基于GBS测序的全基因组SNP揭示大凉山玉米地方品种资源的亲缘关系与遗传分化

玉米地方品种是玉米育种种质的重要来源,其类型丰富、部分性状田间表现突出,常含有可利用的优良抗性基因。大凉山因其独特的地理位置和光热资源,生产中积累了各具特色的玉米地方品种,但缺乏系统的遗传研究,导致本区域的玉米育种利用进展缓慢。本研究利用基因分型测序(genotyping-by-sequencing,GBS)技术,对收集自大凉山不同地方的360份玉米地方品种资源进行亲缘关系与遗传分化分析。通过高通量测序,产生有效数据250.99 GB,所有样本获得1 659 033 712个clean reads,平均reads数量为4 608 427,平均raw base为0.70 GB,clean base为0.67 GB。各样本的Q20平均值大于等于94.57%,Q30平均值大于等于87.14%,平均GC含量48.20%。经过SNP calling并过滤,获得124 342个单核苷酸多态性(SNP)位点、32 063个插入缺失(InDel)位点(其中插入位点15 738个、缺失位点16 325个)。邻接法构建的系统进化树将360份玉米地方品种群体分成A和B两大类群,支持玉米杂优两群学说;结合主成分分析表明,两群亲缘关系较远,呈现遗传分化;群体结构分析进一步把其分成9个亚群。类群A与B之间的群体分化指数(F_(st))为0.462 2,类群A的核苷酸多样性(πA)高于类群B;选择性清除分析得到96个基因组区域,对前5%的基因组区域进一步分析,共检测到418个基因。对候选基因进行基因功能注释,发现富集的基因组区域中包含寒冷响应基因、缺水响应基因、病菌响应基因等与逆境应答相关的基因。研究结果为大凉山玉米地方品种资源的保护和遗传改良提供了参考依据。

基于基因测序分型技术建立NXB重组近交系小鼠群体模型

为构建NOD/ShiLtJ-C57BL/6J重组近交系(recombinant inbred,RI)(简称为NXB RI)小鼠(Mus musculus)群体模型,以保证亲本基因型覆盖度的均衡及提高其近交效率,本研究采用基因测序分型(genotyping by sequencing,GBS)技术对200只F5代NXB RI小鼠群体进行基因分型测序,然后通过主成分分析、群体间遗传分化系数与遗传距离分析、个体间亲缘关系分析等鉴定小鼠群体亲本基因型覆盖度以及近交程度。测序覆盖F5代NXB RI小鼠36个亚群的200个样本,共测得115634个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,其中41.67%为C57BL/6J纯合位点,27.05%为NOD/ShiLtJ纯合位点,26.79%为杂合位点,SNP位点在所有染色体中均有分布;94.6%的亚群F_(st)值大于0.15,表明大部分的F5代NXB RI小鼠群体之间的遗传结构差异大,分化程度较高;200个NXB RI样本间的状态一致性(identity by state,IBS)距离平均值为0.667,最高为0.925,最低为0.480,可为下一代繁殖筛选提供依据。另外,对F5代200只NXB RI小鼠进行听力和空腹血糖测试,结果表明两种表型的数据均符合正态分布。以上研究结果表明,F5代NXB RI小鼠的亲本基因型覆盖度分布较为均衡,能够保留较多的NXB RI品系,所产生的NXB RI群体可作为一代全新的遗传参考群体,可作为相关复杂遗传性疾病研究模型。

