抑制差减杂交筛选禽致病性大肠杆菌基因组差异片段及其分析

采用抑制差减杂交技术(Suppression subtractive hybridization,SSH)对禽致病性大肠杆菌E037株(血清型O78)与非致病菌株K-12MG1655以及同一O2血清型高致病菌株E058与低致病菌株E526进行基因组差异片段克隆与分析。从E037株中共检出17个特异性差异片段,E058株中共检出32个特异性差异片段。经同源分析,这些序列可分为4类:质粒相关序列、噬菌体相关序列、已知功能序列、未知功能序列。这些差异片段包含许多重要的大肠杆菌毒力相关基因,如大肠杆菌素、气杆菌素受体、铁基因簇等。49个片段中,14个片段与其它微生物基因组同源性较高。结果表明,大肠杆菌高致病株与低致病菌株或非致病菌株基因组间存在较多差异基因,其中包括毒力、毒力相关基因、代谢以及噬菌体等基因成分。

细菌array-CGH技术用于比较牙龈卟啉单胞菌不同菌株基因组差异的研究

目的:构建牙龈卟啉单胞菌(简称P.gingivalis)全基因组规模的微阵列比较基因组杂交(简称arrayCGH)芯片平台,分析不同菌株间基因组的差异,为后续检测临床分离株的毒力基因,进一步阐述牙周炎发病机制提供依据。方法:综合已经全基因组测序的12株P.gingivalis菌的序列信息,设计探针序列,定制芯片。提取P.gingivalis高毒力株W83和低毒力株ATCC 33277的基因组DNA,利用array-CGH检测其全基因组的差异DNA片段,并运用PCR验证结果的准确性。结果:Array-CGH结果显示两组菌株间存在几个连续片段的拷贝数不同。P.gingivalis W83的部分特异片段参与编码毒力致病因子。在P.gingivalis ATCC 33277的特有片段中,部分编码蛋白可增强细菌表明粘附力,使其具有高粘附力。从中挑选12个基因进行PCR差异性验证,证实与芯片结果一致。结论:用array-CGH芯片的方法来分析全基因组拷贝数的变化具有分辨率高,能精确定位异常片段的特性。本文成功构建了array-CGH技术检测P.gingivalis不同毒力株基因差异的平台,为后续比较临床分离株的差异DNA片段,筛查毒力基因,深入阐述牙周炎的发病机制奠定基础。

RFLP缩减杂交技术的改良与水稻雄性不育细胞质基因组差异片段的克隆

对基因组RFLP缩减杂交技术进行了改良,即用连接成大分子的DriverDNA与TesterDNA杂交,再利用PCR纯化试剂盒对大片段DNA回收率低的原理去除大部分DriverDNA以及与之杂交的非特异性TesterDNA片段.经过PCR扩增和克隆,获得多态性片段,可快速获得在亲本间有差异的分子标记.用该技术对水稻野败型雄性不育细胞质和正常细胞质DNA进行RFLP缩减杂交,获得了2个在不育系细胞质DNA与保持系细胞质DNA间的差异片段.

采用任意引物PCR技术进行基因组差异显示

任意引物 PCR技术是通过使用短的单一引物进行聚合酶链反应 ,能给基因组提供几百个多态性标记 ,它是分析基因组间关系差异的有力工具。它已被广泛用于物种的分类、鉴定、估计亲缘关系、混合基因组样本的分析及创造特异探针等。其主要优点是适用于任何生物、使用 DNA的量极少及其高效性和低成本。本文对这种技术的产生、原理、特点。

