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一步法RT-PCR扩增PRSV海南分离物全长基因组cDNA 被引量:1
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作者 庹德财 沈文涛 +2 位作者 高乐 言普 周鹏 《热带作物学报》 CSCD 2011年第7期1347-1351,共5页
以植物总RNA提取试剂盒提取的高纯度的总RNA为模板,使用Oligo dT-Adaptor和Random9引物合成了番木瓜环斑病病毒海南分离物(PRSV HN-2)的cDNA第一链,基于已报道的PRSV全长基因组序列,设计合成了一对引物,一步法RT-PCR扩增出PRSV海南分离... 以植物总RNA提取试剂盒提取的高纯度的总RNA为模板,使用Oligo dT-Adaptor和Random9引物合成了番木瓜环斑病病毒海南分离物(PRSV HN-2)的cDNA第一链,基于已报道的PRSV全长基因组序列,设计合成了一对引物,一步法RT-PCR扩增出PRSV海南分离物全长基因组cDNA。为了验证获得的全长基因组cDNA的正确性,并以扩增出的全长cDNA为模板,将PRSV全长基因组分成A、B 2个大片段进行扩增,应用T载体进行克隆和测序以验证所获得的全长基因组cDNA序列的正确性。测序结果显示,该cDNA序列与国内外报道的PRSV各分离物全长核苷酸序列的相似性很高,表明本文建立的一步法RT-PCR扩增PRSV全长基因组cDNA的方法正确、可行。 展开更多
关键词 番木瓜环斑病病毒 全长基因组cDNA 克隆与测序
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柑橘脉突病毒基因组全长cDNA克隆及其侵染性鉴定 被引量:1
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作者 许建建 王艳娇 +4 位作者 段玉 马志敏 宾羽 周常勇 宋震 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第18期3707-3715,共9页
【目的】构建柑橘脉突病毒(citrus vein enation virus,CVEV)侵染性克隆,为从分子水平解析其致病机理打下基础。【方法】利用SMARTer®RACE(rapid amplification of cDNA ends)试剂盒对CVEV的5′序列进行RACE,并依据序列分析结果及C... 【目的】构建柑橘脉突病毒(citrus vein enation virus,CVEV)侵染性克隆,为从分子水平解析其致病机理打下基础。【方法】利用SMARTer®RACE(rapid amplification of cDNA ends)试剂盒对CVEV的5′序列进行RACE,并依据序列分析结果及CVEV分离株VE-1保守序列,设计CVEV基因组全长cDNA扩增引物。以CVEV毒源植株的总RNA为模板,通过EV25-F/EV5983-R引物扩增CVEV基因组全长cDNA。利用In-Fusion重组连接线性化pXT1和CVEV全长cDNA。通过菌液PCR及测序分析鉴定CVEV基因组全长cDNA克隆。通过农杆菌介导的真空浸润接种摩洛哥酸橙(Citrus aurantium)、邓肯葡萄柚(C.paradisi)、尤力克柠檬(C.limon)、枳柚(C.paradisi×Poncirus trifoliata)、Rusk枳橙(P.trifoliata×C.sinensis)、枣阳小叶枳(P.trifoliata),进一步通过RT-PCR检测、症状观察鉴定所构建CVEV全长cDNA克隆的侵染性。【结果】建立了CVEV的基因组全长RT-PCR扩增体系,获得基于双元载体pXT1的CVEV基因组全长cDNA克隆10个。随机选取的6个全长cDNA克隆CVEV1901—CVEV1906的序列一致性为99.35%。其中,CVEV1901基因组全长5983 nt,由5个开放阅读框、5′端207 nt和3′端198 nt的两个非翻译区、以及ORF2和ORF3之间122 nt的基因间隔区组成。序列分析结果显示,CVEV1901与浙江分离株XZG及四川SM分离株的序列一致性分别为99.98%和99.11%;与西班牙VE-1分离株、美国加州VE701分离株和日本IBK分离株基因组序列一致性在96.89%—98.61%;与同属中豌豆耳突花叶病毒(pea enation mosaic virus)和紫花苜蓿耳突病毒(alfalfa enamovirus)的序列一致性约90%。通过农杆菌介导的真空浸润将CVEV1901接种至6个不同的柑橘品种,接种后120 d的RT-PCR检测结果表明摩洛哥酸橙、邓肯葡萄柚、尤力克柠檬、枳柚、Rusk枳橙和枣阳小叶枳阳性植株/接种植株(阳性率)分别为16/17(94.12%)、12/14(85.71%)、16/21(76.19%)、15/19(78.95%)、13/14(92.86%)和0/18(0)。其中,部分摩洛哥酸橙出现典型CVEV侵染症状,叶片侧脉和支脉产生耳状小突起,叶背有相应的凹陷;部分邓肯葡萄柚和尤力克柠檬出现叶片皱缩现象。【结论】建立了CVEV的基因组全长RT-PCR扩增体系,获得了CVEV基因组全长cDNA侵染性克隆,通过农杆菌介导的真空浸润接种可引起摩洛哥酸橙、邓肯葡萄柚和尤力克柠檬的CVEV侵染症状。 展开更多
