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应用宏基因组二代测序法评价支气管镜消毒灭菌效果的初步研究
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作者 金丁萍 胡燕燕 +3 位作者 倪凯文 陈来娟 杨晓煊 陆群 《护理与康复》 2023年第9期32-34,共3页
目的评估宏基因组二代测序法在检测支气管镜消毒灭菌效果中的价值。方法对内镜室经过氧乙酸高水平消毒灭菌的8根支气管镜,采用50 mL含相应中和剂的无菌液以冲洗、刷洗两种方法先后留取16份样本。采用常规法进行微生物培养,同时将支气管... 目的评估宏基因组二代测序法在检测支气管镜消毒灭菌效果中的价值。方法对内镜室经过氧乙酸高水平消毒灭菌的8根支气管镜,采用50 mL含相应中和剂的无菌液以冲洗、刷洗两种方法先后留取16份样本。采用常规法进行微生物培养,同时将支气管镜的冲洗液(C1~C4、C5~C8)和刷洗液(S1~S4、S5~S8)混成4份样本,采用宏基因组二代测序法进行检测,观察上述两种检测方法下的检测结果。结果16份样本经常规方法培养2 d、7 d后均未检出病原微生物。4份混合样本宏基因组二代测序法检出少量序列的抗辐射不动杆菌、铜绿假单胞菌、腐生葡萄球菌、豚鼠气单胞菌、金黄色葡萄球菌、逊德勒不动杆菌、卡他莫拉菌、巴斯德葡萄球菌等常见背景菌,未见特殊或难培养的微生物;2份冲洗液和对应的刷洗液在检出微生物种类、序列数上无明显差异。结论微生物培养法能够满足当前支气管镜消毒灭菌效果评价的需求,宏基因组二代测序法具有更高的敏感性,但成本偏高而不适合常规采用。 展开更多
关键词 支气管镜 消毒 灭菌 基因组二代
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亚硫酸氢盐-基因组测序法在检测基因异常甲基化中的应用 被引量:2
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作者 陈立军 王玮 +2 位作者 于利人 倪虹 呼文亮 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2006年第22期1280-1283,共4页
目的:介绍一种准确、敏感的检测多个标本、多个CG二核苷酸甲基化状态的方法。即亚硫酸氢盐-基因组测序法(BisulfiteGenomicSequencing,BGS)。方法:单链DNA的胞嘧啶可被亚硫酸氢盐修饰转变成尿嘧啶,而5'甲基胞嘧啶仍保持不变。这种... 目的:介绍一种准确、敏感的检测多个标本、多个CG二核苷酸甲基化状态的方法。即亚硫酸氢盐-基因组测序法(BisulfiteGenomicSequencing,BGS)。方法:单链DNA的胞嘧啶可被亚硫酸氢盐修饰转变成尿嘧啶,而5'甲基胞嘧啶仍保持不变。这种修饰处理可在甲基化和非甲基化基因组DNA间产生DNA序列差异,而这种DNA序列差异可通过BGS法较为灵敏地筛查出。利用该原理检测肝癌细胞AFP基因启动子区CG二核苷酸甲基化状态。结果:在癌细胞中发现两种异常甲基化,即高度甲基化及部分甲基化。结论:BGS法在基因甲基化检测中将有很大的应用潜能,为探讨肿瘤发生机制提供了新的分子分析方向。 展开更多
关键词 亚硫酸氢盐-基因 甲基化 甲胎蛋白
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高通量测序技术在多倍体作物基因组学研究中的应用(英文) 被引量:2
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作者 朱乾浩 丹尼.卢埃林 印.威尔逊 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期355-369,共15页
高通量测序或第二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术已被广泛地应用于动植物基因组学研究并对其产生了深刻影响.该文总结了NGS在棉花基因组测序、转录组分析、微小RNA和单核苷酸多态性鉴定等方面的应用研究进展,并对NGS在棉... 高通量测序或第二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术已被广泛地应用于动植物基因组学研究并对其产生了深刻影响.该文总结了NGS在棉花基因组测序、转录组分析、微小RNA和单核苷酸多态性鉴定等方面的应用研究进展,并对NGS在棉花基因组学和遗传育种中的应用前景作了展望.NGS在棉花中的应用对其他多倍体作物的类似研究具有参考和指导意义,但其更广泛和有效的应用有赖于简便、高效生物信息学方法的开发和利用. 展开更多
