宏基因组检测技术在新生儿感染病原检测方面的应用

宏基因组检测技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)又被称为二代测序或下一代测序技术,是基于高通量测序以及生物信息学分析进行的检测,能直接从环境/临床样品中提取全部微生物的DNA或RNA,并进一步与各个物种的基因组序列比对,准确高效地分析全部病原微生物的遗传物质信息,不仅可以对细菌进行鉴别和分类,还可以检测病毒、真菌和寄生虫等其他病原体。一旦发现病原体的基因组序列,还可实现有关溯源、耐药性、毒力等多种分析[1]。近年来mNGS技术不断发展,在病原检测、病原生物学特征及分子流行病学分析中展现了独特的技术优势和广阔的应用前景,对新生儿感染性疾病的诊断和治疗具有重要参考值[2-3]。

高通量全基因组检测防控遗传性出生缺陷新进展

高通量全基因组检测技术在遗传性疾病诊断中的大规模应用和推广,正在快速推进染色体病诊断的速度和基因病诊断的广度。随着越来越多出生缺陷遗传性病因的明确,出生缺陷精准防控技术的普及性应用已经成为可能。本文围绕高通量全基因组检测的两大主流技术:染色体芯片和新一代测序,对有关技术在遗传性出生缺陷防控中的应用进展作一述评。

基于微阵列的染色体基因组检测技术在复发性流产诊断中的应用

目的运用基于微阵列的染色体基因组检测技术(CMA)对复发性流产患者的胚胎组织进行染色体检测,探讨CMA对复发性流产的诊断作用及其应用价值。方法选取51例复发性流产患者,收集流产的胚胎组织,并提取每份标本的完整基因组DNA进行CMA检测。结果51例患者绒毛组织进行染色体分析,其中13例(25.49%)未见异常,9例(17.65%)呈多态性,29例(56.86%)有异常。在染色体异常的病例中,染色体的数目异常共计18例(35.29%),其中,最常见数目异常发生在16、21、15及X染色体;染色体结构异常总计10例(19.61%),染色体数目合并结构异常1例(1.96%)。染色体基因组拷贝数变异(CNV)总计11例,在所有染色体异常的类型中占比37.93%,其中常染色体发生基因拷贝数变异共10例,X染色体CNV1例;致病性CNV4例,意义不明确的CNV7例。结论胚胎早期发生染色体异常是导致复发性流产的主要发病原因之一,其中胚胎的染色体数目异常是最为常见的类型。染色体三体是最常见的胚胎染色体数目异常,且通常发生在16、21、15及X这四种染色体上。CMA检测技术将复发性流产的胚胎染色体诊断和分析提高到了基因组水平,具有高分辨率、自动化、程序化全基因组扫描的优势,然而,对于没有发生基因组拷贝数变异的胚胎组织染色体的畸变,CMA则具有一定的局限性,需要进一步进行G显带和FISH等技术检测。

分子基因组检测方法在罕见病分子诊断中的应用及其意义

罕见病是指发病率很低的疾病,又被称为孤儿病,目前在我国并未明确定义,按照世界卫生组织的定义为,罕见病是患病例数是总人口1%的疾病类型,当然每个国家对其定义均不相同,从今年2个月开始,我国卫生健康委伴发全国罕见病诊疗协作网,对罕见病的管理和治疗更加重视,目的为提高罕见病的治疗水平和效果。目前,罕见病的已知种类已经超过7000种,其中超过80%为基因改变而导致的,在儿童中比较多见。

