其... 目的研究体外扩增过程中,CD34+细胞内B细胞特异单克隆鼠白血病毒整合位点基因1(B-cell-specific monoclonal leukemia virus insert site 1,Bmi1)和人端粒酶逆转录酶(human telomerase reverse transcriptase,hTERT)基因的表达水平与其扩增特性的相关性。方法采用含FBS、干细胞生长因子、Flt-3配体和促血小板生成素的IMDM培养基体外培养脐血CD34+细胞,在28 d培养过程中检测CD34+细胞扩增倍数、CD34+细胞比生长速率以及集落形成率的变化趋势,并采用荧光定量PCR检测体外扩增过程中CD34+细胞内Bmi1和hTERT基因表达水平变化,分析以上基因表达水平与CD34+细胞扩增特性之间的关系。结果经过28 d的体外培养,CD34+细胞共扩增了(20.1±3.5)倍,其占扩增后总细胞的比例由培养前的95.5%±2.6%下降至2.1%±0.4%;CD34+细胞的比生长速率和集落形成率均在培养7 d后出现明显下降,而细胞内Bmi1和hTERT mRNA的表达水平在培养7 d时达最高,此后逐渐下降至培养前水平。结论 Bmi1和hTERT基因表达与CD34+细胞体外增殖能力可能存在一定相关性。 展开更多
关键词 CD34+细胞 体外扩增 B细胞特异单克隆鼠白血病毒整合位点基因1 人端粒酶逆转录酶
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三氧化二砷影响EVI1基因调控造血转录因子的体外研究 被引量:1
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作者 朱坚轶 郎雯竞 +3 位作者 陈芳源 徐卓然 沈莉菁 钟济华 《诊断学理论与实践》 2017年第1期42-47,共6页
目的:观察三氧化二砷(arsenic trioxide,ATO)在体外影响反转录病毒整合位点1基因(ecotropic viral integration site-1,EVI1)基因对造血转录因子的调控作用。方法:实验选取EVI1高表达的急性髓系白血病细胞株THP-1,利用健康成人外周血单... 目的:观察三氧化二砷(arsenic trioxide,ATO)在体外影响反转录病毒整合位点1基因(ecotropic viral integration site-1,EVI1)基因对造血转录因子的调控作用。方法:实验选取EVI1高表达的急性髓系白血病细胞株THP-1,利用健康成人外周血单个核细胞作为对照,通过反转录实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,RFQ-PCR),检测EVI1基因及造血转录因子GATA1、GATA2、RUNX1、MPO、LMO2、CMYB、PU.1和SCL的m RNA相对表达量。分别以1μmol/L、3μmol/L、5μmol/L的ATO溶液处理THP-1细胞株后,再通过反转录RFQ-PCR检测EVI1基因及造血转录因子的m RNA相对表达量。结果:通过反转录RFQ-PCR检测证实,存在EVI1基因的THP-1细胞中GATA2和CMYB基因的表达上调,而GATA1、RUNX1、MPO、LMO2、PU.1及SCL基因的表达水平下调。ATO对EVI1基因的下调作用具有浓度与时间依赖性,并对其他造血转录因子进行调控。结论:通过体外研究发现,高表达EVI1基因的THP-1细胞有GATA2基因的表达上调,同时存在其他造血转录因子的表达异常,与促进原始细胞增殖及髓系、红系的分化成熟受抑密切相关。ATO可特异性地下调EVI1基因的表达,并抑制GATA2转录因子的激活。 展开更多
关键词 反转录病毒整合位点1基因 三氧化二砷 造血转录因子 急性髓系白血病
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利用CRISPR/Cas9系统敲除绵羊皮肤成纤维细胞Wnt2基因的研究 被引量:2
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作者 冯新宇 袁超 +7 位作者 郭婷婷 刘建斌 郭健 牛春娥 孙晓萍 冯瑞林 岳耀敬 杨博辉 《畜牧与兽医》 北大核心 2018年第2期52-55,共4页
为了研究无翅基因相关整合位点2(Wnt2)在绵羊毛囊发育中的作用,通过CRISPR/Cas9系统介导的基因编辑技术在绵羊原代皮肤成纤维细胞中敲除Wnt2基因,经T7E1酶切试验进行敲除结果验证,实时荧光定量PCR分析Wnt2、E-钙黏蛋白(CDH1)、半光... 为了研究无翅基因相关整合位点2(Wnt2)在绵羊毛囊发育中的作用,通过CRISPR/Cas9系统介导的基因编辑技术在绵羊原代皮肤成纤维细胞中敲除Wnt2基因,经T7E1酶切试验进行敲除结果验证,实时荧光定量PCR分析Wnt2、E-钙黏蛋白(CDH1)、半光天冬氨酸酶3(Caspase3)和成纤维细胞生长因子5(FGF5)在敲除后的表达量变化。结果显示:绵羊原代皮肤成纤维细胞中Wnt2基因敲除成功,编辑效率约14.35%;Wnt2相对表达量极显著下调(P〈0.01),CDH1相对表达量极显著上调(P〈0.01),Caspase3及FGF5表达上调显著(P〈0.05)。结果表明:Wnt2基因对毛囊的生长发育具有促进作用。 展开更多
关键词 无翅基因相关整合位点2 毛囊 CRISPR/Cas9 RT-PCR
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The integration characteristics of the exogenous growth hormone gene in a transgenic common carp(Cyprinus carpio L.) with fast-growth performance 被引量:3
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作者 Ji Chen Qing Luo +5 位作者 Hairong Bao Lanjie Liao Yongming Li Zuoyan Zhu Yaping Wang Wei Hu 《Science Bulletin》 SCIE EI CAS CSCD 2015年第19期1654-1660,共7页
The genetic stability and expression efficiency of exogenous genes in transgenic animals are closely related to integration site and copy number. In our laboratory, by transgenic manipulation and subsequent test cross... The genetic stability and expression efficiency of exogenous genes in transgenic animals are closely related to integration site and copy number. In our laboratory, by transgenic manipulation and subsequent test crosses, we established an ‘‘all-fish'' growth hormone(GH)transgenic common carp family that exhibits fast growth.In this present study, genome walking, real-time quantitative polymerase chain reaction, and fluorescence in situ hybridization techniques were applied to identify the integration characteristics of the exogenous grass carp GH gene in the transgenic common carp. The exogenous GH genes, in the form of two complete and one incomplete tandem repeats, were found to have integrated into an ATrich region near the end of a chromosome pair. We hypothesize that the high efficiency of exogenous GH gene expression might be due to the low copy number in the genome and the AT-rich integration site. 展开更多
关键词 Common carp Growth hormone TRANSGENE Integration site Copy number
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