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多发性骨髓瘤/浆细胞白血病差异表达基因生物学功能、关键基因表达水平及其与预后的关系
1
作者
常慧娟
孟夜
+4 位作者
朱玉榕
班燕芳
章建国
王芝涛
秦慧
《山东医药》
CAS
2023年第3期44-47,共4页
目的筛选出多发性骨髓瘤(MM)与浆细胞白血病(PCL)之间的差异表达基因,了解其生物学功能,明确关键基因表达水平与MM预后的关系。方法从公共基因芯片数据库(GEO)中下载MM与PCL芯片数据集GSE66291和GSE70323,在R软件中用Limma包分别筛选差...
目的筛选出多发性骨髓瘤(MM)与浆细胞白血病(PCL)之间的差异表达基因,了解其生物学功能,明确关键基因表达水平与MM预后的关系。方法从公共基因芯片数据库(GEO)中下载MM与PCL芯片数据集GSE66291和GSE70323,在R软件中用Limma包分别筛选差异表达基因(DEGs)并取交集。利用基因本体(GO)以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析对DEGs进行功能和通路注释,使用Sring对交集的DEGs构建蛋白质—蛋白质互作网络(PPI),筛选关键基因,使用Cytohubba插件筛选相关度前20位的关键基因,最后在GSE24080中根据关键基因的表达水平将MM患者分为高表达组及低表达组,比较高低表达组的总体生存率。结果共获取DEGs 389个,120个上调,269个下调。GO分析结果显示:在细胞组分方面主要与细胞膜外区域相关;在生物过程方面,参与白细胞游走、中性粒细胞聚集、体液免疫等;分子功能方面,主要与抗原结合相关。KEGG结果提示DEGs在细胞黏附分子、局灶性黏附等相关通路上富集。筛选出CDH1、CD44等20个关键基因,其中CXCL12、CDH1、RNASE3、LYZ、PPBP、VCAM1、QPCT、PECAM1与MM高表达组MM患者的总体生存率高于低表达组(P均<0.05)。结论MM与PCLD的DEGs中120个上调,269个下调。DEGs主要与细胞膜外区域相关,参与白细胞游走、与抗原结合、调控细胞黏附分子及局灶性黏附等相关通路。CXCL12、CDH1、RNASE3、LYZ、PPBP、VCAM1、QPCT和PECAM1可能是与MM患者预后相关的关键基因,其高表达组MM患者预后较好。
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关键词
多发性骨髓瘤
浆细胞白血病
差异
基因
基因本体功能分析
京都
基因
与
基因
组百科全书信号通路
分析
预后
下载PDF
职称材料
异戊二烯基二磷酸合酶亚基2对肝癌细胞HepG2基因表达谱的影响
2
作者
童婷
李康
+6 位作者
陈埏芳
李劲
杨敬源
刘雄秀
林琳
薛增福
黄卫
《中华肝脏病杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第9期694-697,共4页
肝癌是当今世界主要的恶性肿瘤之一,其进展快、预后不良,发生率逐年升高,且有年轻化趋势。肝癌是多基因、多因素、多环节共同作用的结果,探索影响肝癌生物学行为的相关基因和机制一直是研究的热点。
关键词
肝肿瘤
基因
表达谱
异戊二烯基二磷酸合酶亚基2
基因
本体
论
功能分析
慢病毒载体
基因
组百科全书通路富集
分析
原文传递
题名
多发性骨髓瘤/浆细胞白血病差异表达基因生物学功能、关键基因表达水平及其与预后的关系
1
作者
常慧娟
孟夜
朱玉榕
班燕芳
章建国
王芝涛
秦慧
机构
安徽医科大学第二附属医院
出处
《山东医药》
CAS
2023年第3期44-47,共4页
基金
国家自然科学基金资金项目(82200225)。
文摘