基于基因分型测序(GBS)技术的堇叶紫金牛遗传结构分析

采用基因分型测序(GBS)技术对堇叶紫金牛[Ardisia violacea(T.Suzuki)W.Z.Fang et K.Yao]13个野生居群77份样本进行单核苷酸多态性(SNP)位点挖掘,在此基础上,对13个居群77份样本的遗传多样性、系统发育树、亲缘关系等进行分析。结果表明:共获得有效SNP位点246307个,每份样本检测到SNP位点1154~3789个。13个居群的观测杂合度为0.1569~0.4289,多态信息含量为0.0785~0.3244,核苷酸多样性指数为0.0002~0.0007,Tajima’s D值为0.2247~1.0936,Shannon’s多样性指数为0.2175~0.6649,表明堇叶紫金牛整体遗传多样性水平偏低。系统发育树、主成分分析和遗传结构分析结果显示77份样本可划分为6组。亲缘关系分析结果显示:居群内个体间的亲缘关系整体较近;居群间的亲缘关系与地理距离有一定的相关性。遗传分化和基因流分析结果显示:大部分居群间存在较高的遗传分化,各居群间存在一定程度的基因交流。综上所述,堇叶紫金牛13个居群的整体遗传多样性偏低,但居群间的遗传分化程度较高,这与居群间的地理距离较远、基因交流较少有关。建议优先保护安徽省黄山市祁门县牯牛降、浙江省舟山市定海区蔡家岙和浙江省宁波市象山县屠家园村3个遗传多样性较高的居群,并开展相关繁育工作以维持和扩大居群数量。

基于GBS测序的湘东黑山羊的亲缘关系及近交系数

利用基因分型测序(GBS)对60只湘东黑山羊(9只公羊、51只母羊)进行基因组测序,获得湘东黑山羊染色体上的SNP数据和连续纯合子片段(ROH)数据。通过SNP数据进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析和NJ聚类分析,构建湘东黑山羊的群体家系结构,并通过ROH数据得到群体平均近交系数。结果表明,60只湘东黑山羊的平均测序深度为9.15X,与参考基因组比对率平均为99.59%;在SNP检测过程中,3只母羊不符合基因型数据质控标准,将其过滤后获得其他57只黑山羊29条染色体上153046个SNPs位点和1937个ROH片段;构建的湘东黑山羊8个家系,其中9只公羊和6只母羊被分为7个家系,另42只母羊被单独分类;基于ROH片段分析的湘东黑山羊群体中每个个体的近交系数均值为0.047,说明湘东黑山羊公羊在繁育过程中有较大的利用空间。

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱和HPV基因测序分型检测阴道自取样本用于子宫颈癌筛查的有效性研究

目的评价不同保存形式的阴道自取样本联合激光辅助解析/飞行时间质谱技术(MALDI-TOF)和HPV基因测序分型检测技术(SEQ HPV)用于宫颈癌筛查的有效性。方法 319例研究对象来自北京大学深圳医院门诊和子宫颈癌筛查项目中因异常宫颈细胞学和(或)高危型HPV阳性者需行阴道镜检查的妇女。采集液体载体、FTA固体卡和POI固体卡三种形式的阴道自取样本三份和医取样本一份。四种样本分别行PCR法(Cobas 4800)、MALDI-TOF和SEQ HPV法高危型HPV检测。结果 (1)MALDI-TOF检测阴道自取样本与Cobas4800检测医取样本比较,高危型HPV的一致率:液体载体88.58%,FTA卡83.04%,POI卡87.89%;对应的HPV16/18的一致率为97.58%、93.77%和97.23%;检测CIN2及以上病变(CIN2+)的敏感度为93.44%、88.52%和95.08%。(2)SEQ HPV检测阴道自取样本与Cobas 4800检测医取样本比较,高危型HPV的一致性:液体载体89.62%,FTA卡86.85%,POI卡89.97%,对应的HPV16/18的一致为97.23%、95.50%和97.23%;检测CIN2+的敏感度为96.72%、93.44%和96.72%,两者比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论与Cobas 4800检测医生取宫颈细胞样本比较,MALDI-TOF和SEQ HPV两种方法用于自取阴道宫颈脱落细胞样本高危型HPV的检测一致性较高;对于高级别宫颈病变,其筛查灵敏度无显著差别。

基于测序基因分型技术的3种石斛兰遗传关系分析

目的:本研究分析比较霍山石斛、细茎石斛和铁皮石斛的遗传关系。方法:以黄石斛为参考基因组,用测序基因分型技术获得单链核苷酸多态性,根据单链核苷酸多态性差异,分别用Admixture软件分析3种石斛的居群遗传结构,用TreeBeST软件构建邻接树,用GCTA软件做主成分分析,用GenAlEx软件计算遗传距离。结果:3种石斛平均每个样本产生的干净片段(clean reads)和单链核苷酸数目都是霍山石斛>细茎石斛>铁皮石斛;邻接树结果表明铁皮石斛样本聚为一支,霍山石斛样本和细茎石斛样本聚为另一支,且该支的霍山石斛样本与细茎石斛样本又被严格分开为2小支;遗传结构和主成分分析结果与邻接树类似;霍山石斛与细茎石斛间的遗传距离小于霍山石斛与铁皮石斛间的遗传距离。结论:根据3种石斛的核苷酸多态性差异,3种石斛能被明显分开;霍山石斛与细茎石斛间的遗传关系近于霍山石斛与铁皮石斛间的遗传关系。