关键词 柑橘脉突病毒 侵染性克隆 基因组全长rt-pcr
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牛催乳素基因组及其cDNA全长序列的分子克隆和分析 被引量:30
3
作者 曹新 王强 +3 位作者 颜景斌 阳飞昆 黄淑帧 曾溢滔 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第9期768-773,共6页
通过LongPCR等技术首次克隆得到全长 9388bp的牛催乳素 (bPRL)基因组序列 (GenBank登录号AF4 2 6 315 ) ,其中包括bPRL基因全部 5个外显子和 4个内含子 ,5′端 85 4bp的上游调控区以及 3′端 6 9bp的UTR。AF4 2 6 315基因编码的蛋白质在... 通过LongPCR等技术首次克隆得到全长 9388bp的牛催乳素 (bPRL)基因组序列 (GenBank登录号AF4 2 6 315 ) ,其中包括bPRL基因全部 5个外显子和 4个内含子 ,5′端 85 4bp的上游调控区以及 3′端 6 9bp的UTR。AF4 2 6 315基因编码的蛋白质在GenBank中的序号为AAL2 80 75 ,由 2 2 9个氨基酸残基组成 ,1~ 30位氨基酸残基为信号肽序列 ,成熟的多肽含有 199个氨基酸残基。将bPRL基因组DNA真核表达载体转染COS 7细胞后通过RT PCR得到长度为80 4bp的bPRLcDNA序列 ,该序列涵盖了bPRL基因的全部ORF区 ,证明本研究所获得的bPRL基因组DNA具有转录的生物学功能。Blast搜索结果显示 ,GenBank数据库中收集有多条bPRL基因的mRNA和EST序列 ,各序列间存在多个SNP位点 ,主要分布于下游编码区和 3′端的UTR ,这些位点均未改变相应的氨基酸残基的性质 ,此外 。 展开更多
关键词 分子克隆 全长序列 长距离PCR 序列分析 牛催乳素基因组 CDNA
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庚型肝炎病毒基因组全长cDNA的拼接及克隆 被引量:13
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作者 朱分禄 戚中田 +2 位作者 任浩 宋燕斌 邵力 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第4期301-306,共6页
目的:构建GB病毒C/庚型肝炎病毒(GBV-C/HGV)基因组全长cDNA克隆。方法:以覆盖GBV-C/HGV分离株HGV-Iw全长基因组且互相重叠的5个基因片段Iw5,Iwq2,Iwh6,Iw3和Iw3为起始材料... 目的:构建GB病毒C/庚型肝炎病毒(GBV-C/HGV)基因组全长cDNA克隆。方法:以覆盖GBV-C/HGV分离株HGV-Iw全长基因组且互相重叠的5个基因片段Iw5,Iwq2,Iwh6,Iw3和Iw3为起始材料,采用重叠延伸PCR拼接和连接酶连接的方法,构建GBV-C/HGV基因组全长cDNA克隆。结果:GBV-C/HGV基因组全长cDNA克隆的酶切图谱与预期一致;核苷酸序列分析显示,克隆的GBV-C/HGV基因组全长cDNA的核苷酸及推测的氨基酸序列与原HGV-Iw序列一致。结论:GBV-C/HGV基因组全长cDNA的克隆已经构建成功。该克隆的构建,为深入研究GBV-C/HGV的致病性及致病机制、复制及转录和翻译机制。 展开更多
关键词 全长CDNA 拼接 克隆 庚型肝炎病毒 基因组
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猪乙型脑炎病毒SH0601株基因组序列分析及全长cDNA的构建 被引量:8
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作者 郑浩 余丹丹 +2 位作者 孙志 高飞 袁世山 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期140-145,共6页
