利用构建的黑胸大蠊浓核病毒(PfDNV)全基因组重组质粒(PfDNV-pUC119)以及一系列完整缺失克隆,通过全自动测序方法完成了PfDNV两末端各728 bp 和730 bp 核苷酸序列的测定. 通过计算机软件分析发现,PfDNV 末端201nt为倒置重复序列,其中最...利用构建的黑胸大蠊浓核病毒(PfDNV)全基因组重组质粒(PfDNV-pUC119)以及一系列完整缺失克隆,通过全自动测序方法完成了PfDNV两末端各728 bp 和730 bp 核苷酸序列的测定. 通过计算机软件分析发现,PfDNV 末端201nt为倒置重复序列,其中最末端122nt为回文序列,能形成典型的发夹结构. 并与同科其它病毒末端序列进行了核苷酸序列同源性比较.展开更多
【背景】随着测序费用的降低,越来越多的科学家选择利用高通量测序技术研究噬菌体的基因组序列。通过对这些基因组数据的分析和研究,一些科学家也开发出了判断dsDNA噬菌体末端序列的方法,但这些方法是基于Linux系统下的命令,并没有在Win...【背景】随着测序费用的降低,越来越多的科学家选择利用高通量测序技术研究噬菌体的基因组序列。通过对这些基因组数据的分析和研究,一些科学家也开发出了判断dsDNA噬菌体末端序列的方法,但这些方法是基于Linux系统下的命令,并没有在Windows操作系统下的软件。【目的】在Windows平台下开发一款免费的、可以在高通量测序获得的庞大序列文件中找到dsDNA噬菌体基因组末端序列的软件PhageGT。【方法】使用Visual Studio 2019开发一个基于对话框的微软基础类库(Microsoft Foundation Classes,MFC)应用程序。软件使用C++语言开发,逐行读取序列文件中的每条Reads,并设计相应的算法进行统计、计算。【结果】软件PhageGT可在高通量测序文件中提取出不同序列出现的频率、排序,并利用提取序列的最高频率和序列平均频率的比值(R值)判断噬菌体基因组是否存在末端序列。【结论】软件PhageGT的使用比较方便、简单。软件PhageGT和本文所利用的所有测试数据均可从https://zenodo.org/record/4674231#.YHADb-gzZxc免费获得。展开更多
文摘利用构建的黑胸大蠊浓核病毒(PfDNV)全基因组重组质粒(PfDNV-pUC119)以及一系列完整缺失克隆,通过全自动测序方法完成了PfDNV两末端各728 bp 和730 bp 核苷酸序列的测定. 通过计算机软件分析发现,PfDNV 末端201nt为倒置重复序列,其中最末端122nt为回文序列,能形成典型的发夹结构. 并与同科其它病毒末端序列进行了核苷酸序列同源性比较.
文摘【背景】随着测序费用的降低,越来越多的科学家选择利用高通量测序技术研究噬菌体的基因组序列。通过对这些基因组数据的分析和研究,一些科学家也开发出了判断dsDNA噬菌体末端序列的方法,但这些方法是基于Linux系统下的命令,并没有在Windows操作系统下的软件。【目的】在Windows平台下开发一款免费的、可以在高通量测序获得的庞大序列文件中找到dsDNA噬菌体基因组末端序列的软件PhageGT。【方法】使用Visual Studio 2019开发一个基于对话框的微软基础类库(Microsoft Foundation Classes,MFC)应用程序。软件使用C++语言开发,逐行读取序列文件中的每条Reads,并设计相应的算法进行统计、计算。【结果】软件PhageGT可在高通量测序文件中提取出不同序列出现的频率、排序,并利用提取序列的最高频率和序列平均频率的比值(R值)判断噬菌体基因组是否存在末端序列。【结论】软件PhageGT的使用比较方便、简单。软件PhageGT和本文所利用的所有测试数据均可从https://zenodo.org/record/4674231#.YHADb-gzZxc免费获得。