药物基因组学检测指导下精神分裂症患者个体化治疗的效果评价

目的探讨药物基因组学(PGx)检测指导精神分裂症患者个体化用药治疗中的效果。方法179例精神分裂症患者分为经验用药组(经验组,n=81;医师用药经验下行抗精神病药物治疗)和个体化用药组(个体组,n=98;治疗前PGx检测结果下行抗精神病药物治疗),均随访观察3个月,收集2组患者入院时的一般临床资料[年龄、居住地、教育程度、婚姻、居住情况、吸烟史、饮酒史、首发年龄、精神障碍家族史、总病程、收缩压、舒张压、心率、体质量、身高、体质量指数(BMI)及腹围等];使用口腔拭子采集个体组患者治疗前的口腔黏膜上皮细胞,提取DNA行PGx检测;抽取2组患者治疗前及治疗后3个月晨起空腹静脉血,采用全自动生化分析仪检测全血血脂[甘油三酯(TG)和胆固醇(CHOL)]、空腹血浆血糖(Glu)及泌乳素(PRL);采用阳性和阴性症状(PANSS)量表、临床总体印象(CGI)量表[包括疗效总评(CGI-GI;治疗前不测定)及病情严重程度总评(CGI-SI)]及个人和社会功能(PSP)量表、功能大体评定(GAF)量表评价治疗前及治疗后3个月2组患者的疗效及社会功能。结果个体组和经验组患者治疗后PANSS量表总分、各因子分及PANSS减分率比较,差异均有统计学意义(P<0.001),表现为个体组<经验组;个体组和经验组患者治疗后CGI-SI及CGI-GI分值比较,差异均有统计学意义(P<0.05),表现为个体组<经验组;个体组和经验组患者治疗后糖脂代谢及PRL指标比较,除PRL外,其余各变量间差异均无统计学意义(P>0.05),表现为个体组患者PRL水平低于经验组(P<0.05);个体组患者治疗后PSP、GAF均分高于经验组,差异均有统计学意义(P<0.001)。结论PGx检测指导用药的个性化治疗方式可有效提高精神分裂症患者抗精神病药物治疗的疗效,减少高PRL血症的发生,改善患者的社会功能。

疑难危重症肺部感染3例患儿的病原宏基因组检测结果分析

目的对3例疑难危重症肺部感染患儿的病原宏基因组检测结果进行分析,探讨其在临床的应用价值。方法对安徽省儿童医院呼吸内科及重症监护室2019年4月至6月收治的3例疑难危重症肺部感染患儿进行常规病原检测的同时,进行外周血(1例患儿同时对肺泡灌洗液标本)进行基于二代测序技术的病原宏基因组检测。结果例1外周血宏基因组检测结果为DNA病毒人类腺病毒B;例2肺泡灌洗液宏基因检测结果为缓症链球菌、肺炎链球菌、结核分枝杆菌复合群、RNA病毒人冠状病毒0C43;外周血宏基因检测结果为结核分枝杆菌复合群;例3外周血宏基因组检测结果为人类腺病毒7型、鲍氏不动杆菌和铜绿假单胞菌。结论随着病原宏基因组检测技术的逐渐成熟,对于疑难危重肺部感染患儿在常规病原学检测基础上尽早进行病原宏基因组检测,并结合临床资料进行综合分析确定为定植菌、背景菌还是致病菌,可为临床精准治疗、及时挽救患儿提供重要参考价值,未来可能在临床广泛应用。

蓖麻蚕DNA导入家蚕引起遗传变异的研究———基因组DNA的RAPD检测

借助于精子介导，在家蚕受精的过程中将蓖麻蚕ＤＮＡ转入家蚕卵内，从它们后代获得了新的变异品系。本文采用ＲＡＰＤ技术对这些品系基因组ＤＮＡ进行了分析。结果表明，所用５０种１０ｍｅｒ随机引物中有４９个检测出ＤＮＡ的多态性，统计分析图谱中各类扩增带，其中变异品系与其相应受体的差异带占其总带数的２６～３７％，提示外源ＤＮＡ导入受体后引起后代基因组的显著变异，并对这些变异的意义进行了讨论。

病原微生物宏基因组检测在新生儿感染性疾病中的应用

新生儿感染性疾病的临床表现呈多样性,缺乏特异性,可涉及多个器官或系统。目前,针对新生儿感染性疾病的临床检测指标较多,每一指标均有其优缺点,很难满足当今诊治的要求。宏基因组高通量测序技术能够准确高效地分析全部病原微生物的遗传信息,从而直接检测出病原微生物进行诊治,对新生儿感染性疾病的诊断具有重要参考价值。现对病原微生物宏基因组检测的最新研究进展及其在新生儿感染性疾病中的应用进行综述。

生物芯片技术在个人基因组检测中的应用

2007年5月31日，美国诺贝尔奖获得者“DNA之父”詹姆斯·沃森获赠了一张记录了他本人基因组所有信息的DVD光盘，成为世界上首位获得自己基因组图谱的人。同年9月4日，基因研究先驱克雷格·文特在《科学公共图书馆·生物学》杂志上首次对外公布自己最完整的个人基因组图谱。