甜叶菊同源四倍体与二倍体基因组差异分析

为探究甜叶菊二倍体经染色体加倍后得到四倍体的过程中,基因组序列的变化情况,采用ISSR分子标记技术对1个甜叶菊二倍体及其5个同源四倍体株系的遗传差异进行分析。ISSR结果显示：从60个ISSR引物中筛选出多态性强、重复性好的5个引物进行扩增,共扩增出34条谱带,其中有19条呈多态性,多态性占55.88%;6个甜叶菊株系间Nei＇s基因多样性指数范围在0.0059-0.2778之间;利用聚类分析,发现CK与5个四倍体最先分开,这说明聚类分析可以很好的将甜叶菊二倍体和同源四倍体区分开,1和2、4和5两两株系最先聚在一起,这表明2组株系各自间遗传相似度高。甜叶菊不同倍性间遗传差异较大,同一倍性不同株系间也存在一定的遗传差异。

抑制差减杂交克隆E1 Tor霍乱弧菌流行株与非流行株基因组差异片段及其分析

为了克隆与分析霍乱弧菌O1E1Tor流行株与非流行株两类菌株基因组差异片段 ,采用抑制差减杂交技术 (suppressionsubtractivehybridization ,SSH)分别以国内保留的流行株Wujiang 2及非流行株Js 32一株作为被检菌 ,另一株作为参考菌进行基因组差异研究 .在进行的差减杂交实验中 ,流行株Wujiang 2共检出 34个特异差异片段 ,经同源检索共代表 35个基因片段 ,其中包括许多重要的霍乱弧菌毒力相关基因如CTX遗传单元、TLC因子及可移动外来成分如霍乱弧菌整合子RVC序列及Tn10转位酶 .非流行株Js 32共检出 14个特异差异片段 ,经同源检索未能检出同源片段 ,可能代表新基因序列 .研究表明 ,霍乱弧菌流行株与非流行株基因组存在较多差异基因 ,表现在毒力、毒力相关基因。

烟草基因组计划进展篇：5.栽培烟草主要推广品种基因组差异分析

优良推广品种的利用价值取决于其携带的优异基因，通过基因组差异研究可提供这些优异基因最基本的遗传信息，有助于加快其研究、利用。为此，在中国烟草总公司和贵州省局（公司）的资助下，由贵州省烟草科学研究院牵头，联合行业内外多个单位实施的烟草主要品种和核心种质资源基因组差异研究工作，对100年来中国和美国育成的具有明确系谱关系的主要栽培品种进行了基因组测序，围绕基因组结构变异揭示育种目标这一核心主题，取得了显著进展。

以ArrayCGH探讨干细胞基因组差异

据美国BIOCOMPARE科技新闻网（2008／4／24）报道，竞争基因体杂交法（comparative genomic hybridization），简称CGH，人们最初在1992年提出这项技术，CGH可以针对整个染色体进行全面性的比对，分辨率最好可高达1Mbp（basepair），但却能同时侦测23对染色体的异常。而竞争基因体杂交微矩阵分析法（Microarray—based comparative genomic hybridization,Array—CGH），此技术为CGH改进后发展的新技术，

美科学家的基因组比较研究揭示人类与黑猩猩基因组差异只有4％

据2005年9月2日《参考消息》援引路透社华盛顿2005年8月引电，美国华盛顿大学的罗伯特·沃特森博士及其同事对一只黑猩猩的DNA进行了测序，并将测序结果与人类基因组序列作了比较研究，发现在构成人类和黑猩猩基因组的各30亿个碱基对中，只有4000万个有区别，而且大部分是单一碱基差别。此外，他们还发现有一些DNA序列为人类独有，有一些为黑猩猩独有。而所有这些区别总共只占基因组的4％，也就是说人类和黑猩猩有96％的基因组序列完全一样。这一研究成果已经发表在2005年8月31日出版的英国《自然》杂志上。

人种基因组差异图初现端倪

日前美国科学家已标记出了白、黑、黄三个人种基因组中发生单一核苷酸变异的位点，并初步绘制出了不同人种基因组的差异图。这一差异图谱将有助于寻找不同种族人群易于发生病变的差异基因，使得基因治疗方法更具针对性。