目的对猪源乙型脑炎病毒SH0601株进行全序列测定与分析,以了解该株病毒的遗传特征,并构建全长cDNA克隆。方法将猪源JEV SH0601株基因组RNA分5段进行RT-PCR并克隆入pCRⅡ-Blunt-TOPO和pBluescript载体中,测定了全长cDNA序列。根据cDNA克... 目的对猪源乙型脑炎病毒SH0601株进行全序列测定与分析,以了解该株病毒的遗传特征,并构建全长cDNA克隆。方法将猪源JEV SH0601株基因组RNA分5段进行RT-PCR并克隆入pCRⅡ-Blunt-TOPO和pBluescript载体中,测定了全长cDNA序列。根据cDNA克隆酶切图谱分析,将5个片段先后克隆入pBluescript中构建JEV全长基因组cDNA。根据E蛋白基因序列对SH0601株进行了遗传分型。结果序列分析表明:SH0601株基因组全长10977nt,与GenBank中的Beijing-1、P3、SA14和SA14-14-2株基因组全长相比,在3′NTR的10701nt处多一碱基"G",与上述4株病毒的全长核苷酸的同源率都达97.2%以上,而与国外猪源分离株KV1899和JEV/sw/Mie/41/2002全长核苷酸的同源率仅达88.7%,但SH0601株与6株病毒的全长氨基酸同源率均达97.0%以上。以E蛋白基因序列对SH0601作进化分析,该分离株属基因型Ⅲ型。结论SH0601株属于乙型脑炎病毒基因Ⅲ型。在高拷贝质粒pBluescript中可构建稳定的乙型脑炎病毒全长cDNA克隆。 展开更多
关键词 乙型脑炎病毒 病毒基因组 全长CDNA克隆
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猪瘟病毒兔化弱毒(HCLV)疫苗株基因组全长cDNA的克隆与序列分析 被引量:9
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作者 余兴龙 涂长春 +3 位作者 徐兴然 张茂林 李作生 于师宇 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2003年第5期38-42,共5页
根据猪瘟病毒基因组的序列设计合成了覆盖HCLV基因组全部序列的5对引物,通过RT-PCR从感染家兔脾脏中扩增获得了包含HCLV(bog cholera lapinized virus,HCLV)基因组全序列的5个cDNA片段,并将它们分别克隆至pGEM-T vector中。然后将这5个c... 根据猪瘟病毒基因组的序列设计合成了覆盖HCLV基因组全部序列的5对引物,通过RT-PCR从感染家兔脾脏中扩增获得了包含HCLV(bog cholera lapinized virus,HCLV)基因组全序列的5个cDNA片段,并将它们分别克隆至pGEM-T vector中。然后将这5个cDNA片段按它们在HCLV基因组上的位置从5’端至3’端的顺序依次通过酶切连接,一并克隆到pPoly2载体中得到HCLV基因组全长cDNA的质粒pPOHCLV。序列分析表明,HCLV基因组长度共12310bp,有一个大的ORF,编码一3898个氨基酸的多聚蛋白。其5'-NCR和3’-NCR长度分别是374nt和239nt。与非兔化毒株相比较,HCLV基因组在12133nt处有12个碱基的插入CTTTTTTCTTTT,该序列可能是病毒在适应兔体增殖过程中形成的。基于基因组全序列及其所推导的氨基酸序列的同源性分析表明,毒株的亲缘关系的远近与它们的毒力之间并没有相关性。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 猪瘟兔化弱毒 基因组 疫苗株 HCLV cDNA 全长序列 克隆 同源性
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传染性法氏囊病病毒浙江分离株(ZJ2000)基因组A节段全长cDNA的克隆和序列分析 被引量:8
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作者 李建荣 于涟 +2 位作者 黄耀伟 宋厚辉 郑筱祥 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期10-14,共5页
以传染性法氏囊病病毒 (IBDV )浙江分离株 (ZJ2 0 0 0 )基因组 RNA为模板 ,采用 L ong- accurate RT- PCR(L A-PCR)一步法扩增并克隆了 IBDV ZJ2 0 0 0株基因组 A节段全长 c DNA。序列测定结果表明 ,克隆的 A节段全长共32 5 9个核苷酸 ... 以传染性法氏囊病病毒 (IBDV )浙江分离株 (ZJ2 0 0 0 )基因组 RNA为模板 ,采用 L ong- accurate RT- PCR(L A-PCR)一步法扩增并克隆了 IBDV ZJ2 0 0 0株基因组 A节段全长 c DNA。序列测定结果表明 ,克隆的 A节段全长共32 5 9个核苷酸 ,包括 5′、3′端的非编码区 (NCRs)和 2个部分重叠的开放阅读框 (ORF1和 ORF2 ) ,与参比的血清 型毒株核苷酸序列的同源性高达 95 .2 %~ 99.2 %。二级结构预测表明 ,在 5′- NCRs和 3′- NCRs存在 1个大型的茎环发夹结构。 ORF2编码 14 5个氨基酸的 VP5 ,与参比毒株的同源性高达 98.6 %~ 10 0 %。 ORF1编码 10 12个氨基酸的VP2 / VP4 / VP3,在氨基酸水平上 VP2、VP3、VP4与参比毒株的同源性分别达 94 .9%~ 98.8%、96 .1%~ 98.5 %、97.1%~ 99.2 %。ZJ2 0 0 0共有 14~ 38个氨基酸的替代 ,其中特有氨基酸 6个 ,变异大多数集中在 VP2高变区 ,突变率达 2 .9%~ 11%。第 2个小亲水区内 2 80位氨基酸由 S替代了 N、2 90位 M替代了 L。这 2个突变可能与 IBDV的抗原性有关。VP2 - VP4剪切位点附近 5 11和 5 4 0位氨基酸的变异可能使 ZJ2 0 0 0株的毒力增强。分子系统进化树分析表明 ,ZJ2 0 0 0与欧洲 Cu- 1株、P2株、CEF94株和中国 Harbin株的关系最近 ,而与欧洲、香港、? 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 基因组A节段全长cDNA 克隆 序列分析 浙江分离株
