J亚群禽白血病病毒蛋鸡分离株SD07LK1全基因组核苷酸序列的比较分析

【目的】分析我国ALV-J蛋鸡分离株的来源和进一步演变趋势。【方法】以J亚群禽白血病病毒(ALV-J)蛋鸡分离株SD07LK1感染的鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组DNA作为其前病毒基因组模板,根据已发表序列设计合成9对引物,经PCR扩增出9段连续的、相互部分重叠的DNA片段和闭合环形前病毒两末端LTR的连接区段,并分别连入T载体进行克隆、测序。【结果】用DNAstar软件对测序结果进行剪辑和拼接,首次完成了ALV-J蛋鸡分离株SD07LK1的前病毒全基因组核苷酸序列。【结论】将该序列与另外已完成的全基因组序列的比较表明,ALV-J的整个基因组gag和pol基因相对保守,各毒株间对应基因的同源性分别在95.0%以上,env基因的同源性仅为88.6%～94.0%。

网状内皮组织增生症病毒中国分离株HA9901全基因组核苷酸序列的测定与分析

以网状内皮组织增生症病毒(REV)中国分离株HA9901感染的鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组DNA作为其前病毒基因组模板,根据已发表序列设计合成6对引物,经PCR扩增出6段连续的、相互部分重叠的DNA片段和闭合环形前病毒两末端LTR的连接区段,并分别连入T载体进行克隆、测序.用DNAstar软件对测序结果进行剪辑和拼接,完成了REV第一个中国分离株HA9901前病毒全基因组核苷酸序列.在从截然不同的地区、不同年份、不同禽类分离到的毒株中,将该序列与另两个毒株已完成的全基因组序列的比较表明,REV的整个基因组相对保守,各毒株间对应基因的同源性都在92%以上.其中,从我国鸡体分离到的野毒株HA9901与美国鸡源分离株FA在整个基因组上的同源性均显著高于美国的鸭源SNV株.

核苷酸切除修复对UVB光损伤的识别机制

中波紫外线(UVB)会对皮肤造成各种损伤,这些都根源于UVB对皮肤细胞DNA的光损伤。光损伤产物主要有环丁烷嘧啶二聚体(CPD)和6-4光产物(6-4PP)两类,还包括少量的氧化损伤。CPD和6-4PP的修复是由核苷酸切除修复(NER)执行的。NER可分为全基因组核苷酸切除修复(GGR)和转录耦联核苷酸切除修复(TCR)两个亚途径。识别因子XPC通过一种不直接识别损伤本身的机制在GGR识别过程中发挥作用;在TCR识别过程中强调了关键因子CSB单体及二聚体两种形式的转换。在染色质水平上,DDB介导的泛素化作用是NER识别过程中重要的调控要素。另外,完成使命的识别因子的最终走向也是NER途径中的一个重要环节。通过分析上述生化过程,较清楚地总结了GGR及TCR对UVB导致的光损伤的识别机制。

SPF鸡胚中内源性白血病病毒全基因序列鉴定与分析

以国内某3家SPF鸡场的SPF鸡胚成纤维细胞提取的基因组DNA为模板,参照已发表的序列,设计合成了4对检测内源性白血病病毒引物,分别检测gag基因、pol基因、env基因和LTR片段,结果显示4者检出阳性率很高(gag,29/46;pol,27/46;env,24/46;LTR,31/46)。设计合成了8对引物,选取4片段检测均为阳性的样品之一,经PCR成功扩增出了8段连续的、相互部分重叠的目的DNA片段,分别连接入T载体进行克隆测序。用DNAstar软件对测序结果进行拼接,从一个鸡胚得到了内源性白血病病毒前病毒全基因组序列。比较分析发现,该序列env基因与已知的E亚群内源性病毒代表株env基因的核苷酸序列同源性在98.5%以上,全基因组序列同源性在99.1%以上,而与其他亚群代表株同源性相对较低,env基因同源性仅为56.3%～91.5%。

二株B亚群禽白血病病毒全基因组序列及其在细胞上的复制性比较

本研究比较了从山东地方品系鸡群分离到的二株B亚型禽白血病病毒(ALV)SDAU09E3和SDAU09C2的全基因组序列及它们在细胞培养上的复制动态。这二株ALV-B的同源性为95.4%,与GenBank中3株B亚群参考株之间的同源性也均在91.0%～94.9%间,而与其它亚群参考株的同源性均低于87.9%。与亚群无关的gag、pol基因和LTR的核苷酸序列比较表明,这二株ALV-Bgp85基因的gag和pol基因与所有比较的参考株的同源性均在93%以上。LTR与其他外源性ALV参考株的LTR间的同源性在72.6%～88.3%范围内,但与E亚群内源性ALV的LTR的同源性只有51.5%。然而,这二个ALV-B的LTR的同源性也只有74.8%,远低于其他基因组部分的同源性,特别是它们的LTR的U3区同源性只有68.8%,二者在二个CAAT分布上也显著不同。对这二株ALV-B在DF-1细胞上的复制动态比较表明,它们在细胞培养上清液中的TCID50值非常类似,但SDAU09E3株核衣壳蛋白p27抗原的含量显著高于SDAU09C2株。这表明,同一亚群的不同毒株在复制过程中,所表达的p27抗原量与所形成的具有传染性的病毒量间没有平行关系。这一差异与LTR-U3区的相关性则有待应用感染性克隆技术来做进一步深入研究。