关键词 高通量技术 多倍体 转录组 单核苷酸多态性 基因分型
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胰腺癌中K-ras基因突变检测及其临床意义的初步探讨 被引量:2
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作者 王正松 龚春梅 +1 位作者 陈艳丹 邓少丽 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第21期2300-2301,共2页
目的用基因测序法检测胰腺癌患者K-ras基因突变位点,初步探讨K-ras基因对胰腺癌检测的临床意义。方法筛选20例来自肝胆外科胰腺相关疾病患者手术标本,经过病理切片证实后分成良性病变对照组和胰腺癌恶性病变组共2组,每组各10例,采用普通... 目的用基因测序法检测胰腺癌患者K-ras基因突变位点,初步探讨K-ras基因对胰腺癌检测的临床意义。方法筛选20例来自肝胆外科胰腺相关疾病患者手术标本,经过病理切片证实后分成良性病变对照组和胰腺癌恶性病变组共2组,每组各10例,采用普通的PCR方法扩增人类基因组中的K-ras基因,并采用ABI 3100 DNA测序仪对扩增的片段进行测序分析,检测良性病变对照组和胰腺癌恶性病变组标本突变情况,用SPSS统计学软件计算K-ras基因突变率与胰腺癌恶性病变的相关性。结果良性病变对照组标本K-ras基因第12位、13位密码子没有发生突变;胰腺癌恶性病变组有8例发生突变(80%),其中7例胰腺标本K-ras基因的第12位密码子发生突变,1例胰腺标本K-ras基因的第13位密码子发生突变。结论在实验室建立基因测序法检测胰腺癌患者K-ras基因突变位点的方法成功,可以推广使用;胰腺癌恶性病变组织K-ras基因的突变与胰腺癌有显著相关性,且第12位密码子为突变的热点位置。 展开更多
关键词 胰腺癌 K-RAS基因 基因测序法
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基于cpDNA和nrITS对濒危植物掌叶木的基因检测 被引量:2
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作者 滕婕华 倪敏 +2 位作者 李超群 李鹏伟 谢国文 《北方农业学报》 2017年第3期23-28,共6页
通过使用叶绿体基因和核糖体基因,对掌叶木进行基因检测研究。采用基因测序方法,用叶绿体基因(cpDNA)包括rpl32-trnL,trnH-psb A,trnL-F,trnS-G,trnT-L,mat K,trnH-trnK及rps16和核糖体核酸内转录间隔区基因(nrDNA ITS)包括ITS1-4及ITS5... 通过使用叶绿体基因和核糖体基因,对掌叶木进行基因检测研究。采用基因测序方法,用叶绿体基因(cpDNA)包括rpl32-trnL,trnH-psb A,trnL-F,trnS-G,trnT-L,mat K,trnH-trnK及rps16和核糖体核酸内转录间隔区基因(nrDNA ITS)包括ITS1-4及ITS5f-2r的序列,进行基因测序。通过序列比对,发现96个掌叶木个体10对引物扩增的基因片段序列几乎完全一致。遗传距离变化范围为0.000~0.001。选用七叶树作为外类群,96个掌叶木个体基本处于同一分支上,几乎无信息位点。因此,通过使用cpDNA和nrITS基因检测的方法未能划分掌叶木分类群,该基因检测法不合适应用于掌叶木分类。 展开更多
关键词 掌叶木 濒危植物 CPDNA NRITS 基因测序法
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实时荧光定量PCR技术检测妊娠晚期GBS感染的临床价值分析
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作者 钱云芳 徐敬轩 周文俊 《系统医学》 2023年第1期70-72,85,共4页
