RNA沉默——植物基因组免疫的安全防线

在植物中,起始于双链RNA的长度为21-24个核苷酸的小RNA,能够诱发两种形式的表观遗传学基因沉默。转录后基因沉默(Post-transcriptional gene silencing,PTGS),可以介导细胞质中同源mRNA的降解;转录基因沉默(Transcriptional gene silencing,TGS),则主要通过小RNA介导同源启动子区的DNA甲基化,从而抑制基因转录。文中针对PTGS和TGS通路的区别与联系、沉默传递研究的现状及内源与外源基因沉默的异同点等问题进行探讨。

基于生物信息学分析胰腺癌肿瘤浸润性白细胞组成和预后相关的免疫基因

目的:鉴定胰腺癌(PC)浸润性白细胞组成和预后相关的免疫相关基因(IRGs),为患者预后预测提供依据。方法:根据TCGA和GTEx数据库,研究PC和正常胰腺组织中白细胞组成的差异,并分析178例PC患者中差异表达的与OS相关的IRGs。利用计算生物学的方法分析这些IRG的潜在作用机制和性质。采用多变量Cox分析探寻新的PC预后生物标志物。结果:与非肿瘤组织相比,PC组织中CD4^(+)记忆性T细胞和M0巨噬细胞更为常见且占优势。功能富集分析表明,OS相关的差异表达IRGs积极参与了PI3K-Akt信号通路。12个预后相关差异表达的IRGs可用于预后预测。结论:筛选出12个PC特异性IRGs,可作为预测预后的新指标。

生物信息学在免疫学上的应用

生物信息学的快速发展为免疫学的研究提供了新的手段,如果运用得当,能够大大加快研究进程,降低研究费用,缩短研究周期。兹从免疫学的常用数据库、免疫基因组以及MHC和多肽结合预测等3个方面,对生物信息学在免疫学中的应用进行了综述。

胃癌免疫治疗研究进展

胃癌是世界上第五大恶性肿瘤,是癌症相关死亡的第二大原因[1]。胃癌的治疗选择有限,为提高患者生存率,必须研究出更好的治疗手段。免疫疗法适用于体细胞突变程度高的恶性肿瘤,如黑色素瘤[2]、霍奇金淋巴瘤[3]及非小细胞肺癌[4]。研究发现胃癌患者体细胞突变发生率很高,这意味着胃癌患者可能是免疫疗法的理想候选者[5]。本文总结了可能与胃癌有关的免疫相关机制及胃癌免疫疗法临床试验中的潜在靶标药物。

如何撰写高质量的流行病学研究论文第四讲 免疫基因组学研究报告规范——STREIS介绍

现代高通量的人类白细胞抗原和杀伤细胞免疫球蛋白样受体分型技术产生了大量的免疫基因组学数据,对组织相容性和免疫相关的疾病关联研究带来深刻影响.而免疫基因组学数据的高度多态性为不同数据集的信息合成带来了独特的方法学和计算挑战.“加强免疫基因组学研究报告规范”（Strengthening the Reporting of Immunogenomic Studies statemen,STREIS）以STREGA为基础进行了扩展,专门说明免疫基因组学数据的相关问题,以加强研究的透明化报告和一致性解释.本文旨在介绍STREIS清单并对扩展条目进行解读.

RNA干扰及其应用

RNA干扰(RNA interference,RNAi)是真核生物中普遍存在的一种自然现象,是由双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)启动的序列特异的转录后基因沉默过程.在这一过程中,双链RNA被核酸内切酶切割成小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA),小干扰RNA与相关的蛋白质结合成RNA诱导沉默复合体(siRNA-induced silencing complex,RISC),RISC识别并降解靶mRNA.现在认为RNA干扰是真核生物共有的抗病毒、抗转座子、抗转基因和抗异常RNA的基因组免疫系统.随着RNA干扰的研究,产生了一种新的技术—RNA干扰技术,并得到了广泛的应用.

VSTM1多克隆抗体的制备和鉴定

目的:制备VSTM抗体,鉴定其性能。方法:VSTM1有两种主要的剪接体VSTM-v1和VSTM-v2。前者为膜分子,后者为分泌蛋白,与前者相比后者仅缺少穿膜区。构建VSTM-v2的原核表达载体,诱导表达并纯化带两种不同标签的VSTM-v2重组蛋白,Trx-His-S-VSTM1-v2和GST-VSTM1-v2。用前者免疫家兔制备VSTM1抗血清,ELISA检测效价;后者偶联Sepharose 4B制备免疫亲和层析柱对抗血清进行纯化。通过Western blot法和免疫荧光细胞化学技术,鉴定该抗体的特异性与适用范围。结果:免疫得到兔抗人VSTM1抗血清,效价达到1∶106。纯化后的抗体用于Western blot可特异识别过表达和内源性的VSTM1,并可用于免疫荧光细胞化学技术检测细胞膜表面过表达的VSTM-v1。结论:成功制备了兔抗人VSTM1抗体,具有较高的效价及特异性,可以识别内源性VSTM1并可用于免疫荧光细胞化学技术。

中国乙型肝炎病毒基因组序列突变及进化分析

目的了解中国乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基因组序列的免疫逃逸突变、耐药突变和基因组进化信息。方法选取1998-2021年在GenBank中的中国HBV全基因组序列信息作为分析对象,采用MAFFT软件进行聚类分析,使用在线工具Gen2pheno进行免疫逃逸突变和耐药突变分析,使用BEAST 1.10.4做序列的时间进化分析。结果5426条序列纳入分析集,分布于我国19个省份,C型占比最高(59.1%,3211/5426)。其次为B型(33.7%,1833/5426)。有764条(14.1%,764/5426)序列发生了免疫逃逸突变,98.1%的序列至少发生了1处反转录酶编码区域突变。中国大部分系列的进化根在公元1801年左右。结论中国HBV耐药突变率较高,HBV基因组进化缓慢。

RNAi的发展与应用

RNAi作为一种调控特定基因表达的手段,被称为基因组的免疫现象,已成为最近生物医学领域的研究焦点之一,其发现为疾病治疗提供了全新的途径,并给整个生物理论界带来了巨大而深远的影响。简要介绍了其机制和应用。