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SARS_CoV中国株基因组全长cDNA的构建及其恢复病毒的生物学性质 被引量:3
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作者 韩剑峰 姜涛 +9 位作者 陈水平 于曼 秦鄂德 赵卓 李晓峰 秦成峰 邓永强 赵慧 赵海龙 李晓萸 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期922-927,共6页
严重急性呼吸综合征是SARS-CoV引起的一种重要新发传染病,其致病机制的研究对于防治该病十分必要。为了利用反向遗传学技术研究SARS-CoV的致病机制,将覆盖SARS-CoVBJ01株基因组全长的7个cDNA片段纯化后进行体外连接,构建基因组全长cDNA... 严重急性呼吸综合征是SARS-CoV引起的一种重要新发传染病,其致病机制的研究对于防治该病十分必要。为了利用反向遗传学技术研究SARS-CoV的致病机制,将覆盖SARS-CoVBJ01株基因组全长的7个cDNA片段纯化后进行体外连接,构建基因组全长cDNA分子,以其为模板,使用T7RNA聚合酶系统在体外进行转录,获得病毒RNA。用电穿孔转染法将转录体RNA导入VeroE6细胞,可观察到典型的SARS-CoV致细胞病变作用。对收获的恢复病毒采用RT-PCR方法进行鉴定,结果表明获得的恢复病毒与SARS-CoVBJ01株原病毒序列一致。以针对SARS-CoV的抗体对感染细胞作间接免疫荧光反应,证明获得了具有特异感染性的恢复病毒。同时用细胞病变法和空斑试验测定了恢复病毒及其亲本毒株的病毒滴度,结果表明二者在致病性上没有明显差异,恢复病毒具有与原型株相似的生物学特性。SARS-CoVBJ01株基因组全长cDNA的成功构建及对恢复病毒生物学性质的研究将为进一步探索SARS-CoV致病的分子机制及研制新型疫苗奠定良好的基础。 展开更多
关键词 SARS-COV BJ01株 反向遗传学 基因组全长cDNA 恢复病毒
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三株传染性法氏囊病病毒A节段全长基因组结构和编码蛋白的序列分析 被引量:6
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作者 于涟 黄耀伟 +2 位作者 李建荣 宋坤华 叶伟成 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期573-581,共9页
用长距离RT PCR方法分别克隆了浙江地区传染性法氏囊病病毒 (IBDV)细胞致弱株HZ2、弱毒疫苗株JD1和野毒株ZJ2 0 0 0的A节段基因组全长 ,三毒株的A节段均长 32 59bp ,都包含两个相互重叠的开放阅读框架和两端的 5′ ,3′ 非编码区 (NCR... 用长距离RT PCR方法分别克隆了浙江地区传染性法氏囊病病毒 (IBDV)细胞致弱株HZ2、弱毒疫苗株JD1和野毒株ZJ2 0 0 0的A节段基因组全长 ,三毒株的A节段均长 32 59bp ,都包含两个相互重叠的开放阅读框架和两端的 5′ ,3′ 非编码区 (NCR)。它们在核苷酸和推导的四种病毒蛋白VP2、VP3、VP4、VP5的氨基酸水平上高度同源 ,并具有位于VP2高变区的特征性氨基酸H2 53、N2 79、T2 84、R330 ,这些氨基酸是弱毒株和几个强毒株的标志。野毒株ZJ2 0 0 0的高强毒力可能与VP2高变区和VP2 VP4剪切位点附近的几个突变有关。序列比较进一步支持VP2并非是决定IBDV毒力的唯一因素。不同毒力表型毒株的两端NCR序列高度保守提示NCR可能与IBDV毒力并不直接相关。另外 ,根据VP5在十种不同表型毒株中高度保守 。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒A节段全长 非编码区 VP5 VP2 毒力 基因组结构 编码蛋白
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口蹄疫病毒WFL株基因组全长cDNA的克隆及序列分析 被引量:2
10
作者 任林柱 王兴龙 +5 位作者 李莉 李晓艳 段小宇 梅英武 刘锴 王学理 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期22-26,共5页