目的探讨实时荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术对检测妊娠晚期B族链球菌(group B streptococcus,GBS)感染的效果。方法选取2021年1—12月江苏省丹阳市妇幼保健院接收的180例妊娠晚期孕妇,均进行实时荧光定量... 目的探讨实时荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术对检测妊娠晚期B族链球菌(group B streptococcus,GBS)感染的效果。方法选取2021年1—12月江苏省丹阳市妇幼保健院接收的180例妊娠晚期孕妇,均进行实时荧光定量PCR检测,以基因测序法为金标准,分析该技术对GBS感染的诊断效能,并根据金标准将患者分为阳性组、阴性组,比较两组不良结局情况。结果实时荧光定量PCR技术检查诊断孕晚期GBS感染的准确率为99.44%、灵敏度为92.86%、特异度为100.00%,与金标准比较一致性较好(Kappa=0.96)。阳性组早产、胎膜早破、宫内感染、胎儿窘迫发生率分别为14.29%、14.29%、21.43%、21.43%,均高于阴性组,差异有统计学意义(χ^(2)=12.741、12.741、24.281、24.281,P<0.05)。阳性组新生儿感染、低体重儿发生率分别为14.29%、21.43%,均高于阴性组,差异有统计学意义(χ^(2)=12.741、24.281,P<0.05)。结论对妊娠晚期GBS感染采用实时荧光定量PCR技术检查诊断效能高,有利于预测不良妊娠结局,可指导临床诊疗工作的开展。 展开更多
关键词 妊娠晚期 GBS感染 实时荧光定量PCR 基因测序法 妊娠结局
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k-ras基因在中国结直肠癌患者中的突变状态 被引量:30
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作者 刘伟 王丽 +5 位作者 余英豪 王旭洲 武一曼 吴在增 欧阳学农 王烈 《世界华人消化杂志》 CAS 北大核心 2011年第13期1367-1374,共8页
目的:评价中国结直肠癌患者中k-ras基因突变状态及其与临床病理参数的关系.方法:收集2008-01/2009-12在中国人民解放军南京军区福州总医院手术切除的临床资料完整的结直肠癌石蜡包埋组织280例,分别应用实时荧光定量PCR和直接测序法检测... 目的:评价中国结直肠癌患者中k-ras基因突变状态及其与临床病理参数的关系.方法:收集2008-01/2009-12在中国人民解放军南京军区福州总医院手术切除的临床资料完整的结直肠癌石蜡包埋组织280例,分别应用实时荧光定量PCR和直接测序法检测结直肠癌中k-ras基因外显子2中第12、13编码子上最常见的7种突变类型,即第12编码子的35G>A、35G>T、35G>C、34G>A、34G>T、34G>C及第13编码子的38G>A,同时将两种检测结果进行比对分析.结果:(1)经直接基因测序,确认在280例结直肠癌中,k-ras基因测序阳性(基因突变型)94例,阳性率33.57%(94/280),其中第12编码子的35G>A、35G>T、35G>C、34G>A、34G>T及34G>C的突变率分别为14.64%(41/280)、4.29%(12/280)、0.36%(1/280)、2.86%(8/280)、3.57%(10/280)、0.36%(1/280),第13编码子的38G>A的突变率为7.5%(21/280);(2)94例k-ras基因测序阳性(基因突变型)病例中,实时荧光定量PCR阳性91例[灵敏度96.8%(91/94)],阴性3例;186例基因测序阴性(野生型)中,实时荧光定量PCR阴性184例[特异性98.9%(184/186)],阳性2例;实时荧光定量PCR法与直接基因测序法符合率为98.2%[(91+184)/280];(3)k-ras基因突变与患者性别、年龄相关(均P<0.05),而与肿瘤部位、分化程度、浸润深度、TNM分期、淋巴结转移及远处转移无相关性(均P>0.05).结论:(1)中国结直肠癌患者中存在较大比例的k-ras基因突变(33.57%),在临床选取表皮生长因子受体(EGFR)酪氨酸激酶抑制剂和抗EGFR单抗靶向药物治疗结直肠癌患者之前均应常规检测k-ras基因突变状态,从而为靶向治疗提供可靠的参考依据;(2)实时荧光定量PCR检测结果与基因测序检测结果高度一致,实时荧光定量PCR能够准确、快速、简便的检测出结直肠癌k-ras基因突变位点,可用于结直肠癌k-ras基因突变的检测;(3)k-ras基因突变与结直肠癌的生物学行为无明显相关性,但在≥60岁的女性人群中k-ras基因突变率较高. 展开更多