多奈哌齐的药物基因组学研究进展

阿尔茨海默病(AD)是最常见的神经退行性疾病,代表着一场全球性的健康危机,目前仍以药物治疗为主,多奈哌齐作为轻中度AD患者常用药物,药物长期成本效益不佳,药效学有限并常常存在副作用,且AD患者常多病共存、多重用药,药物间相互作用引起不良健康事件发生的风险增加,遗传因素已被证明在这种药物反应的个体差异中起作用。

CB法微核检测技术应用于诱导基因组不稳定性的研究

对γ 射线诱导中国仓鼠成纤维(CHL)细胞基因组不稳定性进行了研究。利用 CB 法微核检测技术对一次照射、二次照射的 CHL 细胞进行微核测定,观察 DNA 损伤程度的变化情况。结果显示,微核发生率与细胞受照剂量呈相关关系,并随培养时间延长呈下降趋势。细胞再次受照后,其微核发生率与一次受照剂量呈相关关系。表明微核发生率与染色体损伤程度存在剂量相关性,微核检测技术可以用于生物效应表现为染色体损伤的辐射诱导基因组不稳定性的研究。

基因检测相关技术能否预测健康未来

近些年,随着基因检测技术日趋成熟,越来越多的人利用基因检测来预防疾病。相关产业和市场发展迅猛 根据智研咨询发布的《2021-2027年中国基因检测行业市场竞争策略及发展趋向分析报告》显示,据不完全统计,截至2020年底,国内"基因检测"公司,约有18162家;人体基因组检测费用为4409元.

药物基因组学检测结合治疗药物监测指导抗抑郁药治疗的研究进展

抗抑郁药治疗是抑郁症最主要的治疗方式。传统药物治疗模式下医生靠临床经验评估患者个体差异,缺乏客观参考指标。以药物基因组学检测(pharmacogenomics,PGx)和治疗药物监测(therapeutic drug monitoring,TDM)为代表的药学技术近年来在临床广泛开展,可提供患者在遗传和代谢方面的个体差异信息,现已成为指导精神疾病个体化用药的重要手段。针对抗抑郁药,结合这2种药学技术指导个体化治疗的研究也逐渐增加。本文对抗抑郁药治疗中PGx和TDM相关循证依据、对药物疗效及不良反应的影响,以及PGx和TDM结合使用的影响因素进行回顾和综述,为优化抗抑郁药使用提供参考依据。

太原市某医院361例高血压病用药相关基因多态性特征分析

目的描述太原市某院高血压患者的抗高血压药物相关基因分布特征,为该地区高血压病个体化治疗提供参考。方法选取2019年1月至2021年3月在太原市中心医院进行抗高血压药物相关基因检测的患者作为研究对象。通过信息系统获取相关信息,采用SPSS 24.0进行数据统计,Hardy-Weinberg平衡吻合度检验及χ^(2)检验分析抗高血压药物基因型与其他地区基因多态性分布特点比较,同时对相关病历进行合理用药点评,分析应用基因检测结果调整药物治疗情况。结果该院361例高血压病患者的基因检测,对应的CYP2D6*10、ADRB1(1165G>C)、CYP2C9*3、AGTR1(1166A>C)、ACE(I/D)突变率为49.0%、75.1%、3.3%、6.8%、36.3%;以上基因位点突变在不同性别之间差异无统计学意义;与其他研究地区比较时除ACE(I/D)位点存在差异外,其他位点均无差异。该院进行抗高血压药物基因检测的患者分布情况为门诊患者占5.8%,住院患者占94.2%,住院患者中结合检测结果需要用药调整的占比为18.5%,经过用药方案调整后,其降压效果均有明显改善。结论与国内其他省份研究数据相比,太原地区人群对β受体阻滞剂的反应较为敏感,对血管紧张素转化酶抑制剂、血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂的反应属正常水平,根据基因型调整降压药物,可以提高治疗疗效,具有一定的临床推广意义。

水稻锯齿叶矮缩病毒的检测及介体传毒特性

分别建立了水稻锯齿叶矮缩病毒(RRSV)病株的dsRNA基因组检测法和单头介体褐飞虱带毒的RT-PCR法,并结合生物学接种试验,对介体传毒特性进行了初步分析.结果显示:dsRNA基因组鉴定法可以从0.5 g病株样品中快速检测到RRSV,RT-PCR法可以灵敏地应用于褐飞虱带毒、传毒情况的检测;饲毒后褐飞虱成虫、若虫的带毒率分别为75.0%、68.2%,传毒率分别为50.0%、32.5%,说明褐飞虱种群传播RRSV的能力很强,是高度亲和的群体.

