蜜蜂残翅病毒基因组全长克隆及其克隆不稳定性

利用长片段PCR技术,以单一病蜂的cDNA为模板,扩增出完整蜜蜂残翅病毒基因组并构建感染性克隆。结果表明,该基因组在某些大肠杆菌内难以稳定克隆,说明蜜蜂残翅病毒分离株具有克隆不稳定性,克隆不稳定性可能仅存在于部分蜜蜂残翅病毒分离株和亚型。国内的蜜蜂残翅病毒分离株在亲缘关系上非常接近,国外的蜜蜂残翅病毒分离株也可能存在克隆不稳定性。

SARS_CoV中国株基因组全长cDNA的构建及其恢复病毒的生物学性质

严重急性呼吸综合征是SARS-CoV引起的一种重要新发传染病,其致病机制的研究对于防治该病十分必要。为了利用反向遗传学技术研究SARS-CoV的致病机制,将覆盖SARS-CoVBJ01株基因组全长的7个cDNA片段纯化后进行体外连接,构建基因组全长cDNA分子,以其为模板,使用T7RNA聚合酶系统在体外进行转录,获得病毒RNA。用电穿孔转染法将转录体RNA导入VeroE6细胞,可观察到典型的SARS-CoV致细胞病变作用。对收获的恢复病毒采用RT-PCR方法进行鉴定,结果表明获得的恢复病毒与SARS-CoVBJ01株原病毒序列一致。以针对SARS-CoV的抗体对感染细胞作间接免疫荧光反应,证明获得了具有特异感染性的恢复病毒。同时用细胞病变法和空斑试验测定了恢复病毒及其亲本毒株的病毒滴度,结果表明二者在致病性上没有明显差异,恢复病毒具有与原型株相似的生物学特性。SARS-CoVBJ01株基因组全长cDNA的成功构建及对恢复病毒生物学性质的研究将为进一步探索SARS-CoV致病的分子机制及研制新型疫苗奠定良好的基础。

猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-1a株基因组全长cDNA克隆的构建

猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV)嗜好在PAM和其他单核细胞上生长 ,如果把PRRSV作为一种病毒活载体 ,它就可以携带外源抗原高效进入猪体的免疫系统 ,更好地刺激机体产生免疫应答。本实验根据PRRSV基因组和克隆载体的限制性内切酶酶切位点 ,将PRRSV基因组设计为 8段进行了反转录和扩增 (RT_PCR) ,将得到的片段克隆到质粒pBluescriptIISK(_)或pMD 18T_vetcor中。在扩增 5’端时 ,运用 5’RACE获得了基因组 5’最末端序列 ,在亚克隆入pOK12前在 5’端上游引入了T7启动子序列。选取一个克隆在 3’端紧挨ORF7下游引入了PacⅠ位点 ,以期作为感染性分子克隆的分子标志。将扩增片段在pBuescriptIISK(_)中进行了部分连接后 ,亚克隆于低拷贝质粒pOK12中 ,在pOK12中进行了长片段的连接 ,并获得了基因组全长cDNA克隆。进行全基因测序后 ,在 3处发现有 6个核苷酸的缺失 ,运用插入突变修补丢失的碱基 ,最终获得了含有PRRSVCH_la株基因组全长cDNA的重组质粒pOKCH_laF和含有分子标志PcaⅠ的基因组全长cDNA克隆pOKCH_laPacIF。在本试验中构建的基因组全长cDNA克隆为进一步获得具有感染性的PRRSV分子克隆并研究该病毒基因组结构和功能奠定了基础。