应用完整外显子2/3序列解决HLA-DRB1座位基因分型的歧义结果

背景:人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果。目的:通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果。方法:初次分型采用常规的测序方法检测320份样本的HLA-DRB1外显子2第一高变区以外的序列,测序反应设置codon86。后期采用一次性扩增外显子2/3,测序反应针对外显子2设置组特异性引物:DRB1*04/07/09为一组,其它基因家族为一组,设置conden86,对初次分型后为歧义结果的样本重新分型。结果与结论:初次分型有180份样本为歧义结果,占总样本数的56.25%。其中A类为差异碱基位于测序范围之外,共114例;B类为等位基因对的杂合序列相同,共17例;C类为两种情况同时存在,有49例。3种类别的歧义等位基因数分别为119个、34个、98个,占等位基因总数的33.06%、9.44%、27.22%。完整外显子2/3序列的测定使歧义结果比例从56.25%下降到14.37%,其中A类103例、B类8例、C类23例样本的等位基因得到确认。此次研究中发现了一个新等位基因,与跟它最相近的等位基因DRB1*110101相比,其外显子3的第381位碱基G>T,导致第98位氨基酸AAG(赖氨酸Lys)>AAT(天冬酰氨Asn)。序列已提交Genbank,编号HM807583,2010-08被世界卫生组织HLA因子命名委员会命名为HLA-DRB1*1197(编号HWS10010999)。提示,完整外显子2/3序列的测定能大幅降低歧义分型结果的比例。

沙门菌血清分型方法的比较

血清分型是沙门菌最基本和最重要的流行病学调查手段,不同血清型沙门菌引起的临床症状和造成的危害不同,快速准确地进行血清分型对于畜禽沙门菌病的防控和公共卫生安全意义重大。基于此,本试验选择我国1971—2020年分离的51株沙门菌(13种血清型),分别用全基因组测序(WGS)分型方法和液相芯片分型方法进行血清分型,并与玻片凝集法进行比较,分析3种分型方法的优劣。结果显示,玻片凝集法测得51株沙门菌的血清分型结果与原始结果一致;WGS分型方法和液相芯片分型方法分别测得34株和23株沙门菌血清分型与玻片凝集法结果一致。3种分型方法相比,WGS分型方法可鉴定出玻片凝集法和液相芯片分型方法无法分型的菌株,在操作时间和成本上更具优势。本试验可为沙门菌的血清分型研究提供参考。

高通量测序技术在多倍体作物基因组学研究中的应用(英文)

高通量测序或第二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术已被广泛地应用于动植物基因组学研究并对其产生了深刻影响.该文总结了NGS在棉花基因组测序、转录组分析、微小RNA和单核苷酸多态性鉴定等方面的应用研究进展,并对NGS在棉花基因组学和遗传育种中的应用前景作了展望.NGS在棉花中的应用对其他多倍体作物的类似研究具有参考和指导意义,但其更广泛和有效的应用有赖于简便、高效生物信息学方法的开发和利用.

