一种衡量基因语义相似度的新方法

提出了一种新的方法来衡量基因之间的语义相似度。本方法的主要原则是同时依赖于GO拓扑结构图中基因注释项之间的路径长度和基因注释项的公共祖先节点在GO拓扑结构图中的深度。用人工数据和取自酵母基因数据库的基因数据进行了实验,结果表明本方法比传统方法更有效。

一种改进的基因功能相似度计算方法

近年来,基于基因本体比较基因之间的功能相似度成为一个研究热点。当前,基因功能相似度计算方法可以分为2种类型:逐对(pair-wise)比较法和成组(group-wise)比较法。然而,由于基因本体注释数据的丰度问题,造成大量的基因具有相同的本体注释数据,从而导致基因功能相似度计算方法的结果存在偏差。本文提出一种改进的基因功能相似度计算方法,对注释集合的语义信息量进行归一化,达到准确度量基因之间的功能相似度的目的。实验结果表明:本文提出的方法可以消除相同注释对基因功能相似度计算方法的影响,且在测试平台上获得非常优秀的结果。

从岩石到土壤再到水系沉积物:风化过程的岩性地球化学基因

不活动元素的稳定性使得风化岩石、土壤和水系沉积物等风化产物能够保留新鲜母岩的元素特征,它们之间的含量变化趋势有可能从母岩传递到其风化产物中,这类似于生物学中基因遗传。仿照生物学中基因的特性提出了地球化学基因的概念及其构建方法,为了比较地球化学基因的相似程度进而提出基因相似度的概念及其计算方法。以风化过程中11种不活动元素为例,基于中国酸性岩、中性岩、基性岩的元素丰度数据构建了表征岩石及其风化产物地球化学特性的岩性地球化学基因,其元素序列为:Al_2O_3→SiO_2→P→Ti→La→Fe_2O_3→Th→Zr→Nb→Y→U。利用豫西熊耳山地区安山岩风化剖面、残坡积—沟系土剖面、化探详查水系沉积物和区域化探水系沉积物4种比例尺尺度的样品对构建的岩性地球化学基因进行了检验,结果发现岩性地球化学基因在风化过程中具有很好的遗传性(从岩石到风化产物)和继承性(从土壤到其源岩),利用岩性地球化学基因可以对土壤样品进行物源示踪。源自同一母岩的水系沉积物和土壤之间在岩性地球化学基因方面具有很好的相似性(同源风化产物之间)。基于中国区域化探水系沉积物调查数据,可以构建岩性地球化学基因库来对岩石及其风化产物样品进行溯源分析,在地质、环境、法庭等科学领域具有潜在应用前景。

基于微量元素岩性地球化学基因的构建与检验

地球化学基因是近年来提出的新技术。在分析地球化学基因构建方法的基础上提出一种基于微量元素的岩性地球化学基因,并将其编号为LG03,其基因链元素序列为Nb→Ti→Zr→Cr→La→V→Pb→Co→U→Ni→Th。分别选择发育在广东连阳花岗岩与佛冈花岗岩的2个花岗岩风化剖面、海南文昌3个玄武岩风化剖面、北京房山1个花岗闪长岩风化剖面、胶东2个花岗岩风化剖面与1个玄武岩风化剖面及1个花岗闪长岩风化剖面共计10个风化剖面对新构建的LG03基因以及以前基于主量和微量元素混合构建的LG01岩性基因进行检验。采用基因相似度≥80%作为样品之间具有相似基因的判别标准来检验地球化学基因在风化过程中的稳定性时,发现基于微量元素的LG03岩性基因与基于主量和微量元素混合的LG01岩性基因在遗传性与继承性方面基本相似,但LG03基因相对于LG01基因更稳定。采用酸性相似度20%和80%作为划分类基性成分、类中性成分和类酸性成分的标准时,发现LG03和LG01岩性基因在成分分类与物源示踪等方面也基本相似。在物源示踪方面LG03基因相对于LG01基因更稳定;在成分分类方面当二者划分结果不一致时应以LG01基因的酸性相似度划分结果为准,可进一步以LG03基因的划分结果加以约束。在风化、搬运与沉积过程中,地质样品的主量成分可能会受到风成沙、生物体等介质的加入而发生明显改变,进而导致LG01基因发生改变。但这些较单一成分物质的加入并不影响相对不活动微量元素之间的相互关系,从而可使LG03基因保持较好的稳定性。因此相对于LG01基因而言,LG03基因由于消除了受风成沙、生物体等介质的影响而可能具有更广泛的应用领域。

请勿谈“冠”色变——人和动物冠状病毒的那些事

新型冠状病毒疫情的爆发和持续扩散已经对我国经济、社会和人民生活产生了一定的影响。本文就人们关心的几个问题进行了探讨和澄清,如:冠状病毒家族有哪些成员,目前流行新型冠状病毒与已知人和动物冠状病毒间有什么关系,新型冠状病毒可能的来源,养殖场在当前新冠疫情下如何维持生产和降低损失等,以期增加人们对新型冠状病毒的认识,重视当前疫情,同时减少不必要的"新冠"恐惧。