新版人类基因组差异图揭示人类进化奥秘

科学家日前公布了迄今最为详细的人类基因组差异图，并说这能够帮助找到一些疾病的遗传因素，同时揭示人类进化的奥秘。

锈毛莓叶绿体基因组特征分析

本研究对锈毛莓(Rubus reflexus Ker.)叶绿体基因组进行测序及组装,获得了全长为156247 bp,GC总含量为30.72%的核苷酸序列,注释出129个基因,其中16个基因有2个拷贝,9个基因有内含子;密码子使用偏好结果显示,自然选择对锈毛莓密码子使用偏好影响最大,其次是突变压力;系统发育结果显示,锈毛莓(R.reflexus)与黄脉莓(R.xanthoneurus)和高粱泡(R.lambertianus)亲缘关系较近;叶绿体基因组全长比较分析结果显示,锈毛莓与近缘物种之间的变异主要存在于基因间隔区;通过核苷酸多态性分析筛选出6个高变区,即rps16-trnQ-UUG、petN-psbM、trnT-UGU-trnL-UAA、petA-psbJ、rpl32-trnL-UAG及ycf1。研究结果揭示了锈毛莓叶绿体基因组特征及系统发育关系,为锈毛莓及悬钩子属的比较基因组学研究、物种鉴定及遗传改良提供参考依据,同时也为解决悬钩子属部分物种分类混乱问题提供了新的解决方案。

郑58和掖478玉米自交系基因组差异性分析

采用SSR标记对我国核心种质郑58和掖478进行基因组差异性分析。结果表明:200对引物中有57对引物具有多态性,多态性标记比率达到28.5%,遗传相似度为71.5%。200对引物共计扩增出424个SSR等位性片段,其中有113个多态性等位片段,遗传杂合度为26.7%,遗传相似度为74.3%。SSR多态性标记在不同染色体上呈现不均匀性分布,在同一染色体上不同区域分布密度不同,具有多态性标记集中区域,基因组差异可能与自交系配合力变化有关。

应用抑制性差减杂交筛选鸭疫里默氏杆菌强弱菌株基因组的差异片段

为了分析鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)强毒菌株HXb2和弱毒菌株NJ-1基因组之间的差异基因,以HXb2株基因组为待测菌株,以NJ-1株基因组为驱动菌株,构建了两株细菌基因组间的抑制性差减文库。经过dot-blot杂交和PCR验证,共鉴定到34个强弱毒株基因组差异片段。测定的序列经BLAST、DNAStar和PSORTb分析,结果表明有2个片段所在基因编码的蛋白为外膜蛋白,有2个片段所在基因编码的蛋白为胞质膜蛋白如磷酸盐转运蛋白,11个片段所在基因编码的蛋白为胞内蛋白如丙氨酸脱氢酶、β-内酰胺酶及一些假定蛋白等,有19个片段所在基因编码的蛋白(大部分为假定蛋白)定位未知。这些差异基因编码的蛋白可能与鸭疫里默氏杆菌的毒力及HXb2株特异蛋白等有关。本研究为下一步鉴定新的毒力基因及其他特异蛋白的功能奠定了基础。

水稻Rim2/Hipa超级家族的基因组变异和基于Rim2/Hipa展示的水稻资源的系统进化和指纹分析(英文)

水稻Rim2/Hipa是最近鉴定的一个受逆境诱导的转座因子超级家族.研究表明,Rim2的核心序列在不同来源的水稻材料中存在显著的差异,暗示Rim2家族的长期进化历程.基于Rim2因子间的差异性以及该因子的静止状态,开发出一种利用Rim2因子展示的新的分子指纹技术,可以灵敏地区分不同水稻资源以及它们的遗传关系.仅用5对引物就可以清楚地将53个栽培稻和普通野生稻材料鉴定出来,并可将它们分为不同的系统进化组.研究表明不仅在水稻资源而且在野生稻种质间均存在明显的多样性.野生稻可以被单独分组,或者分散在粳稻中间.这种新的指纹技术还可以将水稻的杂交子代和它们的亲本区分出来,并可用于种子纯度的鉴定,在水稻基因组进化研究、水稻育种和种子生产中有很好的应用前景.