根据口蹄疫病毒基因组的结构特点以及GenBank上公布的全序列,用DNAMAN分别设计了涵盖整个基因组序列的3对引物,从接种口蹄疫病毒WFL株的细胞培养液中提取了病毒基因组RNA,采用RT-PCR方法和RACE法分别扩增了3条基因片段,并将扩增片段分别... 根据口蹄疫病毒基因组的结构特点以及GenBank上公布的全序列,用DNAMAN分别设计了涵盖整个基因组序列的3对引物,从接种口蹄疫病毒WFL株的细胞培养液中提取了病毒基因组RNA,采用RT-PCR方法和RACE法分别扩增了3条基因片段,并将扩增片段分别与T载体连接,在体外分别进行了5'半分子和3'半分子的构建。最后将5'半分子和3'半分子连接成基因组全长cDNA分子。经PCR鉴定、酶切鉴定及全长cDNA测序,证实成功构建了口蹄疫病毒WFL株基因组全长cDNA分子。序列分析结果表明,供试口蹄疫病毒基因组全长为8155nt,5'UTR长1059nt;具有一个大的读码框,其核苷酸长度为6969nt,包括201aa的前导蛋白基因和2122aa的聚合蛋白基因;3'UTR长127nt,包括34nt的poly(A)。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 基因组 全长CDNA
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南方番茄病毒在海南省的发生分布及全基因组序列分析
11
作者 车海彦 林雅婷 +1 位作者 罗大全 龙海波 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期30-40,共11页
病毒病是海南番茄生产中危害最严重的病害之一,在利用小RNA深度测序技术鉴定海南番茄病毒病病原时发现,南方番茄病毒(Southern tomato virus,STV)在海南省多个市(县)的样品中存在,而且发现1株STV单独侵染的样品。为了解STV在海南省的发... 病毒病是海南番茄生产中危害最严重的病害之一,在利用小RNA深度测序技术鉴定海南番茄病毒病病原时发现,南方番茄病毒(Southern tomato virus,STV)在海南省多个市(县)的样品中存在,而且发现1株STV单独侵染的样品。为了解STV在海南省的发生分布情况,利用RT-PCR技术,对2015—2021年采自海南省的987份疑似病毒侵染的番茄叶片样品进行检测,结果表明:在9个市(县)的142份样品中检测到STV,早在2015年STV就已经在海南番茄上存在,检出率从2015年(8.82%)到2021年(22.45%)呈逐年上升趋势。同时结合RACE和RT-PCR技术扩增到4个STV海南分离物的全长基因组,长度均为3446 nt,包含2个部分重叠的ORFs,ORF1(147~1280 nt)和ORF2(1048~3336 nt)分别编码p42蛋白(377 aa)和RdRp蛋白(762 aa),5′UTR和3′UTR的长度分别为146 nt和110 nt。序列一致性分析表明,4个STV海南分离物间基因组序列一致性为99.86%~100.00%,与目前GenBank公布的所有STV分离物基因组间序列一致性为98.45%~99.94%。基于全基因组序列构建的系统发育树显示,80个STV分离物被明显分为2个组(组Ⅰ和组Ⅱ),组Ⅰ包括亚洲、美洲、欧洲和非洲分离物;组Ⅱ中除1个亚洲分离物外,其他均为欧洲分离物;4个海南分离物被分在组Ⅰ,STV分离物的分组与地域呈一定的相关性,而与寄主无相关性。4个海南分离物与组Ⅰ分离物基因组序列变异度较高的区域位于881~1061 nt和1521~1721 nt,与组Ⅱ分离物基因组序列变异度较高的区域位于2041~2241 nt和2761~2921 nt。STV分离物基因组间未发现重组事件。这是在海南省首次报道发现STV。本研究结果有助于了解STV在海南省的分布、发生趋势及遗传多样性,为病害防控提供科学依据。 展开更多
关键词 南方番茄病毒 小RNA深度测序 rt-pcr检测 基因组
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猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-1a株基因组全长cDNA克隆的构建 被引量:4
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作者 薛强 周艳君 +2 位作者 刘光清 仇华吉 童光志 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期401-407,共7页
猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV)嗜好在PAM和其他单核细胞上生长 ,如果把PRRSV作为一种病毒活载体 ,它就可以携带外源抗原高效进入猪体的免疫系统 ,更好地刺激机体产生免疫应答。本实验根据PRRSV基因组和克隆载体的限制性内切酶酶切位... 猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV)嗜好在PAM和其他单核细胞上生长 ,如果把PRRSV作为一种病毒活载体 ,它就可以携带外源抗原高效进入猪体的免疫系统 ,更好地刺激机体产生免疫应答。本实验根据PRRSV基因组和克隆载体的限制性内切酶酶切位点 ,将PRRSV基因组设计为 8段进行了反转录和扩增 (RT_PCR) ,将得到的片段克隆到质粒pBluescriptIISK(_)或pMD 18T_vetcor中。在扩增 5’端时 ,运用 5’RACE获得了基因组 5’最末端序列 ,在亚克隆入pOK12前在 5’端上游引入了T7启动子序列。选取一个克隆在 3’端紧挨ORF7下游引入了PacⅠ位点 ,以期作为感染性分子克隆的分子标志。将扩增片段在pBuescriptIISK(_)中进行了部分连接后 ,亚克隆于低拷贝质粒pOK12中 ,在pOK12中进行了长片段的连接 ,并获得了基因组全长cDNA克隆。进行全基因测序后 ,在 3处发现有 6个核苷酸的缺失 ,运用插入突变修补丢失的碱基 ,最终获得了含有PRRSVCH_la株基因组全长cDNA的重组质粒pOKCH_laF和含有分子标志PcaⅠ的基因组全长cDNA克隆pOKCH_laPacIF。在本试验中构建的基因组全长cDNA克隆为进一步获得具有感染性的PRRSV分子克隆并研究该病毒基因组结构和功能奠定了基础。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRPSV) 基因组全长cDNA克隆 感染性分子克隆
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欧洲型PRRSV弱毒株全长基因组cDNA克隆的构建与分析 被引量:3
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作者 庄金山 袁世山 张建武 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期658-664,共7页
为了获得欧洲型PRRSV弱毒疫苗株AMERVAC-PRRS/A3全基因组序列和病毒基因组全长cDNA克隆,通过RT-PCR技术扩增了AMERVAC-PRRS/A3弱毒株的全基因组,并对基因组cDNA序列进行了测定。根据测序结果,选择合适的酶切位点将各个亚克隆产物逐段克... 为了获得欧洲型PRRSV弱毒疫苗株AMERVAC-PRRS/A3全基因组序列和病毒基因组全长cDNA克隆,通过RT-PCR技术扩增了AMERVAC-PRRS/A3弱毒株的全基因组,并对基因组cDNA序列进行了测定。根据测序结果,选择合适的酶切位点将各个亚克隆产物逐段克隆入改造过的pBluescriptⅡKS(+)载体中,从而获得了病毒的全长基因组cDNA克隆。测序结果表明,该弱毒株基因组序列全长为15 098 bp(不包括poly(A)尾)。同源性比较结果显示,Ningbo42株ORF7基因(EF473137)、FJ0603株Nsp2基因(EF592535)与该弱毒株的相应基因之间的同源性分别为100%和98%。这些数据暗示,国内欧洲型PRRSV Ningbo42株和FJ0603株的存在与欧洲型PRRSV弱毒疫苗株AMERVAC-PRRS/A3密切相关。测序及酶切鉴定结果表明,欧洲型PRRSV全长基因组cDNA克隆已构建成功。 展开更多
关键词 欧洲型PRRSV 全长基因组cDNA克隆 序列分析
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鸡传染性法氏囊病病毒(ZJ2000)基因组B节段全长的克隆及其毒力位点的分析预测 被引量:2
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作者 魏永伟 郑江涛 +2 位作者 王连胜 李龙 于涟 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期252-256,共5页
将本实验室保存的ZJ2000株囊毒加生理盐水研磨后接种9~10日龄鸡胚增殖病毒,收集尿囊液透析纯化,用蛋白酶K法提取病毒基因组dsRNA。通过RT-PCR获得基因组B节段全长的cDNA,并将其克隆到PUC18-T载体中进行测序。同时,本研究对GenBank中登... 将本实验室保存的ZJ2000株囊毒加生理盐水研磨后接种9~10日龄鸡胚增殖病毒,收集尿囊液透析纯化,用蛋白酶K法提取病毒基因组dsRNA。通过RT-PCR获得基因组B节段全长的cDNA,并将其克隆到PUC18-T载体中进行测序。同时,本研究对GenBank中登录的IBDV基因组B节段进行了大量分析,发现B节段的5′-NCR存在1个基因高突变区,并且ZJ2000株的5′-NCR可形成独特的二级结构。经过对VP1一级结构的大量分析,筛选出B节段中17个可能对IBDV毒力产生影响的候选毒力位点,并在此基础上又对这些位点氨基酸的特性进行统计分析,进一步探讨了这些位点对VP1功能影响的可能性,为深入研究IBDV基因组B节段对其毒力的影响作了有益的探索。 展开更多