741对非亲缘关系供、受者HLA高分辨基因分型结果分析

目的研究造血干细胞捐献者资料库供、受者HLA-A、HLA-B、HLA-Cw、HLA-DRB1、HLA-DQB1位点等位基因高分辨全相合及不相合的概率。方法采用基因测序分型(sequence based typing,SBT),序列特异性寡核苷酸探针(sequence-specific oligo nucleotide probes,SSOP),聚合酶链反应序列特异性引物(sequence-specific primers,SSP)对741对HLA-A、HLA-B、HLA-DRB1低分辨全相合的无关供、受者进行HLA-A、HLA-B、HLA-Cw、HLA-DRB1、HLA-DQB1基因高分辨检测。结果HLA-A、HLA-B、HLA-Cw、HLA-DRB1、HLA-DQB1基因位点高分辨分型供、受者全相合的概率为0.1916(142/741);1个等位基因不相合的概率为0.1930(143/741),不相合的位点频率次序为:HLA-A>-Cw>-DQB1>-B>-DRB1;2个等位基因不相合的概率为0.2362(175/741),其中仅在一个位点(loci)上的概率为0.0175(13/741),位于两个位点上的概率为0.2186(162/741),以A+Cw组合位点不相合的概率最高,其次以B+Cw和DRB1+DQB1组合位点次之。结论对判断无关供、受者HLA-A、HLA-B、HLA-DRB1低分辨全相合,而HLA-A、HLA-B、HLA-DRB1、HLA-Cw、HLA-DQB1高分辨基因分型全相合或部分相合的概率有重要参考价值,并且不仅能提高非亲缘造血干细胞移植的成功率,还有助于提高造血干细胞捐献者资料库数据的使用率。

NGS在HLA基因分型中的应用

本文旨在介绍下一代测序(NGS)方法的原理,使用流程及现阶段存在的问题,强调这种方法在对人类白细胞抗原(HLA)基因分析中的应用,及其推广的价值。

中国西北汉族人群HLA-A^＊02等位基因的分布特点

目的研究西北汉族人群HLA-A* 02等位基因的分布特点。方法对760份健康无血缘关系的西北汉族人群HLA-A* 02等位基因进行高分辨基因分型,计算HLA-A* 02各等位基因构成比并与其他不同地区人群进行比较。结果 760份样本中,检出9种HLA-A* 02等位基因,以A* 0201(48.86%)为优势等位基因,A* 0207(22.72%)和A* 0206(15.91%)比较常见,纯合子主要为A* 0201/A* 0201,杂合子主要为A* 0201/A* 0207。结论西北汉族人群HLA-A*02等位基因的分布特点比较接近北方汉族人群,但具有其自身分布特点。

广东省1株百日咳鲍特菌分离株的全基因组测序分析

目的了解2017年广东省1株百日咳鲍特菌(简称百日咳杆菌)分离株的基因特征。方法对2017年广东省百日咳杆菌分离株(BP_GD2017)进行全基因组测序,分析这株菌的ptx S1、prn、fim2、fim3等主要抗原基因,并与我国的百日咳杆菌疫苗生产株CS株的抗原基因序列以及Gen Bank中收录的百日咳基因序列进行比较分析,同时应用wg-SNPs方法与NCBI上获取的31株国内外百日咳杆菌的基因组进行遗传进化分析。结果广东分离株BP_GD2017的基因组大小为3.64 MB,G+C含量67.74%,rRNA操纵子3个,分别是5S、16S和23S,46个tRNA,基因组结构和特征与我国疫苗生产株CS株以及其他地区和时间分离的百日咳杆菌基因组相似。分离株的ptx S1基因为A型、prn基因为2型,均与我国疫苗生产株CS株不同,fim2和fim3基因的氨基酸序列与我国疫苗生产株CS株同源性为100%。wg-SNPs基因进化显示与我国疫苗生产株CS株在不同的进化分支,而与近年来流行的其他地区(美国、英国、荷兰和挪威等地)分离株处于同一进化分支。结论广东省这株百日咳分离株与我国疫苗生产株CS株的主要抗原基因序列存在一定变异,遗传进化分支选择也出现了改变,通过比较分析不同国家或地区的分离株,可以从基因组水平上更加准确地分析基因重组、突变和进化,可以为制定百日咳疫苗免疫策略以及新型无细胞百日咳疫苗的研发提供支撑。

基于GBS-SNP的武夷茶树(Camellia sinensis,Synonym:Thea bohea L.)遗传分析及标记开发

为深入了解武夷茶树(Camelliasinensis,异名:TheaboheaL.)的遗传多样性与背景关系,收集126个武夷茶树品种/品系与223个来自12个不同地区的优异茶树品种/品系,共349份茶树资源。采用基因分型测序(Genotyping by sequencing,GBS)技术筛选出973个高质量核心SNP进行茶树遗传多样性及背景关系分析。基于模型的遗传结构(Structure)、系统发育树(NJtree)和主成分分析(PCA)结果表明,349个茶树可分为5个亚群,亚群聚类主要是基于茶树之间的亲缘关系,而不是树型或叶形等形态特征。基因流分析表明,从闽南地区到武夷山地区和武夷山地区到浙江地区存在基因渗入。遗传相似度分析显示,在349个茶树中有136对样本的遗传相似系数大于0.9,其中有26对涉及武夷茶树品种/品系。通过两两比对的辨识度分析,从973个SNP标记中筛选出21个可100%识别349个茶树品种/品系的SNP标记,其中18个SNP标记即可100%识别126个武夷茶树品种/品系,并建立遗传指纹图谱与开发鉴定引物。研究结果为今后武夷茶树种质资源的管理和育种提供有价值的信息。