柑橘脉突病毒基因组全长cDNA克隆及其侵染性鉴定

【目的】构建柑橘脉突病毒(citrus vein enation virus,CVEV)侵染性克隆,为从分子水平解析其致病机理打下基础。【方法】利用SMARTer®RACE(rapid amplification of cDNA ends)试剂盒对CVEV的5′序列进行RACE,并依据序列分析结果及CVEV分离株VE-1保守序列,设计CVEV基因组全长cDNA扩增引物。以CVEV毒源植株的总RNA为模板,通过EV25-F/EV5983-R引物扩增CVEV基因组全长cDNA。利用In-Fusion重组连接线性化pXT1和CVEV全长cDNA。通过菌液PCR及测序分析鉴定CVEV基因组全长cDNA克隆。通过农杆菌介导的真空浸润接种摩洛哥酸橙(Citrus aurantium)、邓肯葡萄柚(C.paradisi)、尤力克柠檬(C.limon)、枳柚(C.paradisi×Poncirus trifoliata)、Rusk枳橙(P.trifoliata×C.sinensis)、枣阳小叶枳(P.trifoliata),进一步通过RT-PCR检测、症状观察鉴定所构建CVEV全长cDNA克隆的侵染性。【结果】建立了CVEV的基因组全长RT-PCR扩增体系,获得基于双元载体pXT1的CVEV基因组全长cDNA克隆10个。随机选取的6个全长cDNA克隆CVEV1901—CVEV1906的序列一致性为99.35%。其中,CVEV1901基因组全长5983 nt,由5个开放阅读框、5′端207 nt和3′端198 nt的两个非翻译区、以及ORF2和ORF3之间122 nt的基因间隔区组成。序列分析结果显示,CVEV1901与浙江分离株XZG及四川SM分离株的序列一致性分别为99.98%和99.11%;与西班牙VE-1分离株、美国加州VE701分离株和日本IBK分离株基因组序列一致性在96.89%—98.61%;与同属中豌豆耳突花叶病毒(pea enation mosaic virus)和紫花苜蓿耳突病毒(alfalfa enamovirus)的序列一致性约90%。通过农杆菌介导的真空浸润将CVEV1901接种至6个不同的柑橘品种,接种后120 d的RT-PCR检测结果表明摩洛哥酸橙、邓肯葡萄柚、尤力克柠檬、枳柚、Rusk枳橙和枣阳小叶枳阳性植株/接种植株(阳性率)分别为16/17(94.12%)、12/14(85.71%)、16/21(76.19%)、15/19(78.95%)、13/14(92.86%)和0/18(0)。其中,部分摩洛哥酸橙出现典型CVEV侵染症状,叶片侧脉和支脉产生耳状小突起,叶背有相应的凹陷;部分邓肯葡萄柚和尤力克柠檬出现叶片皱缩现象。【结论】建立了CVEV的基因组全长RT-PCR扩增体系,获得了CVEV基因组全长cDNA侵染性克隆,通过农杆菌介导的真空浸润接种可引起摩洛哥酸橙、邓肯葡萄柚和尤力克柠檬的CVEV侵染症状。

新城疫病毒Lasota株基因组全长cDNA的构建与序列分析

将Lasota病毒RNA反转录为cDNA,按照GenBank上公布的Lasota基因组序列(AF 077761)设计了5对引物进行全基因组的扩增(RT-PCR),并将各个片段连于克隆载体pMD_(18)-T,获得高拷贝的基因序列,然后通过酶切连接将测序正确的各个片段连接到pET-30a载体。PCR分片段扩增、酶切鉴定及测序结果表明,所构建的Lasota全基因组cDNA基因序列正确,连入载体的位置与预期完全一致。

HIV-1新型重组毒株近似全长基因组结构鉴定分析

目的对3条人类免疫缺陷病毒(HIV)-1亚型不确定的近似全长基因组序列(NFLG)进行基因镶嵌结构分析。方法用近末端稀释法、系统发育树和基因重组断点分析等方法对3例男男同性恋(MSM)HIV-1感染病例进行HIV-1 NFLG扩增、基因亚型分析和基因重组图谱分析。结果Neighbor-joining进化树分析结果显示,3条HIV-1序列均为单独分支,可能是新型重组毒株。jpHMM在线软件和SimPlot v3.5.1软件综合分析结果显示,NFLG 110和NFLG 171分别为CRF07_BC和CRF01_AE,NFLG 150为CRF01_AE和CRF07_BC二代重组毒株。基因重组断点分析结果显示,NFLG 150的重组模式是以CRF07_BC全长基因组为骨架,在gag区和env区分别插入了1个长度约为60和80 bp的CRF01_AE基因片段。结论在MSM人群中发现1株HIV-1 CRF01_AE/CRF07_BC二代重组毒株,建议持续监测相关性传播,特别是MSM人群HIV-1新型基因重组毒株。