关键词 鸡传染性法氏囊病病毒 基因组B节段全长 克隆
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狂犬病病毒SRV_9株修饰全长基因组cDNA克隆的构建 被引量:2
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作者 魏玉荣 易忠 +7 位作者 符子华 马素贞 简子健 胡尔玛西 王海烽 魏婕 朱晶晶 张先锋 《新疆农业大学学报》 CAS 北大核心 2010年第5期416-421,共6页
为获得狂犬病病毒(rabies virus,RV)SRV9株的基因组全长cDNA克隆并对其进行基因修饰,深入研究狂犬病病毒的基因组特性及构建新型病毒载体,本研究根据GenBank中公布的SRV9基因组序列设计数对引物,以SRV9病毒为材料,从病毒总RNA中将全长... 为获得狂犬病病毒(rabies virus,RV)SRV9株的基因组全长cDNA克隆并对其进行基因修饰,深入研究狂犬病病毒的基因组特性及构建新型病毒载体,本研究根据GenBank中公布的SRV9基因组序列设计数对引物,以SRV9病毒为材料,从病毒总RNA中将全长基因组11 928 bp分5段扩增,克隆至载体测序鉴定。测序正确后,设计引物缺失基因组Ψ区并在缺失位置插入人细胞色素C基因,又设计引物删除糖蛋白(G)胞质区(CD区)。利用引物在病毒基因组起始处添加锤头状核酶序列,在病毒序列结尾处添加了丁型肝炎核酶序列。再次测序后克隆至pcDNA3.1(+)载体,利用扩增片段自身内切酶位点顺次进行修饰后全长连接,从而获得含修饰SRV9全长基因组的质粒pcDNA3.1-SRV9,为RV感染性克隆的建立奠定了基础。 展开更多
关键词 狂犬病病毒SRV9株 修饰基因组 全长基因质粒构建
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基因组研究中全长cDNA克隆的策略 被引量:22
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作者 张庆华 茅矛 陈竺 《生物工程进展》 CSCD 2000年第4期3-5,共3页
全长cDNA的克隆是目前人类基因组研究中的一个重要方面 ,与大规模基因组测序相比较 ,cDNA测序克隆用相对较少费用获得更多的功能基因信息 ,故也是符合我国国情的基因组研究的主要方向。如何更加高效地获得新的全长cDNA ,本文结合作者自... 全长cDNA的克隆是目前人类基因组研究中的一个重要方面 ,与大规模基因组测序相比较 ,cDNA测序克隆用相对较少费用获得更多的功能基因信息 ,故也是符合我国国情的基因组研究的主要方向。如何更加高效地获得新的全长cDNA ,本文结合作者自己工作中的经验 ,对从全长文库的建立到全长cDNA的测序及克隆方法作了较为详细的介绍。 展开更多
关键词 全长CDNA 基因克隆 数据库 人类基因组研究
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一步法扩增IBDV上海株全长基因组cDNA 被引量:2
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作者 孙建和 陆苹 +1 位作者 赵渝 李晖 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期194-197,共4页
为了研究鸡传染性法氏囊病病毒 (IBDV)上海株的全部核苷酸序列 ,应用蛋白酶K消化、割胶纯化获得了高纯度的dsRNA ,应用随机引物合成了cDNA的第一链。参照基因库中相关IBDV毒株的基因序列 ,设计合成了两对引物 ,一步扩增出IBDV上海株全... 为了研究鸡传染性法氏囊病病毒 (IBDV)上海株的全部核苷酸序列 ,应用蛋白酶K消化、割胶纯化获得了高纯度的dsRNA ,应用随机引物合成了cDNA的第一链。参照基因库中相关IBDV毒株的基因序列 ,设计合成了两对引物 ,一步扩增出IBDV上海株全长基因组cDNA的A片段和B片段。为了验证获得的A片段和B片段的正确性 ,以扩增出的A片段为模板 ,成功扩增出IBDV的VP2 基因 ,并应用T载体进行了克隆和测序 ,测序结果显示 ,其与国内外数株IBDV毒株的同源性很高 ,表明本文建立的扩增IBDV全长基因组cDNA的一步法正确。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 全长基因组 CDNA VP2基因 基因克隆 一步法扩增 IBDVD上海株
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O型口蹄疫病毒O/LZ株基因组全长cDNA的构建 被引量:1
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作者 马鸣潇 金宁一 +6 位作者 刘慧娟 沈国顺 金明兰 郑敏 鲁会军 贾雷力 金扩世 《中国病原生物学杂志》 CSCD 2006年第3期164-167,共4页