多鳞[鱼喜](Sillago sihama)高密度遗传连锁图谱构建及生长性状QTL定位分析

为构建多鳞[鱼喜](Sillago sihama)遗传连锁图谱并鉴定生长等重要经济性状数量性状位点(QTL),实验通过基因分型测序(GBS)技术对163个多鳞[鱼喜]个体(2个亲本和161个全同胞家系F1代)进行测序及标记分型,并通过复合区间定位法对该物种的体重、体高、体厚、眼径、体长和背鳍前长6个生长性状进行QTL定位分析。结果显示,多鳞[鱼喜]首张高密度遗传连锁图谱全长2 154.803 c M,标记间平均遗传距离0.455 c M,共有4 735个SNP标记分配到24个连锁群。QTL定位分析结果发现在6个生长性状中共检测到20个生长显著相关QTL位点,分布在8个连锁群上,单个QTL的LOD值范围为3.02~4.23,可解释的表型变异范围为0.14%~8.42%。其中,在连锁群LG08聚集了8个生长性状显著相关的QTL。通过对候选QTL区间内的基因进行功能注释,共筛选到了19个潜在生长调控相关基因,包含igf1、igf2、sstr5、sst1a、tgfbr2、gas1、igfals、gfg6、gfg20、bmp7、kdm5c、tti1以及rbm10等。实验获得的遗传标记及相关候选基因是多鳞[鱼喜]生长相关性状标记辅助选择(MAS)的有用基因资源,为进一步研究鱼类生长调控机制提供了更多的理论依据。

人类白细胞抗原组织配型基因分型国家参考品的研制

目的研制人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)组织配型基因分型国家参考品。方法采集45份志愿者的新鲜外周血样本,经EB病毒转化,培养建立永生化细胞系。提取细胞系基因组DNA,分光光度计测定A_(260/280);细胞系基因组DNA反复冻融3次后,进行琼脂糖凝胶电泳分析;采用HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLADQB1位点基因高分辨分型试剂盒(测序法)进行全外显子基因分型,并与建系前外周血基因组DNA的分型信息进行比较。将检测结果符合要求的样本组成国家参考品,采用高分辨基因测序分型法(sequence-based typing,PCR-SBT)进行稳定性和均匀性验证。结果共获得38株永生化HLA细胞系,基因组DNA的A_(260/280)在1.80-2.15之间;琼脂糖凝胶电泳分析均未见拖带或弥散带,条带完整清晰;分型结果与建系前外周血基因组DNA的分型信息一致。以上述38份基因组DNA样本制备的HLA组织配型基因分型国家参考品,具有良好的均匀性和稳定性。结论成功建立了HLA组织配型基因分型国家参考品,可用于基因分型类检测试剂盒的质量评价。

黑龙江口岸地区鼠类动物中汉坦病毒感染情况调查

目的了解黑龙江省中俄边境11个口岸鼠类宿主动物携带汉坦病毒（Hantavirus,HV）状况及其分子流行病学特征。方法采用夹夜法和鼠笼法捕获鼠类,应用巢式PCR方法对鼠肺样本进行检测,对阳性样本测序并分型,获得序列用MEGA6进行分析。结果此次调查共捕获鼠类动物346只,经鉴定隶属3科9属11种。检测出汉坦病毒核酸阳性样本17份,平均带毒率为4.90%,包括汉滩型病毒（Hantaan virus,HNTV）6例,汉城型病毒（Seoul virus,SEOV）11例,首次在黑龙江口岸东方田鼠中检测到1例SEO型HV。进化分析表明,6株HNT型HV均与HNT型HV原型株76-118亲缘性较远（86.82%～88.43%）,分别与HNT型HV株BAO14、HXZ244同源性最高;11株SEO型HV分别与SEO型HV株Gongzhuling97、北京株BjHD01、越南株HaiPhong3-11同源性最高。结论黑龙江中俄边境口岸宿主动物感染汉坦病毒至少2个类型,相对较高的感染率提示着中俄边境地区开展肾综合征出血热监测和防控的迫切性。