关键词 结直肠癌 K-RAS基因 基因突变 直接基因测序法 实时荧光定量PCR 靶向治疗 临床病理参数
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湖南地区238例非小细胞肺癌EGFR基因突变状态分析 被引量:14
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作者 赵瑾 田俏梅 +3 位作者 黄玉梅 熊银鹰 龚倩 吴白平 《肿瘤药学》 CAS 2014年第3期187-192,共6页
目的:评价湖南地区非小细胞肺癌患者EGFR基因突变状态及其与临床特征之间的关系。方法收集2012年1月至2013年6月中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院手术切除的非小细胞肺癌石蜡包埋组织238例,采用PCR扩增结合直接基因测序的方法,对组织... 目的:评价湖南地区非小细胞肺癌患者EGFR基因突变状态及其与临床特征之间的关系。方法收集2012年1月至2013年6月中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院手术切除的非小细胞肺癌石蜡包埋组织238例,采用PCR扩增结合直接基因测序的方法,对组织DNA中EGFR基因第18-21外显子突变进行检测。结果在238例非小细胞肺癌中,EGFR突变的检出率为35.3%(84/238)。其中,第18、19、20、21号外显子突变占总突变的比例分别为2.4%(2/84)、67.9%(57/84)、3.6%(3/84)、26.2%(22/84)。19号外显子的突变均为第746-753密码子的碱基缺失,以Del E746-A750为主;21号外显子突变类型以L858R为主。女性EGFR基因的突变率显著高于男性,不吸烟者显著高于吸烟者(P〈0.05)。而EGFR基因的突变率与非小细胞肺癌患者的年龄、临床分期和淋巴结转移均无相关性(P〉0.05)。结论湖南地区的非小细胞肺癌EGFR基因突变以19、21外显子为主,且19外显子的突变率高于21外显子,多见于女性、腺癌、不吸烟患者。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 EGFR基因 基因突变 直接基因测序法 靶向治疗
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再生障碍性贫血髓系肿瘤基因突变靶向测序临床研究 被引量:4
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作者 张婷 陈洋 +8 位作者 李瑞鑫 陈曦 龙启强 乔纯 王琰 王蓉 何广胜 师锦宁 李建勇 《临床血液学杂志》 CAS 2021年第3期168-171,共4页
目的:分析常见髓系肿瘤基因突变在再生障碍性贫血(AA)中的发生率和特点,与AA患者的临床特征和免疫抑制治疗(IST)结果的相关性。方法:收集213例AA患者初诊及IST后第6、12、24个月的外周血标本,使用二代基因测序法对34种常见髓系肿瘤基因... 目的:分析常见髓系肿瘤基因突变在再生障碍性贫血(AA)中的发生率和特点,与AA患者的临床特征和免疫抑制治疗(IST)结果的相关性。方法:收集213例AA患者初诊及IST后第6、12、24个月的外周血标本,使用二代基因测序法对34种常见髓系肿瘤基因进行检测,分析基因突变特点与AA患者的临床特征、IST疗效及疾病转化之间的相关性。结果:初诊时32例患者检测到基因突变,突变频率为15.02%,18个基因发生总计34次突变。突变次数最多的前3位基因分别为PIGA 35.29%(12/34)、TET214.71%(5/34)、ASXL111.76%(4/34);儿童组(0~18岁)、青中年组(18~59岁)及老年组(≥60岁)突变率分别为12.50%(4/32)、13.99%(20/143)和21.05%(8/38);重型AA患者突变发生率显著高于非重型AA患者(20.20%vs 10.53%,P=0.0487)。环孢菌素治疗组突变发生率低于抗人胸腺细胞免疫球蛋白联合环孢菌素治疗组(0 vs 6.9%,P=0.018)。治疗新出现预后不良基因突变2例,均无效。结论:AA患者的髓系肿瘤基因突变发生与疾病严重程度和治疗措施可能有关,新出现髓系肿瘤相关基因突变可能与疗效不良有关。 展开更多