保定市1株新型HIV-1重组毒株的近似全长基因组鉴定分析

目的对保定市新发现的1株pol区不能明确分型的HIV-1毒株(BD226AJ)进行近似全长基因组扩增,并分析其亚型、重组模式和基因特点。方法提取患者血浆中HIV-1RNA并逆转录为cDNA,使用近末端稀释法分2段对其进行近似全长基因组扩增并测序。使用jpHMM和SimPlot 3.5软件对近似全长基因组序列进行重组模式和重组断点分析,采用MEGA 6.0软件分片段构建Neighbor-joining系统进化树进一步确认重组断点的准确性。构建该近似全长基因组序列及各亚型片段Neighbor-joining系统进化树,分析该毒株的亲本来源。结果经过近似全长基因组扩增、测序、序列拼接后,获得1条长度为8830 bp的HIV-1近似全长基因组序列。重组分析结果显示,该序列是由CRF01_AE和B亚型重组形成的,其近似全长基因组序列被3个断点分成了4个亚型片段,分别为ICRF01_AE(HXB2,823—4224 nt)、Ⅱ_(B)(HXB2,4225—5991 nt)、ⅢCRF01_AE(HX B2,5992—9295 nt)、ⅣB(HXB2,9296—9406 nt)。各亚型基因片段的系统进化树分析进一步表明该序列的可能亲本来源为CRF01_AE和B亚型。HIV BLAST的结果显示,该序列与CRF112_01B的相似性为96%,系统进化树分析进一步验证该序列与北京市男男性行为者(men who have sex with men,MSM)中的CRF112_01B序列聚集。结论本研究在保定市MSM人群中发现了1例由CRF01_AE和B亚型重组的新型重组毒株CRF112_01B,提示HIV-1CRF112_01B已通过MSM人群传入河北,并开始在保定市传播,因此加强该亚型或者类似新型毒株的监测,对有关部门采取针对性防控措施和遏制新型重组毒株在本地区的传播和流行具有重要意义。

传染性法氏囊病病毒浙江分离株(ZJ2000)基因组A节段全长cDNA的克隆和序列分析

以传染性法氏囊病病毒 (IBDV )浙江分离株 (ZJ2 0 0 0 )基因组 RNA为模板 ,采用 L ong- accurate RT- PCR(L A-PCR)一步法扩增并克隆了 IBDV ZJ2 0 0 0株基因组 A节段全长 c DNA。序列测定结果表明 ,克隆的 A节段全长共32 5 9个核苷酸 ,包括 5′、3′端的非编码区 (NCRs)和 2个部分重叠的开放阅读框 (ORF1和 ORF2 ) ,与参比的血清 型毒株核苷酸序列的同源性高达 95 .2 %～ 99.2 %。二级结构预测表明 ,在 5′- NCRs和 3′- NCRs存在 1个大型的茎环发夹结构。 ORF2编码 14 5个氨基酸的 VP5 ,与参比毒株的同源性高达 98.6 %～ 10 0 %。 ORF1编码 10 12个氨基酸的VP2 / VP4 / VP3,在氨基酸水平上 VP2、VP3、VP4与参比毒株的同源性分别达 94 .9%～ 98.8%、96 .1%～ 98.5 %、97.1%～ 99.2 %。ZJ2 0 0 0共有 14～ 38个氨基酸的替代 ,其中特有氨基酸 6个 ,变异大多数集中在 VP2高变区 ,突变率达 2 .9%～ 11%。第 2个小亲水区内 2 80位氨基酸由 S替代了 N、2 90位 M替代了 L。这 2个突变可能与 IBDV的抗原性有关。VP2 - VP4剪切位点附近 5 11和 5 4 0位氨基酸的变异可能使 ZJ2 0 0 0株的毒力增强。分子系统进化树分析表明 ,ZJ2 0 0 0与欧洲 Cu- 1株、P2株、CEF94株和中国 Harbin株的关系最近 ,而与欧洲、香港、?

