现代高通量的人类白细胞抗原和杀伤细胞免疫球蛋白样受体分型技术产生了大量的免疫基因组学数据,对组织相容性和免疫相关的疾病关联研究带来深刻影响.而免疫基因组学数据的高度多态性为不同数据集的信息合成带来了独特的方法学和计算挑...现代高通量的人类白细胞抗原和杀伤细胞免疫球蛋白样受体分型技术产生了大量的免疫基因组学数据,对组织相容性和免疫相关的疾病关联研究带来深刻影响.而免疫基因组学数据的高度多态性为不同数据集的信息合成带来了独特的方法学和计算挑战.“加强免疫基因组学研究报告规范”(Strengthening the Reporting of Immunogenomic Studies statemen,STREIS)以STREGA为基础进行了扩展,专门说明免疫基因组学数据的相关问题,以加强研究的透明化报告和一致性解释.本文旨在介绍STREIS清单并对扩展条目进行解读.展开更多
目的了解中国乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基因组序列的免疫逃逸突变、耐药突变和基因组进化信息。方法选取1998-2021年在GenBank中的中国HBV全基因组序列信息作为分析对象,采用MAFFT软件进行聚类分析,使用在线工具Gen2pheno进...目的了解中国乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基因组序列的免疫逃逸突变、耐药突变和基因组进化信息。方法选取1998-2021年在GenBank中的中国HBV全基因组序列信息作为分析对象,采用MAFFT软件进行聚类分析,使用在线工具Gen2pheno进行免疫逃逸突变和耐药突变分析,使用BEAST 1.10.4做序列的时间进化分析。结果5426条序列纳入分析集,分布于我国19个省份,C型占比最高(59.1%,3211/5426)。其次为B型(33.7%,1833/5426)。有764条(14.1%,764/5426)序列发生了免疫逃逸突变,98.1%的序列至少发生了1处反转录酶编码区域突变。中国大部分系列的进化根在公元1801年左右。结论中国HBV耐药突变率较高,HBV基因组进化缓慢。展开更多
基金北京市自然科学基金,a grant from the Beijing Natural Science Foundation
文摘现代高通量的人类白细胞抗原和杀伤细胞免疫球蛋白样受体分型技术产生了大量的免疫基因组学数据,对组织相容性和免疫相关的疾病关联研究带来深刻影响.而免疫基因组学数据的高度多态性为不同数据集的信息合成带来了独特的方法学和计算挑战.“加强免疫基因组学研究报告规范”(Strengthening the Reporting of Immunogenomic Studies statemen,STREIS)以STREGA为基础进行了扩展,专门说明免疫基因组学数据的相关问题,以加强研究的透明化报告和一致性解释.本文旨在介绍STREIS清单并对扩展条目进行解读.
文摘目的了解中国乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基因组序列的免疫逃逸突变、耐药突变和基因组进化信息。方法选取1998-2021年在GenBank中的中国HBV全基因组序列信息作为分析对象,采用MAFFT软件进行聚类分析,使用在线工具Gen2pheno进行免疫逃逸突变和耐药突变分析,使用BEAST 1.10.4做序列的时间进化分析。结果5426条序列纳入分析集,分布于我国19个省份,C型占比最高(59.1%,3211/5426)。其次为B型(33.7%,1833/5426)。有764条(14.1%,764/5426)序列发生了免疫逃逸突变,98.1%的序列至少发生了1处反转录酶编码区域突变。中国大部分系列的进化根在公元1801年左右。结论中国HBV耐药突变率较高,HBV基因组进化缓慢。