药物基因组学研究与乳腺癌个体化治疗

在我国，乳腺癌已严重影响妇女的健康和生命。与西方发达国家发病率增高而死亡率却在下降的趋势不同，我国乳腺癌发病率和死亡率均呈明显上升的趋势，乳腺癌防治任务十分严峻。近年来，虽然随着乳腺癌基础和临床研究的深入，乳腺癌的诊治取得了长足进步，但不同患者间显著的疗效和毒副反应差异仍是制约乳腺癌治愈率的主要因素。这种差异难以用患者年龄、种族、肝肾功能状态、伴随疾病、合并用药以及环境等因素加以解释，遗传因素即不同个体的基因组差异起着相当重要的作用。正如《Science））和《Nature））等杂志载文指出，药物代谢酶、转运药物的蛋白质、受体和其他药物靶体的遗传多态性与药物效应、毒性的个体差异密切相关。

差减杂交技术在原核生物基因差异比较中的应用

同种细菌间基因组差异及基因差异表达的鉴定与研究具有重要的分子生物学意义。某一菌株所特有的而另一菌株缺乏(或不相同)的基因可能决定着菌株重要的遗传特征,差减杂交技术是应研究真核生物基因差异表达之需要而发展起来的一种方法,本文就该方法的原理及其目前在原核细胞型微生物中的应用作一综述。

新疆山地鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌基因组分化和演变

目的 比较来自我国新疆4大片山地鼠疫自然疫源地的144株鼠疫菌的基因组组成的差别，研究新疆山地鼠疫自然疫源地鼠疫菌的基因分型和进化规律。方法 根据已经证实的22个差异区段（DFR）设计引物，每株鼠疫菌的每个DFR都采用PCR技术进行验证。结果 新疆4大片山地鼠疫自然疫源地的144株鼠疫菌的基因型DFR图谱可归类为14种，分为7个主要基因组型和7个次要基因组型。西天山北坡灰旱獭-长尾黄鼠鼠疫疫源地存在3个主要基因组型和5个次要基因组型，西段以01型基因组型为主，占种群体的91．7％，02型占8．3％；中段以03型为主，占68．8％，01型占4．2％，02型占20．85％，另有02M1和02M3（02型的突变型）占2．1％，03M1型（03型的突变型）占2．1％；东段以02型为主，89．8％，01型、02M2、02M3和02M4型（02型的突变型）各占2．0％。南天山灰旱獭鼠疫疫源地存在2个主要基因型和1个次要基因型，以4型为主，占66．7％，02型占16．7％，04M1型（04型的突变型）占16．7％。帕米尔高原-阿赖山红旱獭鼠疫疫源地仅存在04型1种基因型。昆仑山喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地分为中昆仑和东昆仑鼠疫自然疫源地，中昆仑山存在2种鼠疫基因组型，以11型为主，占群体的90％，12型占10％；东昆仑山存在3种鼠疫基因组型，以05型为主，占66．7％，02型和11型分别占16．7％。结论 新疆山地鼠疫自然疫源地鼠疫菌基因组的演化由3个演化路线组成。西天山北坡鼠疫自然疫源地的鼠疫菌基因组，自西向东在不同的生态地理环境和宿主媒介作用下发生适应性进化和演变，由较为古老的01型基因组逐渐演化为02和03型，最后南下至青海和东昆仑演变为05型，并且在这条演化路线上存在许多演变过程中发生的基因组地域交叉和次要基因组型；南天山和帕米尔高原-阿赖山鼠疫自然疫源地的鼠疫菌的04型基因组型是由01型直接演化而来，并在这一区域形成主要鼠疫基因组型；中昆仑山鼠疫自然疫源地的鼠疫菌基因组型可能是由西藏冈底斯山喜马拉雅旱獭鼠疫源地的鼠疫菌的10型基因组演化而来，形成以11型为主，12型为辅的鼠疫基因组构型特点。