目的筛选出多发性骨髓瘤(MM)与浆细胞白血病(PCL)之间的差异表达基因,了解其生物学功能,明确关键基因表达水平与MM预后的关系。方法从公共基因芯片数据库(GEO)中下载MM与PCL芯片数据集GSE66291和GSE70323,在R软件中用Limma包分别筛选差异表达基因(DEGs)并取交集。利用基因本体(GO)以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析对DEGs进行功能和通路注释,使用Sring对交集的DEGs构建蛋白质—蛋白质互作网络(PPI),筛选关键基因,使用Cytohubba插件筛选相关度前20位的关键基因,最后在GSE24080中根据关键基因的表达水平将MM患者分为高表达组及低表达组,比较高低表达组的总体生存率。结果共获取DEGs 389个,120个上调,269个下调。GO分析结果显示:在细胞组分方面主要与细胞膜外区域相关;在生物过程方面,参与白细胞游走、中性粒细胞聚集、体液免疫等;分子功能方面,主要与抗原结合相关。KEGG结果提示DEGs在细胞黏附分子、局灶性黏附等相关通路上富集。筛选出CDH1、CD44等20个关键基因,其中CXCL12、CDH1、RNASE3、LYZ、PPBP、VCAM1、QPCT、PECAM1与MM高表达组MM患者的总体生存率高于低表达组(P均<0.05)。结论MM与PCLD的DEGs中120个上调,269个下调。DEGs主要与细胞膜外区域相关,参与白细胞游走、与抗原结合、调控细胞黏附分子及局灶性黏附等相关通路。CXCL12、CDH1、RNASE3、LYZ、PPBP、VCAM1、QPCT和PECAM1可能是与MM患者预后相关的关键基因,其高表达组MM患者预后较好。
关键词
多发性骨髓瘤
浆细胞白血病
差异
基因
基因本体功能分析
京都
基因
与
基因
组百科全书信号通路
分析
预后
Keywords
multiple myeloma
plasma cell leukemia
differential gene
Gene Ontology
Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
prognosis
分类号
R551.3 [医药卫生—血液循环系统疾病]
下载PDF
职称材料
题名
异戊二烯基二磷酸合酶亚基2对肝癌细胞HepG2基因表达谱的影响
2
作者
童婷
李康
陈埏芳
李劲
杨敬源
刘雄秀
林琳
薛增福
黄卫
机构
厦门大学附属第一医院肿瘤医院肿瘤早期诊疗科
南方医科大学附属何贤纪念医院消化内科
暨南大学附属第一医院消化内科
暨南大学附属第一医院病理科
出处
《中华肝脏病杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第9期694-697,共4页
文摘
肝癌是当今世界主要的恶性肿瘤之一,其进展快、预后不良,发生率逐年升高,且有年轻化趋势。肝癌是多基因、多因素、多环节共同作用的结果,探索影响肝癌生物学行为的相关基因和机制一直是研究的热点。
关键词
肝肿瘤
基因
表达谱
异戊二烯基二磷酸合酶亚基2
基因
本体
论
功能分析
慢病毒载体
基因
组百科全书通路富集
分析
Keywords
Liver neoplasms
Gene expression profiling
Prenyl diphosphate synthase subunit 2
Gene ontology function enrichment analysis
Lentiviral vector
Kyoto encyclopedia of genes and genomes pathway enrichment analysis
分类号
R735.7 [医药卫生—肿瘤]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
多发性骨髓瘤/浆细胞白血病差异表达基因生物学功能、关键基因表达水平及其与预后的关系
常慧娟
孟夜
朱玉榕
班燕芳
章建国
王芝涛
秦慧
《山东医药》
CAS
2023
0
下载PDF
职称材料
2
异戊二烯基二磷酸合酶亚基2对肝癌细胞HepG2基因表达谱的影响
童婷
李康
陈埏芳
李劲
杨敬源
刘雄秀
林琳
薛增福
黄卫
《中华肝脏病杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2018
0
原文传递
已选择
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