基于ddGBS的黑杨派杨树SNP位点挖掘

【目的】基于双酶切测序基因分型(Double-digest genotyping by sequencing,ddGBS)技术,挖掘黑杨派特异性单核苷酸多态性(Single-nucleotide-polymorphism,SNP)位点信息,旨在为杨树SNP标记开发、种质指纹图谱构建、遗传多样性分析及重要经济性状关联分析等研究提供位点信息。【方法】以46份黑杨派无性系种质为材料,采用MseI+TaqaI双酶切基因组构建GBS文库并测序,使用Bowtie2将过滤后的序列数据比对到毛果杨参考基因组上,Stacks软件开发SNP位点,SnpEff软件注释SNP位点,R语言分析SNPs位点数目与染色体长度的相关性。【结果】共获得108 Gb数据,每个样本平均数据量为2.35 Gb;样本测序总序列数为218156221条,总碱基为62832509890 bp,样本序列数及其碱基长度的平均值分别为4742526条和1365924128 bp。Q30值为93.32%~94.44%,平均值为93.87%;GC含量为41.83%~44.96%,平均值为42.65%;碱基测序的平均错误率低于0.10%。这表明,GBS测序质量较高。序列比对至参考基因组的成功率为64.25%~73.53%,平均为69.89%;位点测序深度为12.40~24.70,平均值为18.40。过滤后共获得131194个SNP位点,主要位于基因上、下游和转录区,其中,C/T和A/G变异类型最多,转换类型明显高于颠倒类型。98.41%(129104)SNPs位点能成功定位到19条染色体上,位点平均分布密度为1/3188 bp;SNPs位点数目与染色体长度呈极显著线性正相关。【结论】GBS技术能够有效地挖掘SNP位点信息,可用于大规模杨树SNP标记开发,为进一步开展杨树种质指纹图谱构建、遗传多样性分析以及重要经济性状关联分析等研究奠定了基础。

玉竹主要栽培品种遗传多样性研究

目的:研究中药材玉竹栽培种的遗传多样性,为玉竹品种资源保护及利用提供依据。方法:收集湘玉竹及其他产地玉竹栽培种资源,以黄精属37种植物和同科植物竹根七为近源物种,利用叶绿体基因条形码psbA-trnH序列进行基原鉴定,并结合基于基因分型测序(Genotyping-by-Sequencing, GBS)的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)对主要栽培种进行遗传多样性分析。结果:玉竹Polygonatum odoratum与其他品种的psbA-trnH序列存在一定差异,但湘玉竹Y1~Y6栽培品种间差异不明显。基于SNP位点的遗传分析,能将玉竹不同栽培种进行更好地区分,分群特征与栽培选择历史及植物形态有明显相关。结论:湘玉竹栽培种遗传相似度较高,基于SNP位点分析对玉竹栽培种有一定鉴别能力,为玉竹栽培种的基原鉴定和品种选育提供遗传信息。

胎儿弯曲菌龟亚种中国分离株的种群结构、毒力基因及耐药性分析

目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum, Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序,结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析;MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构;核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树,rhierBAPS确定其种群结构;CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因;E-test法进行药敏试验,并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析,共纳入全球41株 Cft基因组信息,其中人类来源24株,动物来源13株,未知来源4株。流行病学资料显示,24株人类来源菌株中,20株感染对象为黄种人,1例为白种人(配偶是亚裔),其余未知,差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物,包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示,中国分离株以ST46为主要序列型,美国则以ST15为主要序列型;Grapetree显示,中国分离株的遗传多态性高于美国分离株;通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群,中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切;美国分离株相对较集中(SC3),且以ST15克隆传播为主;毒力基因分析显示,与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%,而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中;15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明, Cft对环丙沙星耐药率为46.67%,对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病,其感染可能与食入或接触爬行类动物有关;本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别,应引起我们的关注。