鸭圆环病毒全基因组克隆与序列分析

为研究鸭圆环病毒全基因组的分子生物学特性,运用重叠PCR技术从鸭组织脏器提取的DNA中扩增出2条核苷酸序列,拼接后对其核酸组成、基因组结构及病毒的遗传变异进行分析。结果表明所获病毒核酸为大小1995nt的环型DNA,包含6个ORF,与登录在GenBank中克隆株MuDCV(AY228555)的同源性高达97·4%,可见所扩增的核酸序列为鸭圆环病毒基因组序列。

猪Ⅱ型圆环病毒豫A株的全基因组克隆与序列分析

参照国外发表的猪Ⅱ型圆环病毒 (porcinecircovirustype 2 ,PCV - 2 )全基因组序列 ,设计一对PCV - 2特异性引物 ,用该室分离的PCV - 2豫A株感染PK - 15细胞 ,从中提取PCV - 2复制型基因组DNA ,并以之为模板进行PCR扩增。回收PCR产物 ,构建重组测序质粒T -PCV - 2。测序结果表明 ,猪Ⅱ型圆环病毒豫A株的全基因组为 176 7bp ,与GenBank收录的PCV - 2国外分离株核苷酸的同源性可高达 97%。序列分析表明 ,复制型豫A株的基因组包含 10个读码框架 ,其中ORF1、ORF2是其两个最主要的读码框架 ,分别编码 314、2 34个氨基酸。豫A株和PCV - 1间的ORF1、ORF2的氨基酸序列同源性分别为 85 %、6 6 % ,与其它PCV - 2毒株间的ORF1氨基酸同源性均在 98%以上 ,而ORF2的氨基酸同源性为 92 %～ 97%。

在MDCK细胞上高产的乙型流行性感冒病毒株的筛选及其全基因组克隆

流行性感冒(流感)病毒可引起世界范围的大流行,因此需要及时地生产流感疫苗来预防流感的流行。乙型流感病毒是疫苗的重要组成部分。传统制备疫苗的方法是使用鸡胚生产,存在很多缺陷,应用哺乳动物细胞生产流感疫苗是个更好的选择。但是,乙型流感病毒感染MDCK细胞后,很难得到持续的高产。此实验筛选到的乙型流感病毒在MDCK细胞连续传代15代后,PFU值从第1代的8×104到第15代2×109,TCID50从第1代6 5到第15代的8 0。将筛选到的毒株进行全基因组克隆,用两套引物获得乙型流感病毒的全部8个节段。此结果为利用反向遗传技术将高产毒株与流行毒株重配,进而在哺乳动物细胞上生产基因工程流感疫苗打下基础。

不携带霍乱毒素基因的CTXΦ类前噬菌体基因组克隆与分析

霍乱弧菌的霍乱毒素基因ctxAB由其溶原性噬菌体CTXΦ编码 ,由此携带毒素基因在产毒株与非产毒株间水平转移。从无ctxAB的ElTor型菌株中 ,发现不同时间、地点来源的部分菌株仍带有CTXΦ基因组的其它基因 ,在研究菌株染色体上呈双拷贝串联排列。克隆后测序发现基因组全长 5 70 8bp ,其抑制基因rstR却与古典型菌株来源CTXΦ的相同 ,因此从E1Tor菌株中发现整合有古典型来源的这类噬菌体。其它各基因与CTXΦ序列基本一致 ,但nct CTXΦ的zot基因末端及下游间隔区与CTXΦ的相差很大 ,进一步的序列测定与比较表明nct CTXΦ中无ctxAB应是其固有结构 ,而不是ctxAB丢失所形成的。将这种独特的前噬菌体命名为nct CTXclassΦ。研究菌株染色体上nct CTXΦ基因组上下游也各存在TLC因子和RTX毒力基因簇的同源序列 ,揭示它们与nct CTXΦ基因组有与CTXΦ相同的联系。从序列分析上认为nct CTXΦ与CTXΦ在遗传分化上有不同 ,可能是CTXΦ的前体形式 ,这对CTXΦ的来源。