欧洲型PRRSV弱毒株全长基因组cDNA克隆的构建与分析

为了获得欧洲型PRRSV弱毒疫苗株AMERVAC-PRRS/A3全基因组序列和病毒基因组全长cDNA克隆,通过RT-PCR技术扩增了AMERVAC-PRRS/A3弱毒株的全基因组,并对基因组cDNA序列进行了测定。根据测序结果,选择合适的酶切位点将各个亚克隆产物逐段克隆入改造过的pBluescriptⅡKS(+)载体中,从而获得了病毒的全长基因组cDNA克隆。测序结果表明,该弱毒株基因组序列全长为15 098 bp(不包括poly(A)尾)。同源性比较结果显示,Ningbo42株ORF7基因(EF473137)、FJ0603株Nsp2基因(EF592535)与该弱毒株的相应基因之间的同源性分别为100%和98%。这些数据暗示,国内欧洲型PRRSV Ningbo42株和FJ0603株的存在与欧洲型PRRSV弱毒疫苗株AMERVAC-PRRS/A3密切相关。测序及酶切鉴定结果表明,欧洲型PRRSV全长基因组cDNA克隆已构建成功。

鸡传染性法氏囊病病毒(ZJ2000)基因组B节段全长的克隆及其毒力位点的分析预测

将本实验室保存的ZJ2000株囊毒加生理盐水研磨后接种9～10日龄鸡胚增殖病毒,收集尿囊液透析纯化,用蛋白酶K法提取病毒基因组dsRNA。通过RT-PCR获得基因组B节段全长的cDNA,并将其克隆到PUC18-T载体中进行测序。同时,本研究对GenBank中登录的IBDV基因组B节段进行了大量分析,发现B节段的5′-NCR存在1个基因高突变区,并且ZJ2000株的5′-NCR可形成独特的二级结构。经过对VP1一级结构的大量分析,筛选出B节段中17个可能对IBDV毒力产生影响的候选毒力位点,并在此基础上又对这些位点氨基酸的特性进行统计分析,进一步探讨了这些位点对VP1功能影响的可能性,为深入研究IBDV基因组B节段对其毒力的影响作了有益的探索。

一步法扩增IBDV上海株全长基因组cDNA

为了研究鸡传染性法氏囊病病毒 (IBDV)上海株的全部核苷酸序列 ,应用蛋白酶K消化、割胶纯化获得了高纯度的dsRNA ,应用随机引物合成了cDNA的第一链。参照基因库中相关IBDV毒株的基因序列 ,设计合成了两对引物 ,一步扩增出IBDV上海株全长基因组cDNA的A片段和B片段。为了验证获得的A片段和B片段的正确性 ,以扩增出的A片段为模板 ,成功扩增出IBDV的VP2 基因 ,并应用T载体进行了克隆和测序 ,测序结果显示 ,其与国内外数株IBDV毒株的同源性很高 ,表明本文建立的扩增IBDV全长基因组cDNA的一步法正确。

一步法RT-PCR扩增PRSV海南分离物全长基因组cDNA

以植物总RNA提取试剂盒提取的高纯度的总RNA为模板,使用Oligo dT-Adaptor和Random9引物合成了番木瓜环斑病病毒海南分离物(PRSV HN-2)的cDNA第一链,基于已报道的PRSV全长基因组序列,设计合成了一对引物,一步法RT-PCR扩增出PRSV海南分离物全长基因组cDNA。为了验证获得的全长基因组cDNA的正确性,并以扩增出的全长cDNA为模板,将PRSV全长基因组分成A、B 2个大片段进行扩增,应用T载体进行克隆和测序以验证所获得的全长基因组cDNA序列的正确性。测序结果显示,该cDNA序列与国内外报道的PRSV各分离物全长核苷酸序列的相似性很高,表明本文建立的一步法RT-PCR扩增PRSV全长基因组cDNA的方法正确、可行。