目的构建O型口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)O/LZ株基因组全长cDNA。方法根据FMDV基因组和克隆载体的限制性内切酶酶切位点,将FMDV基因组设计为4段,进行反转录和扩增(RT-PCR),得到的片段分别克隆到质粒pMD18T-vetcor,筛... 目的构建O型口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)O/LZ株基因组全长cDNA。方法根据FMDV基因组和克隆载体的限制性内切酶酶切位点,将FMDV基因组设计为4段,进行反转录和扩增(RT-PCR),得到的片段分别克隆到质粒pMD18T-vetcor,筛选阳性重组质粒,测序正确的重组质粒(pMD18-S、pMD18-I、pMD18-P1和pMD18-P2)保存备用。然后对S区、I区和P2片段重新设计引物,其中S区的上游引物引入T7启动子序列;I区上游引物引入6个C,下游引物带有FMDV基因组中唯一酶切位点NruⅠ;用于3′端扩增的下游引物引入16个T,并以pMD18-S和pMD18-I为模板,对S区和I区进行融合PCR获得IS,以pMD18-P2为模板对P2片段进行2次PCR,获的带16个T的P3片段。将扩增片段克隆到pMD18T-vetcor,在pBuescriptⅡSK(-)中进行长片段的连接,获得基因组全长cDNA克隆。结果获得O型FMDV O/LZ株全基因组,并在此基础上构建了O/LZ株FMDV全长cDNA。结论成功构建了O型FMDV O/LZ基因组全长cDNA克隆,为进一步获得具有感染性的FMDV分子克隆,并研究该病毒基因组结构和功能奠定了基础。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 CDNA rt-pcr 基因组
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利用全长转录本优化柞蚕基因组注释 被引量:1
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作者 李莹 雷煜宇 +5 位作者 梁世梅 章贤 杜杰 杨新峰 李闪闪 段建平 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1244-1251,共8页
【目的】优化柞蚕Antheraea pernyi基因组注释,更好地扩展其在比较基因组学及品种改良研究中的应用。【方法】对柞蚕进行全长转录组测序分析;经全长转录本与参考基因组比对,鉴定新基因及新转录本,并对这些新基因和新转录本进行功能注释... 【目的】优化柞蚕Antheraea pernyi基因组注释,更好地扩展其在比较基因组学及品种改良研究中的应用。【方法】对柞蚕进行全长转录组测序分析;经全长转录本与参考基因组比对,鉴定新基因及新转录本,并对这些新基因和新转录本进行功能注释及长链非编码RNAs(lncRNAs)预测。利用大量的蛋白质编码转录本和lncRNAs对柞蚕基因组中基因结构进行修订。最后创建矫正后的柞蚕基因组基因注释。【结果】新发现1997个蛋白编码基因和3399个lncRNA基因,分别由2402个和3574个全长转录本数据支持。发现柞蚕基因组含25021个基因,其中19825个基因是蛋白编码基因,包括7个保幼激素酸甲基转移酶基因。【结论】本研究促进了对柞蚕基因组基因注释信息的认识,为柞蚕及相关物种功能基因组及比较基因组学研究提供了很有用的数据资源。 展开更多
关键词 柞蚕 基因组注释 全长转录组 蛋白编码基因 lncRNA 保幼激素酸甲基转移酶基因
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传染性法氏囊病病毒中国超强毒株Harbin-1基因组A节段全长cDNA的连接 被引量:1
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作者 黄广明 姜丽琼 +1 位作者 孙安赛 袁克湖 《动物医学进展》 CSCD 2002年第3期51-52,共2页
本研究利用单酶切位点 Sal消化传染性法氏囊病病毒中国超强毒株 Harbin-1基因组 A节段的上段和下段克隆 p GEM-T-P1 2和p GEM-T-P3 4,经过去磷酸化以后 ,再用连接酶将上下段连接起来。酶切和测序鉴定结果表明 ,我们得到了全长的 IBDV基... 本研究利用单酶切位点 Sal消化传染性法氏囊病病毒中国超强毒株 Harbin-1基因组 A节段的上段和下段克隆 p GEM-T-P1 2和p GEM-T-P3 4,经过去磷酸化以后 ,再用连接酶将上下段连接起来。酶切和测序鉴定结果表明 ,我们得到了全长的 IBDV基因组 A节段编码区c DNA克隆。本研究结果为以后的工作奠定了基础。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 中国超强毒株 Harbin-1基因组 A节段 全长CDNA 连接
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