关键词 再生障碍性贫血 免疫抑制治疗 环孢菌素 抗人胸腺细胞免疫球蛋白 髓系肿瘤基因 二代基因测序法
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耐多药结核分枝杆菌KatG及rpoB基因变异的研究
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作者 顾德林 帅桂生 +2 位作者 王枫 石彩芳 黄飞 《南通医学院学报》 2004年第4期412-412,414,共2页
目的 :建立快速检测耐多药结核分枝杆菌的分子药敏方法 ,掌握南通地区结核分枝杆菌 Kat G及 rpo B基因的突变特点 ,探索结核分枝杆菌耐异烟肼、利福平直接检测的可行性。方法 :收集 47例耐异烟肼、利福平的结核分枝杆菌临床分离株行 PC... 目的 :建立快速检测耐多药结核分枝杆菌的分子药敏方法 ,掌握南通地区结核分枝杆菌 Kat G及 rpo B基因的突变特点 ,探索结核分枝杆菌耐异烟肼、利福平直接检测的可行性。方法 :收集 47例耐异烟肼、利福平的结核分枝杆菌临床分离株行 PCR结合 DNA直接测序法检测 Kat G及 rpo B基因突变。以结核分枝杆菌标准株 H37Rv为参比菌株 ,应用 BACTEC460 TB快速培养系统进行结核分枝杆菌自动培养、药敏。结果 :47例耐异烟肼、利福平分离株结核分枝杆菌 Kat G及 rpo B基因突变阳性分别为 2 9例 (61.7% )、43例 (91.5 % ) ,两者同时突变 2 6例 (5 5 .3 % )。结论 :PCR-直接测序法敏感、特异、可靠实用 ,可快速检测结核分枝杆菌 Kat G及 rpo B基因突变 ,用于临床耐多药结核快速检测。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 耐药性 异烟肼 利福平 直接KatG基因 rpoB基困
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结直肠癌K-ras基因突变位点的检测及其临床意义 被引量:5
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作者 白冬雨 张海萍 +3 位作者 钟山 张海芳 付莉 丁毅 《中国普通外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1222-1226,共5页
目的:探讨结直肠癌中K-ras基因突变状态及其与临床病理特征的关系。方法:应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和直接基因测序法检测200例结直肠癌患者癌组织K-ras基因突变状态。将两种检测结果进行对比,并结合临床病理资料分析其意义。结果:20... 目的:探讨结直肠癌中K-ras基因突变状态及其与临床病理特征的关系。方法:应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和直接基因测序法检测200例结直肠癌患者癌组织K-ras基因突变状态。将两种检测结果进行对比,并结合临床病理资料分析其意义。结果:200例结直肠癌患者中,RT-qPCR检测出突变63例,突变检出率31.5%;经直接基因测序,测序成功的样品169例,检出突变50例,突变检出率29.6%。其中第12密码子GGT→GAT最常见,占34.9%(22/63);其次是第13密码子GGC→GAC,占28.6%(18/63);第12密码子GGT→CGT最少,全组未见(0/63)。两种方法突变检测一致率为98%。K-ras基因突变与肿瘤分化程度有关(P<0.05),而与患者性别、年龄、肿瘤部位、淋巴结转移及TNM分期无明显关系(均P>0.05)。结论:RT-qPCR能快速、敏感、准确地检测结直肠癌K-ras基因突变位点,为临床靶向治疗提供可靠的参考依据。 展开更多