轮状病毒的LLR疫苗株全基因组克隆及结构蛋白VP6基因遗传特征

目的 了解轮状病毒（RV）的LLR疫苗株全基因组基因和蛋白特征、完善关键基因遗传稳定性研究,为疫苗的质量控制和研发提供依据.方法 将LLR株毒种第38代在原代牛肾细胞上连续传至49代,提取第38、43、44、49代病毒RNA.通过RT-PCR方法扩增LLR株（38代）全基因组11个dsRNA片段和传代病毒VP6基因,分别将其克隆到pGEM-T载体中,进行序列测定与分析.结果 LLR株全基因组11条RNA,由18 498个核苷酸组成,共编码5 796个氨基酸;全基因组研究表明,所克隆的LLR株属于G10P[15]/NSP4[A]/SG Ⅰ基因型.LLR株VP6基因全长1 356 bp,含编码397个氨基酸的单一的开放读码框架（ORF）.各代次病毒的VP6基因核苷酸与推导的氨基酸变化完全一致,与GenBank中LLR参考株（L11595）同源性分别为99.9％和99.7％.与16株SG Ⅰ亚群RV代表株之间,核苷酸与推导的氨基酸序列同源性分别为84.0％ ～ 99.7％和97.0％ ～ 99.2％;与不同亚群RV代表株之间,VP6基因核苷酸与推导的氨基酸同源性分别为77.7％ ～ 82.2％和92.2％ ～93.5％;LLR株各代病毒VP6基因核苷酸、氨基酸序列高度保守,各关键功能区未发生变异.结论 LLR疫苗株关键基因遗传特性稳定,为在分子水平保证LLR株毒种及其生产疫苗的安全性提供了依据;其全基因组克隆,为进一步研究RV生物学、免疫学和确定该病毒的分类学地位提供了科学依据.

猪圆环病毒2型HBZX株的全基因组克隆及序列分析

参照GenBank发表的猪圆环病毒2型(Porcine Circovirus type 2,PCV2)序列,设计合成了1对用于扩增PCV2全长基因组的特异性引物,从患断奶后仔猪多系统衰弱综合征(PMWS)的病料中,采用PCR方法克隆了PCV2 HBZX株的全长基因组序列,并进行了序列测定与分析。结果显示,PCV2 HBZX株的基因组全长为1 767nt;同源性比较发现,HBZX株与其他PCV2株的核苷酸同源性为95.0%～98.9%;遗传进化树分析表明,根据PCV2全基因组序列和ORF2编码蛋白的氨基酸序列所绘制的遗传进化树相似度较高;PCV2可分为两个亚型,以中国株为代表的亚洲株和以加拿大株为代表的美洲株分布在亚型1中,以法国株为代表的欧洲株分布在亚型2中。说明PCV2各分离株之间存在较为明显的地理位置上的相关性。

PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株全基因组克隆与序列分析

为了获得猪圆环病毒3型(PCV-3)全基因组克隆及序列,试验采用PCR技术,应用PCV-3全基因组特异性引物,对PCV-3阳性的腹泻仔猪肠内容物进行了PCV-3基因组的扩增和克隆测序,并运用DNAStar、MEGA5等软件对该PCV-3基因组序列进行了比对分析。结果表明:扩增克隆得到1株PCV-3分离株,命名为PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株,全基因组大小为2 000 bp,其ORF2大小为645 bp,且存在多处碱基突变。与国外PCV-3毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性为98. 7%~99. 0%;与国内毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性为97. 3%~99. 7%;与PCV-2毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性仅为47. 3%~48. 3%,差异性较大。基于PCV-3基因组核苷酸序列的遗传进化分析结果表明,PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株与国内PCV-3 Chongqing-147/2016株(KY075990)、Jiangxi-62/2016 (KY075989)株、Jiangxi-3/2016 (MF589106)株,与国外US/SD/2016(KX966193)株处于同一独立的进化分支,亲缘关系较近;与其他国内外PCV-3毒株则处于不同的进化分支,亲缘关系较远。根据PCV-3 Cap蛋白第24位和第27位氨基酸序列特征可知,PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株属于PCV-3c基因型。说明贵州省猪群中存在PCV-3,且分离得到的PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株属于PCV-3c基因型。

1株圆环病毒3型美国毒株全基因组克隆与遗传演化分析

为了解进口美国种猪中获取的猪圆环病毒3型(PCV3)毒株全基因组序列及遗传变异情况,根据GenBank中收录的PCV3基因组序列,设计2对特异性引物,对确诊感染PCV3的病死猪组织进行全基因组序列扩增、拼接、测序和序列分析。结果显示,获得的PCV3美国毒株(命名为PCV3_USA2021,GenBank登录号OL799306)全基因组序列长度约为2000 bp,与国内外不同地区的38个PCV3参考毒株同源性为98.7%~99.8%。其中,PCV3_USA2021株开放阅读框ORF1和ORF2与国内外38个参考毒株同源性分别为99.1%~99.9%和98.0%~100%。构建的全基因组系统进化树显示,该毒株为PCV3a亚型,与美国毒株(PCV3-US_SD2016)亲缘关系最近。本研究为PCV3的遗传变异、流行病学分析提供了参考,也为相关疫苗的研制打下了基础。