一种高效扩增血清松弛环状乙型肝炎病毒DNA全长基因组方法的研究

目的建立基于滚环复制的、高效扩增血清松弛环状乙型肝炎病毒DNA（HBV RC-DNA）全长基因组的方法。方法以60例慢性乙型肝炎患者血清HBV RC-DNA为研究对象,利用T4 DNA polymerase和T4 DNA ligase,封闭HBV RC-DNA基因组上的缺口,使之成为闭合环状结构;再通过Phi29 DNA polymerase的作用,对闭合环状的HBV基因组进行滚环复制,以滚环复制后的RC-DNA为模板扩增HBV全长基因组。结果成功建立了基于滚环复制的HBV RC-DNA全长基因组扩增方法,可从病毒载量为108~104拷贝/ml样本中扩增出HBV全长基因组。对于107~105拷贝/ml血清样本来说,使用基于RC-DNA滚环复制的全长基因组扩增方法,与以往的一步法扩增相比,扩增效率显著提高。结论基于滚环复制的HBV RC-DNA全长基因组扩增方法具有较高的灵敏度。该方法的建立为HBV全基因组研究提供了一种新的、有效的工具,有望在基础和临床研究中广泛应用。

汉族人群中22个HLA-Cw等位基因全长序列单核苷酸多态性分析

为探讨HLA-Cw(Human leukocyte antigen-Cw)基因全长序列分子遗传多态性,文章对28个HLA-Cw基因型已知的汉族个体样本,采用长距离PCR技术和高保真性的Pfu酶,扩增HLA-Cw基因全长序列4.5kb,进行分子克隆和单倍体测序。采用群体遗传学研究方法分析了HLA-Cw等位基因全长序列中各亚区的单核苷酸多态性。结果表明:在28个样本中共检测出22种等位基因,序列均已提交GenBank和国际IMGT/HLA数据库并获得了认可;其中Cw*0706、Cw*030301、Cw*140201的全长序列为首次报道,尤其是Cw*0706内含子序列的获得,能够重新设计对该等位基因测序分型的引物,避免测序分型中可能对这一等位基因的漏检。将28个样本的56条单倍体序列用Clustal软件进行序列排比,输入到DnaSP4.0进行多态性分析,共发现244个SNPs,10处插入/缺失多态性。对HLA-Cw等位基因各亚区多态性的分析,发现第4内含子及以前并没有受到关注的第5外显子受到平衡选择的作用,在进化中受到了选择压力,预示着它们在免疫系统的进化过程中可能扮演着重要的角色。

正链RNA病毒基因组感染性克隆研究进展

综合叙述了构建正链RNA病毒基因组全长感染性cDNA克隆的基本思路和关键技术 ,并总结了影响基因组全长克隆感染性的因素 还简要介绍了利用正链RNA病毒基因组感染性克隆所取得的一些研究进展 。