关键词 结直肠肿瘤/遗传学 K-RAS基因 实时荧光定量PCR 直接基因测序法
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1株能利用高粱汁产L-乳酸的菌株鉴定及培养基优化 被引量:1
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作者 谢瑞 杨婷婷 +1 位作者 魏燕霞 谢雁 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期66-72,共7页
以产L-乳酸的菌株A2为对象,采用16S rRNA基因测序法结合菌株的表型特征进行鉴定,以甜高粱汁为主要培养基质,采用响应面设计软件对该菌种的发酵培养基进行优化。结果表明,A2菌株为Lactobacillus plantarum S4,优化得到的甜高粱汁培养基... 以产L-乳酸的菌株A2为对象,采用16S rRNA基因测序法结合菌株的表型特征进行鉴定,以甜高粱汁为主要培养基质,采用响应面设计软件对该菌种的发酵培养基进行优化。结果表明,A2菌株为Lactobacillus plantarum S4,优化得到的甜高粱汁培养基配比为甜高粱汁327. 83 g/L,蛋白胨1. 67 g/L,磷酸氢二钾4. 7 g/L,硫酸锰0. 17 g/L,在此培养基配比下,Lactobacillus plantarum S4厌氧发酵68 h后,L-乳酸产量达(61. 20±1. 36) g/L,L-乳酸/葡萄糖转化率(90. 74±2. 28)%,L-乳酸/蔗糖转化率(47. 20±1. 81)%。 展开更多
关键词 基因测序法 表型鉴定 培养基优化 高粱汁 L-乳酸发酵
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异常血红蛋白病实验室检测研究新进展
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作者 叶丽花 《临床血液学杂志》 CAS 2023年第2期140-144,共5页
异常血红蛋白(Hb)病是由于珠蛋白基因缺陷、珠蛋白一级结构发生变化而产生新的分子结构改变的Hb变异体引起的一组遗传性疾病,与地中海贫血统称为Hb病,是世界上最常见的出生缺陷之一,全球发病率位于第3位,是中国南方地区最常见的遗传性... 异常血红蛋白(Hb)病是由于珠蛋白基因缺陷、珠蛋白一级结构发生变化而产生新的分子结构改变的Hb变异体引起的一组遗传性疾病,与地中海贫血统称为Hb病,是世界上最常见的出生缺陷之一,全球发病率位于第3位,是中国南方地区最常见的遗传性疾病之一。相较于地中海贫血,大多数异常Hb病在临床上无临床症状,发病率较低,使得对该病的认识度不够广泛,因此目前还没有成熟独立的筛查诊断程序,异常Hb病往往是伴随地中海贫血筛查被发现,再通过基因测序检测才能明确诊断。 展开更多
关键词 异常血红蛋白病 Hb电泳 基因测序法
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脂联素基因变异与2型糖尿病的相关性 被引量:5
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作者 汝颖 王长江 +3 位作者 王佑民 章秋 胡红琳 陈明卫 《中华内分泌代谢杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期322-323,共2页
聚合酶链反应单链构象多态性和基因测序法观察脂联素基因I164T突变与中国安徽地区汉族人2型糖尿病的关系。受试者中未发现I164T突变,但在糖耐量异常组中,发现该基因的H142P新突变。提示I164T突变可能不是本组2型糖尿病的重要遗传因素,... 聚合酶链反应单链构象多态性和基因测序法观察脂联素基因I164T突变与中国安徽地区汉族人2型糖尿病的关系。受试者中未发现I164T突变,但在糖耐量异常组中,发现该基因的H142P新突变。提示I164T突变可能不是本组2型糖尿病的重要遗传因素,且该基因位点突变具有种族异质性。 展开更多
关键词 脂联素 基因变异 2型糖尿病 基因测序法 聚合酶链反应