BVDV Singer_Arg株全基因组克隆及其感染性RNA制备

克隆牛病毒性腹泻病毒Singer_Arg株全长cDNA,并获得其感染性RNA。将病毒基因组分段克隆后再拼接成全长cDNA;通过巨细胞病毒即早期启动子控制病毒cDNA转录,5'-UTR上游的锤头状核酶和3'-UTR下游的丁肝病毒核酶控制转录产物5'-UTR和3'-UTR的完整性和准确性,以获得不经体外转录,直接转染细胞产生病毒感染性RNA的反向遗传操作系统;并通过Western blot、RT-PCR技术、免疫荧光等方法对子代病毒进行了一系列鉴定与遗传稳定性分析。获得了Singer_Arg株全基因组序列并通过反向遗传拯救出该毒株。成功构建了基于Singer_Arg株的BVDV反向遗传操作系统,为BVDV疫苗研发和基础研究提供了技术平台。

IBDV全基因组克隆、反向遗传系统的建立及基因缺失疫苗研究

传染性法氏囊病病毒（infectious bursal disease virus,IBDV）是传染性法氏囊病的病原,该病是目前危害世界养禽业的主要传染病之一。

九株猪圆环病毒Ⅱ型流行毒株全基因组克隆及序列分析

广西大学动物科技学院严业师、黄伟坚和屈素洁等科研工作者参考GenBank发表的猪圆环病毒Ⅱ型Porcine circovirus2．PCV2全基因组序列．设计一对引物．通过反向PCR技术扩增出9株PCV2流行株的全基因，并进行了序列测定与分析。结果发现9株PCV2的基因组全长为1768bp或1767bp，同源性比较发现．这9株PCV2之间的核苷酸同源性为95．6％～100％，

蜜蜂残翅病毒基因组全长克隆及其克隆不稳定性

利用长片段PCR技术,以单一病蜂的cDNA为模板,扩增出完整蜜蜂残翅病毒基因组并构建感染性克隆。结果表明,该基因组在某些大肠杆菌内难以稳定克隆,说明蜜蜂残翅病毒分离株具有克隆不稳定性,克隆不稳定性可能仅存在于部分蜜蜂残翅病毒分离株和亚型。国内的蜜蜂残翅病毒分离株在亲缘关系上非常接近,国外的蜜蜂残翅病毒分离株也可能存在克隆不稳定性。

广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析

参考已发表的猪瘟病毒 (CSFV) Shimen株、HCL V株、Paderborn株的核苷酸序列 ,设计并合成 1 1对引物 ,应用RT- PCR技术 ,成功地分 1 1个片段扩增了 CSFV广西流行毒株 GXWZ0 2的全基因组。将这 1 1个基因片段克隆 ,并测定了其核苷酸序列。应用计算机生物软件 Vector NTI将 1 1个基因片段进行拼接 ,确认 CSFV GXWZ0 2株全基因组序列的长度为 1 2 2 96个核苷酸 (Gen Bank收录号 AY3 6 776 7)。将 GXWZ0 2株与国内外已发表的 Shimen、HCL V、3 9、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort1 87、Paderborn、CS、AL D、GPE- 、P97、L PC毒株进行全基因组核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较 ,核苷酸同源性分别为 85 .4 %、 84 .6 %、88.7%、85 .7%、 85 .7%、 85 .3 %、85 .6 %、 95 .3 %、 85 .7%、85 .7%85 .4 %、83 .4 %、84 .3 % ,推定的氨基酸同源性分别为 92 .6 %、91 .7%、94 .2 %、 93 .1 %、92 .9%、92 .3 %、 93 .0 %、97.7%、92 .6 %、93 .0 %、92 .6 %、90 .5 %、90 .6 %。 GXWZ0 2与 Shimen、HCL V的全基因组序列及推定的氨基酸序列有明显差异 ,表明 GXWZ0 2株在遗传性和抗原性上发生了较明显的变化。系统发育树分析 ,所比较的 1 4株 CSFV被分为2个群 :GXWZ0 2、Paderborn和 3 9这 3个毒株被归为群 .

百合无症病毒大连分离物全基因组克隆及其序列分析

百合无症病毒（Lily symptomless virus，LSV）属于香石竹潜隐病毒属（Carlavirus），是严重影响百合生长的主要病毒之一。LSV由美国Brierley和Smith首次从俄勒冈州带有坏死斑点的百合中分离得到。此后，在世界各地均有报道，我国江南、江北以及东北各地也有发生。LSV不会引起百合植株产生明显症状，但会使鳞茎变小，严重退化。

兔出血症病毒基因组的克隆及克隆基因的酶切图谱

本试验用甘油-酒石酸钾密度梯度离心纯化了兔出血症病毒(Rabbit hemorrhagic disease virus,RHDV),所得病毒制剂实心颗粒占90％,没有宿主核酸污染。在常规SDS-蛋白酶K法的基础上,建立了一种耗时短、重复性高的RHDV核酸抽提程序。按照细小病毒基因组的特性,在体外合成了RHDV dsDNA,证明兔出血症病毒基因组是具有3′端发夹结构的ssDNA。以核酸酶S1修饰RHDV dsDNA,将其克隆入BS质粒载体,转化大肠杆菌DH5株。经筛选鉴定,共得RHDV DNA克隆23个,其中最大者(pYC-2)为4.6kb。选用18种限制性内切酶作酶谱分析,结果表明,12种酶在pYC-2克隆基因上不存在切点;以双酶法,用Cla Ⅰ、HincⅡ,Pvu Ⅰ、Bgl Ⅱ和Hpa Ⅰ绘制出pYC-2DNA的酶切图谱。