以反复破溃化脓和疤痕为表现的铜绿假单胞菌皮肤感染一例

患者,女,28岁。左小腿反复破溃化脓和疤痕6个月余。皮肤科检查:左小腿外侧可见一约5 cm×6 cm红色斑块,部分呈凹陷性疤痕,部分隆起,质地偏软,可挤出少许黄色分泌物。新鲜组织mNGS检测提示铜绿假单胞菌,口服头孢克肟胶囊0.2 g,每日2次,治疗2周后,原有皮疹大部分变平,未见脓性分泌物渗出,2个月随访未见复发。

狒狒巴拉姆希阿米巴脑炎一例

病例资料患者,女,66岁,因“头痛1周,外院CT提示脑干占位1天”入院。患者一周前无明显诱因出现头痛不适,期间未行特殊治疗,1天前因头痛症状无好转,于外院行头颅CT检查发现脑干占位,为明确诊断遂来我院就诊。既往史及体格检查无特殊。脑脊液生化:氯132.8 mmol/L(110~130 mmol/L),葡萄糖2.26 mmol/L(2.5~4.4 mmol/L),尿总蛋白1866.9 mg/L(150~450 mg/L);脑脊液常规检查:潘氏试验阳性(1+);细胞因子七项:白细胞介素-636.98 pg/mL(0.00~9.10 pg/mL)。头颅MRI平扫+增强:脑内多发斑片状T 1WI低信号和T 2WI高信号,T 2-FLAIR呈高信号,较大病灶位于脑桥,DWI序列呈环状高信号,对应ADC图呈低信号,磁敏感加权成像(susceptibility-weighted imaging,SWI)病灶内部及周围见线状及点状低信号,大小约1.4 cm×1.1 cm×2.1 cm,增强扫描呈环状强化,其内见结节状明显强化(图1)。脑脊液病原微生物宏基因组检测(DNA+RNA):狒狒巴拉姆希阿米巴,检出序列数12036,相对丰度99.19%,置信度高。

药物基因组学检测在难治性精神分裂症患者中的临床效能

目的 为提升难治性精神分裂症患者用药有效性、安全性,本文重点探讨药物基因组学检测在难治性精神分裂症患者中的应用效果。方法 选择2021年11月-2022年9月在衢州市第三医院诊治的难治性精神分裂症男性患者100例纳入研究,依据随机数表法将患者分为对照组(基于医生经验用药)和观察组(基于药物基因检测用药),每组50例。比较2组临床疗效、自知力、生活质量、出院1个月及1年的社会适应状况、复发率、不良反应发生率。结果 治疗1个月后,观察组患者阳性症状、阴性症状、一般精神病理症状评分均低于对照组[(20.11±2.67)分vs.(23.89±3.10)分,(15.02±1.88)分vs.(18.27±2.33)分,(30.35±2.93)分vs.(35.24±3.80)分,均P<0.001];观察组自知力评定量表(SAI)与简明健康状况调查问卷(SF-36)评分均明显高于对照组[(10.27±1.71)分vs.(7.24±1.62)分,(88.06±18.37)分vs.(73.41±16.82)分,均P<0.001]。出院1个月及1年后,观察组个人和社会功能量表(PSP)评分均明显高于对照组[(68.30±6.10)分vs.(59.24±5.68)分,(81.32±7.30)分vs.(75.49±6.29)分,均P<0.001];观察组药物相关不良反应发生率明显低于对照组(P<0.05)。出院1年后,观察组复发率明显低于对照组(P<0.001)。结论 依据药物基因组检测结果指导难治性精神分裂症临床用药优势明显,症状缓解快,可改善患者生活质量、社会适应性,复发率及不良反应率低,值得临床推广应用。

HIV的检测和监控

作为对HIV的筛选、感染诊断、以及监控疾病进展和疗效观察，现有的检测方法越来越广泛且复杂。