中国汉族个体HLA-Ⅰ类基因全长序列鉴定及多态性比较

目的鉴定中国汉族个体HLA-Ⅰ类3个基因座-A、-B、-C的全长序列并比较其各亚区多态性。方法利用前期已建立的HLA-Ⅰ类基因3.7-4.5 kb全长序列高保真扩增、克隆及步移测序方法,从业已经过HLA高分辨测序分型、结果已知的1 000(人)份中国汉族造血干细胞捐献者的血样中,分别选择含HLA-A、-B、-C所有血清学家系等位基因的标本45、38、52份做序列鉴定与比较。结果共获得汉族个体HLA-Ⅰ类基因110条全长序列,包括38个HLA-A等位基因4.2 kb序列,30个HLA-B等位基因3.7 kb序列,以及42个HLA-C等位基因4.3-4.5 kb序列;所获110个等位基因的全长序列均提交Gen Bank及IMGT/HLA数据库,获得WHO命名委员会的命名,其中首次报道全长序列的等位基因有70个,包括新等位基因21个、修正序列的等位基因2个、5'-启动子序列及3'-UTR序列或内含子序列的等位基因47个,其他40个等位基因均在5'-启动子及3'-UTR区,延伸了IMGT/HLA数据库中释放发布的全长序列。结论 1)所鉴定的全长序列可为HLA-Ⅰ类基因测序分型引物和探针的正确设计、HLA基因表达调控、分子进化及疾病关联等研究,提供详实的基础资料和信息;2)中国汉族个体HLA-C基因的第2、3外显子及3'-UTR区,与HLA-A、-B相应区域比较,其全长序列多态性水平及分布较独特,暗示HLA-C基因免疫学功能的独特性。

来源于西洋梨的苹果茎沟病毒分离物基因组分子特性研究

为了获得来源于西洋梨红贝雷沙寄主潜带苹果茎沟病毒(ASGV)分离物的基因组全长序列,并明确其分子特性,采用RT-PCR、RACE末端克隆及生物信息学方法,对ASGV分离物基因组全长进行序列测定,并对其序列特点进行分析。结果发现,来源于西洋梨的ASGV-HB分离物的基因组全长序列为6 496 nt(Gen Bank登录号:KU605672),含有2个开放阅读框ORF1、ORF2及2个可变区Ⅵ、Ⅶ。序列分析表明ASGV-HB与Gen Bank登录的18个ASGV分离物的基因组全长核苷酸序列同源性为80.6%~87.7%;ORF1和ORF2编码的氨基酸同源性分别为84.3%~92.3%和94.4%~98.7%;Ⅵ和Ⅶ可变区的氨基酸序列同源性分别为22.9%~68.8%和48.8%~92.2%;系统发育树分析显示,来源于不同国家的相同寄主的ASGV分离物聚集为同一分支。结果表明,ASGV的分子变异无地域相关性,具有一定的寄主选择性,研究结果为进一步探究ASGV的群体遗传进化机制及其防治提供了重要的分子信息。

黄瓜绿斑驳花叶病毒辽宁营口分离物基因组测定及分段基因克隆

黄瓜绿斑驳花叶病毒Cucumber green mottle mosaic virus(CGMMV)是葫芦科作物的重要检疫性病毒。本研究以田间自然感病的西瓜叶片为试材,采用RT-PCR获得该病毒(CGMMV-LNYK)基因组全长(登录号MG745849),以pBluescriptⅡSK(-)为载体,分别克隆其所编码的4段基因,并采用人工接种验证它们的体外侵染活性。结果表明:该病毒与韩国分离物KW(登录号AF417242)亲缘关系最近,相似度达99.8%,并成功克隆了CGMMV-LNYK编码的4段基因,分别记为RNA1～RNA4。经人工接种,发现RNA1和RNA4能侵染葫芦,表现明显花叶症状,与该病毒接种葫芦症状一致,且接种RNA1后的症状较RNA4明显,4种RNA混合接种症状最为明显,经RT-PCR检测,发病植株可扩增到与接种的RNA大小相等的片段。

云南省猪戊型肝炎病毒全基因组扩增及进化分析

目的对猪戊型肝炎病毒全长基因组进行扩增,分析其进化关系,为HEV的感染性克隆研究奠定基础。方法利用巢式逆转录聚合酶链反应(RT-nPCR)和RACE技术对猪粪便中HEV样品进行全基因组扩增,利用DNAStar和MEGA4.0软件进行同源性比较和进化树分析。结果 RT-nPCR方法扩增出HEV的5段目的基因序列和RACE技术扩增出HEV的5′和3′端,序列比对结果正确,HEV全长扩增成功。同源性分析显示其与新疆株(GU119961)同源性较高(96.1%)。系统进化树显示该病毒属于基因4型h亚型猪HEV。结论 HEV全基因组序列扩增成功,为深入研究HEV奠定基础。