禽腺联病毒全基因组的克隆及感染性病毒的拯救

为了克隆禽腺联病毒(Avian adeno-associated virus,AAAV)全基因组用于构建基因转移载体研究,以鸡胚致死孤儿病毒(CELO)作为辅助病毒与AAAV共接种SPF鸡胚进行AAAV的增殖,将AAAV约4.7kb双链基因组DNA与pCR2.1载体连接,构建了含AAAV全基因组的重组质粒pAAAV并进行了测序。序列分析表明,AAAV YZ-1株的基因组为4684bp,两端具有141bp的末端倒置重复序列和Rep蛋白结合位点特征序列,与GenBank中收录的AAAV DA-1株和VR-865株的核苷酸序列同源性分别为95.0%和92.2%。将pAAAV质粒转染CELO病毒感染的鸡胚肝细胞系,获得了感染性AAAV病毒粒子,结果证明克隆的AAAV基因组中存在与病毒复制和包装相关的正确关键序列,可用于重组AAAV载体的构建。

HIV-1 B′亚型CNHN24毒株5′端和3′端长末端重复序列的测定及全基因组克隆的构建

目的:对我国H IV-1B′亚型CNHN24毒株5′端和3′端长末端重复序列(LTR)进行扩增及测序并构建全基因组克隆。方法:利用PCR扩增出5′LTR和3′LTR片段;并利用高保真DNA聚合酶分别扩增出病毒全基因组的5′半分子和3′半分子DNA,然后依次将其克隆入低拷贝载体pLG338。结果与结论:完成CNHN24毒株5′LTR和3′LTR的测序并提交至GenBank,其登录号分别为AY860947和AY894352,使CNHN24株成为具有完整全序列的H IV毒株;获得可以稳定传代的全基因组克隆质粒pCN24,利用此克隆转染293T细胞后可以产生恢复病毒。

中国首次分离的辛德毕斯病毒XJ-160病毒株感染性全基因组cDNA克隆的构建与分析

报告了中国首次分离的辛德毕斯病毒XJ-160株的感染性全基因组cDNA克隆的构建与鉴定.利用RT-PCR方法获得覆盖病毒全长基因组的cDNA片段,以低拷贝质粒pBR322作为骨架,将基因组cDNA置于SP6 RNA聚合酶启动子之后,基因组3'末端带有35个连续的A,通过DNA重组技术组装成病毒基因组全长cDNA克隆.该克隆可在大肠杆菌DH5a中稳定扩增.经体外转录,RNA转录体转染BHK-21细胞,细胞发生病变,恢复病毒滴度达到107～108pFU/ml.全基因组cDNA克隆构建过程中引入的沉默突变(8 453位核苷酸由C变为T)产生Xba Ⅰ酶切位点作为遗传标记,在子代恢复病毒的基因组中稳定存在.从细胞病变的特征、BHK-21细胞的空斑形态、病毒的抗原性、病毒在细胞中的生长动力学特征以及对乳鼠的致病性等方面比较,恢复病毒和亲本病毒XJ-160没有显著区别,提示获得了具有感染性的XJ-160病毒全长cDNA克隆.该病毒感染性全基因组cDNA克隆可以作为反向遗传学系统,为进一步研究病毒复制和致病机制,以及开发相应的载体表达系统提供分子生物学工具.

中国人源蓝氏贾第虫病毒基因组全长cDNA克隆及序列测定

从中国人源蓝氏贾第虫北京株 ( BEIJ88/ BTMR1/ 1)体外纯培养的电镜负染和超薄切片观察到蓝氏贾第虫病毒粒子。该病毒位于感染早期贾第虫的细胞质中 ,感染晚期的细胞核中。根据国外发表的蓝氏贾第虫病毒序列设计了 6对互相重叠的引物。用这 6对引物对从中国人源蓝氏贾第虫北京株发现的蓝氏贾第虫病毒基因组进行 RT- PCR,将产物连接到 p MD18- T载体中并转化入 DH5 α感受态菌 ,送上海生工测序 ,通过 BL AST对 Gen- Bank进行同源性搜索。结果测得我国人源蓝氏贾第虫病毒基因组全长为 6 2 73bp,与国外报道的蓝氏贾第虫病毒序列同源性为 95 % ,编码的氨基酸同源性为 90 %。