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成都地区HBV基因型分布研究 被引量:7
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作者 卢亦路 王玲 +4 位作者 张发强 陈清英 夏增亮 胡迪 夏庆杰 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期546-548,共3页
目的调查成都地区乙型肝炎患者外周血中乙型肝炎病毒(HBV)基因型的分布情况。方法以长片段高保真聚合酶链反应(LA-PCR)扩增乙肝病毒S基因区,结合双脱氧链末端终止法(Sanger)测序技术对该地区90例乙型肝炎患者感染的HBV进行基因分型;同... 目的调查成都地区乙型肝炎患者外周血中乙型肝炎病毒(HBV)基因型的分布情况。方法以长片段高保真聚合酶链反应(LA-PCR)扩增乙肝病毒S基因区,结合双脱氧链末端终止法(Sanger)测序技术对该地区90例乙型肝炎患者感染的HBV进行基因分型;同时与常用的基因型特异引物扩增分型法获得的分型结果进行比较,做重复试验以证实所用方法的可靠性和准确性。结果S基因直接测序法检测成都地区人群HBV基因分型结果为B基因型57例(63.3%)、C型30例(33.3%),D型3例(3.3%),无其他基因型和混合型;基因型特异引物分型法除榆出23例(25.5%)混合基因型外,其他各例结果均与S基因测序法吻合。结论成都地区HBV优势基因型以B型为主,C型次之,偶见D型。S基因直接测序法能准确鉴定HBV基因型,并较好地反映HBV基因组变化的准种特征,总体上优于型特异引物分型法,此结论具有统计学意义(P<0.001)。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 基因 长片段高保真聚合酶链反应 S基因直接 型特异 引物分型
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人类白细胞抗原组织配型基因分型国家参考品的研制 被引量:1
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作者 胡泽斌 高飞 +3 位作者 刘湘 兰更欣 李丽莉 黄杰 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1212-1215,共4页
目的研制人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)组织配型基因分型国家参考品。方法采集45份志愿者的新鲜外周血样本,经EB病毒转化,培养建立永生化细胞系。提取细胞系基因组DNA,分光光度计测定A_(260/280);细胞系基因组DNA反复冻... 目的研制人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)组织配型基因分型国家参考品。方法采集45份志愿者的新鲜外周血样本,经EB病毒转化,培养建立永生化细胞系。提取细胞系基因组DNA,分光光度计测定A_(260/280);细胞系基因组DNA反复冻融3次后,进行琼脂糖凝胶电泳分析;采用HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLADQB1位点基因高分辨分型试剂盒(测序法)进行全外显子基因分型,并与建系前外周血基因组DNA的分型信息进行比较。将检测结果符合要求的样本组成国家参考品,采用高分辨基因测序分型法(sequence-based typing,PCR-SBT)进行稳定性和均匀性验证。结果共获得38株永生化HLA细胞系,基因组DNA的A_(260/280)在1.80-2.15之间;琼脂糖凝胶电泳分析均未见拖带或弥散带,条带完整清晰;分型结果与建系前外周血基因组DNA的分型信息一致。以上述38份基因组DNA样本制备的HLA组织配型基因分型国家参考品,具有良好的均匀性和稳定性。结论成功建立了HLA组织配型基因分型国家参考品,可用于基因分型类检测试剂盒的质量评价。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 组织配型 基因分型 高分辨基因分型 国家参考品
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